本發(fā)明涉及分子生物學(xué)技術(shù)領(lǐng)域，尤其涉及一種木質(zhì)素合成途徑中上位性效應(yīng)檢測方法。

背景技術(shù)：

上位性效應(yīng)是指在群體遺傳學(xué)和數(shù)量遺傳學(xué)中，非等位基因間的遺傳效應(yīng)為非相加性時，他們之間的遺傳效應(yīng)稱為上位性效應(yīng)，也就是位于不同基因座上的基因相互之間產(chǎn)生的非加性的相互作用。研究表明，上位性效應(yīng)是物種分化、適應(yīng)性以及雜種優(yōu)勢的重要遺傳機制。

木質(zhì)素(Lignin)是一種廣泛存在于植物體中的無定形、分子結(jié)構(gòu)中含有氧代苯丙醇或其衍生物結(jié)構(gòu)單元的芳香性高聚物，其主要存在于植物的木質(zhì)部中，維持極高的硬度并以此支撐整株植物的重量。木質(zhì)素主要由三種木質(zhì)素單體組成，包括p-香豆醇、松柏醇和芥子醇。木質(zhì)素作為植物體中重要的組成成分，對其合成途徑中的分子遺傳學(xué)效應(yīng)，尤其是合成途徑中上位性效應(yīng)進行檢測，對于木質(zhì)素的研究具有重大意義，現(xiàn)有技術(shù)中并沒有關(guān)于對木質(zhì)素上位性效應(yīng)進行有效檢測的報道。

技術(shù)實現(xiàn)要素：

有鑒于此，本發(fā)明的目的在于提供一種木質(zhì)素合成途徑中上位性效應(yīng)檢測方法。

為了實現(xiàn)上述發(fā)明目的，本發(fā)明提供以下技術(shù)方案：

本發(fā)明提供了一種木質(zhì)素合成途徑中上位性效應(yīng)檢測方法，包括以

下步驟：

1)根據(jù)已知木質(zhì)素合成通路，選取待測樣品中參與合成木質(zhì)素單體的基因作為目的基因；

2)對所述目的基因進行InDel位點基因型分型，獲得待測樣品的基因型數(shù)據(jù)；

3)根據(jù)所述待測樣品的基因型數(shù)據(jù)和待測樣品的木質(zhì)素含量，用epiSNP軟件計算具有上位性效應(yīng)的位點；

4)對所述上位性效應(yīng)位點間的上位性效應(yīng)的顯著性進行檢測驗證。

優(yōu)選的，所述待測樣品為毛白楊。

優(yōu)選的，所述目的基因為咖啡酰-輔酶A甲基轉(zhuǎn)移酶基因6，PtoCCoAOMT6和4-香豆酸-輔酶A連接酶基因7，Pto4CL7。

優(yōu)選的，所述步驟2)包括以下步驟：

2.1)根據(jù)咖啡酰-輔酶A甲基轉(zhuǎn)移酶基因6，PtoCCoAOMT6和4-香豆酸-輔酶A連接酶基因7，Pto4CL7設(shè)計引物，以待測樣品基因組DNA為模板進行PCR擴增，獲得目的基因全長序列，將所述目的基因全長序列進行多重比對，得到InDel位點；

2.2)根據(jù)所述InDel位點設(shè)計PCR擴增標記引物，所述PCR擴增標記引物包括正向引物和反向引物，所述正向引物的5'末端采用熒光基團修飾；

2.3)用所述PCR擴增標記引物對待測樣本基因組DNA進行PCR擴增，用毛細管熒光凝膠電泳檢測得到的擴增產(chǎn)物：若擴增產(chǎn)物中有兩條條帶，則該InDel位點的基因型為雜合型SL；若擴增產(chǎn)物中有一條條帶且片段大小與雜合型SL中大的片段相同，則該InDel位點基因型為插入純合型LL；若擴增產(chǎn)物中有一條條帶且片段大小與雜合型SL中小的片段相同，則表示該InDel位點為缺失純合型SS。

優(yōu)選的，步驟2.1)所述咖啡酰-輔酶A甲基轉(zhuǎn)移酶基因6，PtoCCoAOMT6設(shè)計的引物包括4對，序列分別為SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2，SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4，SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.6，以及SEQ ID NO.7和SEQ ID NO.8。

