本發(fā)明屬于n-聚糖合成,具體涉及一種全合成n-聚糖的方法。
背景技術(shù):
1、蛋白質(zhì)n-糖基化是指n-乙酰葡萄糖胺(glcnac)通過βn-鍵連接到天冬酰胺(asn)側(cè)鏈的氮原子上,是最常見的蛋白質(zhì)翻譯后修飾之一。n-糖基化存在于大多數(shù)生物體中,n-糖結(jié)構(gòu)在進(jìn)化中高度保守。所有天然存在的n-糖都含有保守結(jié)構(gòu),稱為核心五糖,在此結(jié)構(gòu)上可以添加或去除不同數(shù)量的單糖,從而在活細(xì)胞中產(chǎn)生極其多樣化的n-糖結(jié)構(gòu)。
2、n-聚糖與蛋白質(zhì)的附著會(huì)影響糖蛋白的許多特性,從而調(diào)節(jié)許多生理過程,例如蛋白質(zhì)折疊、細(xì)胞信號(hào)傳導(dǎo)、細(xì)胞內(nèi)運(yùn)輸、亞細(xì)胞定位和配體-受體相互作用。眾所周知,異常的n-糖基化,包括位點(diǎn)占用率和聚糖結(jié)構(gòu)異常,與癌癥和許多其他疾病有很強(qiáng)的關(guān)系。因此,結(jié)構(gòu)明確的n-糖在基礎(chǔ)研究和藥物化學(xué)中具有巨大的應(yīng)用潛力。例如,核心巖藻糖基化n-糖是被fda批準(zhǔn)用于早期檢測肝細(xì)胞癌(hcc)的生物標(biāo)志物。
3、從天然來源提取一直是獲取結(jié)構(gòu)明確的n-聚糖的主要方法。然而,n-聚糖作為難以分離的混合物以低豐度在自然界存在。近年來,化學(xué)酶法已成為獲取結(jié)構(gòu)確定的n-聚糖的流行策略。該策略依賴于短n-糖前體的化學(xué)合成和隨后的酶擴(kuò)展來獲得復(fù)雜的n-糖。由于結(jié)構(gòu)的復(fù)雜性,需要數(shù)十到一百多個(gè)步驟來制備高級中間體,例如核心五糖和七糖,以實(shí)現(xiàn)酶的多樣化。只有高度專業(yè)化的實(shí)驗(yàn)室才能進(jìn)行如此高要求的合成?;蛘?,酶促降解從蛋黃中提取的唾液酰糖肽(sgp)也可以產(chǎn)生用于酶促延伸的n-糖核心前體。然而,sgp在蛋黃中以低豐度(僅約0.3%(w/w))作為混合物存在,sgp提取過程需要消耗大量的有機(jī)溶劑,并且操作相當(dāng)耗時(shí)和勞動(dòng)密集型。因此,難以獲得足夠數(shù)量的構(gòu)建塊或n-糖核前體來大量構(gòu)建許多n-糖結(jié)構(gòu),一直是糖化學(xué)的障礙。
4、在活細(xì)胞中,n-聚糖的從頭生物合成是從內(nèi)質(zhì)網(wǎng)膜胞質(zhì)側(cè)的多力酚磷酸開始,天冬酰胺連接的糖基轉(zhuǎn)移酶(alg)家族負(fù)責(zé)前幾個(gè)步驟。alg7和alg13/14催化向磷酸多力酚中添加兩個(gè)glcnac殘基,從而產(chǎn)生glcnac?β1,4glcnac-pp-多力醇(gn2-pp-dol)。隨后,alg1和alg2添加三個(gè)甘露糖殘基,使用gdp-d-man作為供體產(chǎn)生man3gn2-pp-dol。alg2是一種雙功能酶,負(fù)責(zé)將α-1,3-和α-1,6-連接的甘露糖添加到alg1(man1gn2-pp-dol)的產(chǎn)物上以形成man3gn2-pp-dol。然后,八種alg酶催化glc3man9gn2-pp-dol的形成,這是蛋白質(zhì)糖基化步驟之前的常見前體。組裝后,glc3man9gn2寡糖通過寡糖轉(zhuǎn)移酶(ost)的βn-連接轉(zhuǎn)移到蛋白質(zhì)的asn殘基。在此結(jié)構(gòu)上進(jìn)一步去除或添加幾個(gè)糖殘基會(huì)在活細(xì)胞中形成極其復(fù)雜的n-糖結(jié)構(gòu)。
5、盡管n-聚糖的生物合成途徑已經(jīng)闡明多年,但人們普遍認(rèn)為,完全遵循天然生物合成途徑酶法制備n-聚糖是不切實(shí)際的。有三個(gè)主要挑戰(zhàn):首先,參與n-聚糖生物合成的酶難以制備;其次,由于結(jié)構(gòu)復(fù)雜,天然多力醇難以合成,人類中主要的多力醇是dol-19(c95脂質(zhì)),具有高度疏水性,不適合用于酶促合成;第三,糖基化供體(糖核苷酸和多力酚磷酸甘露糖)難以大規(guī)模制備。
技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路
