專利名稱：腫瘤分級(jí)和癌癥預(yù)后的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明涉及具有與癌癥臨床相關(guān)性的基因表達(dá)圖譜或模式的鑒定和使用。具體地說，本發(fā)明部分基于其表達(dá)與腫瘤等級(jí)相關(guān)的基因的一致性?；虮磉_(dá)水平形成了能夠確定患者的腫瘤等級(jí)并預(yù)測臨床結(jié)果以及該患者預(yù)后的分子指標(biāo)。癌癥的這一分子評(píng)級(jí)可以選擇性地與第二種分子指標(biāo)組合用于診斷癌癥及其預(yù)后。無論是以核酸表達(dá)、蛋白質(zhì)表達(dá)或其他表達(dá)形式的基因表達(dá)圖譜可以用于預(yù)測患有癌癥的對(duì)象的臨床結(jié)果、預(yù)測癌癥復(fù)發(fā)、和/或預(yù)測轉(zhuǎn)移性癌癥的發(fā)生。所述圖譜也可用于癌細(xì)胞的研究和/或診斷，以及用于研究對(duì)象的預(yù)后。當(dāng)用于診斷或預(yù)后時(shí)，所述圖譜用于在預(yù)期生命、癌癥復(fù)發(fā)、和/或癌癥轉(zhuǎn)移可能性的基礎(chǔ)上確定癌癥的治療方案。
背景技術(shù)：
全基因組表達(dá)圖譜研究已經(jīng)為乳癌的預(yù)后基因標(biāo)簽建立了一股“小洪流”。一個(gè)重要問題是這些標(biāo)簽在預(yù)后空間中是否重合以及幾個(gè)這些標(biāo)簽的組合是否能提供更精確的預(yù)后。在一個(gè)比較研究中，發(fā)現(xiàn)通過使用不同患者組和方法學(xué)開發(fā)的4種標(biāo)簽(內(nèi)在亞型、 70-基因標(biāo)簽、創(chuàng)傷反應(yīng)標(biāo)簽和復(fù)發(fā)評(píng)分)在將患者分為低風(fēng)險(xiǎn)和高風(fēng)險(xiǎn)組中高度一致。而且，將這些標(biāo)簽加以組合沒有產(chǎn)生預(yù)測精確性的顯著提高，這說明由這些標(biāo)簽所跨越的預(yù)后信息空間高度重合。已經(jīng)確定了腫瘤評(píng)級(jí)的預(yù)后重要性(CianfroccaM，Goldstein LJ 0ncologist9 606-16,2004)。先前已經(jīng)報(bào)道了用于癌癥預(yù)后的各種分子指標(biāo)。例子包括建立在已顯示出高度預(yù)后性的97個(gè)評(píng)級(jí)相關(guān)基因(Sotiriou C，Wirapati P，Loi S等，J Natl Cancer Inst 98 :262-72,2006) ；70-基因標(biāo)簽(van' t Veer LJ, Dai H, van de Vijver MJ 等， Nature 415 :530-6,2002)；以及致癌型 DX-21 基因復(fù)發(fā)評(píng)分算法(Paik S, Shak S, Tang G 等，N Engl J Med 351 =2817-26,2004)基礎(chǔ)上的基因組評(píng)級(jí)指標(biāo)(GGI)。據(jù)報(bào)道，97-基因腫瘤評(píng)級(jí)標(biāo)簽在無關(guān)的隊(duì)列中與70-基因標(biāo)簽和復(fù)發(fā)評(píng)分算法相當(dāng)，并且假定這些標(biāo)簽的大部分預(yù)后能力來自于與細(xì)胞增殖相關(guān)的基因。上述標(biāo)簽的比較提示腫瘤評(píng)級(jí)相關(guān)基因是這些標(biāo)簽的共同點(diǎn)(參見例如 Sotiriou C, Wirapati P, Loi S J Natl Cancer Inst 98 :262-72,2006 ；Desmedt C, Sotiriou C Cell Cycle 5 :2198-202,2006 ；Loi S, Haibe-Kains B,Desmedt C 等，J Clin Oncol 25 :1239-46,2007 ； VX R Sotiriou C, Piccart MJ Nat Rev Cancer 7 :545-53, 2007)。最近已經(jīng)提出用一種通過比較腫瘤原性的低⑶44+⑶24-乳癌細(xì)胞和正常乳房上皮細(xì)胞得到的186-基因“入侵性基因標(biāo)簽”(IGS)將基于增殖的預(yù)后空間向外擴(kuò)展。然而， 仔細(xì)檢查顯示，由于IGS與腫瘤評(píng)級(jí)標(biāo)簽高度相關(guān)(r = 0. 81)，其預(yù)后能力可能也來自與增殖相關(guān)的基因。由于腫瘤評(píng)級(jí)在預(yù)后中的重要性以及存在其表達(dá)水平與腫瘤評(píng)級(jí)和增殖高度相關(guān)的幾百條基因，可以開發(fā)出多種貌似不同的預(yù)后標(biāo)簽可能并不令人驚訝。此外，這些基因的預(yù)后穩(wěn)固性和冗余性說明，包括其中一些基因的簡單得多的檢測可能就足夠了。例如，已經(jīng)注意到，對(duì)于預(yù)后僅需用于GGI的97個(gè)基因中的一部分。在一個(gè)獨(dú)立研究中，Ivshina 等也證明了在硅芯片計(jì)算機(jī)中(insilico)可以將沈4_基因腫瘤評(píng)級(jí)標(biāo)簽減少為6個(gè)基因 (Ivshina AV, George J, Senko 0 等Genetic reclassification of histologic grade delineates new clinical subtypes of breast cancer(組織學(xué)等級(jí)的遺傳再分類描繪出乳癌的新臨床亞型).Cancer Res 66 :10292-301,2006) 這里對(duì)文獻(xiàn)的引用不能解釋為承認(rèn)所引用的任何文獻(xiàn)是相關(guān)的在先技術(shù)。而且， 其引用不表示對(duì)相關(guān)公開的搜索。關(guān)于所述文獻(xiàn)的數(shù)據(jù)和內(nèi)容的所有陳述基于可獲得的信息，并且不是對(duì)其精確性或正確性的承認(rèn)。發(fā)明概述本發(fā)明部分基于對(duì)腫瘤細(xì)胞中與腫瘤評(píng)級(jí)相關(guān)的基因表達(dá)水平的發(fā)現(xiàn)和確定。除了將所鑒定的基因的表達(dá)水平用作腫瘤評(píng)級(jí)標(biāo)簽之外，該表達(dá)水平可以用于提供諸如腫瘤復(fù)發(fā)的預(yù)后信息以及諸如對(duì)某些治療的反應(yīng)性的預(yù)測信息。本發(fā)明所鑒定的一個(gè)基因編碼了 BublB。因此，并且在本發(fā)明的第一個(gè)方面中，描述了使用BublB基因表達(dá)研究或確定腫瘤評(píng)級(jí)以提供預(yù)后信息和/或提供臨床反應(yīng)預(yù)測的組合物和方法。在一些情況下，對(duì)來自診斷為I級(jí)、III級(jí)或中間級(jí)腫瘤的對(duì)象的腫瘤細(xì)胞進(jìn)行確定。用于本發(fā)明的細(xì)胞的非限制性的例子包括從所述對(duì)象新鮮分離的細(xì)胞、分離后冷凍的細(xì)胞、以及固定和/或包埋的細(xì)胞(如福爾馬林固定的、石蠟包埋的(FFPE))。在一些實(shí)施方式中，所述細(xì)胞是乳房細(xì)胞，如乳癌細(xì)胞。第二個(gè)方面，本發(fā)明公開了使用4個(gè)其他基因表達(dá)水平確定腫瘤等級(jí)以提供預(yù)后信息和/或提供臨床反應(yīng)預(yù)測的組合物和方法。這些額外基因編碼了 CENPA、NEK2、RACGAP1 和RRM2。因此，本發(fā)明部分基于5個(gè)基因的發(fā)現(xiàn)，這些基因的表達(dá)水平可用于確定患有癌癥的對(duì)象中的腫瘤等級(jí)并對(duì)該對(duì)象提供預(yù)后和預(yù)測決定。雖然這5個(gè)基因中任何一個(gè)的表達(dá)水平可以單獨(dú)用于研究或確定腫瘤等級(jí)或提供額外信息，本發(fā)明的第三個(gè)方面包括使用這5個(gè)公開的基因的任意組合。因此，在一些實(shí)施方式中，可以使用BublB和所述其他4個(gè)基因中任何1個(gè)、2個(gè)或3個(gè)的表達(dá)水平的組合。 類似地，可以使用CENPA和BubIB、NEK2、RACGAP1或RRM2中任何1個(gè)、2個(gè)或3個(gè)的表達(dá)水平的組合；NEK2和BublB、CENPA、RACGAP1或RRM2中任何1個(gè)、2個(gè)或3個(gè)的表達(dá)水平的組合；RACGAP1和BublB、CENPA、NEK2或RRM2中任何1個(gè)、2個(gè)或3個(gè)的表達(dá)水平的組合；RRM2 和BublB、CENPA, NEK2或RACGAP1中任何1個(gè)、2個(gè)或3個(gè)的表達(dá)水平的組合。在一種實(shí)施方式中，公開了 5-基因腫瘤等級(jí)標(biāo)簽(或分子等級(jí)指標(biāo))形式的所有 5個(gè)表達(dá)水平的組合。這一指標(biāo)(或MGI)在兩個(gè)不相關(guān)隊(duì)列中能夠以與97-基因GGI相仿的表現(xiàn)重現(xiàn)腫瘤等級(jí)并預(yù)測臨床結(jié)果。MGI也作為針對(duì)癌癥復(fù)發(fā)和/或生存結(jié)果的預(yù)后因
ο另一個(gè)方面，本發(fā)明包括組合使用所述5-基因MGI和用于癌癥的第二種分子指標(biāo)。在一種實(shí)施方式中，所述組合包括所述第二種分子指標(biāo)和所有5個(gè)公開的基因。在其他實(shí)施方式中，所述組合可以包含所述5個(gè)公開的基因中的任何1個(gè)、2個(gè)、3個(gè)或4個(gè)。在一些情況下，所述第二種分子指標(biāo)是建立在HoxB13和IL17BR這兩個(gè)基因表達(dá)水平基礎(chǔ)上的。具體地說，HoxB13表達(dá)相對(duì)于IL17BR表達(dá)的雙基因比率(或HoxB13 :IL17BR比率)可以用作所述第二種分子指標(biāo)(參見US 2005/0239079A1 ；US 2005/0239083A1 ；和US 2006/0154267A1)。在另一實(shí)施方式中，所述第二種指標(biāo)可以是HoxB13表達(dá)相對(duì)于CHDH表達(dá)的雙基因比率。HoxB13 :IL17BR(H I)比率是在對(duì)常規(guī)預(yù)后因素之外的具有臨床結(jié)果預(yù)測性的新的生物標(biāo)記的研究的基礎(chǔ)上發(fā)現(xiàn)的。根據(jù)腫瘤階段和等級(jí)將癌癥復(fù)發(fā)患者與未復(fù)發(fā)患者加以比對(duì)。發(fā)現(xiàn)簡單的H I比率適合于接受了輔助它莫西芬治療的雌激素受體陽性(ER+) 乳癌患者中的癌癥復(fù)發(fā)預(yù)測。隨后的研究(Ma XJ,Hilsenbeck SG,ffang W等，J Clin Oncol 24 :4611-9,2006 ；Goetz MP, Suman VJ, Ingle JN 等，Clin Cancer Res 12 :2080-7,2006 ； Jerevall PL, Brommesson S, Strand C 等，Breast Cancer Res Treat, 2007 ；以及 Jansen MP, Sieuwerts AM, Look MP 等，J Clin Oncol 25 :662-8,2007)進(jìn)一步顯示，在追溯性和隨機(jī)性臨床試驗(yàn)中，該比率既是預(yù)后性的(如作為腫瘤侵略性的一個(gè)指標(biāo))，也是對(duì)它莫西芬的益處(即它莫西芬反應(yīng)/抗性)具有預(yù)測性的。在使用實(shí)時(shí)逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(RT-PCR)對(duì)所公開的5-基因MGI和H I比率分析的情況下，發(fā)現(xiàn)所述組合提供了比任何一種指標(biāo)單獨(dú)所能提供的更好的復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)分級(jí)。這反映了一個(gè)預(yù)料之外的發(fā)現(xiàn)，因?yàn)檫@表示H I比率是獨(dú)立于腫瘤等級(jí)的。因此，所述兩種指標(biāo)的組合通過有效分析與癌癥相關(guān)的獨(dú)立參數(shù)，改進(jìn)了癌癥診斷并使更精確地確定其預(yù)后提供了可能。在其他實(shí)施方式中，公開的5-基因標(biāo)簽中1個(gè)或更多基因的表達(dá)可以與其他基因或其他分子指標(biāo)組合用于癌癥預(yù)后。非限制性的例子包括基于97-腫瘤等級(jí)相關(guān)基因 (Sotiriou等，見上文)和這97個(gè)基因中的基因子集的基因組等級(jí)指標(biāo)(GGI) ；MammaPrint 70-基因標(biāo)簽(van' t Veer等，見上文)和這70個(gè)基因中的基因子集；OncotypeDX 21-基因復(fù)發(fā)評(píng)分算法O^aik等，見上文)和這21個(gè)基因中的基因子集；以及Veridex 76基因檢測法(Wang等，Lancet, 365 (9460) :671-679,2005)和這76個(gè)基因中的基因子集。在其他情況下，公開的5-基因腫瘤等級(jí)標(biāo)簽中1個(gè)或更多基因的表達(dá)可以與其表達(dá)與增殖表型相關(guān)的1個(gè)或更多基因的表達(dá)水平組合使用。在一些情況下，其表達(dá)與增殖表型相關(guān)的基因在上述97、70、21和76個(gè)基因的集合范圍內(nèi)。其表達(dá)與增殖表型相關(guān)的基因的非限制性例子是Ki-67、STK15、生存素(Survivin)、細(xì)胞周期蛋白Bl (Cyclin Bi)和MYBL2。因此所述 5個(gè)MGI基因中的任何1個(gè)、2個(gè)、3個(gè)或4個(gè)基因的表達(dá)水平可以與其他基因或其他分子指標(biāo)用于癌癥預(yù)后或用作臨床結(jié)果的預(yù)測指標(biāo)。當(dāng)然，所有5個(gè)基因的表達(dá)水平作為一種分子評(píng)級(jí)指標(biāo)也可以與以上及下文所述的其他基因或其他指標(biāo)組合使用。此外，所述MGI基因中的1個(gè)、一些或所有基因與其他基因的表達(dá)水平的組合也可以進(jìn)一步與以上及下文所述的H I比率組合，作為一種預(yù)后因素或一種臨床結(jié)果的預(yù)測指標(biāo)。