優(yōu)選的，步驟2.1)所述4-香豆酸-輔酶A連接酶基因7，Pto4CL7設(shè)計的引物包括6對，序列分別為SEQ ID NO.9和SEQ ID NO.10，SEQ ID NO.11和SEQ ID NO.12，SEQ ID NO.13和SEQ ID NO.14，SEQ ID NO.15和SEQ ID NO.16，SEQ ID NO.17和SEQ ID NO.18，以及SEQ ID NO.19和SEQ ID NO.20。

優(yōu)選的，所述InDel位點為兩個，分別是位于咖啡酰-輔酶A甲基轉(zhuǎn)移酶基因6第3474位堿基的InDel1位點和位于4-香豆酸-輔酶A連接酶基因7第5027位堿基的InDel2位點。

優(yōu)選的，所述InDel1位點的PCR擴增標記引物的堿基序列為EQ ID NO.21和SEQ ID NO.22；所述InDel2位點的PCR擴增標記引物的堿基序列為EQ ID NO.23和SEQ ID NO.24。

優(yōu)選的，所述步驟2)后還包括：將所述步驟2)獲得的基因型數(shù)據(jù)進行篩選，篩選標準為：每個InDel標記位點有三種基因型包括SL、LL和SS，并且最小基因型頻率≥5％；每兩個InDel標記位點間有九種基因型組合包括SSSS、SSSL、SSLL、SLSS、SLSL、SLLL、LLSS、LLSL和LLLL。

優(yōu)選的，步驟4)中所述檢測驗證采用epiSNP軟件計算，計算結(jié)果P_I和P_value值均≤1.00E-05，說明上位性效應(yīng)位點間的上位性效應(yīng)顯著。

本發(fā)明的有益效果：本發(fā)明提供木質(zhì)素合成途徑中上位性效應(yīng)檢測方法，利用InDel位點基因型分型，采用簡單的PCR就可以精準、簡便的測定木質(zhì)素合成通路中的上位性效應(yīng)，實驗技術(shù)成熟，操作簡便，檢測通量高，檢測結(jié)果可靠。

附圖說明

圖1為實施例1檢測的咖啡酰-輔酶A甲基轉(zhuǎn)移酶基因單位點效應(yīng)箱圖；

圖2為實施例1檢測的4-香豆酸-輔酶A連接酶基因單位點效應(yīng)箱圖；

圖3為實施例1檢測的咖啡酰-輔酶A甲基轉(zhuǎn)移酶基因和4-香豆酸-輔酶A連接酶基因上位性效應(yīng)的箱圖。

具體實施方式

本發(fā)明提供了一種木質(zhì)素合成途徑中上位性效應(yīng)檢測方法，包括以下步驟：1)根據(jù)已知木質(zhì)素合成通路，選取參與合成木質(zhì)素單體的基因作為目的基因；2)對待測樣品目的基因進行InDel位點基因型分型，獲得待測樣品的基因型數(shù)據(jù)；3)根據(jù)待測樣品的基因型數(shù)據(jù)和待測樣品的木質(zhì)素含量，用epiSNP軟件計算目的基因的上位性效應(yīng)位點；4)對上位性效應(yīng)位點間的上位性效應(yīng)的顯著性進行檢測驗證。

在本發(fā)明中，所述的木質(zhì)素合成通路為現(xiàn)有技術(shù)文獻中公開的木質(zhì)素合成通路，優(yōu)選的本發(fā)明選取以下文獻圖一中所述的木質(zhì)素合成通路：Shi et al.,2010Towards a systems approach for lignin biosynthesis in Populus trichocarpa:transcript abundance and specificity of the monolignol biosynthetic genes.Plant and Cell Physiology 51,144-163。

本發(fā)明提供的檢測方法適用林木物種，本發(fā)明中所述的待測樣品優(yōu)選的為楊木樣品，更優(yōu)選的為毛白楊樣品。

本發(fā)明選取的目的基因為待測樣品木質(zhì)素合成通路中的任一基因，優(yōu)選為咖啡酰-輔酶A甲基轉(zhuǎn)移酶基因6，PtoCCoAOMT6和4-香豆酸-輔酶A連接酶基因7，Pto4CL7；其中所述咖啡酰-輔酶A甲基轉(zhuǎn)移酶基因6，PtoCCoAOMT6的全長序列為SEQ ID No.25，所述4-香豆酸-輔酶A連接酶基因7Pto4CL7的全長序列為SEQ ID No.26。