1、基于上述現(xiàn)有技術(shù)中存在的問題,發(fā)明人開發(fā)了一種化學(xué)酶促全合成n-聚糖的方法,該方法從常見的起始材料高效組裝,只需幾個(gè)簡單的化學(xué)反應(yīng)和酶促反應(yīng)步驟,合成n-糖核心五糖和核心七糖(多克級);接下來,核心五糖和核心七糖通過糖基轉(zhuǎn)移酶延伸,產(chǎn)生多種對稱和不對稱的n-聚糖。特別是,本發(fā)明提供了一種可逆酶促半乳糖基化作為合成不對稱n-聚糖的保護(hù)策略,成功制備了49個(gè)復(fù)合型不對稱n-聚糖。本發(fā)明所述方法可以大規(guī)模、高效地制備n-聚糖,而且無需繁瑣的純化操作,具有成本低廉、適應(yīng)性強(qiáng)的特點(diǎn)。
2、鑒于此,第一個(gè)方面,本發(fā)明提供式(i)所示核心五糖或式(ii)所示核心七糖的合成方法,
3、
4、式(i)或式(ii)中,
5、表示d-吡喃甘露糖,
6、表示n-乙酰氨基葡萄糖,
7、β4表示一個(gè)糖半縮醛羥基與另一個(gè)糖4位碳上的羥基通過β構(gòu)型的糖苷鍵相連,
8、β2表示一個(gè)糖半縮醛羥基與另一個(gè)糖2位碳上的羥基通過β構(gòu)型的糖苷鍵相連,
9、α3表示一個(gè)糖半縮醛羥基與另一個(gè)糖3位碳上的羥基通過α構(gòu)型的糖苷鍵相連,
10、α6表示一個(gè)糖半縮醛羥基與另一個(gè)糖6位碳上的羥基通過α構(gòu)型的糖苷鍵相連;
11、所述合成方法包括以下步驟:
12、s5:化合物5與化合物c反應(yīng)得到化合物6,其反應(yīng)式如下所示:
13、
14、式中,r選自c6~c95直鏈或支鏈烷基,優(yōu)選為c6~c50直鏈或支鏈烷基,更優(yōu)選為c6~c20直鏈或支鏈烷基,進(jìn)一步優(yōu)選地,r選自:更進(jìn)一步優(yōu)選地,r為
15、s6:化合物6脫乙酰得到化合物7,其反應(yīng)式如下所示:
16、
17、式中,r如步驟s5中所定義;
18、s7:化合物7和鳥苷二磷酸甘露糖(gdp-man)在殼二糖基二磷酸多酚β-甘露糖基轉(zhuǎn)移酶(alg1)或在alg1的氨基酸序列中經(jīng)過取代、缺失或添加一個(gè)或幾個(gè)氨基酸且具有alg1活性的由alg1衍生的蛋白質(zhì)的作用下轉(zhuǎn)變?yōu)榛衔?,其反應(yīng)式如下所示:
19、
20、式中,r如步驟s5中所定義;
21、s8:在α-1,3/1,6-甘露糖基轉(zhuǎn)移酶(alg2)或在alg2的氨基酸序列中經(jīng)過取代、缺失或添加一個(gè)或幾個(gè)氨基酸且具有alg2活性的由alg2衍生的蛋白質(zhì)的作用下,化合物8和鳥苷二磷酸甘露糖(gdp-man)轉(zhuǎn)變?yōu)榛衔?,其反應(yīng)式如下所示:
22、
23、式中,r如步驟s5中所定義;
24、s9:化合物9脫去脂質(zhì)尾部得到式(i)所示的核心五糖,其反應(yīng)式如下所示:
25、
26、s10:在α-1,3-甘露糖糖蛋白2-β-n-乙酰氨基葡萄糖轉(zhuǎn)移酶(mgat1)或在mgat1的氨基酸序列中經(jīng)過取代、缺失或添加一個(gè)或幾個(gè)氨基酸且具有mgat1活性的由mgat1衍生的蛋白質(zhì)的作用下,式(i)所示的核心五糖和尿苷二磷酸n-乙酰氨基葡萄糖(udp-glcnac)轉(zhuǎn)變?yōu)榛衔?8,其反應(yīng)式如下所示:
27、
28、s11:在α-1,6-甘露糖糖蛋白2-β-n-乙酰氨基葡萄糖轉(zhuǎn)移酶(mgat2)或在mgat2的氨基酸序列中經(jīng)過取代、缺失或添加一個(gè)或幾個(gè)氨基酸且具有mgat2活性的由mgat2衍生的蛋白質(zhì)的作用下,化合物28和尿苷二磷酸n-乙酰氨基葡萄糖(udp-glcnac)轉(zhuǎn)變?yōu)槭?ii)所示的核心七糖,其反應(yīng)式如下所示:
29、
30、在具體的實(shí)施方式中,化合物5可以通過以下方法制備:
31、s1:化合物1與乙酸酐發(fā)生反應(yīng)生成化合物2,其反應(yīng)式如下所示:
32、
33、s2:化合物2選擇性脫除1位乙?;玫交衔?,其反應(yīng)式如下所示:
34、
35、s3:化合物3先與4,5-二氰基咪唑、二芐基n,n′-二異丙基亞磷酰胺反應(yīng),后與過氧叔丁醇反應(yīng)得到化合物4,其反應(yīng)式如下所示:
36、
37、s4:化合物4還原得到化合物5,其反應(yīng)式如下所示:
38、
39、步驟s1
40、在一些實(shí)施方式中,反應(yīng)在溶劑1中進(jìn)行,例如,所述溶劑1可以為吡啶;
41、在一些實(shí)施方式中,化合物1與乙酸酐的摩爾比可以為14.5~15.5∶1;
42、在一些實(shí)施方式中,所述反應(yīng)在20~30℃、攪拌條件下進(jìn)行;優(yōu)選地,反應(yīng)終點(diǎn)可以通過薄層層析色譜監(jiān)測;
