相關(guān)申請的交叉引用本技術(shù)要求于2022年9月28日提交的韓國專利申請?zhí)?0-2022-0123808的優(yōu)先權(quán)和優(yōu)先權(quán)權(quán)益,其公開內(nèi)容通過引用全部并入本文。本公開涉及一種用于診斷胰腺癌的生物標(biāo)志物;一種用于診斷胰腺癌的組合物,其包含能夠檢測生物標(biāo)志物的試劑;以及一種使用其診斷胰腺癌的方法。
背景技術(shù):
1、生物標(biāo)志物是指可以鑒定由于外部影響而在活的生物體內(nèi)引起的變化的指示劑,并且被積極研究用于診斷各種疾病(例如癌癥和神經(jīng)系統(tǒng)疾病)或預(yù)測特定治療劑的功效。
2、胰腺是位于胃后方長約20cm的器官,分泌消化酶和激素。通常,胰腺癌可以指胰腺導(dǎo)管腺癌。隨著西方型飲食習(xí)慣的廣泛采用,胰腺癌的發(fā)病率增加,已知男性更頻繁地發(fā)病,具有高死亡率。
3、胰腺癌與各種風(fēng)險因素相關(guān),包括吸煙、喝咖啡、喝酒、富含肉的飲食、糖尿病、慢性胰腺炎和非息肉病性結(jié)直腸癌綜合征的病史。另外,暴露于例如β-萘胺和聯(lián)苯胺的物質(zhì)已被認(rèn)為是潛在病因。
4、在早期階段,胰腺癌通常沒有明顯的癥狀。例如疼痛和體重減輕的癥狀通常僅在癌癥轉(zhuǎn)移到全身后才出現(xiàn),導(dǎo)致其死亡率高。
5、為了能夠更有效地治療胰腺癌,需要開發(fā)用于早期診斷、確定疾病進(jìn)展以及與其他類似疾病區(qū)分的技術(shù)。
技術(shù)實現(xiàn)思路
1、技術(shù)問題
2、一種實施方式提供了一種用于診斷胰腺癌的生物標(biāo)志物,包含選自由ifnl1、ifng、cxcl11、tnf、ifnb1、ifna1、clec7a、cxcl8、foxp3、vegfa、ccl2、ccl5、ccr5、cxcr4、arg1、cxcr2、ptgs2、ptges2、slc27a2、ptges所組成的組中的至少一種及其編碼基因。生物標(biāo)記可以用于血液的白細(xì)胞層(buffy?coat)的檢測或分析。
3、另一種實施方式提供了一種用于診斷胰腺癌的組合物或一種用于診斷胰腺癌的試劑盒,包含能夠檢測選自由ifnl1、ifng、cxcl11、tnf、ifnb1、ifna1、clec7a、cxcl8、foxp3、vegfa、ccl2、ccl5、ccr5、cxcr4、arg1、cxcr2、ptgs2、ptges2、slc27a2、ptges所組成的組中的至少一種及其編碼基因的試劑。用于診斷胰腺癌的組合物或試劑盒可用于血液的白細(xì)胞層。
4、另一種實施方式提供了一種診斷胰腺癌的方法或一種提供用于診斷胰腺癌的信息的方法,所述方法包括在從受試者分離的血液樣品中檢測選自由ifnl1、ifng、cxcl11、tnf、ifnb1、ifna1、clec7a、cxcl8、foxp3、vegfa、ccl2、ccl5、ccr5、cxcr4、arg1、cxcr2、ptgs2、ptges2、slc27a2、ptges所組成的組中的至少一種及其編碼基因的步驟。血液樣本可以包括血液的白細(xì)胞層。檢測步驟可以包括確定血液樣品中的選自由ifnl1、ifng、cxcl11、tnf、ifnb1、ifna1、clec7a、cxcl8、foxp3、vegfa、ccl2、ccl5、ccr5、cxcr4、arg1、cxcr2、ptgs2、ptges2、slc27a2、ptges所組成的組中的至少一種及其編碼基因的存在或不存在和/或測量其水平。
5、另一種實施方式提供了一種能夠檢測選自由ifnl1、ifng、cxcl11、tnf、ifnb1、ifna1、clec7a、cxcl8、foxp3、vegfa、ccl2、ccl5、ccr5、cxcr4、arg1、cxcr2、ptgs2、ptges2、slc27a2、ptges所組成的組中的至少一種及其編碼基因的試劑在診斷胰腺癌和/或在制造用于診斷胰腺癌的組合物或用于診斷胰腺癌的試劑盒中的用途。胰腺癌診斷可以使用血液白細(xì)胞層進(jìn)行,或者用于診斷胰腺癌的組合物或試劑盒可以用于血液白細(xì)胞層。
6、胰腺癌可以包括早期胰腺癌、晚期胰腺癌或兩者。
7、技術(shù)方案
8、下文,將給出本公開的詳細(xì)描述:
9、胰腺癌的診斷
10、如本文所用,術(shù)語“胰腺癌”統(tǒng)稱為在胰腺中出現(xiàn)的腫瘤,其可以包括良性腫瘤,例如囊性腫瘤,例如漿液性囊性腫瘤、粘液性囊性腫瘤、導(dǎo)管內(nèi)乳頭狀粘液性腫瘤、實體性假乳頭狀腫瘤、淋巴上皮囊腫和囊性畸胎瘤,以及惡性腫瘤,例如胰腺導(dǎo)管腺癌、腺泡細(xì)胞癌和神經(jīng)內(nèi)分泌腫瘤??梢允褂帽竟_中提供的生物標(biāo)志物診斷的胰腺癌可以選自上述胰腺癌,并且例如可以選自惡性腫瘤,但不限于此。
11、另外,如本文所用術(shù)語“胰腺癌”可以基于其進(jìn)展階段進(jìn)行分類,可以指早期胰腺癌(例如,可切除的胰腺癌)和/或晚期胰腺癌(例如,邊緣可切除的胰腺癌、局部晚期胰腺癌或轉(zhuǎn)移性胰腺癌)等,或可以包括它們?nèi)俊?/p>
12、如本文所用,術(shù)語“診斷”可包括但不限于確定受試者對特定疾病或病癥的易感性、確定受試者當(dāng)前是否具有特定疾病或病癥、評估患上特定疾病或病癥的風(fēng)險、對具有特定疾病或病癥的受試者的預(yù)后確定(例如,鑒定轉(zhuǎn)移前或轉(zhuǎn)移性癌癥狀態(tài)、確定癌癥階段、評估癌癥對治療的反應(yīng)等)和/或治療度量,例如監(jiān)測對象的狀態(tài)以提供關(guān)于治療效果的信息。
13、本文中術(shù)語“胰腺癌的診斷”可以指鑒定受試者中胰腺癌(例如,早期胰腺癌、晚期胰腺癌或兩者)的存在、發(fā)病可能性(風(fēng)險)和/或進(jìn)展,和/或?qū)⒁认侔┡c正常病癥或其他類似疾病(例如,良性胰腺疾病(胰腺炎(慢性和/或急性胰腺炎)、良性胰腺腫瘤、導(dǎo)管內(nèi)乳頭狀粘液腫瘤(ipmn)、自身免疫性胰腺炎(aip)、其他胰腺病癥(不包括胰腺惡性腫瘤)等以及膽道癌)區(qū)分開。
14、用于診斷胰腺癌的生物標(biāo)志物
15、在本公開中作為用于診斷胰腺癌的生物標(biāo)志物提供了至少一種,例如一種或多種(例如,兩種、三種、四種、五種、六種、七種、八種、九種、十種、十一種、十二種、十三種、十四種、十五種、十六種、十七種、十八種、十九種或二十種的組合)。本公開中描述的生物標(biāo)志物可以指上述蛋白質(zhì)的至少一種和/或其編碼基因。
16、在具體實施方式中,用于診斷胰腺癌的生物標(biāo)志物可以是ifnl1、其編碼基因或其組合。生物標(biāo)志物可以被表征為,與參考樣品(例如,正常樣品)相比,胰腺癌樣品(例如,早期胰腺癌、晚期胰腺癌或所有胰腺癌的樣品,而與癌癥階段(早期胰腺癌和晚期胰腺癌)無關(guān))中的表達(dá)水平和/或濃度高(增加)。生物標(biāo)志物可以用于診斷胰腺癌,包括早期胰腺癌、晚期胰腺癌或所有胰腺癌,而與癌癥階段(早期胰腺癌和晚期胰腺癌)無關(guān)。
17、在另一種具體實施方式中,用于診斷胰腺癌的生物標(biāo)志物可以是ifng、其編碼基因或其組合。生物標(biāo)志物可以被表征為,與參考樣品(例如,正常樣品)相比,胰腺癌樣品(例如,早期胰腺癌、晚期胰腺癌或所有胰腺癌的實例,而與癌癥階段(早期胰腺癌和晚期胰腺癌)無關(guān))中的表達(dá)水平和/或濃度低(降低)。生物標(biāo)志物可以用于診斷胰腺癌,包括早期胰腺癌、晚期胰腺癌或所有胰腺癌,而與癌癥階段(早期胰腺癌和晚期胰腺癌)無關(guān)。
18、在另一種具體實施方式中,用于診斷胰腺癌的生物標(biāo)志物可以是cxcl11、其編碼基因或其組合。生物標(biāo)志物可以被表征為,與參考樣品(例如,正常樣品)相比,早期胰腺癌樣品中的表達(dá)水平和/或濃度高(增加),和/或晚期胰腺癌樣品中的表達(dá)水平和/或濃度低(降低)。生物標(biāo)志物可以用于診斷胰腺癌,包括例如早期胰腺癌和/或晚期胰腺癌。
19、在另一種具體實施方式中,用于診斷胰腺癌的生物標(biāo)志物可以是tnf、其編碼基因或其組合。生物標(biāo)志物可以被表征為,與參考樣品(例如,正常樣品)相比,胰腺癌樣品(例如,早期胰腺癌、晚期胰腺癌或所有胰腺癌的實例,而與癌癥階段無關(guān))中的表達(dá)水平和/或濃度高(增加)。生物標(biāo)志物可以用于診斷胰腺癌,包括早期胰腺癌、晚期胰腺癌或所有胰腺癌,而與癌癥階段(早期胰腺癌和晚期胰腺癌)無關(guān)。
20、在另一種具體實施方式中,用于診斷胰腺癌的生物標(biāo)志物可以是clec7a、其編碼基因或其組合。生物標(biāo)志物可以被表征為,與參考樣品(例如,正常樣品)相比,晚期胰腺癌樣品中的表達(dá)水平和/或濃度高(增加),和/或早期胰腺癌樣品中的表達(dá)水平和/或濃度低(降低)。生物標(biāo)志物可以用于診斷胰腺癌,例如晚期胰腺癌和/或早期胰腺癌。