本發(fā)明在選取目的基因后，對待測樣品目的基因進行InDel位點基因型分型，獲得待測樣品的基因型數(shù)據(jù)；所述InDel位點基因型分型優(yōu)選包括以下步驟：

2.1)根據(jù)咖啡酰-輔酶A甲基轉(zhuǎn)移酶基因6，PtoCCoAOMT6和4-香豆酸-輔酶A連接酶基因7，Pto4CL7設(shè)計引物，以待測樣品基因組DNA為模板進行PCR擴增，獲得目的基因全長序列，將所述目的基因全長序列進行多重比對，得到InDel位點；

2.2)根據(jù)所述InDel位點設(shè)計PCR擴增標記引物，所述PCR擴增標記引物包括正向引物和反向引物，所述正向引物的5'末端采用熒光基團修飾；

2.3)用所述PCR擴增標記引物對待測樣本基因組DNA進行PCR擴增，用毛細管熒光凝膠電泳檢測得到的擴增產(chǎn)物：若擴增產(chǎn)物中有兩條條帶，則該InDel位點的基因型為雜合型SL；若擴增產(chǎn)物中有一條條帶且片段大小與雜合型SL中大的片段相同，則該InDel位點基因型為插入純合型LL；若擴增產(chǎn)物中有一條條帶且片段大小與雜合型SL中小的片段相同，則表示該InDel位點為缺失純合型SS。

本發(fā)明根據(jù)目的基因DNA設(shè)計引物，以待測樣品基因組DNA為模板進行PCR擴增，得到目的基因全長序列。在本發(fā)明中，根據(jù)咖啡酰-輔酶A甲基轉(zhuǎn)移酶基因6PtoCCoAOMT6設(shè)計的引物包括4對，序列分別為SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2，SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4，SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.6，以及SEQ ID NO.7和SEQ ID NO.8；根據(jù)4-香豆酸-輔酶A連接酶基因7Pto4CL7設(shè)計的引物包括6對，序列分別為SEQ ID NO.9和SEQ ID NO.10，SEQ ID NO.11和SEQ ID NO.12，SEQ ID NO.13和SEQ ID NO.14，SEQ ID NO.15和SEQ ID NO.16，SEQ ID NO.17和SEQ ID NO.18，以及SEQ ID NO.19和SEQ ID NO.20。

在本發(fā)明中，所述待測樣品基因組DNA采用本領(lǐng)域常規(guī)的基因組DNA提取方法獲得，無其他特殊要求，具體的待測樣品基因組DNA用商用DNA提取試劑盒提取。本發(fā)明對此處所述PCR擴增相關(guān)的技術(shù)特征無特殊限定，只要能夠擴增得到目的基因全長序列即可。

本發(fā)明在得到目的基因全長序列后，本發(fā)明將所述目的基因全長序列進行多重比對，得到InDel位點。在本發(fā)明中，所述的多重比對優(yōu)選的采用MEGA軟件中的ClustalW模塊，具體的多重比對的參數(shù)優(yōu)選的為軟件模塊中的默認參數(shù)。具體的在本發(fā)明中獲得的InDel位點有兩個，分別是位于咖啡酰-輔酶A甲基轉(zhuǎn)移酶基因6第3474位堿基的InDel1位點和位于4-香豆酸-輔酶A連接酶基因7第5027位堿基的InDel2位點。

本發(fā)明在獲得InDel位點后，根據(jù)所述InDel位點設(shè)計PCR擴增標記引物，所述PCR擴增引物包括正向引物和反向引物，所述正向引物的5'末端采用熒光基團修飾。具體的，在本發(fā)明中，根據(jù)InDel1位點設(shè)計的PCR擴增標記引物中正向引物的堿基序列為EQ ID NO.21，反向引物的堿基序列為SEQ ID NO.22、本發(fā)明優(yōu)選將InDel1位點相應(yīng)的正向引物SEQ ID NO.21的5'末端采用熒光基團FAM進行修飾；

在本發(fā)明中，根據(jù)InDel2位點設(shè)計的PCR擴增標記引物中正向引物的堿基序列為EQ ID NO.23，反向引物的堿基序列為SEQ ID NO.24。本發(fā)明優(yōu)選將根據(jù)InDel2位點設(shè)計的正向引物SEQ ID NO.23的5'末端采用熒光基團FAM進行修飾。