43、在一些實(shí)施方式中,反應(yīng)完成后,還包括分離純化步驟:將反應(yīng)液中溶劑去除,加入二氯甲烷溶解,經(jīng)洗滌后,收集二氯甲烷相,干燥、濃縮即得到化合物2;優(yōu)選地,洗滌可以為依次經(jīng)1m鹽酸溶液、飽和碳酸氫鈉溶液和飽和氯化鈉溶液洗滌;優(yōu)選地,干燥為使用無水硫酸鈉干燥。
44、步驟s2
45、在一些實(shí)施方式中,反應(yīng)在溶劑2中進(jìn)行,例如,所述溶劑2可以為四氫呋喃;
46、在一些實(shí)施方式中,反應(yīng)在甲醇氨作用下進(jìn)行,例如,甲醇氨中,氨的濃度為6~8mol/l,例如,甲醇氨與溶劑2的體積比為1∶2~4;
47、在一些實(shí)施方式中,反應(yīng)在20~30℃、攪拌條件下進(jìn)行;優(yōu)選地,反應(yīng)終點(diǎn)可以通過薄層層析色譜監(jiān)測;
48、在一些實(shí)施方式中,反應(yīng)完成后,還包括分離純化步驟:在反應(yīng)液中加入二氯甲烷稀釋,洗滌后收集有機(jī)相,經(jīng)干燥、濃縮、柱層析純化后即得到化合物2;優(yōu)選地,洗滌可以為依次經(jīng)1m鹽酸溶液、飽和碳酸氫鈉溶液和飽和氯化鈉溶液洗滌;優(yōu)選地,干燥為使用無水硫酸鈉干燥;優(yōu)選地,柱層析的層析液為二氯甲烷/甲醇=95∶5,v/v。
49、步驟s3
50、在一些實(shí)施方式中,反應(yīng)在溶劑3中進(jìn)行,例如,所述溶劑3可以為乙腈;
51、在一些實(shí)施方式中,化合物3與4,5-二氰基咪唑的摩爾比為1∶2.5~3.5;化合物3與二芐基n,n′-二異丙基亞磷酰胺的摩爾比為1∶1.5~2.5;化合物3與過氧叔丁醇的摩爾比為1∶3.5~4.5;
52、在一些實(shí)施方式中,化合物3與4,5-二氰基咪唑、二芐基n,n′-二異丙基亞磷酰胺反應(yīng),以及與過氧叔丁醇的反應(yīng),均在20~30℃、攪拌條件下進(jìn)行;優(yōu)選地,過氧叔丁醇以癸烷溶液的形式加入反應(yīng)體系;優(yōu)選地,反應(yīng)終點(diǎn)通過薄層層析色譜監(jiān)測;
53、在一些實(shí)施方式中,反應(yīng)完成后,還包括分離純化步驟:反應(yīng)液經(jīng)硅藻土過濾后濃縮,加入二氯甲烷稀釋,經(jīng)洗滌后收集有機(jī)相,經(jīng)干燥、濃縮、柱層析純化后即得到化合物4;優(yōu)選地,洗滌可以為依次經(jīng)1m鹽酸溶液、飽和碳酸氫鈉溶液和飽和氯化鈉溶液洗滌;優(yōu)選地,干燥為使用無水硫酸鈉干燥;優(yōu)選地,柱層析的層析液為二氯甲烷/甲醇=95∶5,v/v。
54、步驟s4
55、在一些實(shí)施方式中,反應(yīng)在溶劑4中進(jìn)行,例如,所述溶劑4可以為甲醇;
56、在一些實(shí)施方式中,反應(yīng)在鈀碳存在下用氫氣進(jìn)行還原,例如化合物4與鈀碳的質(zhì)量比為1∶0.05~0.15;
57、在一些實(shí)施方式中,反應(yīng)在20~30℃、攪拌條件下進(jìn)行;優(yōu)選地,反應(yīng)終點(diǎn)通過薄層層析色譜監(jiān)測;
58、在一些實(shí)施方式中,反應(yīng)完成后,還包括分離純化步驟:反應(yīng)液經(jīng)硅藻土過濾后濃縮,即得化合物5。
59、步驟s5
60、在一些實(shí)施方式中,首先將化合物5溶于溶劑5,例如,所述溶劑5為甲醇,然后加入三乙胺轉(zhuǎn)變?yōu)槿一@鹽;將三乙基銨鹽在溶劑6中用n,n-碳酰二咪唑活化磷酸基團(tuán)后,再與化合物c反應(yīng),例如,溶劑6可以為n,n-二甲基甲酰胺。
61、在一些實(shí)施方式中,化合物5與三乙胺的用量比為1.0g∶0.5~1.5ml;化合物5與n,n-碳酰二咪唑的摩爾比為1∶5~6;化合物5與化合物c的用量比為1∶1.0~1.5;
62、在一些實(shí)施方式中,通過濃縮轉(zhuǎn)變?yōu)槿一@鹽,然后與甲苯共蒸發(fā)去除多余的三乙胺,優(yōu)選地,與甲苯共蒸發(fā)3次;
63、在一些實(shí)施方式中,n,n-碳酰二咪唑活化磷酸基團(tuán)的反應(yīng)條件為室溫下活化3~6h;優(yōu)選地,活化反應(yīng)完成后,加入甲醇淬滅未反應(yīng)的n,n-碳酰二咪唑;
64、在一些實(shí)施方式中,化合物c溶于溶劑7,以溶液的方式加入前述反應(yīng)體系中;優(yōu)選地,溶劑7為二氯甲烷;在一些實(shí)施方式中,與化合物c反應(yīng)的條件為20~30℃、攪拌反應(yīng),反應(yīng)時(shí)間為2~4天;
65、在一些實(shí)施方式中,反應(yīng)完成后,還包括分離純化步驟:將反應(yīng)液濃縮,并通過柱層析純化,即得到化合物6;優(yōu)選地,柱層析的層析液為乙酸乙酯∶甲醇∶水=70∶30∶0.3。
