本公開涉及具有降低的體內(nèi)免疫原性的經(jīng)修飾細(xì)胞，例如嵌合抗原受體(car)免疫細(xì)胞和/或外源t細(xì)胞受體(etcr)免疫細(xì)胞，及其用途。

背景技術(shù)：

1、基于細(xì)胞的免疫療法是一個正在快速發(fā)展的研究領(lǐng)域，用于開發(fā)治療包括癌癥在內(nèi)的各種疾病的新穎且改進的方法。多種療法已獲得批準(zhǔn)，包括自受試者分離t細(xì)胞，修飾t細(xì)胞以使其表達能夠使t細(xì)胞靶向特定抗原的嵌合抗原受體(car)或外源t細(xì)胞受體(etcr)，以及將經(jīng)修飾的t細(xì)胞再施用同一受試者。盡管自體car-t或etcr療法已被證明非常有前景，但此過程可為既耗時又昂貴的，且至少部分歸因于供體變化性而具有不一致的結(jié)果。

2、簡化所述過程的一種方法是創(chuàng)建“現(xiàn)成的(off-the-shelf)”經(jīng)修飾免疫細(xì)胞，所述細(xì)胞來源于誘導(dǎo)性多能干細(xì)胞(ipsc)。然而，向患者施用hla不匹配的ipsc源性免疫細(xì)胞將可能在患者體內(nèi)產(chǎn)生免疫反應(yīng)，導(dǎo)致患者排斥細(xì)胞療法。因此，本領(lǐng)域中仍然需要開發(fā)能夠逃避患者免疫反應(yīng)的ipsc源性細(xì)胞療法。

技術(shù)實現(xiàn)思路

1、本公開至少部分地提供新穎方法和經(jīng)修飾細(xì)胞，當(dāng)將所述細(xì)胞(例如用car或tcr轉(zhuǎn)導(dǎo)且含有本文所描述的某些修飾的免疫細(xì)胞或誘導(dǎo)性多能細(xì)胞群體)作為細(xì)胞治療產(chǎn)品施用患者時，其能夠逃避患者的免疫系統(tǒng)的殺傷作用。本發(fā)明至少部分地基于以下發(fā)現(xiàn)：減少內(nèi)源性mhc-i?hla和mhc-ii?hla的表達，同時在細(xì)胞(例如免疫細(xì)胞)中表達顯性負(fù)性fas(fas-dn)和hla-e使得細(xì)胞意外地能夠不僅通過逃避自然殺手(nk)細(xì)胞介導(dǎo)的殺傷作用和t細(xì)胞介導(dǎo)的殺傷作用，而且還通過避免fas介導(dǎo)的細(xì)胞凋亡而在體內(nèi)具有較長的持久性。此類修飾組合有助于清除現(xiàn)成免疫細(xì)胞療法的主要障礙。

2、本公開的一些方面涉及一種經(jīng)修飾細(xì)胞，其包含：(i)嵌合抗原受體(car)和/或外源t細(xì)胞受體(etcr)；(ii)相對于相同細(xì)胞類型的野生型細(xì)胞表達減少的內(nèi)源性mhc-i人白細(xì)胞抗原(hla)；(iii)相對于相同細(xì)胞類型的野生型細(xì)胞表達減少的內(nèi)源性mhc-ii人白細(xì)胞抗原(hla)；以及(iv)包含顯性負(fù)性fas?(fas-dn)、fas-cd27嵌合多肽(fas-cd27)、fas-4-1bb嵌合多肽(fas-bb)、fas-ox40嵌合多肽(fas-ox40)或其任何組合的多肽。

3、在一些方面中，mhc-i人白細(xì)胞抗原是hla-a、hla-b和hla-c。在一些方面中，mhc-ii人白細(xì)胞抗原是hla-dp、hla-dq和hla-dr。在一些方面中，mhc-i人白細(xì)胞抗原的表達減少是由一個或多個編碼β-2-微球蛋白(b2m)的內(nèi)源基因的突變或缺失引起的。在一些方面中，內(nèi)源性mhc-ii人白細(xì)胞抗原的表達減少是由一個或多個編碼ii類主要組織兼容性復(fù)合體反式激活蛋白(ciita)的內(nèi)源基因的突變或缺失引起的。