因此，本發(fā)明的實(shí)施方式包括用于檢測所述MGI基因的1個(gè)、一些或所有基因、和可選的一個(gè)或多個(gè)如上所述的其他基因的表達(dá)、以及可選地與H I比率組合，作為一種預(yù)后因素或一種治療結(jié)果預(yù)測指標(biāo)的方法。這樣的檢測方法可以用于針對(duì)預(yù)后值和預(yù)測值對(duì) ER+對(duì)象進(jìn)行分級(jí)。作為預(yù)后值，所述分級(jí)可以建立在與作為非限制性例子的腫瘤侵略性相關(guān)并由此指示腫瘤侵略性的差異表達(dá)水平的基礎(chǔ)上。作為預(yù)測指標(biāo)，所述分級(jí)可以建立在與化療反應(yīng)性(或敏感性)和/或無反應(yīng)性(或抗性)相關(guān)并對(duì)此進(jìn)行指示的差異性表達(dá)水平上，這也可以看作化療益處的一個(gè)預(yù)測指標(biāo)。作為一個(gè)非限制性實(shí)例，所述分級(jí)(基于表達(dá)水平)可以用于預(yù)測內(nèi)分泌抗性(如作為非限制性實(shí)例的它莫西芬抗性)和/或?qū)Π邢蛴趦?nèi)分泌抗性乳癌的抑制劑的益處加以預(yù)測。這樣的抑制劑的非限制性實(shí)例包括靶向mT0R(雷帕霉素的哺乳動(dòng)物靶點(diǎn)，一種絲氨酸/蘇氨酸蛋白激酶)、PI3K(磷酸肌醇3激酶)、一種AKT家族絲氨酸/蘇氨酸蛋白激酶(其成員包括人體內(nèi)的Akt 1、Akt2和Akt3)、 和/或EGFR(表皮生長因子受體；人體內(nèi)的HER1)的抑制劑。當(dāng)然可以在任何含有這里所述樣本的適當(dāng)細(xì)胞中檢測基因表達(dá)。在本發(fā)明的其他實(shí)施方式中，與H I比率無關(guān)的腫瘤等級(jí)可以與一種不同的分子指標(biāo)(替代MGI基因中的1個(gè)、一些或所有基因)組合用于癌癥預(yù)后。這樣的指標(biāo)的非限制性實(shí)例包括基于97-腫瘤等級(jí)相關(guān)基因(Sotiriou等，見上文)和這97個(gè)基因中的基因子集的基因組等級(jí)指標(biāo)(GGI) ；MammaPrint 70-基因標(biāo)簽(van' t Veer等，見上文)和這 70個(gè)基因中的基因子集；0nCOtypeDX21-基因復(fù)發(fā)評(píng)分算法(Paik等，見上文)和這21個(gè)基因中的基因子集；以及Veridex 76基因檢測法(Wang等，Lancet，365 (9460) :671-679, 2005)和這76個(gè)基因中的基因子集。在其他情況下，H I比率可以與其表達(dá)與增殖表型相關(guān)的1個(gè)或更多基因的表達(dá)水平組合使用。在一些情況下，其表達(dá)與增殖表型相關(guān)的基因在上述97、70、21和76個(gè)基因的集合范圍內(nèi)。其表達(dá)與增殖表型相關(guān)的基因的非限制性例子是Ki-67基因、STK15、生存素、細(xì)胞周期蛋白Bl和MYBL2。因此，在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明包括對(duì)H 1比率的表達(dá)以及與之組合的諸如從 Ki-67、STK15、生存素、細(xì)胞周期蛋白Bl和MYBL2中選擇的一個(gè)或多個(gè)基因的一個(gè)或多個(gè)額外基因表達(dá)水平的檢測。這樣的檢測方法可以用于針對(duì)預(yù)后值和預(yù)測值對(duì)ER+對(duì)象進(jìn)行分級(jí)。作為預(yù)后值，所述分級(jí)可以建立在與作為非限制性例子的腫瘤侵略性相關(guān)并由此指示腫瘤侵略性的差異表達(dá)水平的基礎(chǔ)上。作為預(yù)測指標(biāo)，所述分級(jí)可以建立在與化療反應(yīng)性 (或敏感性)和/或無反應(yīng)性(或抗性)相關(guān)并對(duì)此進(jìn)行指示的差異性表達(dá)水平上，這也可以看作化療益處的一個(gè)預(yù)測指標(biāo)。作為一個(gè)非限制性實(shí)例，所述分級(jí)(基于表達(dá)水平)可以用于預(yù)測內(nèi)分泌抗性(如作為非限制性實(shí)例的它莫西芬抗性)和/或?qū)Π邢蛴趦?nèi)分泌抗性乳癌的抑制劑的益處加以預(yù)測。這樣的抑制劑的非限制性實(shí)例包括靶向mTOR(雷帕霉素的哺乳動(dòng)物靶點(diǎn)，一種絲氨酸/蘇氨酸蛋白激酶)、PI3K (磷酸肌醇3激酶)、一種AKT家族絲氨酸/蘇氨酸蛋白激酶(其成員包括人體內(nèi)的Akt 1、Akt2和Akt3)、和/或EGFR(表皮生長因子受體；人體內(nèi)的HER1)的抑制劑。當(dāng)然可以在任何含有這里所述樣本的適當(dāng)細(xì)胞中檢測基因表達(dá)。另一個(gè)方面，選自BublB、CENPA、NEK2、RACGAPl和RRM2的一個(gè)或多個(gè)基因的表達(dá)可以用作預(yù)后因素或臨床結(jié)果的預(yù)測指標(biāo)，或用于具有良性乳房疾病的對(duì)象(如在不存在本發(fā)明的情況下可能診斷為具有良性乳房疾病的對(duì)象)中腫瘤等級(jí)的確定。Hartmarm等 (N. Engl. J. Med.，2005，353 :3)討論了良性乳房疾病的重要性。良性乳房疾病的非限制性實(shí)例包括非增殖性病變、無異型性的增殖性病變、和異型增生的組織學(xué)發(fā)現(xiàn)。鑒于良性乳房疾病診斷后發(fā)生乳癌這一觀察結(jié)果，推測在一些良性乳房疾病中 (諸如涉及具有異型性或異型增生的病變的情況)存在乳癌的前體。因此，本發(fā)明包括在對(duì)象的乳房細(xì)胞(如來自習(xí)慣于診斷為良性乳房疾病的組織樣本的細(xì)胞)中確定腫瘤等級(jí)的方法。所述方法可以包括對(duì)來自一個(gè)對(duì)象的乳房細(xì)胞樣本檢測BublB、CENPA、NEK2、RACGAPl 和RRM2的表達(dá)水平，其中所述表達(dá)水平與I級(jí)或III級(jí)腫瘤、或甚至中間級(jí)腫瘤相關(guān)。另外，所述方法可以包括檢測這5個(gè)基因的任意子集、直至任一所述基因，以確定I級(jí)、III級(jí)或中間級(jí)腫瘤細(xì)胞存在的可能性。在一些實(shí)施方式中，所述細(xì)胞來自習(xí)慣于診斷為存在具有異型性或異型增生的病變的樣本。當(dāng)然，本發(fā)明還包括在患有良性乳房疾病的對(duì)象的樣本中使用MGI和H I比率以確定該對(duì)象是否面臨隨后發(fā)展成乳癌的風(fēng)險(xiǎn)。另外，本發(fā)明提供了對(duì)這樣的樣本僅使用 H I比率以確定乳癌發(fā)生的風(fēng)險(xiǎn)。另一個(gè)方面，可以將選自BublB、CENPA、NEK2、RACGAPl和RRM2的一個(gè)或多個(gè)基因的表達(dá)用作患有乳腺導(dǎo)管原位癌(或DCIS)的對(duì)象中的預(yù)后因素或臨床結(jié)果的預(yù)測指標(biāo)， 或用以確定腫瘤等級(jí)。因此，本發(fā)明包括在患有或疑似患有DCIS的對(duì)象的乳房細(xì)胞中確定腫瘤等級(jí)的方法。所述方法可以包括對(duì)來自對(duì)象的乳癌細(xì)胞樣本檢測BublB、CENPA、NEK2、 RACGAP1和RRM2的表達(dá)水平，其中所述表達(dá)水平用作預(yù)后因素或臨床結(jié)果的預(yù)測指標(biāo)，或其與I級(jí)或III級(jí)腫瘤、或甚至中間級(jí)腫瘤相關(guān)。另外，所述方法可以包括對(duì)這5個(gè)基因的任意子集、直至所述基因中的任何一個(gè)進(jìn)行檢測，作為預(yù)后因素或臨床結(jié)果的預(yù)測指標(biāo)，或用以確定I級(jí)、III級(jí)或中間級(jí)腫瘤細(xì)胞的存在。另一方面，本發(fā)明包括用于檢測選自BublB、CENPA、NEK2和RRM2的一個(gè)或多個(gè)基因表達(dá)以用作DCIS中癌癥局部復(fù)發(fā)的預(yù)后因素的組合物和方法。在一些實(shí)施方式中，基于所述表達(dá)水平的方法優(yōu)選用于含有來自患有DCIS的對(duì)象的樣本的乳癌細(xì)胞。作為一個(gè)非限制性實(shí)例，所述細(xì)胞可以是用于對(duì)象中癌癥診斷的手術(shù)前組織學(xué)樣本。對(duì)于這樣的對(duì)象， 常規(guī)護(hù)理是外科手術(shù)去除DCIS，其中乳房保留手術(shù)優(yōu)于乳房切除術(shù)。這通常跟隨著手術(shù)后放療，可選地伴有內(nèi)分泌療法(如用它莫西芬、選擇性雌激素受體調(diào)節(jié)劑SERM、選擇性雌激素受體下調(diào)劑SERD、或芳香酶抑制劑AI的治療)和/或化療。但這一針對(duì)癌癥復(fù)發(fā)可能性的方案在不會(huì)經(jīng)歷癌癥復(fù)發(fā)的許多患者中引起過度治療，并在癌癥復(fù)發(fā)的情況下導(dǎo)致失敗。因此，本發(fā)明包括檢測所有5個(gè)所述基因的表達(dá)，其中MGI高表達(dá)表示在對(duì)象中由于乳房保留手術(shù)以及隨后的放療和/或內(nèi)分泌療法或化療失敗導(dǎo)致的局部癌癥復(fù)發(fā)可能性的提高。在其他實(shí)施方式中，這樣的方法采用H I比率的檢測作為高M(jìn)GI表達(dá)的替代指標(biāo)。當(dāng)然，本發(fā)明包括將高M(jìn)GI和H I比率的檢測加以組合，作為DCIS治療后局部癌癥復(fù)發(fā)可能性提高的指標(biāo)。另外，所述方法可以包括檢測所述5個(gè)MGI基因中的任意子集、 直至所述基因中的任何一個(gè)基因，并選擇性地與H I比率組合，作為DCIS治療后局部癌癥復(fù)發(fā)可能性提高的指標(biāo)。所述方法可以進(jìn)一步包括將對(duì)象鑒定為很可能或不大可能經(jīng)受局部癌癥復(fù)發(fā)的， 并選擇性地進(jìn)一步包括根據(jù)預(yù)計(jì)結(jié)果調(diào)節(jié)針對(duì)所述對(duì)象的治療方式。作為一種非限制性實(shí)例，對(duì)復(fù)發(fā)的低可能性的確定可以用于確定乳房保留手術(shù)的適宜性或選擇乳房保留手術(shù)， 選擇性地結(jié)合減少術(shù)后治療，如省略放療和/或省略內(nèi)分泌療法或化療。作為另一個(gè)非限制性實(shí)例，對(duì)復(fù)發(fā)的高可能性的確定可以用于確定乳房切除術(shù)的適宜性或選擇乳房切除術(shù)，并包含術(shù)后治療，如放射性和/或內(nèi)分泌療法或化療。
在另一方面，本發(fā)明包括使用選自BublB、CENPA, NEK2、RACGAP1和RRM2的一個(gè)或多個(gè)基因或所有5個(gè)基因作為預(yù)后因素或臨床結(jié)果的預(yù)測指標(biāo)，或用于確定基于對(duì)早期乳癌初期治療的 2005 St. Gallen 專家共識(shí)(參見 Goldhirsch 等，Ann. Oncol.，2005，16 1569-1583)進(jìn)行評(píng)估的對(duì)象中的腫瘤等級(jí)。因此，本發(fā)明包括對(duì)對(duì)象的乳房細(xì)胞中MGI基因中的一個(gè)、一些或所有基因的表達(dá)進(jìn)行評(píng)估的方法，作為基于專家共識(shí)的差異化診斷和選擇療法的一部分?？梢耘c所公開的方法結(jié)合使用的所述專家共識(shí)的一部分的非限制性實(shí)例包括針對(duì)早期乳癌的輔助性全身治療的選擇的算法；對(duì)內(nèi)分泌療法的反應(yīng)性或無反應(yīng)性或不確定的激素反應(yīng)性；以及結(jié)節(jié)狀態(tài)(nodal status) 0當(dāng)然，也預(yù)期了在所述專家共識(shí)中包括作為整體的本發(fā)明的一個(gè)或多個(gè)方面。在其他實(shí)施方式中，所公開的分子基因表達(dá)圖譜用于確定低風(fēng)險(xiǎn)和高風(fēng)險(xiǎn)組的分類，并用于將至少一些中等風(fēng)險(xiǎn)類對(duì)象確定為低風(fēng)險(xiǎn)或高風(fēng)險(xiǎn)組。在一些情況下，所公開的方法可以用于對(duì)診斷為癌癥的更年期前或更年期后婦女的療法的選擇或排除。更年期前婦女包括年齡小于約35歲的婦女。在這些對(duì)象中，高M(jìn)GI 表達(dá)式癌癥復(fù)發(fā)的指標(biāo)。因此，如DCIS的情況，本發(fā)明包括在更年期前的對(duì)象中使用選自 BublB、CENPA、NEK2、RACGAPl和RRM2的一個(gè)或多個(gè)基因的表達(dá)水平作為乳癌復(fù)發(fā)的預(yù)后因素。可選地，也檢測H I比率并與MGI基因組合使用。所述方法可以包括檢測來自對(duì)象的含有樣本的乳癌細(xì)胞中這些基因的表達(dá)。作為一個(gè)非限制性實(shí)例，所述細(xì)胞可以是來自于用于對(duì)象癌癥診斷的手術(shù)前組織學(xué)樣本。在其他情況下，所述方法包括使用所有這5個(gè)基因作為一種實(shí)施方式，其中高M(jìn)GI表達(dá)是更年期前對(duì)象中癌癥復(fù)發(fā)可能性提高的指標(biāo)。所述方法可以包括將更年期前對(duì)象鑒定為很可能或不大可能經(jīng)受癌癥復(fù)發(fā)的，并可選擇地進(jìn)一步包括根據(jù)預(yù)期結(jié)果調(diào)整對(duì)對(duì)象的治療方式。作為一種非限制性實(shí)例，確定復(fù)發(fā)的低可能性可以用于確定乳房保留手術(shù)的適宜性或選擇乳房保留手術(shù)，選擇性地結(jié)合減少術(shù)后治療，如省略放療和/或省略內(nèi)分泌療法或化療。作為另一個(gè)非限制性實(shí)例，對(duì)復(fù)發(fā)的高可能性的確定可以用于確定乳房切除術(shù)的適宜性或選擇乳房切除術(shù)，并包含術(shù)后治療，如放射性和/或內(nèi)分泌療法或化療。在其他情況下，所述方法可以用于幫助選擇療法，如在內(nèi)分泌療法、化療、放療或其組合中選擇。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明包括用于確定5個(gè)MGI基因中的一個(gè)或多個(gè)基因或所有5個(gè)基因的表達(dá)水平作為內(nèi)分泌療法有效性預(yù)測指標(biāo)的組合物和方法。在一些情況下，所述預(yù)測指標(biāo)可以是對(duì)諸如它莫西芬的SERM或SERD的反應(yīng)性或無反應(yīng)性。這包括其中對(duì)來自對(duì)象的含樣本的乳癌細(xì)胞的檢測顯示高M(jìn)GI，說明對(duì)它莫西芬可能無反應(yīng)性的情況。