66、在一些實(shí)施方式中,化合物c可以按照如下方法制備:
67、(a)化合物a先與4,5-二氰基咪唑、二芐基n,n′-二異丙基亞磷酰胺反應(yīng),后與過氧叔丁醇反應(yīng)得到磷酸化的化合物b;
68、(b)化合物b被氫氣還原得到化合物c;
69、其反應(yīng)式如下所示:
70、
71、其中,r如步驟s5中所定義;
72、步驟(a)中
73、在一些實(shí)施方式中,化合物a在溶劑3中反應(yīng),例如,所述溶劑3為乙腈;
74、在一些實(shí)施方式中,化合物a與4,5-二氰基咪唑的摩爾比為1∶2.5~3.5;化合物a與二芐基n,n′-二異丙基亞磷酰胺的摩爾比為1∶1.5~2.5;化合物a與過氧叔丁醇的摩爾比為1∶3.5~4.5;
75、在一些實(shí)施方式中,化合物a與4,5-二氰基咪唑、二芐基n,n′-二異丙基亞磷酰胺反應(yīng),以及與過氧叔丁醇的反應(yīng),均在20~30℃、攪拌條件下進(jìn)行;優(yōu)選地,過氧叔丁醇以癸烷溶液的形式加入反應(yīng)體系;優(yōu)選地,反應(yīng)終點(diǎn)通過薄層層析色譜監(jiān)測;
76、在一些實(shí)施方式中,反應(yīng)完成后,還包括分離純化步驟:反應(yīng)液經(jīng)硅藻土過濾后濃縮,加入二氯甲烷稀釋,經(jīng)洗滌后收集有機(jī)相,經(jīng)干燥、濃縮、柱層析純化后即得到化合物b;優(yōu)選地,洗滌可以為依次經(jīng)1m鹽酸溶液、飽和碳酸氫鈉溶液和飽和氯化鈉溶液洗滌;優(yōu)選地,干燥為使用無水硫酸鈉干燥;優(yōu)選地,柱層析的層析液為二氯甲烷/甲醇=85∶5,v/v;
77、步驟(b)中
78、在一些實(shí)施方式中,化合物b在甲醇中還原,在一些實(shí)施方式中,化合物b在加氫催化劑存在下被氫氣還原,例如,所述加氫催化劑為鈀碳;
79、在一些實(shí)施方式中,反應(yīng)完成后,還包括分離純化步驟:反應(yīng)液經(jīng)硅藻土過濾后濃縮,即得到化合物c。
80、步驟s6
81、在一些實(shí)施方式中,反應(yīng)在溶劑8中進(jìn)行,例如,溶劑8為二氯甲烷、甲醇混合溶劑,優(yōu)選地,其中二氯甲烷與甲醇比為1∶1,v/v;
82、在一些實(shí)施方式中,化合物6在甲醇鈉存在下發(fā)生脫乙酰反應(yīng)?;衔?與甲醇鈉的摩爾比為1∶1.5~2.5;優(yōu)選地,甲醇鈉以溶液的形式加入反應(yīng)體系,溶劑優(yōu)選為甲醇;
83、在一些實(shí)施方式中,所述反應(yīng)在20~30℃、攪拌條件下進(jìn)行,反應(yīng)時(shí)間為8~14h;
84、在一些實(shí)施方式中,反應(yīng)完成后,還包括分離純化步驟:反應(yīng)液使用氫型離子交換樹脂中和后過濾,濾液濃縮后即得到化合物7。
85、步驟s7
86、在一些實(shí)施方式中,所述殼二糖基二磷酸多酚β-甘露糖基轉(zhuǎn)移酶(alg1),是釀酒酵母saccharomyces?cerevisiae來源的;特別地,其氨基酸序列如seq?id:1所示。
87、在一些實(shí)施方式中,反應(yīng)在mg2+存在下進(jìn)行;
88、在一些實(shí)施方式中,反應(yīng)在ph值為6-9,例如6.5、7.0、7.2、7.5、7.8、8.0、8.5等,優(yōu)選為7.4的條件下進(jìn)行。
89、步驟s8
90、在一些實(shí)施方式中,α-1,3/1,6-甘露糖基轉(zhuǎn)移酶(alg2)是人來源的;特別地,其氨基酸序列如seq?id:2所示。
91、在一些實(shí)施方式中,反應(yīng)在mg2+存在下進(jìn)行;
92、在一些實(shí)施方式中,反應(yīng)在ph值為7-8,例如7.0、7.2、7.4、7.5、7.8、8.0等,優(yōu)選為7.4的條件下進(jìn)行。
93、步驟s9
94、在一些實(shí)施方式中,反應(yīng)在hcl溶液中進(jìn)行。例如,hcl溶液中hcl的濃度為0.5~1.5m。
95、在一些實(shí)施方式中,反應(yīng)溫度為60-80℃,優(yōu)選70℃,反應(yīng)時(shí)間為1.5~2.5h。
96、步驟s10
97、在一些實(shí)施方式中,α-1,3-甘露糖糖蛋白2-β-n-乙酰氨基葡萄糖轉(zhuǎn)移酶(mgat1)是人來源的,特別地,其氨基酸序列如seq?id:3所示。
98、在一些實(shí)施方式中,反應(yīng)在mn2+、mg2+存在下進(jìn)行;
99、在一些實(shí)施方式中,反應(yīng)在ph值為7-8,例如7.0、7.2、7.4、7.5、7.8、8.0等,優(yōu)選為7.4的條件下進(jìn)行。