4、在一些方面中，所述細(xì)胞還包含相對于相同細(xì)胞類型的野生型細(xì)胞表達減少的內(nèi)源性cd58。在一些方面中，cd58的表達減少是由一個或多個編碼cd58的內(nèi)源基因的突變或缺失引起的。在一些方面中，所述細(xì)胞包含編碼fas-dn的核酸。在一些方面中，所述細(xì)胞包含編碼fas-cd27的核酸。在一些方面中，所述細(xì)胞包含編碼fas-bb的核酸。在一些方面中，所述細(xì)胞包含編碼fas-ox40的核酸。

5、本公開的一些方面涉及一種經(jīng)修飾細(xì)胞，其包含：(i)?car或etcr；(ii)相對于相同細(xì)胞類型的野生型細(xì)胞表達減少的內(nèi)源性mhc-i人白細(xì)胞抗原(hla)；(iii)相對于相同細(xì)胞類型的野生型細(xì)胞表達減少的內(nèi)源性mhc-ii人白細(xì)胞抗原(hla)；和(iv)?fas-dn。

6、本公開的一些方面涉及一種細(xì)胞，其包含：(i)?car或etcr；(ii)相對于相同細(xì)胞類型的野生型細(xì)胞表達減少的內(nèi)源性mhc-i人白細(xì)胞抗原(hla)；(iii)相對于相同細(xì)胞類型的野生型細(xì)胞表達減少的內(nèi)源性mhc-ii人白細(xì)胞抗原(hla)；和(iv)?fas-cd27。

7、本公開的一些方面涉及一種細(xì)胞，其包含：(i)?car或etcr；(ii)相對于相同細(xì)胞類型的野生型細(xì)胞表達減少的內(nèi)源性mhc-i人白細(xì)胞抗原(hla)；(iii)相對于相同細(xì)胞類型的野生型細(xì)胞表達減少的內(nèi)源性mhc-ii人白細(xì)胞抗原(hla)；和(iv)?fas-bb。

8、本公開的一些方面涉及一種細(xì)胞，其包含：(i)?car或etcr；(ii)相對于相同細(xì)胞類型的野生型細(xì)胞表達減少的內(nèi)源性mhc-i人白細(xì)胞抗原(hla)；(iii)相對于相同細(xì)胞類型的野生型細(xì)胞表達減少的內(nèi)源性mhc-ii人白細(xì)胞抗原(hla)；和(iv)?fas-ox40。

9、在一些方面中，所述細(xì)胞還包含相對于相同細(xì)胞類型的野生型細(xì)胞表達減少的內(nèi)源性cd58。在一些方面中，cd58的表達減少是由一個或多個編碼cd58的內(nèi)源基因的突變或缺失引起的。

10、在一些方面中，所述細(xì)胞還包含相對于相同細(xì)胞類型的野生型細(xì)胞表達減少的內(nèi)源性脊髓灰白質(zhì)炎病毒受體(pvr)。在一些方面中，pvr的表達減少是由一個或多個編碼pvr的內(nèi)源基因的突變或缺失引起的。

11、在一些方面中，所述細(xì)胞還包含相對于相同細(xì)胞類型的野生型細(xì)胞表達增加的hla-e。在一些方面中，hla-e的表達增加是由以下之一引起：(i)將編碼hla-e多肽的核酸引入所述細(xì)胞中；和(ii)修飾編碼hla-e多肽的內(nèi)源基因，其中所述修飾使得內(nèi)源性hla-e多肽的表達增加；或(iii)?(i)和(ii)二者。在一些方面中，hla-e多肽是包含與b2m多肽連接的hla-e多肽的嵌合多肽。

12、在一些方面中，所述方法還包括用編碼白介素15?(il15)多肽的核酸轉(zhuǎn)染細(xì)胞。在一些方面中，il15多肽是膜結(jié)合的il15/il15rα融合多肽(mil15/ra)。

13、在一些方面中，所述方法還包括將編碼人趨化因子(c-c模體)配體19?(ccl19)多肽的異源核酸引入細(xì)胞中。

14、在一些方面中，細(xì)胞是免疫細(xì)胞、誘導(dǎo)性多能干細(xì)胞(ipsc)或由ipsc分化的細(xì)胞。在一些方面中，細(xì)胞是免疫細(xì)胞或由ipsc分化的造血干細(xì)胞。在一些方面中，細(xì)胞包含t細(xì)胞、nk細(xì)胞、nkt細(xì)胞或腫瘤浸潤性淋巴細(xì)胞。