在其他情況下，所述預(yù)測指標(biāo)可以是一種形式的內(nèi)分泌療法的有效性優(yōu)于另一種內(nèi)分泌療法。這包括確定MGI基因中的一個(gè)、一些或所有基因的表達(dá)水平，作為與它莫西芬或另一種SERM或SERD相比，對(duì)芳香酶抑制劑(Al)具有更高反應(yīng)性的指標(biāo)的方法。所述方法可以包括鑒定一個(gè)或所有5個(gè)MGI基因的高表達(dá)，這表示對(duì)AI比它莫西芬更高反應(yīng)性的可能性。AI的非限制性實(shí)例包括非類固醇類抑制劑(如來曲唑(letrozole)和阿那曲唑 (anastrozole))和不可逆類固醇類抑制劑(如依西美坦(exemestane))。在其他情況下，本發(fā)明包括用于使用5個(gè)MGI基因中的一個(gè)或多個(gè)或所有5個(gè)基因的表達(dá)水平作為化療結(jié)果預(yù)測指標(biāo)的組合物和方法?？蛇x地，也檢測H I比率并與MGI 基因組合使用。因此，所述基因的表達(dá)水平可以用于預(yù)測化學(xué)敏感性，諸如對(duì)作為非限制性實(shí)例的紫杉醇/FAC(紫杉醇后續(xù)5-氟尿嘧啶、阿霉素和環(huán)磷酰胺)或紫杉酚(taxol)或蒽環(huán)類治療的化學(xué)敏感性。因此，本發(fā)明包括檢測所有5個(gè)基因的表達(dá)，其中高M(jìn)GI表達(dá)是對(duì)化療(如用作為非限制性實(shí)例的紫杉醇/FAC的術(shù)后治療(手術(shù)后介入))的完全病理反應(yīng) (pCR)可能性提高的指標(biāo)。作為非限制性實(shí)例，所述檢測可以是針對(duì)來自用于對(duì)象中癌癥診斷的含有樣本的術(shù)前細(xì)胞的癌細(xì)胞中表達(dá)的。另外，所述方法可以包括對(duì)所述5個(gè)MGI基因的任意子集、直至所述基因中的任何一個(gè)基因的檢測，作為對(duì)化療敏感性或抗性的預(yù)測指標(biāo)。所述方法還包括將對(duì)象鑒定為很可能或不大可能經(jīng)受pCR的，并可選地進(jìn)一步包括根據(jù)預(yù)期結(jié)果調(diào)整對(duì)該對(duì)象的治療方式。作為非限制性實(shí)例，確定PCR的低可能性可以用于確定用諸如紫杉醇/FAC的化療治療的適宜性或選擇化療治療。作為另一種非限制性實(shí)例，確定PCR的高可能性可以用于確定省略化療(如省略紫杉醇/FAC)的適宜性或選擇省略化療，傾向于其他治療方式，如包括諸如放療的術(shù)后治療的乳房切除術(shù)。本發(fā)明還包括將5個(gè)MGI基因中的一個(gè)或多個(gè)基因、或所有5個(gè)基因的表達(dá)水平用作對(duì)于放療的癌癥反應(yīng)性(敏感性)的預(yù)測指標(biāo)的組合物和方法。可選地，也檢測H I 比率并與MGI基因組合使用。因此，高M(jìn)GI表達(dá)可以用于預(yù)測乳癌患者對(duì)放療(如手術(shù)后介入)的反應(yīng)性。因此，本發(fā)明包括檢測所有5個(gè)基因的表達(dá)，其中高M(jìn)GI表達(dá)是對(duì)放療術(shù)后敏感性的指標(biāo)。作為一種非限制性實(shí)例，所述癌細(xì)胞可以是來自用于對(duì)象中癌癥診斷的術(shù)前組織學(xué)樣本的細(xì)胞。另外，所述方法可以包括檢測所述5個(gè)MGI基因的任何子集、直至所述基因中的任何一個(gè)基因，作為對(duì)放療反應(yīng)性的預(yù)測指標(biāo)。所述方法可以進(jìn)一步包括將對(duì)象鑒定為手術(shù)介入后對(duì)放療很可能具有反應(yīng)性或不大可能具有反應(yīng)性的，并可選地進(jìn)一步包括根據(jù)預(yù)期結(jié)果調(diào)整該對(duì)象的治療方式。作為一種非限制性實(shí)例，確定對(duì)手術(shù)后放療反應(yīng)性(敏感性)的可能性可以用于確定放療的適宜性或選擇放療。作為另一種非限制性實(shí)例，確定對(duì)手術(shù)后放療反應(yīng)性(敏感性)的低可能性可以用于確定省略放療或選擇省略放療，可選地傾向于化療。


圖1，A部分，顯示了通過無監(jiān)督主成分分析(unsupervised principle component analysis)將5_基因表達(dá)譜合并成單一指標(biāo)評(píng)分(分子等級(jí)指標(biāo)或MGI)。該MGI與腫瘤等級(jí)高度相關(guān)。圖1，B部分，顯示了對(duì)整個(gè)數(shù)據(jù)集的基于模型的MGI聚類，產(chǎn)生雙峰分布， 其中自然分界點(diǎn)約為0。這一分界點(diǎn)將大部分等級(jí)1和等級(jí)3腫瘤正確分類(89%總精確度)，并將等級(jí)2腫瘤分為兩組(在低和高M(jìn)GI組中分別為59%和41% )。圖1的C部分中在MGI值彡0和> 0的基礎(chǔ)上將等級(jí)2腫瘤對(duì)象在12年內(nèi)的存活概率作圖，以顯示MGI 的預(yù)后性能力。圖2顯示了 MGI和GGI與腫瘤等級(jí)和臨床結(jié)果相關(guān)性的對(duì)比。A-C部分顯示了在 Uppsala隊(duì)列中所述5基因表達(dá)圖譜與GGI的對(duì)比，而D-F部分對(duì)應(yīng)于斯德哥爾摩隊(duì)列。A和 D部分是用于區(qū)分等級(jí)1和等級(jí)3腫瘤的MGI和GGI的接受者操作特性(ROC)曲線分析。B-F 部分顯示了表示依據(jù)MGI或GGI狀態(tài)(高對(duì)低)的乳癌特異性死亡概率的Kaplan-Meier 存活曲線。圖3顯示了 TRANSBIG隊(duì)列中依據(jù)76-基因預(yù)后標(biāo)簽或MGI的Kaplan-Meier存活曲線。A和B部分是針對(duì)所有患者的。C和D部分對(duì)應(yīng)于ER+腫瘤等級(jí)1或2亞組。圖4顯示了 MGH隊(duì)列中通過RT-PCR iTaqManTM檢測法確定的MGI。A部分說明了 MGI與腫瘤等級(jí)的相關(guān)性。B-D部分顯示了依據(jù)所有患者(B部分)、淋巴結(jié)陰性(C部分) 或淋巴結(jié)陽性(D部分)患者M(jìn)GI的無遠(yuǎn)距離轉(zhuǎn)移生存率的Kaplan-Meier分析。圖5顯示了在MGH隊(duì)列中依據(jù)MGI (A部分)、H I比率(B部分)、或通過組合MGI 和H I比率(C部分)產(chǎn)生的3個(gè)組(低、中等和高風(fēng)險(xiǎn))、或Oxford隊(duì)列中相同的三個(gè)風(fēng)險(xiǎn)組(D部分)的無遠(yuǎn)距離轉(zhuǎn)移存活率的Kaplan-Meier分析。圖5E顯示了在表1隊(duì)列中MGI和H I比率之間的交互作用。對(duì)隊(duì)列中的淋巴結(jié)陰性內(nèi)分泌療法或內(nèi)分泌療法+ 化療治療患者(n = 93)進(jìn)行了 MGI和H I比率之間交互作用的分析。MGI最適用于在高 Η0ΧΒ13 :IL17BR患者中預(yù)測遠(yuǎn)距離轉(zhuǎn)移，類似地，H I比率在高M(jìn)GI患者中最適用。圖6顯示了在表1隊(duì)列的淋巴結(jié)陰性內(nèi)分泌療法患者中通過實(shí)時(shí)RT-PCR確定的 H I比率和MGI與ER、PR和HER2表達(dá)的相關(guān)性。X軸是通過H I比率、MGI或它們的組合確定的組。Y軸是如標(biāo)識(shí)的ER、PR或HER2的相對(duì)表達(dá)水平。圖7顯示了在最后隊(duì)列中MGI和H I比率之間的交互作用。與表1的隊(duì)列類似， MGI和H I比率相互提供額外的預(yù)后信息。在兩種指標(biāo)中都具有高值的的腫瘤與僅具有一個(gè)高值的腫瘤相比，與差得多的結(jié)果相關(guān)聯(lián)。圖8顯示了使用MGI以更精確地將根據(jù)Gallen方案區(qū)分的中等和低風(fēng)險(xiǎn)人群鑒定為高、中等和低風(fēng)險(xiǎn)人群。圖9說明了 MGI值2. 1的假定結(jié)果及其與5年內(nèi)19%的癌癥復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)的相關(guān)性。圖10顯示了按照臨床治療或缺乏臨床治療的通過MGI的患者分級(jí)的 Kaplan-Meier曲線分析。A欄顯示了沒有接受全身性治療的患者的結(jié)果。B欄顯示了僅接受了內(nèi)分泌療法的患者的結(jié)果。HR=由單因素Cox回歸分析得到的風(fēng)險(xiǎn)比，并且ρ值通過對(duì)數(shù)秩檢驗(yàn)(log-rank test)獲得。圖11顯示了 MGI對(duì)化療敏感性的預(yù)測能力。圖12顯示了按照更年期前或更年期后狀態(tài)通過MGI的患者分級(jí)的Kaplan-Meier 曲線分析。A欄顯示了更年期后婦女(年齡>50)的結(jié)果。B欄顯示了更年期前婦女的(年齡<50)的結(jié)果。HR=由單因素Cox回歸分析得到的風(fēng)險(xiǎn)比，并且ρ值通過對(duì)數(shù)秩檢驗(yàn)獲得。發(fā)明實(shí)施方式的詳細(xì)描述這里所使用的術(shù)語的定義基因表達(dá)“圖案”或“圖譜”或“標(biāo)簽”是指在兩種或多種臨床結(jié)果、癌癥結(jié)果、癌癥復(fù)發(fā)和或生存結(jié)果之間與能夠區(qū)分所述結(jié)果相關(guān)的一個(gè)或多個(gè)基因的相對(duì)表達(dá)。在一些情況下，所述結(jié)果是乳癌的結(jié)果?！盎颉笔蔷幋a了一種離散產(chǎn)物的一個(gè)多核苷酸，所述產(chǎn)物可以是RNA或蛋白質(zhì)性質(zhì)的。應(yīng)當(dāng)認(rèn)識(shí)到，一種離散產(chǎn)物可以由一個(gè)以上的多核苷酸編碼。根據(jù)染色體定位和在正常有絲分裂過程中重組的能力，該術(shù)語包括等位基因和編碼了相同產(chǎn)物、或其功能上相關(guān)(包括功能的獲得、丟失或調(diào)節(jié))類似物的一個(gè)基因的多態(tài)形式。術(shù)語“與...相關(guān)”或“相關(guān)”或其等價(jià)語是指通過如本發(fā)明所述的方法加以鑒定的一個(gè)或多個(gè)基因的表達(dá)與細(xì)胞的一種生理狀態(tài)有關(guān)，以排除一種或多種其他狀態(tài)。一個(gè)基因可以以較高或較低水平表達(dá)，并仍與一種或多種癌癥狀態(tài)或結(jié)果相關(guān)?！岸嗪塑账帷笔侨魏伍L度的核苷酸的聚合物形式，可以是核糖核苷酸或脫氧核糖核苷酸。這一術(shù)語僅指所述分子的初級(jí)結(jié)構(gòu)。因此，這一術(shù)語包括雙鏈和單鏈的DNA和RNA。 它也包括已知類型的修飾和無修飾形式的多核苷酸，這些修飾包括本領(lǐng)域內(nèi)已知的標(biāo)簽、 “帽”結(jié)構(gòu)、用一種類似物取代一個(gè)或多個(gè)天然核苷酸、以及諸如無電荷聯(lián)接(如硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯等等)的核苷酸間修飾。按照寬泛含義使用的術(shù)語“擴(kuò)增”表示可以用DNA或RNA聚合酶以酶學(xué)方式實(shí)現(xiàn)擴(kuò)增產(chǎn)物的創(chuàng)建。這里所使用的“擴(kuò)增”通常是指產(chǎn)生所需序列(尤其是樣本的所需序列) 的多拷貝的過程?！岸嗫截悺笔侵钢辽賰蓚€(gè)拷貝。“拷貝”不一定表示與模板序列的完全互補(bǔ)或一致?！跋鄳?yīng)的”是指一個(gè)核酸分子與另一個(gè)核酸分子共享充分?jǐn)?shù)量的序列一致性。充分?jǐn)?shù)量表示至少95%、通常至少98%、更常見至少99%，且序列一致性是通過Altschul等 (1990)，J. Mol. Biol. 215 :403-410(使用公布的默認(rèn)設(shè)置，即參數(shù)w = 4，t = 17)所述的 BLAST算法確定的。擴(kuò)增mRNA的方法是本領(lǐng)域內(nèi)熟知的，并包括逆轉(zhuǎn)錄PCR(RT-PCR)和美國專利申請(qǐng)10/062，857 (2001年10月25日提交)、美國臨時(shí)專利申請(qǐng)60/298，847 (2001年 6月15日提交)和60/257，801 (2000年12月22日提交)中所述的內(nèi)容，所有這些文獻(xiàn)通過參考完整地結(jié)合在本申請(qǐng)中。可以使用的另一種方法是定量PCR(或Q-PCR)。另外，RNA 可以通過本領(lǐng)域內(nèi)已知的方法以相應(yīng)的cDNA的形式直接標(biāo)記?！拔㈥嚵小睂?shí)在諸如但不限于玻璃、塑料或合成膜的固體支撐物表面上形成的優(yōu)選離散區(qū)域的線性或二維陣列，其中每個(gè)區(qū)域具有定義的面積。微陣列上所述離散區(qū)域的密度是由單一固相支撐物表面上待檢測的全部數(shù)量的固定化多核苷酸決定的，優(yōu)選至少約 50/厘米2，更優(yōu)選至少約100/厘米2，更優(yōu)選至少約500/厘米2，但優(yōu)選低于約1，000/厘米2。優(yōu)選地，所述陣列總共包含少于約500、約1000、約1500、約2000、約2500、或約3000 個(gè)固定化的多核苷酸。如這里所使用的，DNA微陣列是放置在用于與來自樣本的擴(kuò)增的或克隆的多核苷酸雜交的芯片或其他表面上的寡核苷酸或多核苷酸的陣列。由于該陣列中每組具體引物的位置是已知的，在其與該微陣列中一個(gè)具體位置結(jié)合的基礎(chǔ)上，可以確定樣本多核苷酸的特征。因?yàn)楸景l(fā)明依賴于過表達(dá)或低表達(dá)基因的鑒定，本發(fā)明的一種實(shí)施方式涉及通過樣本細(xì)胞的mRNA、或其擴(kuò)增或克隆形式與對(duì)于一個(gè)具體基因序列具有唯一性的多核苷酸的雜交確定表達(dá)。優(yōu)選的此類多核苷酸含有沒有在其他基因序列中發(fā)現(xiàn)的一個(gè)基因序列的至少約20、至少約22、至少約對(duì)、至少約沈、至少約觀、至少約30、或至少約32個(gè)連續(xù)堿基對(duì)。 上一句中使用的術(shù)語“約”是指對(duì)所陳述的數(shù)值增加或減少1。更優(yōu)選的是沒有在其他基因序列中發(fā)現(xiàn)的一個(gè)基因序列的至少約50、至少約100、至少約150、至少約200、至少約250、 至少約300、至少約350、或至少約400個(gè)堿基對(duì)。上一句中使用的術(shù)語“約”是指對(duì)所陳述的數(shù)值增加或減少10%。這樣的多核苷酸也可以稱為多核苷酸探針，它們能夠與這里所述的基因序列或其唯一性的部分雜交。