21、在另一種具體實施方式中,用于診斷胰腺癌的生物標(biāo)志物可以是cxcl8、其編碼基因或其組合。生物標(biāo)志物可以被表征為,與參考樣品(例如,正常樣品)相比,胰腺癌樣品(例如,早期胰腺癌、晚期胰腺癌或所有胰腺癌,而與癌癥階段無關(guān))中的表達(dá)水平和/或濃度高(增加)。生物標(biāo)志物可以用于診斷胰腺癌,包括早期胰腺癌、晚期胰腺癌或所有胰腺癌,而與癌癥階段(早期胰腺癌和晚期胰腺癌)無關(guān)。
22、在另一種具體實施方式中,用于診斷胰腺癌的生物標(biāo)志物可以是foxp3、其編碼基因或其組合。生物標(biāo)志物可以被表征為,與參考樣品(例如,正常樣品)相比,晚期胰腺癌樣品中的表達(dá)水平和/或濃度低(降低),和/或早期胰腺癌樣品中的表達(dá)水平和/或濃度高(增加)。生物標(biāo)志物可以用于診斷胰腺癌,例如早期胰腺癌和/或晚期胰腺癌。
23、在另一種具體實施方式中,用于診斷胰腺癌的生物標(biāo)志物可以是vegfa、其編碼基因或其組合。生物標(biāo)志物可以被表征為,與參考樣品(例如,正常樣品)相比,胰腺癌樣品(例如,早期胰腺癌、晚期胰腺癌或所有胰腺癌的樣品,而與癌癥階段(早期胰腺癌和晚期胰腺癌)無關(guān))中的表達(dá)水平和/或濃度高(增加)。生物標(biāo)志物可以用于診斷胰腺癌,例如早期胰腺癌、晚期胰腺癌或所有胰腺癌,而與癌癥階段(早期胰腺癌和晚期胰腺癌)無關(guān)。
24、在另一種具體實施方式中,用于診斷胰腺癌的生物標(biāo)志物可以是ccl2、其編碼基因或其組合。生物標(biāo)志物可以被表征為,與參考樣品(例如,正常樣品)相比,胰腺癌樣品(例如,早期胰腺癌、晚期胰腺癌或所有胰腺癌的實例,而與癌癥階段(早期胰腺癌和晚期胰腺癌)無關(guān))中的表達(dá)水平和/或濃度高(增加)。生物標(biāo)志物可以用于診斷胰腺癌,例如早期胰腺癌、晚期胰腺癌或所有胰腺癌,而與癌癥階段(早期胰腺癌和晚期胰腺癌)無關(guān)。
25、在另一種具體實施方式中,用于診斷胰腺癌的生物標(biāo)志物可以是ccl5、其編碼基因或其組合。生物標(biāo)志物可以被表征為,與參考樣品(例如,正常樣品)相比,胰腺癌樣品(例如,早期胰腺癌、晚期胰腺癌或所有胰腺癌的樣品,而與癌癥階段(早期胰腺癌和晚期胰腺癌)無關(guān))中的表達(dá)水平和/或濃度低(降低)。生物標(biāo)志物可以用于診斷胰腺癌,例如早期胰腺癌、晚期胰腺癌或所有胰腺癌,而與癌癥階段(早期胰腺癌和晚期胰腺癌)無關(guān)。
26、在另一種具體實施方式中,用于診斷胰腺癌的生物標(biāo)志物可以是ccr5、其編碼基因或其組合。生物標(biāo)志物可以被表征為,與參考樣品(例如,正常樣品)相比,晚期胰腺癌樣品中的表達(dá)水平和/或濃度低(降低),和/或早期胰腺癌樣品中的表達(dá)水平和/或濃度高(增加)。生物標(biāo)志物可以用于診斷胰腺癌,例如早期胰腺癌和/或晚期胰腺癌。
27、在另一種具體實施方式中,用于診斷胰腺癌的生物標(biāo)志物可以是cxcr4、其編碼基因或其組合。生物標(biāo)志物可以被表征為,與參考樣品(例如,正常樣品)相比,胰腺癌樣品(例如,早期胰腺癌、晚期胰腺癌或所有胰腺癌的樣品,而與癌癥階段(早期胰腺癌和晚期胰腺癌)無關(guān))中的表達(dá)水平和/或濃度高(增加)。生物標(biāo)志物可以用于診斷胰腺癌,例如早期胰腺癌、晚期胰腺癌或所有胰腺癌,而與癌癥階段(早期胰腺癌和晚期胰腺癌)無關(guān)。
28、在另一種具體實施方式中,用于診斷胰腺癌的生物標(biāo)志物可以是arg1、其編碼基因或其組合。生物標(biāo)志物可以被表征為,與參考樣品(例如,正常樣品)相比,胰腺癌樣品(例如,早期胰腺癌、晚期胰腺癌或所有胰腺癌的樣品,而與癌癥階段(早期胰腺癌和晚期胰腺癌)無關(guān))中的表達(dá)水平和/或濃度高(增加)。生物標(biāo)志物可以用于診斷胰腺癌,例如早期胰腺癌、晚期胰腺癌或所有胰腺癌,而與癌癥階段(早期胰腺癌和晚期胰腺癌)無關(guān)。
29、在另一種具體實施方式中,用于診斷胰腺癌的生物標(biāo)志物可以是cxcr2、其編碼基因或其組合。生物標(biāo)志物可以被表征為,與參考樣品(例如,正常樣品)相比,晚期胰腺癌樣品中的表達(dá)水平和/或濃度高(增加),和/或早期胰腺癌樣品中的表達(dá)水平和/或濃度低(降低)。生物標(biāo)志物可以用于診斷胰腺癌,例如早期胰腺癌和/或晚期胰腺癌。
30、在另一種具體實施方式中,用于診斷胰腺癌的生物標(biāo)志物可以是ptgs2、其編碼基因或其組合。生物標(biāo)志物可以被表征為,與參考樣品(例如,正常樣品)相比,胰腺癌樣品(例如,早期胰腺癌、晚期胰腺癌或所有胰腺癌的樣品,而與癌癥階段(早期胰腺癌和晚期胰腺癌)無關(guān))中的表達(dá)水平和/或濃度高(增加)。生物標(biāo)志物可以用于診斷胰腺癌,例如早期胰腺癌、晚期胰腺癌或所有胰腺癌,而與癌癥階段(早期胰腺癌和晚期胰腺癌)無關(guān)。
31、在另一種具體實施方式中,用于診斷胰腺癌的生物標(biāo)志物可以是ptges2、其編碼基因或其組合。生物標(biāo)志物可以被表征為,與參考樣品(例如,正常樣品)相比,胰腺癌樣品(例如,早期胰腺癌、晚期胰腺癌或所有胰腺癌的樣品,而與癌癥階段(早期胰腺癌和晚期胰腺癌)無關(guān))中的表達(dá)水平和/或濃度低(降低)。生物標(biāo)志物可以用于診斷胰腺癌,例如早期胰腺癌、晚期胰腺癌或所有胰腺癌,而與癌癥階段(早期胰腺癌和晚期胰腺癌)無關(guān)。
32、在另一種具體實施方式中,用于診斷胰腺癌的生物標(biāo)志物可以是slc27a2、其編碼基因或其組合。生物標(biāo)志物可以被表征為,與參考樣品(例如,正常樣品)相比,胰腺癌樣品(例如,早期胰腺癌、晚期胰腺癌或所有胰腺癌的樣品,而與癌癥階段(早期胰腺癌和晚期胰腺癌)無關(guān))中的表達(dá)水平和/或濃度高(增加)。生物標(biāo)志物可以用于診斷胰腺癌,例如早期胰腺癌、晚期胰腺癌或所有胰腺癌,而與癌癥階段(早期胰腺癌和晚期胰腺癌)無關(guān)。
33、在另一種具體實施方式中,用于診斷胰腺癌的生物標(biāo)志物可以是ptges、其編碼基因或其組合。生物標(biāo)志物可以被表征為,與參考樣品(例如,正常樣品)相比,胰腺癌樣品(例如,早期胰腺癌、晚期胰腺癌或所有胰腺癌的樣品,而與癌癥階段(早期胰腺癌和晚期胰腺癌)無關(guān))中的表達(dá)水平和/或濃度高(增加)。生物標(biāo)志物可以用于診斷胰腺癌,例如早期胰腺癌、晚期胰腺癌或所有胰腺癌,而與癌癥階段(早期胰腺癌和晚期胰腺癌)無關(guān)。
34、在另一種具體實施方式中,用于診斷胰腺癌的生物標(biāo)志物可以是選自由ifnb1和ifna1所組成的組中的至少一種(一種或兩種)、其編碼基因或其組合。生物標(biāo)志物可以被表征為,與來自類似疾病(例如,良性胰腺疾病(胰腺炎(慢性和/或急性胰腺炎)、良性胰腺腫瘤、導(dǎo)管內(nèi)乳頭狀粘液腫瘤(ipmn)、自身免疫性胰腺炎(aip)、其他胰腺病癥(不包括胰腺惡性腫瘤)等)的樣品相比,胰腺癌樣品中的表達(dá)水平和/或濃度低(降低)。生物標(biāo)志物可以用于診斷胰腺癌,特別是早期胰腺癌,和/或用于區(qū)分胰腺癌與良性胰腺疾病(例如,胰腺炎(慢性胰腺炎和/或急性胰腺炎)、良性胰腺腫瘤、導(dǎo)管內(nèi)乳頭狀粘液腫瘤(ipmn)、自身免疫性胰腺炎(aip)和其他胰腺疾病(不包括胰腺癌(胰腺惡性腫瘤)和/或膽管癌)。
35、20種類型的生物標(biāo)志物可以來源于哺乳動物,例如靈長類動物(包括人、猴等)和嚙齒動物(例如小鼠、大鼠等),但不限于此。
36、生物標(biāo)志物的詳情在下表1中給出。
37、表1
38、
39、
40、能夠檢測生物標(biāo)志物的試劑
41、如本文所用,術(shù)語“生物標(biāo)志物的檢測”可以指確定樣品中生物標(biāo)志物的存在或不存在和/或測量樣品中生物標(biāo)志物的水平(濃度)。
42、在本文中,能夠檢測選自由ifnl1、ifng、cxcl11、tnf、ifnb1、ifna1、clec7a、cxcl8、foxp3、vegfa、ccl2、ccl5、ccr5、cxcr4、arg1、cxcr2、ptgs2、ptges2、slc27a2和ptges所組成的組中的至少一種生物標(biāo)志物及其編碼基因(例如,選自該組的一種或兩種以上的組合(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20種))的試劑可以選自能夠與生物標(biāo)志物結(jié)合的小分子化合物、蛋白質(zhì)和核酸分子。
43、在一種實施方式中,當(dāng)生物標(biāo)志物是選自由ifnl1、ifng、cxcl11、tnf、ifnb1、ifna1、clec7a、cxcl8、foxp3、vegfa、ccl2、ccl5、ccr5、cxcr4、arg1、cxcr2、ptgs2、ptges2、slc27a2和ptges所組成的組中的至少一種蛋白質(zhì)時,能夠檢測生物標(biāo)志物的試劑可以選自由以下所組成的組:蛋白質(zhì)(例如,抗體、抗體的抗原結(jié)合片段、含有抗原結(jié)合片段的抗體模擬物、受體等)、肽、核酸分子(例如,多核苷酸、寡核苷酸等)和小分子化合物(化學(xué)品、小分子),它們都與生物標(biāo)志物結(jié)合,但不限于此。