100、步驟s11
101、在一些實(shí)施方式中,α-1,6-甘露糖糖蛋白2-β-n-乙酰氨基葡萄糖轉(zhuǎn)移酶(mgat2)是人來源的;特別地,其氨基酸序列如seq?id:4所示。
102、在一些實(shí)施方式中,反應(yīng)在mn2+、mg2+存在下進(jìn)行;
103、在一些實(shí)施方式中,反應(yīng)在ph值為7-8,例如7.0、7.2、7.4、7.5、7.8、8.0等,優(yōu)選為7.4的條件下進(jìn)行。
104、在一些實(shí)施方式中,步驟s7和s8可以分開進(jìn)行或者按照一鍋法在同一反應(yīng)體系中進(jìn)行。
105、在一個(gè)具體的實(shí)施方式中,步驟s7和s8在同一反應(yīng)體系中進(jìn)行,此時(shí)可以將化合物7、鳥苷二磷酸甘露糖(gdp-man)作為底物,在金屬mg2+存在下,在步驟s7中所述的殼二糖基二磷酸多酚β-甘露糖基轉(zhuǎn)移酶(alg1)或在alg1的氨基酸序列中經(jīng)過取代、缺失或添加一個(gè)或幾個(gè)氨基酸且具有alg1活性的由alg1衍生的蛋白質(zhì)和步驟s8中所述的α-1,3/1,6-甘露糖基轉(zhuǎn)移酶(alg2)或在alg2的氨基酸序列中經(jīng)過取代、缺失或添加一個(gè)或幾個(gè)氨基酸且具有alg2活性的由alg2衍生的蛋白質(zhì)的作用下,催化合成man3-gn2-pp-lipid(化合物9),其反應(yīng)式如下:
106、
107、在一個(gè)具體的實(shí)施方式中,步驟s10、s11可以分開進(jìn)行或者按照一鍋法在同一反應(yīng)體系中進(jìn)行。
108、在一些實(shí)施方式中,步驟s10、s11在同一反應(yīng)體系中進(jìn)行,此時(shí)可以將式(i)所示的核心五糖、尿苷二磷酸n-乙酰氨基葡萄糖(udp-glcnac)作為底物,在金屬mg2+、mn2+存在下,在步驟s10中所述的α-1,3-甘露糖糖蛋白2-β-n-乙酰氨基葡萄糖轉(zhuǎn)移酶(mgat1)或在mgat1的氨基酸序列中經(jīng)過取代、缺失或添加一個(gè)或幾個(gè)氨基酸且具有mgat1活性的由mgat1衍生的蛋白質(zhì),和步驟s11中所述的α-1,6-甘露糖糖蛋白2-β-n-乙酰氨基葡萄糖轉(zhuǎn)移酶(mgat2)或在mgat2的氨基酸序列中經(jīng)過取代、缺失或添加一個(gè)或幾個(gè)氨基酸且具有mgat2活性的由mgat2衍生的蛋白質(zhì)的作用下,催化合成式(ii)所示的核心七糖glcnac2-man3-glcnac2,其反應(yīng)式如下:
109、
110、第二個(gè)方面,本發(fā)明提供一種制備式(iii)所示的n-聚糖的方法,
111、
112、在式(iii)中,
113、表示d-吡喃甘露糖,
114、表示n-乙酰氨基葡萄糖,
115、表示n-乙酰神經(jīng)氨酸,
116、表示d-吡喃半乳糖,
117、表示l-吡喃巖藻糖,
118、β4表示一個(gè)糖半縮醛羥基與另一個(gè)糖4位碳上的羥基通過β構(gòu)型的糖苷鍵相連,
119、β2表示一個(gè)糖半縮醛羥基與另一個(gè)糖2位碳上的羥基通過β構(gòu)型的糖苷鍵相連,
120、α3表示一個(gè)糖半縮醛羥基與另一個(gè)糖3位碳上的羥基通過α構(gòu)型的糖苷鍵相連,
121、α6表示一個(gè)糖半縮醛羥基與另一個(gè)糖6位碳上的羥基通過α構(gòu)型的糖苷鍵相連;
122、---表示含有或者不含有上述單糖結(jié)構(gòu);
123、所述方法包括:在前述n-聚糖中式(i)所示核心五糖或式(ii)所示核心七糖的合成方法的基礎(chǔ)上,通過酶促反應(yīng)或化學(xué)反應(yīng)延伸核心五糖或核心七糖,以制備式(iii)所示n-聚糖;
124、其中,所述酶促反應(yīng)或化學(xué)反應(yīng)選自以下一種或多種:
125、(1)在β1,3-半乳糖基化轉(zhuǎn)移酶(b3galt)或在b3galt的氨基酸序列中經(jīng)過取代、缺失或添加一個(gè)或幾個(gè)氨基酸且具有b3galt活性的由b3galt衍生的蛋白質(zhì)的作用下,n-聚糖與尿苷二磷酰半乳糖(udp-gal)反應(yīng),在n-聚糖的天線末端處的n-乙酰氨基葡萄糖a上添加以β1,3-糖苷鍵連接的半乳糖c;
126、優(yōu)選地,所述b3galt是紫羅蘭色桿菌chromobacterium?violaceum來源的;特別地,其氨基酸序列如seq?id:5所示;
127、優(yōu)選地,上述酶促反應(yīng)在mg2+存在下進(jìn)行;反應(yīng)體系的ph值為6至9,優(yōu)選為約7.5;