本發(fā)明獲得PCR擴增標記引物后，分別用所述兩個InDel位點設(shè)計的PCR擴增標記引物對待測樣本基因組DNA進行PCR擴增獲得不同的擴增產(chǎn)物。在本發(fā)明中，所述PCR擴增的條件獨立優(yōu)選為：95℃預(yù)變性5min；95℃變性30s，53～57℃退火30s，72℃延伸30s，35個循環(huán)；最后72℃延伸5min。所述退火溫度更優(yōu)選的為55～56℃。在本發(fā)明中，所述PCR擴增用擴增體系獨立優(yōu)選包括以下組分：0.7μl的待測樣本基因組DNA，0.15μl的0.8UTaq酶，0.3μl 0.2mM的dNTPs，0.9μl 25mM的MgCl2，1.25μl的10×PCR buffer，0.4μl 100nmolL^-1的正向引物和0.4μl 100nmolL^-1反向引物和8.4μl的ddH₂O。

本發(fā)明在獲得擴增產(chǎn)物后，用毛細管熒光凝膠電泳檢測擴增產(chǎn)物，若擴增產(chǎn)物中有兩條條帶則該InDel位點的基因型為雜合型SL；若擴增產(chǎn)物中有一條條帶且片段大小與雜合型ID中大的片段相同，則該InDel位點基因型為插入純合型LL；若擴增產(chǎn)物中有一條條帶且片段大小與雜合型ID中小的片段相同，則表示該InDel位點為缺失純合型SS。根據(jù)毛細管熒光凝膠電泳檢測結(jié)果獲得待測樣品的基因型數(shù)據(jù)。

本發(fā)明在獲得待測樣品的基因型數(shù)據(jù)，為了更好地分析上位性效應(yīng)，優(yōu)選對所得到的待測樣品基因型數(shù)據(jù)進行篩選，篩選標準為待測樣品中每個InDel標記位點有種基因型包括SL、LL和SS，并且占比最小的基因型頻率≥5％；每兩個InDel標記位點間有九種基因型組合包括SSSS、SSSL、SSLL、SLSS、SLSL、SLLL、LLSS、LLSL和LLLL，將不滿足條件的數(shù)據(jù)舍棄。

本發(fā)明將得到的待測樣品的基因型數(shù)據(jù)和待測樣品的木質(zhì)素含量，用epiSNP軟件計算目的基因上位性效應(yīng)位點。計算結(jié)果P_I和P_value值均≤1.00E-05，認為上位性效應(yīng)位點間的上位性效應(yīng)顯著。

在本發(fā)明中，所述木質(zhì)素含量的測定方法包括以下步驟：

1)將待測樣品的木材烘干后打磨成木粉，依次通過40目和60目的篩子后獲得待測木材的木粉；2)采用近紅外光譜儀漫反射對樣品的近紅外光譜進行采集；3)對原始光譜進行校正處理后建立相應(yīng)的木質(zhì)素含量測定模型，獲得每個待測樣品的木質(zhì)素含量。

具體的本發(fā)明將待測樣品木材打磨成木粉依次過40目和60目的篩子獲得待測木質(zhì)素樣品，優(yōu)選的在本發(fā)明中木材打磨成粉采用木粉機進行；本發(fā)明在獲得待測木質(zhì)素樣品后，采用近紅外反射光譜測定獲得木質(zhì)素百分含量，所述近紅外反射光譜測定木質(zhì)素的具體步驟和參數(shù)沒有特殊限定，采用本領(lǐng)域常規(guī)的近紅外反射光譜測定方法即可。本發(fā)明中測得的每個個體的木質(zhì)素百分含量在7.53％到28.68％之間。

本發(fā)明在獲得木質(zhì)素含量后，將篩選后待測樣品的基因型數(shù)據(jù)和待測樣品的木質(zhì)素含量輸入到epiSNP軟件，用epiSNP軟件計算目的基因上位性效應(yīng)位點，具體的采用epiSNP軟件中上位性效應(yīng)計算程序的默認參數(shù)進行計算，獲得具有上位性效應(yīng)的位點。