44、在另一種實施方式中,當(dāng)生物標(biāo)志物是選自由ifnl1、ifng、cxcl11、tnf、ifnb1、ifna1、clec7a、ccl25、foxp3、vegfa、ccl2、ccl5、ccr5、cxcr4、arg1、cxcr2、ptgs2、ptges2、slc27a2和ptges的編碼基因所組成的組中的至少一種基因(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20種)基因(全長dna、cdna或mrna))時,能夠檢測生物標(biāo)志物的試劑可以選自由以下所組成的組:核酸分子(例如,寡核苷酸、多核苷酸、引物、探針、核酸適體、反義寡核苷酸等)、小分子化合物、蛋白質(zhì)和肽,它們都能夠與生物標(biāo)志物基因結(jié)合(或雜交),但不限于此。
45、生物標(biāo)志物的可檢測試劑可以用常規(guī)標(biāo)記物質(zhì)標(biāo)記或未標(biāo)記,例如熒光物質(zhì)、顯色物質(zhì)、發(fā)光物質(zhì)、放射性同位素或重金屬。
46、在一種實施方式中,當(dāng)生物標(biāo)志物是選自由ifnl1、ifng、cxcl11、tnf、ifnb1、ifna1、clec7a、cxcl8、foxp3、vegfa、ccl2、ccl5、ccr5、cxcr4、arg1、cxcr2、ptgs2、ptges2、slc27a2和ptges所組成的組中的至少一種蛋白質(zhì)(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20種)蛋白質(zhì))時,可以使用常規(guī)的蛋白質(zhì)檢測(或測量或分析)方法如酶促反應(yīng)、熒光、發(fā)光和/或輻射檢測來進(jìn)行生物標(biāo)志物的檢測。具體地,可以使用選自由以下所組成的組中的方法進(jìn)行檢測:免疫層析法、免疫組織化學(xué)染色、酶聯(lián)免疫吸附測定(elisa)、放射免疫分析法(ria)、酶免疫分析法(eia)、熒光免疫分析法(fia)、發(fā)光免疫分析法(lia)、蛋白質(zhì)印跡、微陣列法和流式細(xì)胞術(shù),但不限于此。
47、在另一種實施方式中,當(dāng)生物標(biāo)志物是選自由ifnl1、ifng、cxcl11、tnf、ifnb1、ifna1、clec7a、cxcl8、foxp3、vegfa、ccl2、ccl5、ccr5、cxcr4、arg1、cxcr2、ptgs2、ptges2、slc27a2和ptges的編碼基因所組成的組中的至少一種基因(全長dna、cdna或mrna)(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20種)基因)時,可以使用常規(guī)基因檢測(或測量或分析)方法進(jìn)行生物標(biāo)志物的檢測。例如,可以采用使用可以與基因雜交的引物、探針、適體或反義寡核苷酸進(jìn)行的常規(guī)基因分析方法。具體地,可以使用聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(pcr)(例如,qpcr、實時pcr、實時qpcr、熒光原位雜交(fish)、dna印跡和微陣列方法進(jìn)行檢測,但不限于此。在一種具體實施方式中,引物可以檢測基因(全長dna、cdna或mrna)內(nèi)的連續(xù)5-1000bp序列,例如10-500bp、20-200bp或50-200bp。引物對可以包括可與基因片段內(nèi)5-100bp(例如5-50bp、5-30bp或10-25bp)的連續(xù)5’和3’末端序列雜交(例如互補(bǔ))的序列。
48、探針、適體或反義寡核苷酸可以具有5-1000bp、5-500bp、5-200bp、5-100bp、5-50bp、5-30bp或5-25bp的總長度。這些分子可以具有互補(bǔ)序列,其可以結(jié)合或雜交到標(biāo)記基因(全長dna、cdna或mrna)內(nèi)的連續(xù)5-1000bp、5-500bp、5-200bp、5-100bp、5-50bp、5-30bp或5-25bp序列。術(shù)語“能夠結(jié)合”可以指通過化學(xué)和/或物理相互作用(例如共價鍵合)結(jié)合全部或部分基因的能力。術(shù)語“能夠雜交”可以指形成具有至少80%序列互補(bǔ)性的互補(bǔ)結(jié)合的能力,例如90%或更多、95%或更多、98%或更多、99%或更多或100%。
49、生物標(biāo)志物的檢測
50、在本文中,如前文所述,術(shù)語“生物標(biāo)志物的檢測”可以指確定生物標(biāo)志物的存在或不存在和/或測量水平(濃度)。
51、當(dāng)生物標(biāo)志物是蛋白質(zhì)時,其檢測可以通過常規(guī)的蛋白質(zhì)檢測方法進(jìn)行,例如,選自由以下所組成的組中的方法進(jìn)行檢測:免疫層析法、免疫組織化學(xué)染色、酶聯(lián)免疫吸附測定(elisa)、放射免疫分析法(ria)、酶免疫分析法(eia)、熒光免疫分析法(fia)、發(fā)光免疫分析法(lia)、蛋白質(zhì)印跡、微陣列法和流式細(xì)胞術(shù),但不限于此。
52、當(dāng)生物標(biāo)志物是基因時,其檢測可以通過常規(guī)的基因檢測方法進(jìn)行,例如,選自由以下所組成的組中的方法:聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(pcr)(例如,qpcr、實時pcr、實時qpcr等)、熒光原位雜交(fish)、dna印跡、微陣列技術(shù),但不限于此。
53、在本公開中,“生物標(biāo)志物水平的測量”可以通過從上述生物標(biāo)志物檢測方法(對于蛋白質(zhì)和/或基因)獲得的結(jié)果的定性和/或定量分析來進(jìn)行。
54、在一種實施方式中,當(dāng)使用標(biāo)記的檢測劑時,可以通過常規(guī)方法定性分析信號強(qiáng)度(例如,比較熒光和/或發(fā)光的強(qiáng)度或面積,或凝膠電泳帶相對于對照樣品的厚度和/或暗度),或通過常規(guī)方法定量分析(例如,通過數(shù)值評估熒光和/或發(fā)光的強(qiáng)度或面積,或凝膠電泳帶的厚度和/或暗度)來進(jìn)行生物標(biāo)志物水平的測量,但不限于此。
55、在另一種實施方式中,當(dāng)采用常規(guī)聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(pcr;例如qpcr、實時pcr、實時qpcr等)時,可以使用常規(guī)定量pcr方法進(jìn)行生物標(biāo)志物水平的測量,例如通過測量ct(循環(huán)閾值)值、δct值(δct=ct(基因)-ct(對照基因))和/或δδct值(δδct=δct(靶基因)-δct(參考基因)),但不限于此。
56、在又一種實施方式中,生物標(biāo)志物水平的測量還可以包括對量化的生物標(biāo)志物水平(例如,在pcr的情況下,ct、δct和/或δδct值)進(jìn)行常規(guī)統(tǒng)計分析的附加步驟。此處,統(tǒng)計分析旨在涵蓋所有常規(guī)統(tǒng)計分析工具,包括各種機(jī)器學(xué)習(xí)模型和/或算法。這種統(tǒng)計分析的示例包括但不限于回歸分析(例如,邏輯回歸、逐步邏輯回歸等)、集成、決策樹、隨機(jī)森林、梯度提升、xgboost、light?gbm(輕梯度提升機(jī))、高斯樸素貝葉斯、svm(支持向量機(jī))、bagging(引導(dǎo)聚合)、boosting等。例如,可以根據(jù)需要使用回歸分析(例如,邏輯回歸、逐步邏輯回歸等)以及其他適當(dāng)?shù)慕y(tǒng)計分析(例如,前述方法中的一種或多種)來進(jìn)行統(tǒng)計分析。
57、用于診斷胰腺癌的組合物和試劑盒
58、本文提供的用于診斷胰腺癌的組合物可以包括能夠檢測上述生物標(biāo)志物的試劑。
59、本文提供的用于診斷胰腺癌的試劑盒(也稱為生物傳感器)可以包括能夠檢測生物標(biāo)志物的試劑或含有這種試劑的用于診斷胰腺癌的組合物。在一種實施方式中,用于診斷胰腺癌的試劑盒可以包括試劑(能夠檢測生物標(biāo)志物的試劑)或常規(guī)形式(例如微陣列或面板)的用于診斷胰腺癌的組合物。
60、用于診斷胰腺癌的試劑盒還可以包括檢測手段。檢測手段可以是能夠定性和/或定量分析由能夠檢測生物標(biāo)志物的試劑檢測到的生物標(biāo)志物的存在和/或水平的工具。在一種實施方式中,檢測手段可選自前述蛋白質(zhì)和/或基因檢測方法。
61、在一種實施方式中,試劑盒可以是rt-pcr試劑盒、dna芯片試劑盒、elisa試劑盒、蛋白質(zhì)芯片試劑盒、快速診斷試劑盒或多反應(yīng)監(jiān)測(mrm)試劑盒,但不限于此。