128、(2)在β1,4-半乳糖基化轉(zhuǎn)移酶(b4galt)或在b4galt的氨基酸序列中經(jīng)過取代、缺失或添加一個(gè)或幾個(gè)氨基酸且具有b4galt活性的由b4galt衍生的蛋白質(zhì)的作用下,n-聚糖與尿苷二磷酰半乳糖(udp-gal)反應(yīng),在n-聚糖的天線末端處的n-乙酰氨基葡萄糖基a和/或b上添加以β1,4-糖苷鍵連接的半乳糖c和/或d;
129、優(yōu)選地,所述b4galt是人來源的;特別地,其氨基酸序列如seq?id:6所示;
130、優(yōu)選地,上述酶促反應(yīng)在mn2+存在下進(jìn)行;反應(yīng)體系的ph值為6至9,優(yōu)選為約7.5;
131、(3)在α2,6-唾液酸轉(zhuǎn)移酶(pd2,6st)或在pd2,6st的氨基酸序列中經(jīng)過取代、缺失或添加一個(gè)或幾個(gè)氨基酸且具有pd2,6st活性的由pd2,6st衍生的蛋白質(zhì),或者在α2,6-唾液酸轉(zhuǎn)移酶(st6gal1)或在st6gal1的氨基酸序列中經(jīng)過取代、缺失或添加一個(gè)或幾個(gè)氨基酸且具有st6gal1活性的由st6gal1衍生的蛋白質(zhì)的作用下,n-聚糖和與胞苷單磷酰n-乙酰神經(jīng)氨酸(cmp-neu5ac)反應(yīng),在n-聚糖的天線末端處的半乳糖基c和/或d上添加以α2,6-糖苷鍵連接的n-乙酰神經(jīng)氨酸e和/或f;
132、優(yōu)選地,所述pd2,6st是光桿菌屬photobacterium?damsela來源的;特別地,其氨基酸序列如seq?id:7所示;所述st6ga11是人來源的,特別地,其氨基酸序列如seq?id:8所示;
133、優(yōu)選地,上述酶促反應(yīng)在mg2+存在條件下進(jìn)行,反應(yīng)體系的ph值為6至9,優(yōu)選為約7.5;
134、(4)在α2,3-唾液酸轉(zhuǎn)移酶(btst)或在btst的氨基酸序列中經(jīng)過取代、缺失或添加一個(gè)或幾個(gè)氨基酸且具有btst活性的由btst衍生的蛋白質(zhì),或者在α2,3-唾液酸轉(zhuǎn)移酶(ppst)或在ppst的氨基酸序列中經(jīng)過取代、缺失或添加一個(gè)或幾個(gè)氨基酸且具有ppst活性的由ppst衍生的蛋白質(zhì)的作用下,n-聚糖與胞苷單磷酰n-乙酰神經(jīng)氨酸(cmp-neu5ac)反應(yīng),在n-聚糖的天線末端處的半乳糖基c和/或d上添加以α2,3-糖苷鍵連接的n-乙酰神經(jīng)氨酸e和/或f;
135、優(yōu)選地,所述btst是比伯斯坦氏菌bibersteinia?trehalosi來源的,特別地,其氨基酸序列如seq?id:9所示;所述ppst是磷光桿菌photobacterium?phosphoreum來源的,特別地,其氨基酸序列如seq?id:10所示;
136、優(yōu)選地,上述酶促反應(yīng)在mg2+存在條件下進(jìn)行;反應(yīng)體系的ph值為6至9,優(yōu)選為約7.5。
137、(5)在α1,3-巖藻糖基轉(zhuǎn)移酶(fuct)或在fuct的氨基酸序列中經(jīng)過取代、缺失或添加一個(gè)或幾個(gè)氨基酸且具有fuct活性的由fuct衍生的蛋白質(zhì)的作用下,n-聚糖與鳥苷二磷酸巖藻糖(gdp-fucose)反應(yīng),在n-聚糖的天線上的n-乙酰氨基葡萄糖基a和/或b上添加以α1,3-糖苷鍵連接的巖藻糖g和/或h;
138、優(yōu)選地,所述fuct是幽門螺桿菌helicobacter?pylori來源的;特別地,其氨基酸序列如seq?id:11所示;
139、優(yōu)選地,上述酶促反應(yīng)在mg2+存在條件下進(jìn)行;反應(yīng)體系的ph值為6至9,優(yōu)選為約7.5。
140、(6)在β1,3-半乳糖基化水解酶(b3galh)或在b3galh的氨基酸序列中經(jīng)過取代、缺失或添加一個(gè)或幾個(gè)氨基酸且具有b3galh活性的由b3galh衍生的蛋白質(zhì)的作用下,去掉n-聚糖的天線末端的以β1,3-糖苷鍵連接在n-乙酰氨基葡萄糖a上的半乳糖c;
141、優(yōu)選地,上述酶促反應(yīng)的反應(yīng)體系的ph值為6至9,優(yōu)選為約7.0;
142、(7)在β1,4-半乳糖基化水解酶(b4galh)或在b4galh的氨基酸序列中經(jīng)過取代、缺失或添加一個(gè)或幾個(gè)氨基酸且具有b4galh活性的由b4galh衍生的蛋白質(zhì)的作用下,去掉n-聚糖的天線末端的以β1,4-糖苷鍵連接在n-乙酰氨基葡萄糖a和/或b上的半乳糖c和/或d;
143、優(yōu)選地,上述酶促反應(yīng)的反應(yīng)體系的ph值為6至9,優(yōu)選為約7.0;