15、在一些方面中，car或etcr包含特異性結(jié)合腫瘤抗原的抗原結(jié)合結(jié)構(gòu)域。在一些方面中，腫瘤抗原包含cd19、cd20、ror1、cd22、癌胚抗原、α胎蛋白、ca-125、5t4、muc-1、上皮腫瘤抗原、前列腺特異性抗原、黑色素瘤相關(guān)抗原、突變型p53、突變型ras、her2/neu、葉酸結(jié)合蛋白、hiv-1包膜糖蛋白gpl20、hiv-1包膜糖蛋白gp41、gd2、cd123、cd33、cd138、cd23、cd30、cd56、c-met、間皮素、gd3、herv-k、il-llrα、κ鏈、λ鏈、cspg4、erbb2、egfrviii、vegfr2、her2-her3組合、her1-her2組合、ny-eso-1、滑膜肉瘤x斷點2?(ssx2)、黑色素瘤抗原(mage)、t細(xì)胞識別的黑色素瘤抗原1?(mart-1)、gp100、前列腺特異性抗原(psa)、前列腺特異性膜抗原(psma)、前列腺干細(xì)胞抗原(psca)、gpc3、bcma、gcc、adgre、密封蛋白(claudin)或其任何組合。

16、本公開的一些方面涉及根據(jù)本文所公開的方法制備的細(xì)胞。在一些方面中，相對于相同細(xì)胞類型的野生型細(xì)胞，所述細(xì)胞具有增加的體內(nèi)持久性。

17、本公開的一些方面涉及一種包含本文所公開的細(xì)胞的細(xì)胞群體。

18、本公開的一些方面涉及一種細(xì)胞群體，其中所述群體中至少50%的細(xì)胞包含本文所公開的細(xì)胞。

19、本公開的一些方面涉及一種治療有需要的受試者的方法，所述方法包括向所述受試者施用本文所公開的細(xì)胞或細(xì)胞群體。

20、在一些方面中，所述受試者罹患癌癥。在一些方面中，癌癥包含骨癌、胰腺癌、皮膚癌、頭或頸部癌、皮膚或眼內(nèi)惡性黑色素瘤、子宮癌、卵巢癌、直腸癌、肛區(qū)癌、胃癌、睪丸癌、子宮癌、輸卵管癌、子宮內(nèi)膜癌、子宮頸癌、陰道癌、陰門癌、何杰金氏病(hodgkin'sdisease)、非何杰金氏淋巴瘤(non-hodgkin's?lymphoma)、食道癌、小腸癌、內(nèi)分泌系統(tǒng)癌、甲狀腺癌、副甲狀腺癌、腎上腺癌、軟組織肉瘤、尿道癌、陰莖癌、慢性或急性白血病、急性骨髓性白血病、慢性骨髓性白血病、急性淋巴母細(xì)胞性白血病、慢性淋巴細(xì)胞性白血病、兒童期實體瘤、淋巴細(xì)胞性淋巴瘤、膀胱癌、腎或輸尿管癌、腎盂癌、中樞神經(jīng)系統(tǒng)(cns)贅瘤、原發(fā)性cns淋巴瘤、腫瘤血管生成、脊軸腫瘤、腦干神經(jīng)膠質(zhì)瘤、垂體腺瘤、卡波西氏肉瘤(kaposi's?sarcoma)、表皮樣癌、鱗狀細(xì)胞癌、t細(xì)胞淋巴瘤、包括由石棉誘發(fā)的癌癥在內(nèi)的環(huán)境誘發(fā)的癌癥，或其任何組合。

21、本公開的一些方面涉及能夠與人cd58基因雜交的指導(dǎo)rna，其包含選自seq?idno:?1-20和41的核酸序列。在一些方面中，指導(dǎo)rna包含seq?id?no:?1中所示的核酸序列。在一些方面中，指導(dǎo)rna由seq?id?no:?1中所示的核酸序列組成。在一些方面中，指導(dǎo)rna包含seq?id?no:?2中所示的核酸序列。在一些方面中，指導(dǎo)rna由seq?id?no:?2中所示的核酸序列組成。在一些方面中，指導(dǎo)rna包含seq?id?no:?3中所示的核酸序列。在一些方面中，指導(dǎo)rna由seq?id?no:?3中所示的核酸序列組成。在一些方面中，指導(dǎo)rna包含seq?id?no:4中所示的核酸序列。在一些方面中，指導(dǎo)rna由seq?id?no:?4中所示的核酸序列組成。

22、本公開的一些方面涉及一種使細(xì)胞中的人cd58基因失活的方法，所述方法包括使所述細(xì)胞與本文所公開的cd58指導(dǎo)rna或編碼所述指導(dǎo)rna的核酸和dna核酸內(nèi)切酶或編碼所述dna核酸內(nèi)切酶的核酸接觸。在一些方面中，dna核酸內(nèi)切酶包含crispr/cas9。