優(yōu)選地，所述序列是由所述基因編碼的mRNA序列、與這樣的mRNA對(duì)應(yīng)的cDNA序列、和/或這樣的序列的擴(kuò)增形式。在本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式中，所述多核苷酸探針在陣列上、其他裝置上、或在定位所述探針的單獨(dú)的點(diǎn)中固定化。在本發(fā)明的另一實(shí)施方式中，通過諸如聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)及其變化形式(諸如但不限于定量PCR、逆轉(zhuǎn)錄PCR、以及實(shí)時(shí)PCR、可選地實(shí)時(shí)RT-PCR)可以對(duì)所公開序列的全部或部分進(jìn)行擴(kuò)增和檢測。這樣的方法會(huì)采用與所公開的序列的一部分互補(bǔ)的一個(gè)或兩個(gè)引物，其中所述引物用于引導(dǎo)核酸合成。可選地對(duì)新合成的核酸進(jìn)行標(biāo)記并可以直接或通過與本發(fā)明的多核苷酸雜交進(jìn)行檢測。新合成的核酸可以在允許其雜交的條件下與本發(fā)明的多核苷酸(含有序列)接觸。另外，在本發(fā)明的另一實(shí)施方式中，可以通過使用對(duì)所述細(xì)胞樣本中單獨(dú)的基因產(chǎn)物(蛋白質(zhì))的一個(gè)或多個(gè)表位特異性的一種或多種抗體分析感興趣的細(xì)胞樣本中所表達(dá)的蛋白質(zhì)來確定基因表達(dá)。這樣的抗體優(yōu)選加以標(biāo)記，使其結(jié)合基因產(chǎn)物后易于檢測。術(shù)語“標(biāo)記”是指能夠產(chǎn)生指示所述標(biāo)記分子存在的可檢測信號(hào)的組合物。適當(dāng)?shù)臉?biāo)記包括放射性同位素、核苷發(fā)色基團(tuán)、酶、底物、熒光分子、化學(xué)發(fā)光部分、磁顆粒、生物發(fā)光部分等等。因此，標(biāo)記是可以通過分光光度、光化學(xué)、生物化學(xué)、免疫化學(xué)、電學(xué)、光學(xué)或化學(xué)手段檢測的任何組合物。術(shù)語“支撐物”是指諸如珠、顆粒、量桿、纖維、濾紙、膜的常規(guī)支撐物以及諸如玻片的硅烷或硅酸鹽支撐物。如這里所使用的，“癌組織樣本”或“癌細(xì)胞樣本”是指含有從患有相應(yīng)癌癥的個(gè)體中分離的組織樣本的細(xì)胞。所述樣本可以來自通過外科程序(如活組織切片)取出的材料。這樣的樣本是初級(jí)分離物(不同于培養(yǎng)的細(xì)胞)，并可以通過本領(lǐng)域內(nèi)認(rèn)可的任何適當(dāng)方法收集。在一些實(shí)施方式中，所述“樣本”可以通過非入侵性方法(包括但不限于磨蝕、 細(xì)針抽吸)收集。“乳房組織樣本”或“乳房細(xì)胞樣本”是指從疑似患有乳癌或具有乳癌發(fā)生風(fēng)險(xiǎn)的個(gè)體中分離的乳房組織或體液的樣本。這樣的樣本是初級(jí)分離物(與培養(yǎng)的細(xì)胞不同)， 并可以通過任何非入侵性方法(包括但不限于導(dǎo)管灌洗、細(xì)針抽吸、穿刺活檢、美國專利 6，328，709中所述的裝置和方法或本領(lǐng)域內(nèi)認(rèn)可的任何其他適當(dāng)?shù)姆椒?收集。另外，所述 “樣本”可以通過入侵性方法(包括但不限于外科活組織檢查)收集。“表達(dá)”和“基因表達(dá)”包括核酸材料的轉(zhuǎn)錄和/或翻譯。當(dāng)然，如果這樣指出了， 該術(shù)語也可以限制為僅表示核酸的轉(zhuǎn)錄。如這里所使用的，術(shù)語“包含”及其同類詞以其包括性含義使用；即等同于術(shù)語“包括”及其相應(yīng)的同類詞?！霸试S”事件發(fā)生的條件或“適于”事件發(fā)生(如雜交、鏈延伸等等)的條件、或“適當(dāng)?shù)摹睏l件，是指不阻礙這樣的事件發(fā)生的條件。因此，這些條件允許、增強(qiáng)、有助于、和/或有益于所述事件。本領(lǐng)域內(nèi)已知的并在這里描述的這樣的條件依賴于例如核苷酸序列的性質(zhì)、溫度以及緩沖條件。這些條件也依賴于什么事件是所希望的，如雜交、切割、鏈延伸或轉(zhuǎn)錄。如這里所使用的，序列“突變”是指與參照序列相比，這里所公開的一個(gè)基因的序列中的任何序列改變。序列突變包括單個(gè)核苷酸改變、或由于諸如替代、缺失或插入等機(jī)制引起的序列中一個(gè)以上核苷酸的改變。單核苷酸多態(tài)性(SNP)也是這里所使用的一種序列突變。因?yàn)楸景l(fā)明基于基因表達(dá)的相對(duì)水平，如這里所公開的基因非編碼區(qū)內(nèi)的突變也可以在本發(fā)明的實(shí)踐中進(jìn)行檢測?！皺z測”包括任何檢測手段，這包括對(duì)基因表達(dá)和其中變化的直接和間接檢測。例如，可以直接或間接觀察“較少可檢測”產(chǎn)物，并且該術(shù)語表示任何減少(包括不存在可檢測信號(hào))。類似地，“較多可檢測”產(chǎn)物是指任何增加(無論直接或間接觀察)。通過以下基于與正常細(xì)胞中表達(dá)相比的百分比或倍數(shù)改變的術(shù)語對(duì)所公開序列的表達(dá)的增加和減少進(jìn)行定義。增加可以是相對(duì)與正常細(xì)胞中表達(dá)水平的10、20、30、40、 50、60、70、80、90、100、120、140、160、180、或200%的增加。另外，倍數(shù)增加可以是相對(duì)于正常細(xì)胞中表達(dá)水平的 1、1· 5、2、2· 5、3、3· 5、4、4· 5、5、5· 5、6、6· 5、7、7· 5、8、8. 5、9、9· 5、或 10 倍。減少可以是相對(duì)于正常細(xì)胞中表達(dá)水平的10、20、30、40、50、55、60、65、70、75、80、82、 84、86、88、90、92、94、96、98、99 或 100%。除非另有定義，這里所使用的所有技術(shù)和科學(xué)術(shù)語具有本發(fā)明所屬技術(shù)領(lǐng)域內(nèi)普通技術(shù)人員所通常理解的相同含義。鍵本發(fā)明中，通過數(shù)據(jù)推動(dòng)和知識(shí)推動(dòng)手段，開發(fā)了一種5基因腫瘤等級(jí)標(biāo)簽 (MGI)，并在穩(wěn)定的RT-PCR檢測法中得以實(shí)現(xiàn)。所述MGI的一個(gè)重要特征是其計(jì)算不涉及集中于臨床結(jié)果的復(fù)雜的加權(quán)。相反，它是腫瘤等級(jí)的分子關(guān)聯(lián)指標(biāo)并由腫瘤等級(jí)推導(dǎo)其預(yù)后性能力(所謂的“顛倒”手段)。MGI相對(duì)于組織學(xué)腫瘤等級(jí)的優(yōu)勢是雙重的。首先， 與GGI —樣，它將等級(jí)2腫瘤劃分至等級(jí)1類或等級(jí)3類，這消除了病理腫瘤分級(jí)的大部分模糊性。第二，并且由于基于RT-PCR的檢測法可以在臨床實(shí)驗(yàn)室中標(biāo)準(zhǔn)化，它也消除了與病理分級(jí)相關(guān)的主觀性和觀察者間/觀察者內(nèi)可變性。公開的結(jié)果也顯示，通過同時(shí)考察H I比率可以增強(qiáng)MGI的預(yù)后精確性，反之亦然，這提出了一種將患者劃分入3個(gè)風(fēng)險(xiǎn)組的簡單算法。如所觀察到的H I比率但不是 MGI與雌激素信號(hào)相關(guān)這一結(jié)果所示，MGI和H I比率看來代表了乳癌中兩種不同的預(yù)后模塊。除了其預(yù)后能力，MGI和H I比率也分別是化療和內(nèi)分泌療法的治療收益的潛在預(yù)測因素。高腫瘤等級(jí)或有絲分裂指標(biāo)預(yù)示在淋巴結(jié)陰性乳癌患者中化療的受益。類似地，已經(jīng)顯示，復(fù)發(fā)評(píng)分算法(Recurrence Score algorithm)中基因的增殖組在ER+淋巴結(jié)陰性患者中預(yù)示化療收益。事實(shí)上，高M(jìn)GI預(yù)示用術(shù)前紫杉醇后續(xù)5-氟尿嘧啶、阿霉素和環(huán)磷酰胺治療的ER+乳癌患者中的完全病理反應(yīng)。H I比率的兩個(gè)最近的研究顯示了其作為除雌激素和孕酮受體之外的新的激素反應(yīng)性生物標(biāo)記的潛力。在一復(fù)發(fā)乳癌的研究中，低H I與對(duì)主要的它莫西芬治療的反應(yīng)高度相關(guān)。類似地，在對(duì)來自比較它莫西芬治療2年和5年的前瞻性隨機(jī)分組臨床試驗(yàn)的腫瘤樣本的分析中，低H0XB13或低H I比率有效預(yù)測了延長它莫西芬治療的益處。這些結(jié)果與雌激素反向調(diào)節(jié)H0XB13并正向調(diào)節(jié)IL17BR表達(dá)這一觀察結(jié)果吻合。因此，在ER+ 腫瘤中，可以將高H0XB13或H I指標(biāo)視為雌激素信號(hào)障礙的標(biāo)志。MGI和H I比率的雙重功能在用于早期階段乳癌的治療方法選擇的最新O005) Gallen共識(shí)指引中尤其相關(guān)。St. (fallen指引將ER+淋巴結(jié)陰性乳癌患者分為低風(fēng)險(xiǎn)和
中等風(fēng)險(xiǎn)組，其中大部分屬于中等風(fēng)險(xiǎn)組。是否對(duì)中等風(fēng)險(xiǎn)組中的一些患者不使用化療是一個(gè)重要的治療決定，這是兩個(gè)新的前瞻性臨床試驗(yàn)所針對(duì)的問題。在這里所述的表1的隊(duì)列中，使用St. (fallen指引導(dǎo)致將86%的患者歸入中等風(fēng)險(xiǎn)組，這可以通過MGI和H I 比率再次劃分為低(43% )、中等(26% )或高(31% )風(fēng)險(xiǎn)。
低風(fēng)險(xiǎn)患者良好的無疾病生存概率提示，他們可能可以免受有毒性的化療而不危害其預(yù)后，而對(duì)高風(fēng)險(xiǎn)組應(yīng)當(dāng)加入更高強(qiáng)度的化療方案或新的治療劑。因此，可以向已有的指引添加基于MGI和H I比率的風(fēng)險(xiǎn)分類及其各自的預(yù)測能力，以更好地平衡現(xiàn)有治療方式的風(fēng)險(xiǎn)-收益比。因此，本發(fā)明包括一種作為ER+乳癌中強(qiáng)有力的預(yù)后因素的經(jīng)證實(shí)的MGI0此夕卜， 可以組合MGI和H I比率以提供比任意一種單獨(dú)所能提供的更精確的預(yù)后信息。通過這兩種生物標(biāo)記對(duì)具有非常糟糕的結(jié)果的患者子集的鑒定有助于針對(duì)這些具有高M(jìn)GI和高 HI比率的癌癥的臨床試驗(yàn)設(shè)計(jì)。MGI所公開的其表達(dá)與具體腫瘤等級(jí)相關(guān)的基因提供了將基因表達(dá)分析僅集中于那些有助于確定一個(gè)對(duì)象相對(duì)于另一個(gè)對(duì)象而言很可能具有特定的預(yù)后或臨床結(jié)果的能力的基因的能力。癌癥細(xì)胞中其他基因的表達(dá)可能相對(duì)地不能提供與這些識(shí)別相關(guān)的信息， 并因而不能對(duì)此有所幫助。為了在本發(fā)明的實(shí)踐中確定基因的表達(dá)水平，可以采用本領(lǐng)域內(nèi)已知的任何方法。在一些實(shí)施方式中，使用了基于檢測與這里所鑒定并公開的基因雜交的RNA的表達(dá)。這可以通過本領(lǐng)域內(nèi)已知或認(rèn)為等價(jià)的任何RNA檢測或擴(kuò)增+檢測方法方便地實(shí)現(xiàn)，這些方法諸如但不限于逆轉(zhuǎn)錄PCR、美國專利申請(qǐng)No. 10/062,857(2001年10月25日提交)和美國臨時(shí)專利申請(qǐng)60/298，847 (2001年6月15日提交)及60/257，801 (2000年12月22日提交)中公開的方法、以及檢測RNA穩(wěn)定化或去穩(wěn)定化序列的存在或缺失的方法。另外，可以使用基于檢測DNA狀態(tài)的表達(dá)。對(duì)所鑒定基因的DNA的甲基化或缺失的檢測可以用于表達(dá)減少的基因。這可以通過基于本領(lǐng)域內(nèi)已知方法的PCR方便地實(shí)現(xiàn)， 這些方法包括但不限于Q-PCR。相反地，對(duì)所鑒定基因的擴(kuò)增的檢測可以用于與具體乳癌結(jié)果相關(guān)的表達(dá)提高的基因。這可以通過本領(lǐng)域內(nèi)已知的基于PCR的方法、熒光原位雜交 (FISH)和染色體原位雜交(CISH)方法方便地實(shí)現(xiàn)。也可以使用基于蛋白質(zhì)水平或活性的存在、提高或減少的檢測的表達(dá)?？梢酝ㄟ^本領(lǐng)域內(nèi)已知的并認(rèn)為適于蛋白質(zhì)檢測的任何基于免疫組化(IHC)的、基于血液的(尤其對(duì)于分泌蛋白質(zhì))、基于抗體的(包括針對(duì)該蛋白質(zhì)的自身抗體)、基于脫落細(xì)胞(來自癌) 的、基于質(zhì)譜的、以及基于成像(包括使用標(biāo)記的配體)的方法進(jìn)行檢測?；诳贵w和成像的方法額外可以用于對(duì)通過非入侵性程序(如導(dǎo)管灌洗或細(xì)針抽吸)所獲得的細(xì)胞進(jìn)行癌癥確定后的腫瘤定位，其中癌細(xì)胞的來源是未知的。標(biāo)記的抗體或配體可以用于患者中癌的定位。使用基于核酸的檢測法以確定表達(dá)的一種實(shí)施方式是通過將這里所鑒定的基因的一個(gè)或多個(gè)序列固定化在固體支撐物上，所述固體支撐物包括但不限于如本領(lǐng)域內(nèi)已知的陣列、小珠或基于小珠的技術(shù)的固體支撐物。另外，也可以使用本領(lǐng)域內(nèi)已知的基于溶液的表達(dá)檢測法。固定化的基因可以是具有唯一性或以其它方式對(duì)所述基因具有特異性的多核苷酸形式的，從而使得該多核苷酸可能能與所述基因相應(yīng)的DNA或RNA雜交。這些多核苷酸可以是所述基因的全長或所述基因的短序列(通過本領(lǐng)域內(nèi)已知的從序列的5’或3’端刪除直至比全長序列短一個(gè)核苷酸)，這樣的短序列可選地最低程度產(chǎn)生妨礙(如由于錯(cuò)配或插入的非互補(bǔ)堿基對(duì))，從而不影響與所述基因相應(yīng)的DNA或RNA的雜交。在一些情況下，所使用的多核苷酸來自基因的3’末端，如距離基因或表達(dá)序列的聚腺苷化信號(hào)或聚腺苷化位點(diǎn)約350、約300、約250、約200、約150、約100或約50個(gè)核苷酸范圍內(nèi)。也可以使用含有相對(duì)于所公開基因序列的突變的多核苷酸，只要所述突變的存在仍允許雜交以產(chǎn)生可檢測信號(hào)。固定化的基因可以用于確定由癌癥樣本或樣本對(duì)象(例如獲得樣本的患者)的結(jié)果未知的乳房細(xì)胞所制備的核酸樣本的狀態(tài)或用于證實(shí)已經(jīng)對(duì)樣本對(duì)象作出判斷的結(jié)果。 不限于本發(fā)明，這樣的細(xì)胞可以來自具有ER+乳癌的患者。固定化的多核苷酸僅需要足以在適當(dāng)條件下與源于所述樣本的相應(yīng)核酸分子特異性雜交。本發(fā)明部分建立在諸如采用來自FFPE組織、冷凍樣本或新鮮樣本的癌癥樣本的基于基因表達(dá)的預(yù)后因素和臨床結(jié)果和腫瘤等級(jí)預(yù)測指標(biāo)這一發(fā)現(xiàn)的基礎(chǔ)上。這些基因的表達(dá)水平如這里所述的與腫瘤等級(jí)和臨床結(jié)果以及確定對(duì)象預(yù)后相關(guān)。所鑒定的基因具有如下的細(xì)胞周期內(nèi)功能和報(bào)道的峰值表達(dá)