144、(8)在β1,2-n-乙酰氨基葡萄糖基化水解酶(glcnach)或在glcnach的氨基酸序列中經(jīng)過取代、缺失或添加一個(gè)或幾個(gè)氨基酸且具有g(shù)lcnach活性的由glcnach衍生的蛋白質(zhì)的作用下,去掉n-聚糖的天線末端的以β1,2-糖苷鍵連接在半乳糖上的n-乙酰氨基葡萄糖a和/或b;
145、優(yōu)選地,上述酶促反應(yīng)的反應(yīng)體系的ph值為6至9,優(yōu)選為約7.0。
146、(9)在五角鏈球菌streptococcus?penumoniae來源的α2,3-唾液酸水解酶(nanc)或在nanc的氨基酸序列中經(jīng)過取代、缺失或添加一個(gè)或幾個(gè)氨基酸且具有nanc活性的由nanc衍生的蛋白質(zhì)的作用下,去掉n-聚糖天線末端的以α2,3-糖苷鍵連接在半乳糖基c和/或d上的n-乙酰神經(jīng)氨酸e和/或f;
147、優(yōu)選地,所述nanc是五角鏈球菌streptococcus?penumoniae來源的;
148、優(yōu)選地,上述酶促反應(yīng)的反應(yīng)體系的ph值為6至9,優(yōu)選為約7.0。
149、(10)在α1,3-巖藻糖基水解酶(fuch)或在fuch的氨基酸序列中經(jīng)過取代、缺失或添加一個(gè)或幾個(gè)氨基酸且具有fuch活性的由fuch衍生的蛋白質(zhì)的作用下,去掉n-聚糖的以α1,3-糖苷鍵連接在n-聚糖的天線上的n-乙酰氨基葡萄糖基a和/或b上的巖藻糖g和/或h;
150、優(yōu)選地,上述酶促反應(yīng)的反應(yīng)體系的ph值為6至9,優(yōu)選為約7.0;
151、(11)在醋酸的作用下,去掉n-聚糖天線末端處的以α2,6-糖苷鍵連接在半乳糖基c或d上的n-乙酰神經(jīng)氨酸e和/或f;
152、優(yōu)選地,醋酸以醋酸水溶液的形式,其濃度為1.5-2.5m;反應(yīng)的溫度為70~90℃;
153、優(yōu)選地,反應(yīng)完成后經(jīng)加入碳酸氫鈉中和反應(yīng),用p2柱濃縮純化,得到目標(biāo)產(chǎn)物。
154、上述步驟(1)-(11)中,可以進(jìn)一步包括分離純化步驟。具體地,所述純化步驟包括:在反應(yīng)結(jié)束后,加入乙醇,固液分離(例如,10000g,離心10分鐘),上清液用p2柱濃縮純化,得目標(biāo)產(chǎn)物。
155、在一些實(shí)施方式中,式(iii)所示的n-聚糖選自以下結(jié)構(gòu)所示的化合物:
156、
157、
158、
159、在一些實(shí)施方式中,上述制備由(iii)所示的n-聚糖的方法包括如下步驟:
160、
161、(a)以式(ii)所示的核心七糖為底物,在β1,3-半乳糖基化轉(zhuǎn)移酶(b3galt)或在b3galt的氨基酸序列中經(jīng)過取代、缺失或添加一個(gè)或幾個(gè)氨基酸且具有b3galt活性的由b3galt衍生的蛋白質(zhì)的作用下,在式(ii)所示的核心七糖的天線末端處的n-乙酰氨基葡萄糖a上添加一個(gè)以β1,3-糖苷鍵連接的半乳糖c,得到化合物40;
162、(b)然后在β1,4-半乳糖基化轉(zhuǎn)移酶(b4galt)或在b4galt的氨基酸序列中經(jīng)過取代、缺失或添加一個(gè)或幾個(gè)氨基酸且具有b4galt活性的由b4galt衍生的蛋白質(zhì)的作用下,在化合物40天線末端處n-乙酰氨基葡萄糖b上添加一個(gè)以β1,4-糖苷鍵連接的半乳糖d,得到化合物41;
163、(c)隨后在β1,3-半乳糖基化水解酶(b3galh)或在b4galh的氨基酸序列中經(jīng)過取代、缺失或添加一個(gè)或幾個(gè)氨基酸且具有b4galh活性的由b4galh衍生的蛋白質(zhì)的作用下,去掉末端的以β1,3-糖苷鍵連接的半乳糖c,得到不對稱雙天線n-聚糖42。
164、在一些實(shí)施方式中,上述制備由(iii)所示的雙天線n-聚糖的方法還包括以下反應(yīng)式所示方法:
165、
166、
167、
168、具體步驟包括:
169、(d)在β1,4-半乳糖基化轉(zhuǎn)移酶(b4galt)或在b4galt的氨基酸序列中經(jīng)過取代、缺失或添加一個(gè)或幾個(gè)氨基酸且具有b4galt活性的由b4galt衍生的蛋白質(zhì)的作用下,式(ii)化合物、化合物28、化合物43、化合物49、化合物53、化合物56、化合物61、化合物64和尿苷二磷酰半乳糖(udp-gal)反應(yīng),在n-聚糖的天線末端處的n-乙酰氨基葡萄糖基上添加以β1,4-糖苷鍵連接的半乳糖,分別得到化合物30、化合物35、化合物44、化合物50、化合物54、化合物57、化合物62、化合物65;