62、在具體的實施方式中,用于診斷胰腺癌的組合物和/或試劑盒可以包含能夠檢測選自由以下所組成的組中的至少一種生物標(biāo)志物的試劑:ifnl1、ifng、cxcl11、tnf、ifnb1、ifna1、clec7a、cxcl8、foxp3、vegfa、ccl2、ccl5、ccr5、cxcr4、arg1、cxcr2、ptgs2、ptges2、slc27a2和ptges(例如,一種或多種(例如,選自該組的2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20種));其編碼基因,或其組合。使用組合物或試劑盒可以診斷的胰腺癌可以是早期胰腺癌、晚期胰腺癌或兩者。
63、在另一種實施方式中,用于診斷胰腺癌的組合物和/或試劑盒可以包含能夠檢測選自由以下所組成的組中的至少一種的試劑:ifnl1、ifng、cxcl11、tnf、clec7a、cxcl8、foxp3、vegfa、ccl2、ccl5、ccr5、cxcr4、arg1、cxcr2、ptgs2、ptges2、slc27a2、ptges、ifnb1和ifna1(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20種)),或選自由以下所組成的組中的至少一種:ifnl1、ifng、cxcl11、tnf、clec7a、cxcl8、foxp3、vegfa、ccl2、ccl5、ccr5、cxcr4、arg1、cxcr2、ptgs2、ptges2、slc27a2和ptges(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18種));其編碼基因;或其組合。在這方面,使用組合物或試劑盒可以診斷的胰腺癌可以是早期胰腺癌、晚期胰腺癌或兩者。
64、在一種實施方式中,用于診斷胰腺癌的組合物和/或試劑盒可以包含能夠檢測選自由以下組中的至少一種生物標(biāo)志物的至少一種試劑:
65、選自由以下所組成的組中的至少一種:arg1、ccl2、ccl5、ccr5、ptgs2、cxcr2、cxcr4、clec7a、slc27a2、foxp3、cxcl11、ifng、ifna1、ifnb1、ifnl1、cxcl8、ptges、ptges2、tnf和vegfa(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20種))、其編碼基因或其組合;
66、選自由以下所組成的組中的至少一種:slc27a2、ifng、ccl2、tnf、ptges、clec7a、arg1、ptges2、foxp3、cxcr4、vegfa、cxcr2和ptgs2(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12或13種))、其編碼基因或其組合;
67、選自由以下所組成的組中的至少一種:ifng、slc27a2、ccl5、foxp3、ptges2、tnf、ifna1、ifnl1、ccl2、cxcr2、ptges、cxcr4和ifnb1(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12或13種))、其編碼基因或其組合;
68、選自由以下所組成的組中的至少一種:slc27a2、ifng、ccl2、tnf、ptges、foxp3、ptges2、cxcr4和cxcr2(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8或9種))、其編碼基因或其組合;
69、選自由以下所組成的組中的至少一種:ifnl1、ifng、cxcl11、ccl2、ptges2、slc27a2和ptges(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6或7種))、其編碼基因或其組合;
70、選自由以下所組成的組中的至少一種:arg1、ccl2、clec7a、slc27a2、ifng、ptges、ptges2、tnf和foxp3(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8或9種))、其編碼基因或其組合;
71、選自由以下所組成的組中的至少一種:ccl5、cxcr4、slc27a2、ptges2、tnf、vegfa、arg1、ccl2、clec7a、ifng、ptges和foxp3(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12種))、其編碼基因或其組合;
72、選自由以下所組成的組中的至少一種:ccl5、cxcr4、slc27a2、ptges2、tnf、vegfa、arg1、ccl2、clec7a、ifng、ptges、foxp3、ptgs2、cxcr2和cxcl11(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15種))、其編碼基因或其組合;
73、選自由以下所組成的組中的至少一種:ccl2、ccl5、cxcr2、slc27a2、ifnl1、ifng、ptges2和tnf(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7或8種))、其編碼基因或其組合;
74、選自由以下所組成的組中的至少一種:tnf、ifng、ifnl1、cxcl11、clec7a、vegfa、ccl2、cxcr4、cxcr2、arg1、slc27a2、ptges2和ptges(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12或13種))、其編碼基因或其組合;
75、選自由以下所組成的組中的至少一種:tnf、ifng、ccl2、cxcr2、arg1、slc27a2、ptges2和ptges(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7或8種))、其編碼基因或其組合;
76、選自由以下所組成的組中的至少一種:vegfa、cxcr4、slc27a2、tnf、ptges2、ccl5、cxcl11、cxcr2、foxp3、ptgs2和cxcl8(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10或11種))、其編碼基因或其組合;
77、選自由以下所組成的組中的至少一種:ptges2、ifng、ccl5、vegfa、ptgs2、clec7a、cxcr4、tnf、foxp3、ccl2、cxcr2、cxcl8、ptges、ifnl1和slc27a2(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15種))、其編碼基因或其組合;
78、選自由以下所組成的組中的至少一種:vegfa、cxcr4、slc27a2、tnf、ptges2、ccl5、cxcr2、foxp3、ptgs2和cxcl8(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9或10種))、其編碼基因或其組合;
79、選自由以下所組成的組中的至少一種:ifng、tnf、clec7a、cxcl8、foxp3、vegfa、ccl2、ccl5、ccr5、cxcr4、arg1、cxcr2、ptgs2和ptges2(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14種))、其編碼基因或其組合;
80、選自由以下所組成的組中的至少一種:ccl5、ptgs2、cxcr2、cxcr4、slc27a2、cxcl11、ptges2、tnf和vegfa(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8或9種))、其編碼基因或其組合;
81、選自由以下所組成的組中的至少一種:slc27a2、ptges2、vegfa、tnf、cxcr4、ifng、ccl5、cxcr2、ccl2、cxcl11、clec7a和arg1(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12種))、其編碼基因或其組合;
82、選自由以下所組成的組中的至少一種:ifng、ptges2、ccl5、slc27a2、vegfa、ccl2、tnf、foxp3、cxcr4、ifna1、ifnl1、ptges、ccr5、clec7a、ifnb1、cxcr2和ptgs2(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16或17種))、其編碼基因或其組合;
83、選自由以下所組成的組中的至少一種:slc27a2、ptges2、vegfa、tnf、cxcr4、ifng、ccl5、cxcr2、ccl2和clec7a(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9或10種))、其編碼基因或其組合;
84、選自由以下所組成的組中的至少一種:ifng、ccl2和ptges2(例如,選自該組的一種、兩種或三種)、其編碼基因或其組合;
85、選自由以下所組成的組中的至少一種:arg1、ccl2、slc27a2、ifng、ptges2、tnf、vegfa、cxcr4和ccl5(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8或9種))、其編碼基因或其組合;