基因 BUBlB CENPA NEK2
表達(dá)峰值 G2/M G2/M G2/M
RACGAP1未確定 RRM2 S
在細(xì)胞周期中的功能有絲分裂紡錘體裝配檢查點(diǎn)著絲粒裝配中心體復(fù)制啟動(dòng)細(xì)胞漿移動(dòng) DNA復(fù)制這些基因的序列已經(jīng)在本領(lǐng)域內(nèi)報(bào)道并進(jìn)行了特征描述。例如，人BUBlB基因被鑒定為Unigene Hs. 631699，其在2007年9月6日通過273個(gè)相應(yīng)序列加以特征描述。也在同一天，人CENPA、NEK2、RACGAP1和RRM2基因被分別鑒定為Hs. 1594 (1 個(gè)相應(yīng)序列)、Hs. 153704 (221個(gè)相應(yīng)序列)、Hs. 696319 (349個(gè)相應(yīng)序列)和Hs. 226390 (1348 個(gè)相應(yīng)序列)。對(duì)應(yīng)于這些Unigene標(biāo)識(shí)符中每一個(gè)的序列通過參考完整地整合在本申請(qǐng)中并可由精通本領(lǐng)域的人員以適當(dāng)方式用于本發(fā)明的實(shí)踐。在序列表中公開了鑒定為Unigene Hs. 631699的12個(gè)代表性BUBlB mRNA序列中的2個(gè)；在序列表中還公開了鑒定為Unigene Hs. 1594的11個(gè)代表性CENPA mRNA序列中的2個(gè)；在序列表中公開了鑒定為Unigene Hs. 15704的17個(gè)代表性NEK2 mRNA序列中的2 個(gè)；在序列表中公開了鑒定為Unigene Hs. 696319的15個(gè)代表性RACGAP1 mRNA序列中的 2個(gè)；在序列表中公開了鑒定為Unigene Hs. 226390的M個(gè)代表性RRM2 mRNA序列中的2 個(gè)。在列表中公開的序列對(duì)于本發(fā)明的實(shí)踐不是限制性的，而是作為本領(lǐng)域中對(duì)于所公開基因序列的實(shí)際知識(shí)的證據(jù)加以提供。此外，精通本領(lǐng)域的人員完全可以對(duì)這些基因中的每個(gè)基因的任何兩個(gè)或多個(gè)已知序列進(jìn)行比對(duì)，以確定作為鑒定這些基因中每個(gè)基因的區(qū)域的相同的或保守改變的范圍。也對(duì)來自于其他動(dòng)物的相同基因的序列進(jìn)行了鑒定和特征描述。因此，精通本領(lǐng)域的人員清楚地知道如何相對(duì)于其他動(dòng)物基因鑒定所公開的基因。精通本領(lǐng)域的人員也可以選擇性地將所公開基因的已知序列與不同動(dòng)物來源的進(jìn)行比較以鑒定這些基因相對(duì)于其他基因的保守區(qū)域和唯一性序列。類似地，如這里所述的STK15、生存素、細(xì)胞周期蛋白Bl和MYBL2的使用得到精通本領(lǐng)域的人員已知的關(guān)于這些基因和每個(gè)基因代表性序列的先前報(bào)道的支持。精通本領(lǐng)域的人員應(yīng)當(dāng)認(rèn)識(shí)到，上述的一些相應(yīng)序列包含與所公開序列的唯一性無關(guān)的3’聚腺苷(或互補(bǔ)鏈上的聚胸腺嘧啶)片段。因此，本發(fā)明可以用缺失3’聚腺苷 (或聚胸腺嘧啶)片段的序列實(shí)施。所公開序列的唯一性是指僅在所公開基因的核酸中發(fā)現(xiàn)的該序列的一部分或全部，這包括在基因的3’非翻譯部分發(fā)現(xiàn)的唯一序列。實(shí)施本發(fā)明的優(yōu)選唯一性序列是構(gòu)成三個(gè)集合中每個(gè)集合的共有序列的序列，從而使得所述唯一序列可以用于各個(gè)個(gè)體中的表達(dá)檢測，而不是對(duì)一些個(gè)體中存在的多態(tài)性特異的。另外，可以使用對(duì)一個(gè)個(gè)體或分組隊(duì)列唯一的序列。優(yōu)選的唯一序列優(yōu)選具有這里所述的本發(fā)明的多核苷酸的長度。在本發(fā)明的實(shí)施中為了確定上述序列的表達(dá)水平(提高或降低)，可以使用本領(lǐng)域內(nèi)任何已知方法。本發(fā)明的一種實(shí)施方式中，使用了基于檢測與含有上述序列的多核苷酸雜交的RNA的表達(dá)。這可以通過本領(lǐng)域內(nèi)已知的或認(rèn)為等價(jià)的任何RNA檢測或擴(kuò)增+檢測方法方便地實(shí)現(xiàn)，這些方法包括但不限于逆轉(zhuǎn)錄PCR(可選實(shí)時(shí)PCR) ,2001年 10月25日提交的名為“核酸擴(kuò)增”的美國專利申請(qǐng)No. 10/062，857和美國臨時(shí)專利申請(qǐng) 60/298，847(2001年6月15日提交)和60/257，801 (2000年12月22日提交)中公開的方法、美國專利No. 6，291, 170中公開的方法、以及定量PCR。也可以使用鑒定提高的RNA穩(wěn)定性(導(dǎo)致觀察到表達(dá)提高)或降低的RNA穩(wěn)定性(導(dǎo)致觀察到表達(dá)降低)的方法。這些方法包括檢測提高或降低含有所述基因序列的mRNA的穩(wěn)定性的序列。這些方法也包括檢測 mRNA降解的增強(qiáng)。在本發(fā)明的一些實(shí)施方式中，將包含存在于上述序列3’非翻譯和/或非編碼區(qū)中的序列的多核苷酸用于檢測癌或乳房細(xì)胞中的基因序列表達(dá)水平。這樣的多核苷酸可以選擇性地包含存在于上述序列編碼區(qū)3’部分的序列。包含編碼區(qū)和3’非編碼區(qū)的序列組合的多核苷酸優(yōu)選地具有連續(xù)排列的序列，其中沒有插入的異源序列。另外，可以用包含存在于癌或乳房細(xì)胞中的所述基因的5’非翻譯和/或非編碼區(qū)中的序列的多核苷酸實(shí)施本發(fā)明，以檢測其表達(dá)水平。這樣的多核苷酸可以選擇性地包含存在于編碼區(qū)5’部分的序列。含有編碼和5’非編碼區(qū)序列組合的多核苷酸優(yōu)選地具有連續(xù)排列的序列，其中沒有插入的異源序列。也可以用存在于所公開基因編碼區(qū)中的序列實(shí)施本發(fā)明。非限制性多核苷酸包含來自3’或5’非翻譯和/或非編碼區(qū)至少約20、至少約22、 至少約24、至少約26、至少約28、至少約30、至少約32、至少約34、至少約36、至少約38、 至少約40、至少約42、至少約44、或至少約46個(gè)連續(xù)核苷酸的序列。上一句中使用的術(shù)語 “約”是指對(duì)所述數(shù)值增加或減少1。更優(yōu)選的是含有至少或約50、至少或約100、至少或約 150、至少或約200、至少或約250、至少或約300、至少或約350、至少或約400個(gè)連續(xù)核苷酸的序列的多核苷酸。上一句中使用的術(shù)語“約”是指比所述數(shù)值增加或減少10%。存在于本發(fā)明的多核苷酸中來自上述編碼區(qū)的3’或5’末端的序列與上述序列長度相同，除了它們可能受到編碼區(qū)長度的天然限制。編碼區(qū)的3’末端可以包括直至該編碼區(qū)3’ 一半的序列。相反，編碼區(qū)的5’末端可以包括直至該編碼區(qū)5’ 一半的序列。當(dāng)然， 上述序列或包含其部分的編碼區(qū)和多核苷酸可以整體使用。由3’非翻譯和/或非編碼區(qū)及編碼區(qū)的相關(guān)3’末端組合成的多核苷酸可以是至少或約100、至少或約150、至少或約200、至少或約250、至少或約300、至少或約350、或至少或約400個(gè)連續(xù)的核苷酸。優(yōu)選地，所使用的多核苷酸來自基因的3’末端，如距離基因或表達(dá)序列的聚腺苷化信號(hào)或聚腺苷化位點(diǎn)約350、約300、約250、約200、約150、約100、 或約50個(gè)核苷酸范圍內(nèi)?？梢允褂煤邢鄬?duì)于所公開基因序列的突變的多核苷酸，只要所述突變的存在仍然允許雜交以產(chǎn)生可檢測信號(hào)。在本發(fā)明的另一實(shí)施方式中，可以使用含有從上述序列5’和/或3’端刪除核苷酸的多核苷酸。所述刪除優(yōu)選從5’和/或3’端去除1-5、5-10、10-15、15-20、20-25、 25-30、30-35、35-40、40-45、45-50、50-60、60-70、70-80、80-90、90-100、100-125、125-150、 150-175、或175-200個(gè)核苷酸，雖然刪除的程度可能受到所公開序列長度和能夠?qū)⑺龆嗪塑账嵊糜跈z測表達(dá)水平的需要的天然限制。來自以上公開序列3’端的本發(fā)明的其他多核苷酸包括用于定量PCR的引物和可選擇探針。在一些實(shí)施方式中，引物和探針是擴(kuò)增距離基因或表達(dá)序列的聚腺苷化信號(hào)或聚腺苷化位點(diǎn)少于約350、少于約300、少于約250、少于約200、少于約150、少于約100、少于約50個(gè)核苷酸的區(qū)域的序列。在本發(fā)明的其他實(shí)施方式中，可以使用包含以上公開的含3’端的序列的部分的多核苷酸。這樣的多核苷酸可以包含來自所公開序列3’端的至少或約50、至少或約100、至少或約150、至少或約200、至少或約250、至少或約300、至少或約350、至少或約400個(gè)連續(xù)的核苷酸。本發(fā)明也包括用于檢測乳房細(xì)胞中基因表達(dá)的多核苷酸。所述多核苷酸可以包括由存在于以上基因中的序列和與所述序列非天然組合存在的異源序列組合構(gòu)成的較短的多核苷酸。非限制性實(shí)例包括來自克隆載體或存在于用于制備如這里所述的探針或引物的限制性片段中的短序列。如這里所述，本發(fā)明包括其表達(dá)可以用于提供與癌癥相關(guān)的預(yù)后信息的基因的特征鑒定。具體地說，這些基因的表達(dá)水平可以用于與乳癌關(guān)聯(lián)。在一些方法中，所述基因的表達(dá)譜與具有良性或惡性癌癥復(fù)發(fā)和/或生存結(jié)果相關(guān)(并因此可以加以區(qū)分)。在其他實(shí)施方式中，本發(fā)明包括將來自患者的癌細(xì)胞樣本中的基因表達(dá)水平與所述基因表達(dá)圖譜比較，以確定該患者可能的臨床或治療結(jié)果或無干預(yù)情況下的自然生物學(xué)結(jié)果。由于能預(yù)測患者是否很可能會(huì)從特定的治療方式中受益或患者是否更適于另一種治療方式的能力， 本發(fā)明的這些實(shí)施方式可以優(yōu)選地用于滿足重要的未滿足的診斷需求。例如，低H I比率值與一線的它莫西芬治療反應(yīng)高度相關(guān)。并且對(duì)來自比較2年和5年它莫西芬治療的前瞻性隨機(jī)分組臨床試驗(yàn)的腫瘤樣本的分析顯示，低H0XB13或低H0XB13 JL17BR明顯預(yù)測了延長它莫西芬治療的受益。類似地，MGI預(yù)測等級(jí)I相對(duì)于等級(jí)III腫瘤存在的能力能使相關(guān)領(lǐng)域內(nèi)的臨床醫(yī)生選擇適合于這兩個(gè)等級(jí)的癌癥的治療方法。MGI不僅證實(shí)通過其他方法區(qū)分的等級(jí)I 和等級(jí)III，而且可以與H I比率組合，更精確地將已經(jīng)通過其他方法錯(cuò)誤分類的腫瘤劃分為低、中等或高風(fēng)險(xiǎn)。這在圖8中加以說明，其中通過使用公開的MGI和H I比率，充分修正了基于2005 . Gallen方案的分類。因此，本發(fā)明包括將一名患者從具有癌細(xì)胞的患者群中鑒定為屬于具有較好預(yù)后或較差預(yù)后的分組患者群的方法。與具有較差預(yù)后的分組患者群(類似于鑒定為具有等級(jí) III腫瘤的對(duì)象)相比，具有較好預(yù)后的分組隊(duì)列類似于鑒定為具有等級(jí)I腫瘤的對(duì)象。當(dāng)然，所公開的方法在應(yīng)用中不需要表現(xiàn)完美，并且可能一個(gè)特定患者會(huì)被鑒定為具有介于等級(jí)I和III之間的“中間”腫瘤等級(jí)。在此情況下，精通本領(lǐng)域的實(shí)施人會(huì)對(duì)其進(jìn)行相應(yīng)治療。但本發(fā)明仍然提供了用于具有等級(jí)I、中間等級(jí)、或等級(jí)III腫瘤的患者的鑒定的非主觀方法，所述鑒定可以由精通本領(lǐng)域的實(shí)施者用于患者的治療受益。重要的是，所公開的方法可以將其他方法所識(shí)別的“中間”等級(jí)腫瘤區(qū)分為等級(jí)I或等級(jí)III狀態(tài)。這為相應(yīng)的患者分組群提供了巨大的受益，否則會(huì)按照具有“中間”等級(jí)腫瘤加以治療。因此，在一些實(shí)施方式中，通過使用公開的5基因MGI，提供了一種減少“中間”等級(jí)分類數(shù)量的方法。因此，本發(fā)明包括了通過檢測這里所公開的表達(dá)譜確定預(yù)后和/或生存結(jié)果的方法。因此，在先前可能已經(jīng)使用主觀解釋來確定癌癥患者預(yù)后和/或治療的情況下，本發(fā)明提供了客觀的基因表達(dá)圖譜，它可以單獨(dú)或與主觀標(biāo)準(zhǔn)組合使用，提供對(duì)患者結(jié)果(包括生存和癌癥復(fù)發(fā))更精確的評(píng)估。在一些情況下，所述檢測包括檢測BublB的表達(dá)水平，其中所述表達(dá)水平與等級(jí)I或等級(jí)III的腫瘤相關(guān)。所公開的基因被鑒定為與腫瘤等級(jí)和臨床結(jié)果相關(guān)，從而使得其表達(dá)水平與確定患者的治療方案相關(guān)。因此，在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明提供了一種通過確定所述患者預(yù)后來確定癌癥患者治療方式的方法，該方法包括通過檢測來自所述患者癌細(xì)胞樣本的這里所述的表達(dá)水平以確定腫瘤等級(jí)，以及對(duì)具有這樣等級(jí)的腫瘤患者選擇治療方法。