本發(fā)明在獲得具有上位性效應(yīng)位點后，為了避免出現(xiàn)假陽性或假陰性的結(jié)果，優(yōu)選對得到的上位性效應(yīng)位點間的上位性效應(yīng)的顯著性進行檢測驗證。所述檢測驗證優(yōu)選具體為：分別將InDel1位點和InDel2位點所對應(yīng)的三種基因型個體SL、LL和SS進行分組，然后利用SPSS軟件對分組間的木質(zhì)素含量進行箱圖分析；然后將InDel1位點和InDel2位點之間的九種聯(lián)合基因型個體(SSSS、SSSL、SSLL、SLSS、SLSL、SLLL、LLSS、LLSL和LLLL)進行分組，利用SPSS軟件對這九個分組間的木質(zhì)素含量進行箱圖分析；根據(jù)每個位點單獨分析的木質(zhì)素含量箱圖結(jié)果和兩個位點之間聯(lián)合分析的木質(zhì)素含量箱圖結(jié)果判定上位性效應(yīng)位點間的上位性效應(yīng)的顯著性。如果每個位點單獨分析的木質(zhì)素含量箱圖結(jié)果和兩個位點之間聯(lián)合分析的木質(zhì)素含量箱圖結(jié)果一致，則說明兩個位點間無顯著的上位性效應(yīng)，如果不一致，則說明兩個位點間有顯著的上位性效應(yīng)。

下面結(jié)合實施例對本發(fā)明提供的木質(zhì)素合成途徑中上位性效應(yīng)檢測方法進行詳細的說明，但是不能把它們理解為對本發(fā)明保護范圍的限定。

實施例1

材料取自山東冠縣毛白楊基因庫(全國毛白楊種質(zhì)資源庫)中435株個體。

根據(jù)已有的文獻Shi et al.,2010Towards a systems approach for lignin biosynthesis in Populus trichocarpa:transcript abundance and specificity of the monolignol biosynthetic genes.Plant and Cell Physiology 51,144-163.，選取木本植物中木質(zhì)素合成通路中的兩個基因，咖啡酰-輔酶A甲基轉(zhuǎn)移酶基因6PtoCCoAOMT6和4-香豆酸：輔酶A連接酶基因7Pto4CL7作為目的基因；

根據(jù)咖啡酰-輔酶A甲基轉(zhuǎn)移酶基因6在毛果楊數(shù)據(jù)庫中的DNA序列設(shè)計4對引物，引物對序列分別為SEQ ID NO.1(CCoAOMT1F:5'-CGCCGGACTTGAAATCGAAA-3')和SEQ ID NO.2(CCoAOMT1R:5'-GCATGCCTCACTGAACCAAA-3')、SEQ ID NO.3(CCoAOMT2F:5'-TTGGATTTTGCCCTTCCTGC-3')和SEQ ID NO.4(CCoAOMT2R:5'-ACCATCAACCCTAACCTGCA-3')、SEQ ID NO.5(CCoAOMT3F:5'-TTTGGTTCAGTGAGGCATGC-3')和SEQ ID NO.6(CCoAOMT3R:5'-CGGGCACATCAATACCGTTT-3')以及SEQ ID NO.7(CCoAOMT4F:5'-CCCGAGGAAAAGGTGCAATT-3')和SEQ ID NO.8(CCoAOMT4R:5'-GCCACATCCCTCACTGCTAT-3')；根據(jù)香豆酸：輔酶A連接酶基因7在毛果楊數(shù)據(jù)庫中的DNA序列設(shè)計6對引物，引物對序列分別為SEQ ID NO.9(4CL 1F:5'-GAGTGACGACCTGTGCATAA-3')和SEQ ID NO.10(4CL 1R:5'-AGGAGATGAAGGTGGTGACG-3')、SEQ ID NO.11(4CL 2F:5'-CTTCATCTCCTCCCGTCCTC-3')和SEQ ID NO.12(4CL 2R:5'-ATAGCCCTGCCGTACCATAC-3')、SEQ ID NO.13(4CL 3F:5'-ACCGGGCCACTTATTTACCA-3')和SEQ ID NO.14(4CL 3R:5'-GATTGAAATGCCGACCTCCC-3')、SEQ ID NO.15(4CL 4F:5'-GAGGTCGGCATTTCAATCCC-3')和SEQ ID NO.16(4CL 4R:5'-GCAATGCCTCTAGTTCTGCC-3')、SEQ ID NO.17(4CL5F:5'-GTTGTAGATGCAGCGAGTGG-3')和SEQ ID NO.18(4CL 5R:5'-ACAGACTACCCAATGACGCA-3')、SEQ ID NO.19(4CL5F:5'-GGAGGAGCAGGCGTACATAT-3')和SEQ ID NO.20(4CL 5R:5'-TCAAGCGAAGAGAAACCAACTG-3')；其中，每對引物擴增片段長度不超過2000bp。

