1.一種用于制備空間分辨核酸的方法,其包括:
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法,其中步驟b)的所述細(xì)胞樣品包括單個(gè)細(xì)胞、多個(gè)細(xì)胞、組織、器官、生物體或切片的細(xì)胞樣品。
3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法,其中步驟b)的所述細(xì)胞樣品包括新鮮樣品、冷凍樣品、新鮮冷凍樣品或福爾馬林固定的石蠟包埋樣品。
4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法,其中步驟c)的所述多個(gè)模板轉(zhuǎn)換寡核苷酸包括嵌合dna和/或rna寡核苷酸。
5.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法,其中步驟f)的所述單鏈環(huán)化寡核苷酸的所述接頭區(qū)包含用于多重化的至少一個(gè)樣品索引序列、用于分子標(biāo)記的至少一個(gè)唯一分子索引(umi)序列和/或針對壓實(shí)寡核苷酸的至少一個(gè)通用結(jié)合位點(diǎn)。
6.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法,其中步驟h)的所述滾環(huán)擴(kuò)增反應(yīng)在多個(gè)壓實(shí)寡核苷酸的存在下進(jìn)行,其中所述壓實(shí)寡核苷酸包括單鏈寡核苷酸,所述單鏈寡核苷酸各自在第一遠(yuǎn)側(cè)端處具有與串聯(lián)體分子的一個(gè)部分雜交的第一區(qū)并且在第二遠(yuǎn)側(cè)端處具有與同一串聯(lián)體分子的第二部分雜交的第二區(qū),其中所述串聯(lián)體分子的第一部分和所述串聯(lián)體分子的所述第二部分接近,由此導(dǎo)致所述串聯(lián)體分子的壓實(shí)以形成dna納米球。
7.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法,其中步驟i)的所述測序包括:
8.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法,其中步驟i)的所述測序包括:
9.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法,其中步驟i)的所述測序包括:
10.根據(jù)權(quán)利要求9所述的方法,其中步驟i)的所述測序包括:
11.根據(jù)權(quán)利要求10所述的方法,其進(jìn)一步包括:
12.根據(jù)權(quán)利要求10所述的方法,其進(jìn)一步包括:
13.根據(jù)權(quán)利要求9所述的方法,其中步驟b.的所述使所述多個(gè)第一復(fù)合聚合酶與多個(gè)多價(jià)分子接觸在抑制聚合酶催化的核苷酸摻入的非催化二價(jià)陽離子的存在下進(jìn)行,其中所述非催化二價(jià)陽離子包括鍶、鋇或鈣。
14.根據(jù)權(quán)利要求9所述的方法,其中多個(gè)多價(jià)分子中的單獨(dú)的多價(jià)分子包含:(a)核;和(b)多個(gè)核苷酸臂,所述多個(gè)核苷酸臂包含:(i)核附接部分,(ii)間隔區(qū),(iii)接頭和(iv)核苷酸單元,其中所述核經(jīng)由所述多個(gè)核苷酸臂的核附接部分附接至所述多個(gè)核苷酸臂,其中所述間隔區(qū)附接至所述接頭,并且其中所述接頭附接至所述核苷酸單元。
15.根據(jù)權(quán)利要求14所述的方法,其中所述接頭包含具有2至6個(gè)亞基的脂族鏈或具有2至6個(gè)亞基的低聚乙二醇鏈。
16.根據(jù)權(quán)利要求14所述的方法,其中附接至給定核的所述多個(gè)核苷酸臂具有相同類型的核苷酸單元,并且其中所述類型的核苷酸單元包括datp、dgtp、dctp、dttp或dutp。
17.根據(jù)權(quán)利要求9所述的方法,其中多個(gè)多價(jià)分子包括一種類型的多價(jià)分子,其中所述多個(gè)多價(jià)分子中的每個(gè)多價(jià)分子具有選自由以下項(xiàng)組成的組的相同類型的核苷酸單元:datp、dgtp、dctp、dttp和dutp。
18.根據(jù)權(quán)利要求9所述的方法,其中多個(gè)多價(jià)分子包括兩種或更多種類型的多價(jià)分子的任意組合的混合物,每種類型具有選自由以下項(xiàng)組成的組的核苷酸單元:datp、dgtp、dctp、dttp和dutp。
19.根據(jù)權(quán)利要求9所述的方法,其進(jìn)一步包括形成多個(gè)結(jié)合復(fù)合物,包括以下步驟:
20.根據(jù)權(quán)利要求9所述的方法,其進(jìn)一步包括形成親合力復(fù)合物,包括以下步驟:
21.根據(jù)權(quán)利要求10所述的方法,其中步驟c.的所述使所述多個(gè)第二復(fù)合聚合酶與所述多個(gè)核苷酸接觸在促進(jìn)聚合酶催化的核苷酸摻入的催化二價(jià)陽離子的存在下進(jìn)行,其中所述催化二價(jià)陽離子包括鎂或錳。
22.根據(jù)權(quán)利要求10所述的方法,其中步驟c.中的所述多個(gè)核苷酸中的單獨(dú)的核苷酸包含芳香族堿基、五碳糖和1至10個(gè)磷酸酯基團(tuán)。
23.根據(jù)權(quán)利要求10所述的方法,其中步驟c.的所述多個(gè)核苷酸包括選自由以下項(xiàng)組成的組的一種類型的核苷酸:datp、dgtp、dctp、dttp和dutp,或包括選自由以下項(xiàng)組成的組的兩種或更多種類型的核苷酸的任意組合的混合物:datp、dgtp、dctp、dttp和dutp。
24.根據(jù)權(quán)利要求10所述的方法,其中步驟c.中的所述多個(gè)核苷酸中的所述核苷酸中的至少一個(gè)核苷酸用熒光團(tuán)標(biāo)記。
25.根據(jù)權(quán)利要求10所述的方法,其中步驟c.中的所述多個(gè)核苷酸缺乏熒光團(tuán)標(biāo)記。
26.根據(jù)權(quán)利要求10所述的方法,其中步驟c.的所述多個(gè)核苷酸中的所述核苷酸中的至少一個(gè)核苷酸包含附接至糖基團(tuán)的3'碳位置的可移除鏈終止部分,其中所述可移除鏈終止部分包括烷基基團(tuán)、烯基基團(tuán)、炔基基團(tuán)、烯丙基基團(tuán)、芳基基團(tuán)、芐基基團(tuán)、疊氮基基團(tuán)、疊氮基基團(tuán)、o-疊氮甲基基團(tuán)、胺基基團(tuán)、酰胺基基團(tuán)、酮基基團(tuán)、異氰酸酯基團(tuán)、磷酸酯基團(tuán)、硫代基團(tuán)、二硫基團(tuán)、碳酸酯基團(tuán)、脲基團(tuán)或甲硅烷基基團(tuán),并且其中所述可移除鏈終止部分可用化學(xué)化合物裂解以在所述糖基團(tuán)上生成可延伸3'oh部分。