在一些情況下，所述檢測包括檢測BublB的表達(dá)水平，其中所述表達(dá)水平與等級(jí)I或等級(jí)III的腫瘤相關(guān)。在一組實(shí)施方式中，本發(fā)明的方法可以包括檢測來自癌癥對(duì)象的癌細(xì)胞樣本的 BublB表達(dá)水平，其中該表達(dá)水平將癌癥相應(yīng)地分為等級(jí)I或等級(jí)III腫瘤，或?qū)⒃搶?duì)象鑒定為具有很可能癌癥復(fù)發(fā)的預(yù)后，或預(yù)測該對(duì)象對(duì)內(nèi)分泌療法、化療或放療的反應(yīng)性。所述檢測可以包括用這里所述的或精通本領(lǐng)域的人員已知的任何適當(dāng)方式測量或檢測或確定所述基因的表達(dá)水平。在許多情況下，所述癌癥是乳癌，且所述對(duì)象是病人。此外，所述癌細(xì)胞可以是腫瘤細(xì)胞和/或來自淋巴結(jié)陰性(癌的淋巴結(jié)陰性)或淋巴結(jié)陽性(癌的淋巴結(jié)陽性)對(duì)象的細(xì)胞。當(dāng)然，所述方法可以與檢測MGI其他基因中的一個(gè)或多個(gè)基因共同實(shí)施，其中組合使用的基因的表達(dá)水平如本方法所提供的用于分類、鑒定或預(yù)測。表達(dá)水平的必需水平可以是針對(duì)所使用的基因通過這里所述的方法可以鑒定的水平。此外，所述檢測可以包括從樣本制備RNA，可選地用于PCR(聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng))或這里所述的其他分析方法。PCR方法可選地是RT-PCR(逆轉(zhuǎn)錄PCR)或定量PCR，如實(shí)時(shí)RT-PCR。另外，所述檢測可以通過使用陣列進(jìn)行，如相關(guān)領(lǐng)域內(nèi)已知的微陣列?？蛇x地，所述癌細(xì)胞樣本從由所述對(duì)象中取出或獲得的組織上剖開。如這里所述的，可以使用各種樣本類型，包括作為非限制性實(shí)例的福爾馬林固定的石蠟包埋(FFPE)樣本。并且如這里所述的，所述方法可以包括如這里所公開的檢測或確定樣本中的H I比率(HoxB 13和ILl7BR表達(dá)水平之比)。作為非限制性實(shí)例，如這里所公開的，可以檢測MGI的所有5個(gè)基因并用于檢測對(duì)應(yīng)于“高風(fēng)險(xiǎn)”值(大于分界值)MGI的表達(dá)水平，或用于檢測對(duì)應(yīng)于“低風(fēng)險(xiǎn)”值(等于或低于分界值)MGI的表達(dá)水平。在一些情況下，MGI分界閥值可以是0，這樣其中表達(dá)水平的測量值用標(biāo)準(zhǔn)偏差1對(duì)0進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化。在其他實(shí)施方式中，所述分界值可以等于或約0. 05，等于或約0. 10、等于或約0. 15、等于或約0. 20、等于或約0. 25、等于或約-0. 05、 等于或約-0. 10、等于或約-0. 15、等于或約-0. 20、等于或約-0. 25、等于或約-0. 30、等于或約-0. 35、等于或約-0. 40、等于或約-0. 45、等于或約-0. 50、等于或約-0. 55、等于或約-0. 60、等于或約-0. 65、等于或約-0. 70、等于或約-0. 75、等于或約-0. 80、等于或約-0. 85、等于或約-0. 90、等于或約-0. 95、等于或約-1. 0、等于或約-1. 1、等于或約-1. 2、 等于或約-1. 3、等于或約-1. 4、等于或約-1. 5、等于或約-1. 6、等于或約-1. 7、等于或約-1.8、等于或約-1.9、等于或約-2.0或更低。對(duì)于H I比率，其確定可以如這里所參考的Ma等Q004)和Ma等Q006)中所述的進(jìn)行。例如，0. 06的值可以用于確定樣本是否具有“高風(fēng)險(xiǎn)”(> 0. 06)或“低風(fēng)險(xiǎn)”(< 0. 06)H I比率。這樣，通過使用作為包含所有5個(gè)基因的MGI的非限制性實(shí)例的閥值或分界值0， 所公開的方法為一個(gè)特定樣本提供了兩種可能的檢測結(jié)果“高風(fēng)險(xiǎn)MGI”對(duì)應(yīng)于高于0的值，“低風(fēng)險(xiǎn)MGI”對(duì)應(yīng)于小于等于0的值?！案唢L(fēng)險(xiǎn)MGI”是包括乳癌在內(nèi)的“高風(fēng)險(xiǎn)”癌的指標(biāo)，這與通過本領(lǐng)域內(nèi)已知的方法和標(biāo)準(zhǔn)定義的等級(jí)III腫瘤類似。“低風(fēng)險(xiǎn)MGI”是包括乳癌在內(nèi)的“低風(fēng)險(xiǎn)”癌的指標(biāo)，這與通過本領(lǐng)域內(nèi)已知的方法和標(biāo)準(zhǔn)定義的等級(jí)I腫瘤類似。將癌分類為兩個(gè)組顯示在圖1的C欄和圖4的B欄中，其中由“高風(fēng)險(xiǎn)MGI”確定的風(fēng)險(xiǎn)水平是癌癥復(fù)發(fā)可能性提高的指標(biāo)，如癌轉(zhuǎn)移或癌的遠(yuǎn)側(cè)復(fù)發(fā)，包括乳癌的復(fù)發(fā)。在許多實(shí)施方式中，這一復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)的存在與采取或不采取它莫西芬或其他內(nèi)分泌療法無關(guān)。 在這里所公開的實(shí)施方式中，所述復(fù)發(fā)可以是局部的DCIS復(fù)發(fā)。由“低風(fēng)險(xiǎn)MGI”確定的風(fēng)險(xiǎn)水平是癌癥復(fù)發(fā)可能性降低的指標(biāo)，包括乳癌復(fù)發(fā)可能性的降低。在許多實(shí)施方式中，這一降低的復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)與是否采用它莫西芬治療無關(guān)。復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)、或不復(fù)發(fā)的可能性可以看作隨時(shí)間發(fā)展的風(fēng)險(xiǎn)，如在約1、約2、約3、約4、約5、約6、約7、約8、約9、約10、約11、約12 或更多年的時(shí)期內(nèi)。因此，通過MGI提供的風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估可以用作對(duì)象癌癥復(fù)發(fā)和/或生存結(jié)果的預(yù)后指標(biāo)。本發(fā)明還包括在通過這里所述的方法確定與復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)的MGI值的基礎(chǔ)上確定隨時(shí)間的復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)。圖9顯示了作為非限制性實(shí)例的MGI值為2. 1及其指示的5年內(nèi) 19%的癌癥復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)。該圖進(jìn)一步說明了復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)與MGI值相關(guān)，并且選擇0作為閥值或分界值是非限制性的，因?yàn)橐部梢允鞘褂闷渌?。?dāng)與H I比率組合時(shí)，4種可能的檢測結(jié)果如下1) “高風(fēng)險(xiǎn)MGI”和“高風(fēng)險(xiǎn)H I ”可以認(rèn)為與單獨(dú)的“高風(fēng)險(xiǎn)MGI ”相似的“高風(fēng)險(xiǎn)”；2) “高風(fēng)險(xiǎn)MGI ”和“低風(fēng)險(xiǎn)H3) “低風(fēng)險(xiǎn)MGI ”和“高風(fēng)險(xiǎn)H 風(fēng)險(xiǎn)”；以及4) “低風(fēng)險(xiǎn)MGI”和“低風(fēng)險(xiǎn)H I ”可以認(rèn)為與單獨(dú)的“低風(fēng)險(xiǎn)MGI ”類似的“低風(fēng)險(xiǎn)”。MGI和H: I的組合由此確定了 3種不同的亞型，對(duì)其觀察到不同的腫瘤生物學(xué)并
I”可以認(rèn)為與癌癥復(fù)發(fā)的“中間風(fēng)險(xiǎn)”類似； I ”可以認(rèn)為與單獨(dú)的“低風(fēng)險(xiǎn)MGI ”類似的“低且與不同的患者結(jié)果相關(guān)。例如，中間風(fēng)險(xiǎn)可以用于在預(yù)測患者會(huì)從中受益的基礎(chǔ)上對(duì)具有此類腫瘤的患者采取內(nèi)分泌療法(如作為非限制性實(shí)例的它莫西芬)。相反的，具有“高風(fēng)險(xiǎn)MGI”和“高風(fēng)險(xiǎn)H I”的患者不大可能從激素單一治療中受益。因此，該評(píng)估不代表簡單的風(fēng)險(xiǎn)連續(xù)體。由于該評(píng)估確定了對(duì)治療選擇有幫助的潛在的生物學(xué)特征，能夠?qū)κ炀毜呐R床醫(yī)生產(chǎn)生幫助。為了作出治療選擇，臨床醫(yī)生可以確定，在患者是高風(fēng)險(xiǎn)的情況下 (即高/高)于是認(rèn)識(shí)到該患者不大可能從激素單一治療中獲益一條至關(guān)重要的信息。這使得臨床醫(yī)生考慮并/或選擇或采用更具侵略性的化療或建議該患者參加靶向于對(duì)激素單一治療有抗性的腫瘤的試驗(yàn)。圖5的C和D欄顯示了這3個(gè)風(fēng)險(xiǎn)組在不同患者隊(duì)列中的應(yīng)用。另外，這些MGI和H I結(jié)果的可能組合以與上述單獨(dú)使用MGI相同的方式用作指標(biāo)。圖10中A和B欄也顯示了盡管使用了它莫西芬治療，MGI指示復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)的能力， 其中“高風(fēng)險(xiǎn)”MGI用作復(fù)發(fā)的指標(biāo)，盡管采用它莫西芬作為單一治療劑治療。當(dāng)然，MGI和 H I結(jié)果的組合也可以用于相同目的。本發(fā)明進(jìn)一步包括了使用單獨(dú)MGI、單獨(dú)H I、 或MGI和H I的組合以預(yù)測對(duì)靶向于這里所述的內(nèi)分泌抗性(endocrine resistant)癌的抑制劑的反應(yīng)性。對(duì)內(nèi)分泌療法的無反應(yīng)性和對(duì)所公開的抑制劑的反應(yīng)性的可能指示可以與本發(fā)明的另一個(gè)方面組合，其中所述的另一個(gè)方面是一種在由所公開的方法確定的預(yù)測性和預(yù)后性指示的基礎(chǔ)上選擇療法的方法。因此對(duì)于以上所述的“高風(fēng)險(xiǎn)”MGI、“高風(fēng)險(xiǎn)”H I、或MGI和H I結(jié)果的組合，本發(fā)明的實(shí)施方式還包括進(jìn)一步包含選擇、并選擇性地用抑制劑治療對(duì)象以提高對(duì)它莫西芬或其他形式內(nèi)分泌療法的反應(yīng)性的方法。在一些情況下，所述方法還包括用它莫西芬或其他形式內(nèi)分泌療法的治療。以上關(guān)于對(duì)靶向于內(nèi)分泌抗性癌癥的抑制劑的反應(yīng)性的描述也可以用于如這里所述的單獨(dú)檢測H I比率的情況。本發(fā)明進(jìn)一步包括檢測“高風(fēng)險(xiǎn)”MGI、可選地與H I結(jié)果組合，作為對(duì)其他形式內(nèi)分泌療法(如用SERM、SERD或AI治療)無反應(yīng)性的指標(biāo)。當(dāng)然，本發(fā)明也可以包括測定 “低風(fēng)險(xiǎn)，^GI、可選地與H I結(jié)果組合，作為對(duì)它莫西芬和及其他SERM及SERD或AI反應(yīng)性的指標(biāo)。這些對(duì)于內(nèi)分泌療法可能的預(yù)測也可以在這里所公開的選擇療法的方法中使用。 例如，一種方法可以包括在預(yù)測缺乏反應(yīng)的情況下不選擇內(nèi)分泌療法，選用諸如化療和/ 或放療的其他療法。相反地，在預(yù)測反應(yīng)性的情況下，該方法可以包括選擇內(nèi)分泌療法。在其他實(shí)施方式中，對(duì)“高風(fēng)險(xiǎn)”MGI、“高風(fēng)險(xiǎn)”H I、或MGI和H I值組合的檢測可以用作內(nèi)分泌療法中相對(duì)反應(yīng)性的指標(biāo)，如用AI治療反應(yīng)性優(yōu)于SERM。作為一種非限制性實(shí)例，“高風(fēng)險(xiǎn)”MGI值可以用作AI (如來曲唑)相對(duì)于它莫西芬的反應(yīng)性的指標(biāo)。當(dāng)然，本發(fā)明還包括在這樣的預(yù)測基礎(chǔ)上選擇用AI治療的方法。除了內(nèi)分泌療法，單獨(dú)的MGI、單獨(dú)的H I、或MGI和H I結(jié)果的組合也可以用于指示對(duì)化療的無反應(yīng)性。作為一個(gè)非限制性實(shí)例，如圖11中所示，“高風(fēng)險(xiǎn)”MGI是對(duì)用紫杉醇、5氟尿嘧啶、阿霉素和環(huán)磷酰胺的化療抗性的預(yù)測指標(biāo)。當(dāng)然，本發(fā)明還包括不選擇化療作為單一療法而采用其它治療方式(如作為非限制性實(shí)例的放療)的方法。除了內(nèi)分泌療法和化療之外，本發(fā)明包括測定單獨(dú)MGI、單獨(dú)H I、或MGI和H I 結(jié)果的組合，作為癌癥對(duì)放療反應(yīng)性(敏感性)的預(yù)測指標(biāo)。“高風(fēng)險(xiǎn)”MGI可以用于預(yù)測例如手術(shù)介入后癌癥患者對(duì)放療的反應(yīng)性。所述方法可以進(jìn)一步包括在手術(shù)介入后將對(duì)象鑒定為很可能或不大可能對(duì)放療產(chǎn)生反應(yīng)。當(dāng)然，本發(fā)明還包括在預(yù)測其反應(yīng)性的去基礎(chǔ)上選擇放療的方法。本發(fā)明進(jìn)一步包括測定單獨(dú)MGI、單獨(dú)H I、或MGI和H I結(jié)果的組合，作為更年期前婦女和更年期后婦女中預(yù)后因素或臨床反應(yīng)性預(yù)測指標(biāo)的方法。圖12顯示了“高風(fēng)險(xiǎn)”MGI在生存結(jié)果基礎(chǔ)上對(duì)這兩組婦女分類的能力。更年期后婦女可以定義為年齡大于等于50歲的，而更年期前婦女可以定義為年齡小于50歲的。在這兩組中，“高風(fēng)險(xiǎn)”MGI相對(duì)于“低風(fēng)險(xiǎn)”MGI是隨時(shí)間癌癥復(fù)發(fā)可能性提高的指標(biāo)。