從毛白楊基因庫中435株個體中按照地域分布，隨機挑選45株個體的DNA作為模板進行擴增，將獲得的擴增產(chǎn)物進行測序和序列拼接，獲得45株毛白楊的咖啡酰-輔酶A甲基轉(zhuǎn)移酶基因6和香豆酸：輔酶A連接酶基因7的基因序列全長。

利用MEGA軟件中的ClustalW程序針對上述毛白楊咖啡酰-輔酶A甲基轉(zhuǎn)移酶基因6和香豆酸：輔酶A連接酶基因7的序列進行多重比對，確定待測InDel位點；InDel1標記位點位于咖啡酰-輔酶A甲基轉(zhuǎn)移酶基因6第3474位堿基；InDel2標記位點位于4-香豆酸：輔酶A連接酶基因7第5027位堿基。

針對InDel1位點(黑體下劃線標注)，整個自然群體包含兩種類型的DNA模板鏈，其中模板鏈I:5'-AAAAATATTTTCACCATGTATTT-NNNNNNNNNNNN-3'，模板鏈II:5'-AAAAATATTTTCACCATGTATTTNNNNNNNNNNNN-3'。對應(yīng)的InDel位點分別為S(deletion)和L(insertion)。設(shè)計合成一條5'末端用FAM熒光基團進行修飾的正向引物：SEQ ID NO.21(CCoAOMT6ID1F:5'-ATGGTGGCATGGTGAAAAAT-3')和一條正常的不進行熒光修飾的反向引物SEQ ID NO.22(CCoAOMT6ID1R:5'-TGGTGTTCAAAGCAGTCAGC-3')，采用毛白楊基因庫435株個體的DNA進行PCR擴增。

針對InDel2位點(黑體下劃線標注)，整個自然群體包含兩種類型的DNA模板鏈，其中模板鏈I:5'-TCTTCGGTTTACAGGTGGTGTCAAAAAAAATTTT-NNNNNNNNNNNN-3'，模板鏈II:5'-TCTTCGGTTTACAGGTGGTGTCAAAAAAAATTTTNNNNNNNNNNNN-3'。對應(yīng)的InDel位點分別為S(deletion)和L(insertion)。設(shè)計合成一條5'末端用FAM熒光基團進行修飾的正向引物：SEQ ID NO.23(4CL7ID1F:5'-ATCTACGATCAACTTGTGTCTGA-3')和一條正常的不進行熒光修飾的反向引物SEQ ID NO.24(4CL7ID1R:5'-TATCTTGCCAAATTAAATCAC-3')，采用毛白楊基因庫435株個體的DNA進行PCR擴增。PCR擴增的條件為：95℃預(yù)變性5min；95℃變性30s，53～57℃退火30s，72℃延伸30s，35個循環(huán)；最后72℃延伸5min。PCR擴增用擴增體系包括以下組分：0.7μl的12ng/μl待測樣品基因組DNA，0.15μl的0.8UTaq酶，0.3μl 0.2mM的dNTPs，0.9μl 25mM的MgCl2，1.25μl的10×PCR buffer，0.4μl 100nmolL^-1的正向引物和0.4μl100nmolL^-1反向引物和8.4μl的ddH₂O。

將PCR擴增的產(chǎn)物進行毛細管熒光凝膠電泳檢測，若擴增產(chǎn)物中有兩條條帶則該InDel位點的基因型為雜合型SL；若有一條條帶且片段大小與雜合型ID中大的片段相同，則該InDel位點基因型為插入純合型LL；若有一條條帶且片段大小與雜合型ID中小的片段相同，則表示該InDel位點為缺失純合型SS。根據(jù)毛細管熒光凝膠電泳檢測的結(jié)果獲得毛白楊基因庫435株個體在InDel1位點和InDel2位點的基因型數(shù)據(jù)。