170、(e)在α2,6-唾液酸轉(zhuǎn)移酶(pd2,6st)或在pd2,6st的氨基酸序列中經(jīng)過取代、缺失或添加一個(gè)或幾個(gè)氨基酸且具有pd2,6st活性的由pd2,6st衍生的蛋白質(zhì),或者在α2,6-唾液酸轉(zhuǎn)移酶(st6gal1)或在st6gal1的氨基酸序列中經(jīng)過取代、缺失或添加一個(gè)或幾個(gè)氨基酸且具有st6gal1活性的由st6gal1衍生的蛋白質(zhì)的作用下,化合物30、化合物35、化合物42、化合物44、化合物57、化合物72分別與胞苷單磷酰n-乙酰神經(jīng)氨酸(cmp-neu5ac)反應(yīng),在n-聚糖的天線末端處的半乳糖基上添加以α2,6-糖苷鍵連接的n-乙酰神經(jīng)氨酸,分別得到化合物33、化合物38、化合物61、化合物48、化合物68、化合物77;
171、(f)在α2,3-唾液酸轉(zhuǎn)移酶(btst)或在btst的氨基酸序列中經(jīng)過取代、缺失或添加一個(gè)或幾個(gè)氨基酸且具有btst活性的由btst衍生的蛋白質(zhì),或者在α2,3-唾液酸轉(zhuǎn)移酶(ppst)或在ppst的氨基酸序列中經(jīng)過取代、缺失或添加一個(gè)或幾個(gè)氨基酸且具有ppst活性的由ppst衍生的蛋白質(zhì)的作用下,化合物30、化合物31、化合物35、化合物36、化合物42、化合物45、化合物52、化合物57、化合物65、化合物68、化合物70、化合物72、化合物74分別與胞苷單磷酰n-乙酰神經(jīng)氨酸(cmp-neu5ac)反應(yīng),在n-聚糖的天線末端處的半乳糖基上添加以α2,3-糖苷鍵連接的n-乙酰神經(jīng)氨酸,分別得到化合物32、化合物34、化合物37、化合物39、化合物43、化合物46、化合物53、化合物58、化合物66、化合物69、化合物71、化合物75、化合物76;
172、(g)在α1,3-巖藻糖基轉(zhuǎn)移酶(fuct)或在fuct的氨基酸序列中經(jīng)過取代、缺失或添加一個(gè)或幾個(gè)氨基酸且具有fuct活性的由fuct衍生的蛋白質(zhì)的作用下,化合物31、化合物35、化合物51、化合物54、化合物42、化合物62、化合物65、化合物72分別與鳥苷二磷酸巖藻糖(gdp-fucose)反應(yīng),在n-聚糖的天線上的n-乙酰氨基葡萄糖基上添加以α1,3-糖苷鍵連接的巖藻糖,得到化合物32、化合物36、化合物52、化合物55、化合物56、化合物70、化合物67、化合物74;
173、(h)在β1,3-半乳糖基化水解酶(b3galh)或在b3galh的氨基酸序列中經(jīng)過取代、缺失或添加一個(gè)或幾個(gè)氨基酸且具有b3galh活性的由b3galh衍生的蛋白質(zhì)的作用下,去掉化合物41的天線末端的以β1,3-糖苷鍵連接在n-乙酰氨基葡萄糖上的半乳糖,得到化合物42;
174、(i)在β1,4-半乳糖基化水解酶(b4galh)或在b4galh的氨基酸序列中經(jīng)過取代、缺失或添加一個(gè)或幾個(gè)氨基酸且具有b4galh活性的由b4galh衍生的蛋白質(zhì)的作用下,去掉化合物49、化合物59或化合物72的天線末端的以β1,4-糖苷鍵連接在n-乙酰氨基葡萄糖上的半乳糖,分別得到化合物50、化合物60、化合物73;
175、(j)在β1,2-n-乙酰氨基葡萄糖基化水解酶(glcnach)或在glcnach的氨基酸序列中經(jīng)過取代、缺失或添加一個(gè)或幾個(gè)氨基酸且具有g(shù)lcnach活性的由glcnach衍生的蛋白質(zhì)的作用下,去掉化合物42的天線末端的以β1,2-糖苷鍵連接在半乳糖上的n-乙酰氨基葡萄糖,得到化合物72;
176、(k)在五角鏈球菌streptococcus?penumoniae來源的α2,3-唾液酸水解酶(nanc)或在nanc的氨基酸序列中經(jīng)過取代、缺失或添加一個(gè)或幾個(gè)氨基酸且具有nanc活性的由nanc衍生的蛋白質(zhì)的作用下,去掉化合物45或化合物48天線末端的以α2,3-糖苷鍵連接在半乳糖基上的n-乙酰神經(jīng)氨酸,分別得到化合物47、化合物49;
177、(1)在α1,3-巖藻糖基水解酶(fuch)或在fuch的氨基酸序列中經(jīng)過取代、缺失或添加一個(gè)或幾個(gè)氨基酸且具有fuch活性的由fuch衍生的蛋白質(zhì)的作用下,去掉化合物58的以α1,3-糖苷鍵連接在n-聚糖的天線上的n-乙酰氨基葡萄糖基上的巖藻糖,得到化合物59:
178、(m)在醋酸的作用下,去掉化合物50天線末端處的以α2,6-糖苷鍵連接在半乳糖基上的n-乙酰神經(jīng)氨酸,得到化合物51。