23、本公開的一些方面涉及一種顯性負(fù)性fas?(fas-dn)，其包含seq?id?no:?27中所示的氨基酸序列。

24、本公開的一些方面涉及一種fas-cd27嵌合多肽(fas-cd27)，其包含如seq?id?no:22中所示的氨基酸序列。

25、本公開的一些方面涉及一種fas-4-1bb嵌合多肽(fas-4-1bb)，其包含seq?id?no:23中所示的氨基酸序列。

26、本公開的一些方面涉及一種fas-ox40嵌合多肽(fas-ox40)，其包含seq?id?no:24、seq?id?no:25或seq?id?no:26中所示的氨基酸序列。

27、在一些方面中，etcr是γ-δ?tcr。在一些方面中，γ-δ?tcr是vγ9-vδ2?tcr(g9d2tcr)。

28、本公開的一些方面涉及一種經(jīng)修飾細(xì)胞，其包含：(i)相對于相同細(xì)胞類型的野生型細(xì)胞表達減少的內(nèi)源性mhc-i人白細(xì)胞抗原(hla)；(ii)相對于相同細(xì)胞類型的野生型細(xì)胞表達減少的內(nèi)源性mhc-ii人白細(xì)胞抗原(hla)；和(iii)編碼fas?(fas-dn)的核酸、相對于相同細(xì)胞類型的野生型細(xì)胞表達增加的hla-e、編碼自殺基因的核酸或其任何組合。

29、本公開的一些方面涉及一種經(jīng)修飾細(xì)胞，其包含：(i)失活的編碼mhc-i人白細(xì)胞抗原(hla)的內(nèi)源基因；(ii)失活的編碼mhc-ii人白細(xì)胞抗原(hla)的內(nèi)源基因；和(iii)編碼顯性負(fù)性fas?(fas-dn)的核酸、編碼外源hla-e多肽的核酸、編碼自殺基因的核酸或其任何組合。

30、本公開的一些方面涉及一種經(jīng)修飾細(xì)胞，其包含：(i)失活的編碼mhc-i人白細(xì)胞抗原(hla)的內(nèi)源基因；(ii)失活的編碼mhc-ii人白細(xì)胞抗原(hla)的內(nèi)源基因；(iii)失活的編碼cd58的內(nèi)源基因；和(iv)編碼顯性負(fù)性fas?(fas-dn)的核酸、編碼外源hla-e多肽的核酸、編碼自殺基因的核酸或其任何組合。

31、本公開的一些方面涉及一種工程改造人細(xì)胞的方法，所述方法包括：(i)使一個或多個編碼mhc-i人白細(xì)胞抗原的內(nèi)源基因失活，其中所述失活使得mhc-i人白細(xì)胞抗原的表達相對于相同細(xì)胞類型的野生型細(xì)胞減少；(ii)使一個或多個編碼mhc-ii人白細(xì)胞抗原的內(nèi)源基因失活，其中所述失活使得mhc-ii人白細(xì)胞抗原的表達相對于相同細(xì)胞類型的野生型細(xì)胞減少；以及(iii)用編碼顯性負(fù)性fas?(fas-dn)的核酸、編碼外源hla-e多肽的核酸、編碼自殺基因的核酸或其任何組合轉(zhuǎn)染所述細(xì)胞。

32、本公開的一些方面涉及一種工程改造人細(xì)胞的方法，所述方法包括：(i)使一個或多個編碼mhc-i人白細(xì)胞抗原的內(nèi)源基因失活，其中所述失活使得mhc-i人白細(xì)胞抗原的表達相對于相同細(xì)胞類型的野生型細(xì)胞減少；(ii)使一個或多個編碼mhc-ii人白細(xì)胞抗原的內(nèi)源基因失活，其中所述失活使得mhc-ii人白細(xì)胞抗原的表達相對于相同細(xì)胞類型的野生型細(xì)胞減少；(iii)使一個或多個編碼cd58的內(nèi)源基因失活，其中所述失活使得cd58的表達相對于相同細(xì)胞類型的野生型細(xì)胞減少；以及(iv)用編碼顯性負(fù)性fas?(fas-dn)的核酸、編碼外源hla-e多肽的核酸、編碼自殺基因的核酸或其任何組合轉(zhuǎn)染所述細(xì)胞。