86、選自由以下所組成的組中的至少一種:tnf、ifng、cxcl11、vegfa、ccl2、ccl5、cxcr4、cxcr2、ptgs2、slc27a2和ptges2(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10或11種))、其編碼基因或其組合;和
87、選自由以下所組成的組中的至少一種:ifng、vegfa、slc27a2、ptges2、tnf、cxcr4、cxcr2、ccl5、ccl2和cxcl11(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9或10種))、其編碼基因或其組合。
88、例如,用于診斷胰腺癌的組合物和/或試劑盒可以包括能夠檢測選自由以下組的生物標(biāo)志物組、其編碼基因或其組合的試劑:
89、arg1、ccl2、ccl5、ccr5、ptgs2、cxcr2、cxcr4、clec7a、slc27a2、foxp3、cxcl11、ifng、ifna1、ifnb1、ifnl1、cxcl8、ptges、ptges2、tnf和vegfa;
90、slc27a2、ifng、ccl2、tnf、ptges、clec7a、arg1、ptges2、foxp3、cxcr4、vegfa、cxcr2和ptgs2;
91、ifng、slc27a2、ccl5、foxp3、ptges2、tnf、ifna1、ifnl1、ccl2、cxcr2、ptges、cxcr4和ifnb1;
92、slc27a2、ifng、ccl2、tnf、ptges、foxp3、ptges2、cxcr4和cxcr2;
93、ifnl1、ifng、cxcl11、ccl2、ptges2、slc27a2和ptges;
94、arg1、ccl2、clec7a、slc27a2、ifng、ptges、ptges2、tnf和foxp3;
95、ccl5、cxcr4、slc27a2、ptges2、tnf、vegfa、arg1、ccl2、clec7a、ifng、ptges和foxp3;
96、ccl5、cxcr4、slc27a2、ptges2、tnf、vegfa、arg1、ccl2、clec7a、ifng、ptges、foxp3、ptgs2、cxcr2和cxcl11;
97、ccl2、ccl5、cxcr2、slc27a2、ifnl1、ifng、ptges2和tnf;
98、tnf、ifng、ifnl1、cxcl11、clec7a、vegfa、ccl2、cxcr4、cxcr2、arg1、slc27a2、ptges2和ptges;
99、tnf、ifng、ccl2、cxcr2、arg1、slc27a2、ptges2和ptges;
100、vegfa、cxcr4、slc27a2、tnf、ptges2、ccl5、cxcl11、cxcr2、foxp3、ptgs2和cxcl8;
101、ptges2、ifng、ccl5、vegfa、ptgs2、clec7a、cxcr4、tnf、foxp3、ccl2、cxcr2、cxcl8、ptges、ifnl1和slc27a2;
102、vegfa、cxcr4、slc27a2、tnf、ptges2、ccl5、cxcr2、foxp3、ptgs2和cxcl8;
103、ifng、tnf、clec7a、cxcl8、foxp3、vegfa、ccl2、ccl5、ccr5、cxcr4、arg1、cxcr2、ptgs2和ptges2;
104、ccl5、ptgs2、cxcr2、cxcr4、slc27a2、cxcl11、ptges2、tnf和vegfa;
105、slc27a2、ptges2、vegfa、tnf、cxcr4、ifng、ccl5、cxcr2、ccl2、cxcl11、clec7a和arg1;
106、ifng、ptges2、ccl5、slc27a2、vegfa、ccl2、tnf、foxp3、cxcr4、ifna1、ifnl1、ptges、ccr5、clec7a、ifnb1、cxcr2和ptgs2;
107、slc27a2、ptges2、vegfa、tnf、cxcr4、ifng、ccl5、cxcr2、ccl2和clec7a;
108、ifng、ccl2和ptges2;
109、arg1、ccl2、slc27a2、ifng、ptges2、tnf、vegfa、cxcr4和ccl5;
110、tnf、ifng、cxcl11、vegfa、ccl2、ccl5、cxcr4、cxcr2、ptgs2、slc27a2和ptges2;以及
111、ifng、vegfa、slc27a2、ptges2、tnf、cxcr4、cxcr2、ccl5、ccl2和cxcl11。
112、更具體地,用于診斷胰腺癌的組合物和/或試劑盒可以包括能夠檢測選自由以下所組成的組中的至少一種的試劑:ifnl1、ifng、cxcl11、tnf、ifnb1、ifna1、clec7a、cxcl8、foxp3、vegfa、ccl2、ccl5、ccr5、cxcr4、arg1、cxcr2、ptgs2、ptges2、slc27a2和ptges(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20種));其編碼基因;或其組合。在這方面,可以用組合物或試劑盒檢測到的胰腺癌可以是早期胰腺癌。
113、在一種實施方式中,用于診斷胰腺癌的組合物或試劑盒用于診斷早期胰腺癌,并且可以包括選自由以下所組成的組中的至少一種:
114、(1-1)能夠檢測選自由以下所組成的組中的至少一種的試劑:slc27a2、ifng、ccl2、tnf、ptges、clec7a、arg1、ptges2、foxp3、cxcr4、vegfa、cxcr2和ptgs2(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12或13種))、其編碼基因或其組合;
115、(1-2)能夠檢測選自由以下所組成的組中的至少一種的試劑:ifng、slc27a2、ccl5、foxp3、ptges2、tnf、ifna1、ifnl1、ccl2、cxcr2、ptges、cxcr4和ifnb1(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12或13種))、其編碼基因或其組合;
116、(1-3)能夠檢測選自由以下所組成的組中的至少一種的試劑:slc27a2、ifng、ccl2、tnf、ptges、foxp3、ptges2、cxcr4和cxcr2(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8或9種))、其編碼基因或其組合;
117、(1-4)能夠檢測選自由以下所組成的組中的至少一種的試劑:ifnl1、ifng、cxcl11、ccl2、ptges2、slc27a2和ptges(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6或7種))、其編碼基因或其組合;
118、(1-5)能夠檢測選自由以下所組成的組中的至少一種的試劑:arg1、ccl2、clec7a、slc27a2、ifng、ptges、ptges2、tnf和foxp3(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8或9種))、其編碼基因或其組合;
119、(1-6)能夠檢測選自由以下所組成的組中的至少一種的試劑:arg1、ccl2、ccl5、ccr5、ptgs2、cxcr2、cxcr4、clec7a、slc27a2、foxp3、cxcl11、ifng、ifna1、ifnb1、ifnl1、cxcl8、ptges、ptges2、tnf和vegfa(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20種))、其編碼基因或其組合;
120、(1-7)能夠檢測選自由以下所組成的組中的至少一種的試劑:ccl5、cxcr4、slc27a2、ptges2、tnf、vegfa、arg1、ccl2、clec7a、ifng、ptges和foxp3(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12種));其編碼基因或其組合;
121、(1-8)能夠檢測選自由以下所組成的組中的至少一種的試劑:ccl5、cxcr4、slc27a2、ptges2、tnf、vegfa、arg1、ccl2、clec7a、ifng、ptges、foxp3、ptgs2、cxcr2和cxcl11(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15種))、其編碼基因或其組合;
122、(1-9)能夠檢測選自由以下所組成的組中的至少一種的試劑:ccl2、ccl5、cxcr2、slc27a2、ifnl1、ifng、ptges2和tnf(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7或8種))、其編碼基因或其組合;
123、(1-10)能夠檢測選自由以下所組成的組中的至少一種的試劑:tnf、ifng、ifnl1、cxcl11、clec7a、vegfa、ccl2、cxcr4、cxcr2、arg1、slc27a2、ptges2和ptges(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12或13種))、其編碼基因或其組合;以及