當(dāng)然，本發(fā)明還包括在測定來自所述婦女樣本的MGI值、H I值或這兩個(gè)值的組合的基礎(chǔ)上，為更年期前和更年期后婦女選擇適當(dāng)療法的方法。更常見的，為癌癥患者確定療法的方法可以開始于如這里所述的MGI檢測。測定的值可以用于將癌分類為相應(yīng)的等級(jí)I或等級(jí)III腫瘤，或?qū)?duì)象鑒定為具有可能癌癥復(fù)發(fā)的預(yù)后，或如這里所述的對(duì)治療具有反應(yīng)性或無反應(yīng)性。所述方法隨后可以包括對(duì)具有這樣的腫瘤或這樣的預(yù)后或這樣的反應(yīng)性或無反應(yīng)性的患者選擇療法。在一些情況下，因?yàn)橹甘镜念A(yù)后較差且/或?qū)ζ渌煼o反應(yīng)性，所選的療法可以包括手術(shù)和化療和/或放療。本發(fā)明的其他實(shí)施方式包括在診斷為良性癌癥的對(duì)象中確定腫瘤等級(jí)或癌癥風(fēng)險(xiǎn)的方法。所述方法可以包括檢測所述對(duì)象乳房細(xì)胞樣本的BublB、CENPA、NEK2、RACGAP1 和RRM2的表達(dá)水平，其中所述表達(dá)水平與等級(jí)I或等級(jí)III腫瘤或癌癥的“高風(fēng)險(xiǎn)”或“低風(fēng)險(xiǎn)”相關(guān)。這一方法的實(shí)施方式包括在所述表達(dá)水平基礎(chǔ)上確定MGI值，并可選地將其用于選擇所述對(duì)象的治療方式。在其他實(shí)施方式中，本發(fā)明包括在診斷為DCIS的對(duì)象中確定腫瘤等級(jí)或局部癌癥復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)的方法。所述方法可以包括檢測所述對(duì)象乳房細(xì)胞樣本的BublB、CENPA、NEK2、 RACGAP1和RRM2的表達(dá)水平，其中所述表達(dá)水平與等級(jí)I或等級(jí)III腫瘤或局部癌癥復(fù)發(fā)的“高風(fēng)險(xiǎn)”或“低風(fēng)險(xiǎn)”相關(guān)。雖然以上一些實(shí)施方式描述了組合使用MGI的所有5個(gè)基因，本發(fā)明尤其包括在實(shí)施所公開方法過程中使用少于5個(gè)(包括這5個(gè)基因中的單獨(dú)基因)基因。此外，前文中也明確公開了其他基因與MGI的一個(gè)或多個(gè)基因或H I比率組合的情況。類似地，也明確公開了對(duì)于MGI基因使用H I作為其他指標(biāo)的部分或全部替代。因此，MGI的5個(gè)基因可以以顯著精確度單獨(dú)使用或組合使用以提高與腫瘤等級(jí)和/或癌癥結(jié)果的分子表達(dá)表型精確相關(guān)的能力。如這里所公開的，這一相關(guān)性是在分子水平上為確定癌癥復(fù)發(fā)和/或生存結(jié)果提供信息的方法。所述相關(guān)性基因也可以用于細(xì)胞和組織分類；確定診斷和/或預(yù)后；以及確定和/或改變治療方式。區(qū)分能力來自于對(duì)各個(gè)相關(guān)基因表達(dá)的鑒定，而不是來自于用于確定實(shí)際表達(dá)水平的檢測法。一種檢測法可以使用這里所公開的各個(gè)已經(jīng)鑒定的基因的任何識(shí)別特征，只要該檢測法定性或定量地反映該基因在“轉(zhuǎn)錄組”(基因組中基因的轉(zhuǎn)錄部分)或“蛋白質(zhì)組”(基因組中所表達(dá)基因的翻譯部分)中表達(dá)。識(shí)別特征包括但不限于用于編碼(DNA)或表達(dá)(RNA)所述基因的唯一核酸序列，或所述基因編碼的蛋白質(zhì)的特異性表位或活性。全部所需的是區(qū)分癌癥結(jié)果和在表達(dá)檢測法中使用的含有樣本的適當(dāng)細(xì)胞所必要的所述基因的特征。類似地，所述含樣本的細(xì)胞的性質(zhì)是無限制的，在公開的方法中可以使用如新鮮組織、新鮮冷凍組織以及諸如福爾馬林固定的石蠟包埋(FFPE)組織的固定組織。在一種實(shí)施方式中，本發(fā)明通過對(duì)單個(gè)細(xì)胞或同質(zhì)細(xì)胞群進(jìn)行全面或接近全面的基因表達(dá)分析提供了對(duì)基因表達(dá)譜的鑒定，其中所述同質(zhì)細(xì)胞群是已經(jīng)與通過簡單的生物活檢可能混雜的污染細(xì)胞剖離開或以其它方式從中分離或純化的。由于不同患者的細(xì)胞間以及相同患者樣本的細(xì)胞間大量基因表達(dá)的波動(dòng)，可以根據(jù)一個(gè)或多個(gè)“對(duì)照”或“標(biāo)準(zhǔn)化” 基因(其表達(dá)在一名患者的細(xì)胞中或患者之間相對(duì)恒定)確定基因表達(dá)水平。另一方面，本發(fā)明包括用于對(duì)通過個(gè)體表達(dá)圖譜產(chǎn)生的模型鑒定的基因的表達(dá)進(jìn)行檢測的物理學(xué)和方法學(xué)方法。這些方法可以針對(duì)基因表達(dá)的潛在DNA模板、作為中間體以表達(dá)基因的RNA、或基因所表達(dá)的蛋白質(zhì)產(chǎn)物的一個(gè)或多個(gè)方面的檢測。本發(fā)明所提供的一個(gè)優(yōu)點(diǎn)是不存在可能影響所鑒定基因或隨后的基因表達(dá)分析以確定患者的癌癥復(fù)發(fā)和/或生存結(jié)果的污染、非癌細(xì)胞(如浸潤性淋巴細(xì)胞或其他免疫系統(tǒng)細(xì)胞)。這樣的污染存在于含有許多細(xì)胞類型的活組織切片用于檢測基因表達(dá)譜的情況。雖然本發(fā)明主要針對(duì)人的癌癥(如乳癌)進(jìn)行描述，它可以在任何動(dòng)物的癌癥中進(jìn)行實(shí)施。應(yīng)用本發(fā)明的優(yōu)選動(dòng)物是哺乳動(dòng)物，尤其是對(duì)農(nóng)業(yè)應(yīng)用重要的哺乳動(dòng)物(諸如但不限于牛、羊、馬及其他“農(nóng)場動(dòng)物”)、癌癥動(dòng)物模型、以及寵物(諸如但不限于狗和貓)。本發(fā)明提供的方法也可以完全或部分自動(dòng)化。試劑盒本發(fā)明的方法中使用的材料理想地適合于按照熟知的程序所生產(chǎn)的試劑盒的制備。因此，本發(fā)明提供了包含用于腫瘤評(píng)級(jí)或確定癌癥結(jié)果的所公開基因表達(dá)檢測試劑的試劑盒。這樣的試劑盒可選地包含具有與其在本發(fā)明所述方法中使用相關(guān)的特征描述或標(biāo)簽或說明書的試劑。這樣的試劑盒可以包括容器，其中每個(gè)容器含有在所述發(fā)明中使用的各種試劑(通常為濃縮形式)中的一種或多種，所述試劑包括例如預(yù)制的微陣列、緩沖液、 適當(dāng)?shù)暮塑杖姿?例如dATP、dCTP、dGTP和dTTP ；或rATP、rCTP、rGTP和UTP)、逆轉(zhuǎn)錄酶、 DNA聚合酶、RNA聚合酶、以及本發(fā)明的一種或多種引物合成物(例如與RNA聚合酶具有反應(yīng)性的適當(dāng)長度的聚胸腺嘧啶或與啟動(dòng)子相連的隨機(jī)引物)。通常也會(huì)包含一組說明書。已經(jīng)概述性地提供了本發(fā)明，通過以下實(shí)施例會(huì)更易于理解本發(fā)明，除非另有說明，提供所述實(shí)施例是出于舉例說明的目的，而不是對(duì)本發(fā)明的限制。
實(shí)施例實(shí)施例I:概述患者和腫瘤樣本從 Gene Expression Omnibus (GEO, http://ncbi.nih.gov/geo)下載了兩個(gè)公共并先前公開的微陣列數(shù)據(jù)組(登錄號(hào)GSE3494、GSE1456)。GSE3494(Uppsala隊(duì)列)由來自1987至1989年間在瑞典Uppsala縣治療的以人群為基礎(chǔ)的隊(duì)列的251名患者組成，并且他們?cè)谒邮艿妮o助全身性治療方面(未治療或激素和/或化療治療)是不同的。參見 Miller LD，Smeds J, George J 等，Proc Natl Acad Sci USA 102 13550-5，2005?？梢垣@得236名具有10年中值回訪期的患者的臨床結(jié)果數(shù)據(jù)(乳癌特異性死亡)。GSE1456(斯德哥爾摩隊(duì)列)由類似的一系列在1994至1996年間在瑞典斯德哥爾摩Karolinska醫(yī)院治療的159名乳癌患者組成。GSEIM94和GSE1456都包含在Affymetrix U133A和U13!3B陣列(Affymetrix，Santa Clara, CA)上分析的冷凍腫瘤樣品的基因表達(dá)數(shù)據(jù)。由239名患者組成的第二個(gè)隊(duì)列使用了回顧性病例-隊(duì)列設(shè)計(jì)(Pawitan Y， Bjohle J,Amler L 等，Breast Cancer Res 7 :R953_64，2005)并來自于 1991 至 1999 年間在麻省總院治療的683位具有雌激素受體陽性乳癌的I階段至III階段患者。從腫瘤記錄和醫(yī)院記錄獲得臨床回訪數(shù)據(jù)。病例是回訪期內(nèi)發(fā)展出遠(yuǎn)端轉(zhuǎn)移的所有患者；對(duì)照是從最后一次回訪保持無疾病的患者中隨機(jī)選擇的，對(duì)照與病例的比率達(dá)到2 1。此外，根據(jù)輔助治療和診斷時(shí)間將對(duì)照與病例進(jìn)行頻率匹配。對(duì)于約80%的病例和對(duì)照，成功找回了臨床結(jié)果數(shù)據(jù)和福爾馬林固定的石蠟包埋(FFPE)腫瘤塊。最后的隊(duì)列包含79個(gè)病例和160個(gè)對(duì)照，并將其患者和腫瘤特征在表1中加以總結(jié)。這一研究得到了地方倫理審查委員會(huì)的許可。這一最后隊(duì)列包括先前所述Oxford序列中的 84例(Loi S,Haibe-Kains B,Desmedt C等Definition of clinically distinct molecular subtypes in estrogen receptor-positive breast carcinomas through genomic grade (通過基因組等級(jí)定義雌激素受體陽性乳癌中臨床上可區(qū)分的分子亞型).J Clin Oncol 25 1239-46，2007)。所有患者具有雌激素受體陽性乳癌并且是淋巴結(jié)陰性的并用它莫西芬輔助單一治療的。這一研究使用了來自先前分離的冷凍腫瘤樣本的總RNA的一部分。表1.患者與腫瘤特征特征病例(n=79)對(duì)照(n=160) 復(fù)發(fā)時(shí)間(年)
中值4.69.1
范圍0.6-12.9 0.1-14.8
匹配的變量 治療
化療11(14%)9(6%)
化療+激素32 (41%)58 (36%)
激素28 (35%)67 (42%)
無8 (10%)26 (16%)
診斷年份
1991-199540 (51%)74 (46%)
1996-200039 (49%)86 (54%)
不匹配變量
診斷時(shí)年齢(歲)
<3511 (14%)5(3%)
35-4414(18%)22 (14%)
45-4911 (14%)18(11%)
50-5912 (15%)55 (34%)
>=6031 (39%)60 (38%)
腫瘤大小(厘米)
<=17 (9%)34 (21%)
1.1-232 (41%)65 (41%)
2.1-433 (42%)46 (29%)
>47(9%)15(9%) 腫瘤等級(jí)
14(5%)32 (20%)
241 (52%)109 (68%)
334 (43%)19(12%) 淋巴結(jié)狀態(tài)
陰性37 (47%)97 (61%)
陽性39 (49%)52 (32%)
未知3(4%)11(7%) 孕酮受體
陰性19(24%)20 (12%)
陽性60 (76%)140 (88%)用于H/I和MGI的實(shí)時(shí)RT-PCR如之前的描述使用用于H0XB13和IL17BR以及對(duì)照基因ESRl、PGR、CHDH、ACTB, HMBS、SDHA 和 UBC 的引物和探針序列(MaXJ，Hilsenbeck SG, Wang W 等 J Clin Oncol 24 4611-9,2006)。使用 Primer Express(ABI)制備針對(duì) 5 個(gè)分子等級(jí)基因(BUBIB、CENPA、 NEK2, RACGAP1和RRM2)和ERBB2 (HER2)的引物和探針序列。對(duì)于每個(gè)FFPE樣本，將兩個(gè)7-iim組織切片用于RNA抽提。使用總宏觀 解剖(Gross macro-dissection)以富集腫瘤含量。RNA抽提、逆轉(zhuǎn)錄以及使用ABI7900HT (Applied Biosystem, Inc)的 TaqMan RT-PCR 如先前所述(Ma 等，見前文)進(jìn)行。根據(jù)4個(gè)對(duì)照基因(ACTB、HMBS、SDHA和UBC)的平均CT對(duì)循環(huán)閥值數(shù)(CT)進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化。這些基因的使用得到先前關(guān)于這些基因的報(bào)道的支持，并且這些基因中每個(gè)基因的代表性序列對(duì)于精通本領(lǐng)域的人員來說是已知的。標(biāo)準(zhǔn)化的CT用來表示相對(duì)基因表達(dá)水平。