測定毛白楊基因庫中435株個體的木質(zhì)素含量，用木粉機將木材打磨成木粉，依次通過40目和60目的篩子篩選后，用近紅外反射光譜測定獲得每個個體的木質(zhì)素含量在7.53％到28.68％之間。經(jīng)篩選，上述InDel1和InDel2位點均具有三種基因型且最小基因型頻率≥5％，位點間具有九種基因型組合。利用epiSNP軟件，結(jié)合上述步驟中的InDel1和InDel2位點的基因型數(shù)據(jù)和木質(zhì)素含量數(shù)據(jù)，利用epiSNP軟件進行上位性效應(yīng)分析。

經(jīng)epiSNP軟件計算獲得，InDel1和InDel2位點的P_I和P_value值均≤1.00E-05，說明上述InDel1和InDel2位點之間對木質(zhì)素含量具有顯著的加性×加性的上位性效應(yīng)。

然后分別對咖啡酰-輔酶A甲基轉(zhuǎn)移酶基因6，PtoCCoAOMT6中的InDel1位點的三種基因型效應(yīng)、香豆酸：輔酶A連接酶基因7，Pto4CL7中的InDel2位點的三種基因型效應(yīng)以及InDel1位點和InDel2位點之間的九種聯(lián)合基因型效應(yīng)進行木質(zhì)素含量的上位性效應(yīng)檢測。將咖啡酰-輔酶A甲基轉(zhuǎn)移酶基因6PtoCCoAOMT6中的InDel1位點所對應(yīng)的三種基因型個體進行分組，利用SPSS軟件對這三個分組間的木質(zhì)素含量進行箱圖分析；將香豆酸：輔酶A連接酶基因7Pto4CL7中的InDel2位點所對應(yīng)的三種基因型的個體進行分組，利用SPSS軟件對這三個分組間的木質(zhì)素含量進行箱圖分析；將InDel1位點和InDel2位點之間的九種聯(lián)合基因型個體進行分組，利用SPSS軟件對這九個分組間的木質(zhì)素含量進行箱圖分析，結(jié)果如圖1、2和圖3所示。由附圖可知，當只考慮單位點的基因型效應(yīng)時，木質(zhì)素的含量在咖啡酰-輔酶A甲基轉(zhuǎn)移酶基因6和香豆酸：輔酶A連接酶基因7的三種基因型之間并沒有顯著的差異；但當考慮上位性效應(yīng)時，木質(zhì)素的含量在兩個位點的九種聯(lián)合基因型之間具有顯著的差異，其中當咖啡酰-輔酶A甲基轉(zhuǎn)移酶基因6的基因型為SS而香豆酸：輔酶A連接酶基因7的基因型為LL時，木質(zhì)素的含量最高；當咖啡酰-輔酶A甲基轉(zhuǎn)移酶基因6的基因型為LL而香豆酸：輔酶A連接酶基因7的基因型為LL時，木質(zhì)素的含量最低。由此可知咖啡酰-輔酶A甲基轉(zhuǎn)移酶基因6和香豆酸：輔酶A連接酶基因7之間產(chǎn)生了非加性的上位性效應(yīng)。

由以上實施例可知，本發(fā)明提供木質(zhì)素合成途徑中上位性效應(yīng)檢測方法，利用InDel位點基因型分型，采用簡單的PCR就可以精準、簡便的測定木質(zhì)素合成通路中的上位性效應(yīng)，實驗技術(shù)成熟，操作簡便；在進行上位性檢測時，可以同時對多個基因的多個位點進行上位性檢測，不僅局限于實施例中的兩個基因內(nèi)的兩個位點，因此，本發(fā)明具有較高的檢測通量；而對檢測出具有上位性效應(yīng)的單個位點的三個分組以及位點之間的九種聯(lián)合基因型分組間的木質(zhì)素含量進行箱圖分析可知，檢測出的位點間的上位性效應(yīng)顯著，因此，檢測結(jié)果可靠。

以上所述僅是本發(fā)明的優(yōu)選實施方式，應(yīng)當指出，對于本技術(shù)領(lǐng)域的普通技術(shù)人員來說，在不脫離本發(fā)明原理的前提下，還可以做出若干改進和潤飾，這些改進和潤飾也應(yīng)視為本發(fā)明的保護范圍。