124、(1-11)能夠檢測選自由以下所組成的組中的至少一種的試劑:tnf、ifng、ccl2、cxcr2、arg1、slc27a2、ptges2和ptges(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7或8種))、其編碼基因或其組合。
125、例如,用于診斷胰腺癌的組合物和/或試劑盒可以包括能夠檢測選自以下組的生物標(biāo)志物組;其編碼基因;或其組合的試劑。在這方面,用該組合物和/或試劑盒可以診斷的胰腺癌可以是早期胰腺癌:
126、arg1、ccl2、ccl5、ccr5、ptgs2、cxcr2、cxcr4、clec7a、slc27a2、foxp3、cxcl11、ifng、ifna1、ifnb1、ifnl1、cxcl8、ptges、ptges2、tnf和vegfa;
127、slc27a2、ifng、ccl2、tnf、ptges、clec7a、arg1、ptges2、foxp3、cxcr4、vegfa、cxcr2和ptgs2;
128、ifng、slc27a2、ccl5、foxp3、ptges2、tnf、ifna1、ifnl1、ccl2、cxcr2、ptges、cxcr4和ifnb1;
129、slc27a2、ifng、ccl2、tnf、ptges、foxp3、ptges2、cxcr4和cxcr2;
130、ifnl1、ifng、cxcl11、ccl2、ptges2、slc27a2和ptges;
131、arg1、ccl2、clec7a、slc27a2、ifng、ptges、ptges2、tnf和foxp3;
132、ccl5、cxcr4、slc27a2、ptges2、tnf、vegfa、arg1、ccl2、clec7a、ifng、ptges和foxp3;
133、ccl5、cxcr4、slc27a2、ptges2、tnf、vegfa、arg1、ccl2、clec7a、ifng、ptges、foxp3、ptgs2、cxcr2和cxcl11;
134、ccl2、ccl5、cxcr2、slc27a2、ifnl1、ifng、ptges2和tnf;
135、tnf、ifng、ifnl1、cxcl11、clec7a、vegfa、ccl2、cxcr4、cxcr2、arg1、slc27a2、ptges2和ptges;以及
136、tnf、ifng、ccl2、cxcr2、arg1、slc27a2、ptges2和ptges。
137、在另一種實施方式中,用于診斷胰腺癌的組合物和/或試劑盒可以包括能夠檢測以下的試劑:選自由以下所組成的組中的至少一種:ifnl1、ifng、cxcl11、tnf、clec7a、cxcl8、foxp3、vegfa、ccl2、ccl5、ccr5、cxcr4、arg1、cxcr2、ptgs2、ptges2、slc27a2和ptges(例如,選自該組的一種或多種(2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18種));其編碼基因;或其組合。在這方面,使用所述組合物和/或試劑盒可以診斷的胰腺癌可以是晚期胰腺癌。
138、在一種實施方式中,用于診斷胰腺癌的組合物和/或試劑盒用于診斷晚期胰腺癌,并且可以包括能夠檢測以下的至少一種試劑:
139、(2-1)選自由以下所組成的組中的至少一種:vegfa、cxcr4、slc27a2、tnf、ptges2、ccl5、cxcl11、cxcr2、foxp3、ptgs2和cxcl8(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10或11種))、其編碼基因或其組合;
140、(2-2)選自由以下所組成的組中的至少一種:ptges2、ifng、ccl5、vegfa、ptgs2、clec7a、cxcr4、tnf、foxp3、ccl2、cxcr2、cxcl8、ptges、ifnl1和slc27a2(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15種));其編碼基因或其組合;
141、(2-3)選自由以下所組成的組中的至少一種:vegfa、cxcr4、slc27a2、tnf、ptges2、ccl5、cxcr2、foxp3、ptgs2和cxcl8(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9或10種));其編碼基因或其組合;
142、(2-4)選自由以下所組成的組中的至少一種:ifng、tnf、clec7a、cxcl8、foxp3、vegfa、ccl2、ccl5、ccr5、cxcr4、arg1、cxcr2、ptgs2和ptges2(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14種));其編碼基因或其組合;
143、(2-5)選自由以下所組成的組中的至少一種:ccl5、ptgs2、cxcr2、cxcr4、slc27a2、cxcl11、ptges2、tnf和vegfa(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8或9種))、其編碼基因或其組合;
144、(2-6)選自由以下所組成的組中的至少一種:arg1、ccl2、ccl5、ccr5、ptgs2、cxcr2、cxcr4、clec7a、slc27a2、foxp3、cxcl11、ifng、ifna1、ifnb1、ifnl1、cxcl8、ptges、ptges2、tnf和vegfa(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20種))、其編碼基因或其組合;
145、(2-7)選自由以下所組成的組中的至少一種:ccl5、cxcr4、slc27a2、ptges2、tnf、vegfa、arg1、ccl2、clec7a、ifng、ptges和foxp3(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12種))、其編碼基因或其組合;
146、(2-8)選自由以下所組成的組中的至少一種:ccl5、cxcr4、slc27a2、ptges2、tnf、vegfa、arg1、ccl2、clec7a、ifng、ptges、foxp3、ptgs2、cxcr2和cxcl11(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15種))、其編碼基因或其組合;以及
147、(2-9)選自由以下所組成的組中的至少一種:ccl2、ccl5、cxcr2、slc27a2、ifnl1、ifng、ptges2和tnf(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7或8種))、其編碼基因或其組合。
148、例如,用于診斷胰腺癌的組合物和/或試劑盒可以包括能夠檢測選自以下組的生物標(biāo)志物組;其編碼基因;或其組合的試劑。在這方面,用該組合物和/或試劑盒可以診斷的胰腺癌可以是晚期胰腺癌:
149、arg1、ccl2、ccl5、ccr5、ptgs2、cxcr2、cxcr4、clec7a、slc27a2、foxp3、cxcl11、ifng、ifna1、ifnb1、ifnl1、cxcl8、ptges、ptges2、tnf和vegfa;
150、vegfa、cxcr4、slc27a2、tnf、ptges2、ccl5、cxcl11、cxcr2、foxp3、ptgs2和cxcl8;
151、ptges2、ifng、ccl5、vegfa、ptgs2、clec7a、cxcr4、tnf、foxp3、ccl2、cxcr2、cxcl8、ptges、ifnl1和slc27a2;
152、vegfa、cxcr4、slc27a2、tnf、ptges2、ccl5、cxcr2、foxp3、ptgs2和cxcl8;
153、ifng、tnf、clec7a、cxcl8、foxp3、vegfa、ccl2、ccl5、ccr5、cxcr4、arg1、cxcr2、ptgs2和ptges2;
154、ccl5、ptgs2、cxcr2、cxcr4、slc27a2、cxcl11、ptges2、tnf和vegfa;
155、ccl5、cxcr4、slc27a2、ptges2、tnf、vegfa、arg1、ccl2、clec7a、ifng、ptges和foxp3;
156、ccl5、cxcr4、slc27a2、ptges2、tnf、vegfa、arg1、ccl2、clec7a、ifng、ptges、foxp3、ptgs2、cxcr2和cxcl11;以及
157、ccl2、ccl5、cxcr2、slc27a2、ifnl1、ifng、ptges2和tnf。
158、在另一種實施方式中,用于診斷胰腺癌的組合物和/或試劑盒可以包括能夠檢測以下的試劑:選自由以下所組成的組中的至少一種:ifnl1、ifng、cxcl11、tnf、ifnb1、ifna1、clec7a、cxcl8、foxp3、vegfa、ccl2、ccl5、ccr5、cxcr4、arg1、cxcr2、ptgs2、ptges2、slc27a2和ptges(例如,選自該組的一種或多種(2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20種));其編碼基因;或其組合。在這方面,使用組合物或試劑盒可以檢測的胰腺癌可以是任何階段的胰腺癌,而不管進(jìn)展如何,例如早期胰腺癌、晚期胰腺癌或兩者。