H/1、MGI 和 GGI 的計(jì)算通常對(duì)于MGI，優(yōu)選地將所公開的基因的表達(dá)水平組合形成單一指標(biāo)，作為臨床結(jié)果的預(yù)后因素和預(yù)測指標(biāo)。該指標(biāo)是所使用的基因的表達(dá)水平的總和，并且使用通過主成分分析確定的系數(shù)將一個(gè)以上所公開基因的病例組合成單一指標(biāo)。所述系數(shù)通過諸如貫穿代表性數(shù)據(jù)組的每個(gè)基因表達(dá)水平的標(biāo)準(zhǔn)偏差的因子和每個(gè)樣本中每個(gè)基因的表達(dá)值加以確定。代表性數(shù)據(jù)組是在這里所公開的對(duì)照基因平均表達(dá)值的基礎(chǔ)上進(jìn)行質(zhì)量控制的。 例如，1。另外對(duì)于MGI，來自微陣列或RT-PCR的5個(gè)基因標(biāo)準(zhǔn)化的表達(dá)水平在每個(gè)數(shù)據(jù)組中所有樣本上對(duì)平均值0和標(biāo)準(zhǔn)偏差1進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化，并隨后通過使用第一個(gè)主成分的主成分分析(PCA)將其組合為每個(gè)樣本的單一指標(biāo)。每個(gè)數(shù)據(jù)組內(nèi)的初級(jí)表達(dá)數(shù)據(jù)的標(biāo)準(zhǔn)化對(duì)于說明不同的平臺(tái)(微陣列和RT-PCR)和樣本類型(冷凍的和FFPE)是必需的。作為結(jié)果， 并遵循比例參數(shù)，產(chǎn)生了用于定義所述指標(biāo)的表達(dá)值總和的公式。隨后可以在整個(gè)數(shù)據(jù)表中基因表達(dá)水平的平均值、標(biāo)準(zhǔn)誤差和標(biāo)準(zhǔn)偏差(含可靠區(qū)間)的基礎(chǔ)上測試比例參數(shù)的精確性。因此，用于所述指標(biāo)的公式的產(chǎn)生依賴于數(shù)據(jù)組、參照基因和MGI基因。HOXB13 JL17BR比率如先前所述(Ma等，見前文)按照H0XB13和IL17BR之間標(biāo)準(zhǔn)化的表達(dá)水平差異進(jìn)行計(jì)算。用于表1隊(duì)列標(biāo)準(zhǔn)化的H0XB13和IL17BR的平均值和標(biāo)準(zhǔn)偏差源自雌激素受體陽性淋巴結(jié)陰性乳癌患者的獨(dú)立以人群為基礎(chǔ)的隊(duì)列的190個(gè)FFPE組織切片。對(duì)于MGI，在對(duì)一式兩份的每個(gè)基因和每個(gè)樣本計(jì)算平均值之前，去除明顯反常的原始Ct值。隨后將每個(gè)基因的平均原始Ct值通過4個(gè)參照基因(ACTB、HMBS、SDHA和UBC) 的平均Ct值進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化。5個(gè)基因標(biāo)準(zhǔn)化的表達(dá)水平(ACt)組合為每個(gè)樣本的單一指標(biāo)， 它可以與預(yù)先確定的分界值(如0)比較，其中高M(jìn)GI大于分界值，低MGI小于分界值。使用代表97個(gè)基因的128AffymetriX探針組通過微陣列計(jì)算基因組等級(jí)指標(biāo) (GGI)，并如先前所述(Sotiriou等，見前文)在每個(gè)數(shù)據(jù)組中按比例縮放為對(duì)于等級(jí)1腫瘤具有平均值-1，對(duì)于等級(jí)3腫瘤具有平均值+1。分界點(diǎn)和統(tǒng)計(jì)學(xué)分析H/I分界點(diǎn)在本發(fā)明中直接使用先前為將它莫西芬治療的患者分為復(fù)發(fā)低風(fēng)險(xiǎn)和高風(fēng)險(xiǎn)而定義的H0XB13 JL17BR比率的分界點(diǎn)0. 06。MGI分界點(diǎn)對(duì)MGI的計(jì)算和分界點(diǎn)沒有使用任何臨床結(jié)果數(shù)據(jù)進(jìn)行定義，而是自然的分界點(diǎn)。Uppsala隊(duì)列中MGI的最初分析顯示，使用平均值(0)作為分界點(diǎn)良好地區(qū)分了等級(jí)1和等級(jí)3腫瘤，并且基于模型的MGI聚類也顯示了具有約為0的自然分界點(diǎn)的雙峰分布。這一分界點(diǎn)進(jìn)一步得到了接受者操作特性(ROC)分析的支持。基因組等級(jí)指標(biāo)(GGI)如先前所述(Sotiriou等，前文)，GGI在分界點(diǎn)0處對(duì)分。統(tǒng)計(jì)學(xué)分析執(zhí)行含對(duì)數(shù)秩檢驗(yàn)的Kaplan-Meier分析和Cox成比例風(fēng)險(xiǎn)回歸(Cox proportional hazards regression)以評(píng)價(jià)基因表達(dá)指標(biāo)與臨床結(jié)果的關(guān)聯(lián)性。執(zhí)行多變量Cox回歸模型以評(píng)價(jià)針對(duì)已知預(yù)后因素調(diào)節(jié)后基因表達(dá)指標(biāo)的預(yù)后能力。通過按比例的khoenfeld殘差校驗(yàn)成比例風(fēng)險(xiǎn)(PH)假設(shè)；在通過分層的模型中對(duì)違反PH假設(shè)的變量進(jìn)行調(diào)節(jié)。為了說明表1隊(duì)列的病例-隊(duì)列設(shè)計(jì)，使用了權(quán)重 Kaplan-Meier分析和包含修正的Cox回歸模型以操作病例-隊(duì)列設(shè)計(jì)(參見19，20，如在 R(www. r-project. org)中的調(diào)查包中所實(shí)行的)。為了檢驗(yàn)Cox回歸模型中對(duì)分的MGI和 H I比率之間的相互作用，在表1隊(duì)列中使用了 Wald統(tǒng)計(jì)并在最后的隊(duì)列中使用了可能性比率檢驗(yàn)。使用非參數(shù)雙樣本W(wǎng)ilc0x0n校驗(yàn)或針對(duì)具有兩個(gè)以上水平的因素的 Kruskal-Wallis校驗(yàn)，檢查具有類別因素的連續(xù)變量的相關(guān)性。所有統(tǒng)計(jì)學(xué)分析在R統(tǒng)計(jì)學(xué)環(huán)境中執(zhí)行。所有顯著性校驗(yàn)是兩方面的，并且ρ <0. 05被認(rèn)為具有顯著性。實(shí)施例II 乳癌患者中MGI的預(yù)后表現(xiàn)使用公眾可以得到的微陣列數(shù)據(jù)組檢查乳癌患者中MGI預(yù)測臨床結(jié)果的能力。 MGI首先在兩個(gè)獨(dú)立數(shù)據(jù)組中與先前所述的97基因基因組等級(jí)指標(biāo)(GGI)比較。ROC分析顯示，MGI和GGI在區(qū)分等級(jí)1和等級(jí)3腫瘤方面相當(dāng)(圖2)。在Kaplan-Meier分析中， 在所有兩個(gè)數(shù)據(jù)組中MGI在分界點(diǎn)O處對(duì)分，將患者分成兩個(gè)具有顯著不同的乳癌死亡風(fēng)險(xiǎn)的亞組，并且其生存曲線和風(fēng)險(xiǎn)率(HR)與由GGI產(chǎn)生的相當(dāng)(圖2)。因此，這些結(jié)果表明，5基因指標(biāo)可以復(fù)制復(fù)雜得多的97基因標(biāo)簽的預(yù)后表現(xiàn)。需要指出的是，雖然MGI是完全不依賴于GGI開發(fā)的，5個(gè)基因中的4個(gè)基因(BUB1B、CENPA, RACGAP1和RRM2)屬于97 基因標(biāo)簽，并且第5個(gè)基因NEK2就比包含在GGI中的112等級(jí)3相關(guān)探針組低2個(gè)位置。隨后，在為驗(yàn)證Rotterdam 76 基因預(yù)后標(biāo)簽(Desmedt C, Piette F, Loi S 等 Strong time dependence of the 76-gene prognostic signature for node-negative breast cancer patients in the TRANSBIG multicenter independent validation series. (TRANSBIG多中心獨(dú)立驗(yàn)證系列中結(jié)節(jié)陰性乳癌患者76-基因預(yù)后特征的強(qiáng)時(shí)間依賴性)Clin Cancer Res 13 :3207-14,2007)而進(jìn)行的 TRANSBIG研究中檢查了 MGI。這允許以沒有偏見的方式將MGI與另一種待驗(yàn)證預(yù)后標(biāo)簽比較。對(duì)于整個(gè)隊(duì)列，使用分界點(diǎn)O的 MGI將患者分成具有不同遠(yuǎn)端轉(zhuǎn)移風(fēng)險(xiǎn)的兩組(HR = 2. 3,95% CI 1. 2-4. 2,ρ = 0. 0064)， 而76基因標(biāo)簽的風(fēng)險(xiǎn)分類僅具有邊緣顯著性(ρ = 0. 046)。見圖3。此外，在ER+等級(jí)1或2子集中(n = 97)，對(duì)其風(fēng)險(xiǎn)分級(jí)是更具挑戰(zhàn)性的，MGI鑒定了具有顯著更高復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)的患者亞組(HR= 3. 3,95% CI 1.3-8.4，ρ = 0. 0085)，而76 基因標(biāo)簽沒有實(shí)現(xiàn)(HR = 1. 4，ρ = 0. 57)。綜上所述，在總計(jì)608名患者的三個(gè)大的微陣列數(shù)據(jù)組中，MGI始終表現(xiàn)為與復(fù)雜得多的標(biāo)簽相當(dāng)或更優(yōu)的強(qiáng)有力的預(yù)后因素。實(shí)施例III 針對(duì)MGI的RT-PCR檢測法的開發(fā)和驗(yàn)證用于5個(gè)MGI基因的引物和探針針對(duì)TaqMan實(shí)時(shí)PCR(RT-PCR)檢測形式設(shè)計(jì)(表 2)。表2.用于分子等級(jí)指標(biāo)基因的引物和探針序列
權(quán)利要求
1.一種包含以下步驟的方法檢測患有癌癥對(duì)象的癌細(xì)胞樣本的BublB表達(dá)水平其中所述表達(dá)水平將癌癥分為相應(yīng)的等級(jí)I或等級(jí)III腫瘤，或?qū)⑺鰧?duì)象鑒定為具有很可能癌癥復(fù)發(fā)的預(yù)后，或預(yù)測所述對(duì)象對(duì)內(nèi)分泌療法、化療或放療的反應(yīng)性。
2.如權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述檢測進(jìn)一步包括確定CENPA、NEK2、 RACGAP1和RRM2的表達(dá)水平，其中所述所有5個(gè)基因的表達(dá)水平將癌癥分為相應(yīng)的等級(jí)I或等級(jí)III腫瘤，或?qū)⑺鰧?duì)象鑒定為具有很可能癌癥復(fù)發(fā)的預(yù)后，或預(yù)測所述對(duì)象對(duì)內(nèi)分泌療法、化療或放療的反應(yīng)性。
3.如權(quán)利要求1或2所述的方法，其特征在于，所述檢測包括從所述樣本制備RNA。
4.如權(quán)利要求3所述的方法，其特征在于，所述RNA用于PCR(聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng))。
5.如權(quán)利要求1或2所述的方法，其特征在于，所述檢測包括使用一種陣列。
6.如權(quán)利要求1-5中任一所述的方法，其特征在于，所述樣本是從取自所述對(duì)象的組織上剖離的。
7.如權(quán)利要求4所述的方法，其特征在于，所述PCR是RT-PCR(逆轉(zhuǎn)錄PCR)，可選實(shí)時(shí) RT-PCR。
8.如權(quán)利要求1-7中任一所述的方法，其特征在于，所述癌癥是乳癌并且所述樣本是一種福爾馬林固定的石蠟包埋(FFPE)樣本。
9.如權(quán)利要求1-8中任一所述的方法，其特征在于，所述對(duì)象的反應(yīng)性包括該對(duì)象對(duì)以下藥物治療的反應(yīng)性它莫西芬，一種選擇性雌激素受體調(diào)節(jié)劑(SERM)，一種選擇性雌激素受體下調(diào)劑 (SERD)，或一種芳香酶抑制劑(Al)；或一種芳香酶抑制劑，相對(duì)于它莫西芬；或一種針對(duì)內(nèi)分泌抗性乳癌的抑制劑；或紫杉醇及5氟尿嘧啶、阿霉素和環(huán)磷酰胺。
10.如權(quán)利要求2-9中任一所述的方法，其特征在于，所述方法進(jìn)一步包括檢測所述樣本中的H I比率。
11.如權(quán)利要求2-9中任一所述的方法，其特征在于，所述癌癥是導(dǎo)管原位癌(DCIS)并且所述癌癥復(fù)發(fā)包括局部復(fù)發(fā)。
12.一種確定癌癥患者治療方式的方法，所述方法包括檢測所述患者癌細(xì)胞樣本的BublB表達(dá)水平，其中所述表達(dá)水平將癌癥分為相應(yīng)的等級(jí)I或等級(jí)III腫瘤，或?qū)⑺鰧?duì)象鑒定為具有很可能癌癥復(fù)發(fā)的預(yù)后；以及為具有這樣的腫瘤或這樣的預(yù)后的患者選擇治療方式。
13.如權(quán)利要求12所述的方法，其特征在于，所述檢測進(jìn)一步包括確定CENPA、NEK2、 RACGAP1和RRM2的表達(dá)水平，其中所述所有5個(gè)基因的表達(dá)水平將癌癥分為相應(yīng)的等級(jí)I或等級(jí)III腫瘤，或?qū)⑺鰧?duì)象鑒定為具有很可能癌癥復(fù)發(fā)的預(yù)后。
14.如權(quán)利要求12或13所述的方法，其特征在于，所述癌癥對(duì)應(yīng)于等級(jí)III腫瘤并且所述治療方式包括外科手術(shù)和化療和/或放療。
15.如權(quán)利要求12或13所述的方法，其特征在于，所述治療方式包括放療。
16.如權(quán)利要求12、13、14或15所述的方法，其特征在于，所述方法進(jìn)一步包括檢測所述樣本中的H I比率，其中所述檢測的結(jié)果將所述對(duì)象劃分為癌癥復(fù)發(fā)低風(fēng)險(xiǎn)、中等風(fēng)險(xiǎn)或高風(fēng)險(xiǎn)。
17.一種在診斷為良性癌癥的對(duì)象中確定腫瘤等級(jí)的方法，所述方法包括檢測所述對(duì)象乳房細(xì)胞樣品中BublB、CENPA、NEK2、RACGAPl和RRM2的表達(dá)水平，其中所述表達(dá)水平與等級(jí)I或等級(jí)III腫瘤相關(guān)。
18.—種在診斷為DCIS的對(duì)象中確定腫瘤等級(jí)的方法，所述方法包括檢測所述對(duì)象乳癌細(xì)胞樣品中BublB、CENPA、NEK2、RACGAPl和RRM2的表達(dá)水平，其中所述表達(dá)水平與等級(jí) I或等級(jí)III腫瘤相關(guān)。
19.一種包括檢測患有癌癥對(duì)象的癌細(xì)胞樣本中BublB、CENPA、NEK2、RACGAPl和RRM2 的表達(dá)水平的方法，其中所述所有5個(gè)基因的表達(dá)水平預(yù)測所述對(duì)象對(duì)芳香酶抑制劑治療相對(duì)于它莫西芬或另一種SERM治療的反應(yīng)性。
全文摘要
本發(fā)明涉及名為基因BubB1、CENPA、NEK2、RAC-GAP1和RRM2的基因表達(dá)圖譜的鑒定和應(yīng)用，用于分級(jí)，癌癥復(fù)發(fā)預(yù)后，用內(nèi)分泌療法、化學(xué)療法或放射療法治療對(duì)象的反應(yīng)性預(yù)測。本發(fā)明還包括確定雌激素受體陰性乳腺癌患者的治療手段的方法、確定所述癌癥患者腫瘤等級(jí)的方法，所述方法采用上述基因的表達(dá)圖譜。
文檔編號(hào)C12Q1/68GK102395682SQ200880114588
公開日2012年3月28日 申請(qǐng)日期2008年9月6日 優(yōu)先權(quán)日2007年9月6日
發(fā)明者D·斯格羅, M·G·厄蘭德, 馬小駿 申請(qǐng)人:生物治療診斷股份有限公司