159、在一種實施方式中,用于診斷胰腺癌的組合物和/或試劑盒用于診斷所有階段胰腺癌,并且可以包括選自由以下所組成的組中的至少一種可檢測試劑:
160、(3-1)能夠檢測選自由以下所組成的組中的至少一種的試劑:slc27a2、ptges2、vegfa、tnf、cxcr4、ifng、ccl5、cxcr2、ccl2、cxcl11、clec7a和arg1(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12種))、其編碼基因或其組合;
161、(3-2)能夠檢測選自由以下所組成的組中的至少一種的試劑:ifng、ptges2、ccl5、slc27a2、vegfa、ccl2、tnf、foxp3、cxcr4、ifna1、ifnl1、ptges、ccr5、clec7a、ifnb1、cxcr2和ptgs2(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16或17種))、其編碼基因或其組合;
162、(3-3)能夠檢測選自由以下所組成的組中的至少一種的試劑:slc27a2、ptges2、vegfa、tnf、cxcr4、ifng、ccl5、cxcr2、ccl2和clec7a(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9或10種))、其編碼基因或其組合;
163、(3-4)能夠檢測選自由以下所組成的組中的至少一種的試劑:ifng、ccl2和ptges2(例如,選自該組的一種、兩種或三種)、其編碼基因或其組合;
164、(3-5)能夠檢測選自由以下所組成的組中的至少一種的試劑:arg1、ccl2、slc27a2、ifng、ptges2、tnf、vegfa、cxcr4和ccl5(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8或9種))、其編碼基因或其組合;
165、(3-6)能夠檢測選自由以下所組成的組中的至少一種的試劑:arg1、ccl2、ccl5、ccr5、ptgs2、cxcr2、cxcr4、clec7a、slc27a2、foxp3、cxcl11、ifng、ifna1、ifnb1、ifnl1、cxcl8、ptges、ptges2、tnf和vegfa(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20種))、其編碼基因或其組合;
166、(3-7)能夠檢測選自由以下所組成的組中的至少一種的試劑:ccl5、cxcr4、slc27a2、ptges2、tnf、vegfa、arg1、ccl2、clec7a、ifng、ptges和foxp3(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12種))、其編碼基因或其組合;
167、(3-8)能夠檢測選自由以下所組成的組中的至少一種的試劑:ccl5、cxcr4、slc27a2、ptges2、tnf、vegfa、arg1、ccl2、clec7a、ifng、ptges、foxp3、ptgs2、cxcr2和cxcl11(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15種))、其編碼基因或其組合;
168、(3-9)能夠檢測選自由以下所組成的組中的至少一種的試劑:ccl2、ccl5、cxcr2、slc27a2、ifnl1、ifng、ptges2和tnf(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7或8種))、其編碼基因或其組合;
169、(3-10)能夠檢測選自由以下所組成的組中的至少一種的試劑:tnf、ifng、cxcl11、vegfa、ccl2、ccl5、cxcr4、cxcr2、ptgs2、slc27a2和ptges2(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10或11種))、其編碼基因或其組合;或
170、(3-11)能夠檢測選自由以下所組成的組中的至少一種的試劑:ifng、vegfa、slc27a2、ptges2、tnf、cxcr4、cxcr2、ccl5、ccl2和cxcl11(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9或10種))、其編碼基因或其組合。在這方面,使用組合物或試劑盒可以檢測的胰腺癌可以是任何階段的胰腺癌,而不管進(jìn)展如何,例如早期胰腺癌、晚期胰腺癌或兩者。
171、例如,用于診斷胰腺癌的組合物和/或試劑盒可以包括能夠檢測選自以下組的生物標(biāo)志物組;其編碼基因;或其組合的試劑。在這方面,使用組合物和/或試劑盒可以診斷的胰腺癌可以是早期胰腺癌、晚期-早期胰腺癌或兩者:
172、arg1、ccl2、ccl5、ccr5、ptgs2、cxcr2、cxcr4、clec7a、slc27a2、foxp3、cxcl11、ifng、ifna1、ifnb1、ifnl1、cxcl8、ptges、ptges2、tnf和vegfa;
173、slc27a2、ptges2、vegfa、tnf、cxcr4、ifng、ccl5、cxcr2、ccl2、cxcl11、clec7a和arg1;
174、ifng、ptges2、ccl5、slc27a2、vegfa、ccl2、tnf、foxp3、cxcr4、ifna1、ifnl1、ptges、ccr5、clec7a、ifnb1、cxcr2和ptgs2;
175、slc27a2、ptges2、vegfa、tnf、cxcr4、ifng、ccl5、cxcr2、ccl2和clec7a;
176、ifng、ccl2和ptges2;
177、arg1、ccl2、slc27a2、ifng、ptges2、tnf、vegfa、cxcr4和ccl5;
178、ccl5、cxcr4、slc27a2、ptges2、tnf、vegfa、arg1、ccl2、clec7a、ifng、ptges和foxp3;
179、ccl5、cxcr4、slc27a2、ptges2、tnf、vegfa、arg1、ccl2、clec7a、ifng、ptges、foxp3、ptgs2、cxcr2和cxcl11;
180、ccl2、ccl5、cxcr2、slc27a2、ifnl1、ifng、ptges2和tnf;
181、tnf、ifng、cxcl11、vegfa、ccl2、ccl5、cxcr4、cxcr2、ptgs2、slc27a2和ptges2;以及
182、ifng、vegfa、slc27a2、ptges2、tnf、cxcr4、cxcr2、ccl5、ccl2和cxcl11。
183、在另一種實施方式中,用于診斷胰腺癌的組合物和/或試劑盒可以包括能夠檢測選自由ifnb1和ifna1所組成的組中的至少一種生物標(biāo)志物(一種或兩種)、其編碼基因或其組合的試劑。在這方面,診斷組合物和/或試劑盒可以設(shè)計用于區(qū)分胰腺癌(例如,早期胰腺癌和/或晚期胰腺癌)與類似疾病(例如,良性胰腺疾病(胰腺炎(慢性胰腺炎和/或急性胰腺炎)、良性胰腺腫瘤、導(dǎo)管內(nèi)乳頭狀粘液腫瘤(ipmn)、自身免疫性胰腺炎(aip)和其他胰腺疾病(不包括胰腺癌(惡性胰腺腫瘤)等)和膽管癌)。
184、用于診斷胰腺癌的組合物和/或試劑盒可以包括生物標(biāo)志物ifnb1和ifna1中的至少一種、其編碼基因或其組合,以有效地區(qū)分胰腺癌與良性胰腺疾病和其他類似病癥。
185、診斷胰腺癌的方法
186、本公開提供了一種用于診斷胰腺癌的組合物和方法(或用于提供診斷信息的方法)。該方法可以包括檢測從受試者分離的血液樣本中的上述生物標(biāo)志物的步驟,即,選自由以下所組成的組中的至少一種生物標(biāo)志物:ifnl1、ifng、cxcl11、tnf、ifnb1、ifna1、clec7a、cxcl8、foxp3、vegfa、ccl2、ccl5、ccr5、cxcr4、arg1、cxcr2、ptgs2、ptges2、slc27a2和ptges的(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20種)),以及其編碼基因。
187、在一種實施方式中,生物標(biāo)志物可以包括選自以下的至少一種:
188、選自由以下所組成的組中的至少一種:arg1、ccl2、ccl5、ccr5、ptgs2、cxcr2、cxcr4、clec7a、slc27a2、foxp3、cxcl11、ifng、ifna1、ifnb1、ifnl1、cxcl8、ptges、ptges2、tnf和vegfa(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20種))、其編碼基因或其組合;
189、選自由以下所組成的組中的至少一種:slc27a2、ifng、ccl2、tnf、ptges、clec7a、arg1、ptges2、foxp3、cxcr4、vegfa、cxcr2和ptgs2(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12或13種))、其編碼基因或其組合;
190、選自由以下所組成的組中的至少一種:ifng、slc27a2、ccl5、foxp3、ptges2、tnf、ifna1、ifnl1、ccl2、cxcr2、ptges、cxcr4和ifnb1(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12或13種))、其編碼基因或其組合;
191、選自由以下所組成的組中的至少一種:slc27a2、ifng、ccl2、tnf、ptges、foxp3、ptges2、cxcr4和cxcr2(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8或9種))、其編碼基因或其組合;
192、選自由以下所組成的組中的至少一種:ifnl1、ifng、cxcl11、ccl2、ptges2、slc27a2和ptges(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6或7種))、其編碼基因或其組合;
193、選自由以下所組成的組中的至少一種:arg1、ccl2、clec7a、slc27a2、ifng、ptges、ptges2、tnf和foxp3(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8或9種))、其編碼基因或其組合;
194、選自由以下所組成的組中的至少一種:ccl5、cxcr4、slc27a2、ptges2、tnf、vegfa、arg1、ccl2、clec7a、ifng、ptges和foxp3(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12種))、其編碼基因或其組合;
195、選自由以下所組成的組中的至少一種:ccl5、cxcr4、slc27a2、ptges2、tnf、vegfa、arg1、ccl2、clec7a、ifng、ptges、foxp3、ptgs2、cxcr2和cxcl11(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15種))、其編碼基因或其組合;
196、選自由以下所組成的組中的至少一種:ccl2、ccl5、cxcr2、slc27a2、ifnl1、ifng、ptges2和tnf(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7或8種))、其編碼基因或其組合;
197、選自由以下所組成的組中的至少一種:tnf、ifng、ifnl1、cxcl11、clec7a、vegfa、ccl2、cxcr4、cxcr2、arg1、slc27a2、ptges2和ptges(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12或13種))、其編碼基因或其組合;
198、選自由以下所組成的組中的至少一種:tnf、ifng、ccl2、cxcr2、arg1、slc27a2、ptges2和ptges(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7或8種))、其編碼基因或其組合;
199、選自由以下所組成的組中的至少一種:vegfa、cxcr4、slc27a2、tnf、ptges2、ccl5、cxcl11、cxcr2、foxp3、ptgs2和cxcl8(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10或11種))、其編碼基因或其組合;
200、選自由以下所組成的組中的至少一種:ptges2、ifng、ccl5、vegfa、ptgs2、clec7a、cxcr4、tnf、foxp3、ccl2、cxcr2、cxcl8、ptges、ifnl1和slc27a2(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15種))、其編碼基因或其組合;
201、選自由以下所組成的組中的至少一種:vegfa、cxcr4、slc27a2、tnf、ptges2、ccl5、cxcr2、foxp3、ptgs2和cxcl8(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9或10種))、其編碼基因或其組合;
202、選自由以下所組成的組中的至少一種:ifng、tnf、clec7a、cxcl8、foxp3、vegfa、ccl2、ccl5、ccr5、cxcr4、arg1、cxcr2、ptgs2和ptges2(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14種))、其編碼基因或其組合;
203、選自由以下所組成的組中的至少一種:ccl5、ptgs2、cxcr2、cxcr4、slc27a2、cxcl11、ptges2、tnf和vegfa(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8或9種))、其編碼基因或其組合;
204、選自由以下所組成的組中的至少一種:slc27a2、ptges2、vegfa、tnf、cxcr4、ifng、ccl5、cxcr2、ccl2、cxcl11、clec7a和arg1(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12種))、其編碼基因或其組合;
205、選自由以下所組成的組中的至少一種:ifng、ptges2、ccl5、slc27a2、vegfa、ccl2、tnf、foxp3、cxcr4、ifna1、ifnl1、ptges、ccr5、clec7a、ifnb1、cxcr2和ptgs2(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16或17種))、其編碼基因或其組合;
206、選自由以下所組成的組中的至少一種:slc27a2、ptges2、vegfa、tnf、cxcr4、ifng、ccl5、cxcr2、ccl2和clec7a(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9或10種))、其編碼基因或其組合;
207、選自由以下所組成的組中的至少一種:ifng、ccl2和ptges2(例如,選自該組的一種、兩種或三種)、其編碼基因或其組合;
208、選自由以下所組成的組中的至少一種:arg1、ccl2、slc27a2、ifng、ptges2、tnf、vegfa、cxcr4和ccl5(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8或9種));其編碼基因或其組合;
209、選自由以下所組成的組中的至少一種:tnf、ifng、cxcl11、vegfa、ccl2、ccl5、cxcr4、cxcr2、ptgs2、slc27a2和ptges2(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10或11種));其編碼基因或其組合;和
210、選自由以下所組成的組中的至少一種:ifng、vegfa、slc27a2、ptges2、tnf、cxcr4、cxcr2、ccl5、ccl2和cxcl11(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9或10種));其編碼基因或其組合。
211、例如,生物標(biāo)志物可以是選自以下組的生物標(biāo)志物組;其編碼基因或其組合:
212、arg1、ccl2、ccl5、ccr5、ptgs2、cxcr2、cxcr4、clec7a、slc27a2、foxp3、cxcl11、ifng、ifna1、ifnb1、ifnl1、cxcl8、ptges、ptges2、tnf和vegfa;
213、slc27a2、ifng、ccl2、tnf、ptges、clec7a、arg1、ptges2、foxp3、cxcr4、vegfa、cxcr2和ptgs2;
214、ifng、slc27a2、ccl5、foxp3、ptges2、tnf、ifna1、ifnl1、ccl2、cxcr2、ptges、cxcr4和ifnb1;
215、slc27a2、ifng、ccl2、tnf、ptges、foxp3、ptges2、cxcr4和cxcr2;
216、ifnl1、ifng、cxcl11、ccl2、ptges2、slc27a2和ptges;
217、arg1、ccl2、clec7a、slc27a2、ifng、ptges、ptges2、tnf和foxp3;
218、ccl5、cxcr4、slc27a2、ptges2、tnf、vegfa、arg1、ccl2、clec7a、ifng、ptges和foxp3;
219、ccl5、cxcr4、slc27a2、ptges2、tnf、vegfa、arg1、ccl2、clec7a、ifng、ptges、foxp3、ptgs2、cxcr2和cxcl11;
220、ccl2、ccl5、cxcr2、slc27a2、ifnl1、ifng、ptges2和tnf;
221、tnf、ifng、ifnl1、cxcl11、clec7a、vegfa、ccl2、cxcr4、cxcr2、arg1、slc27a2、ptges2和ptges;
222、tnf、ifng、ccl2、cxcr2、arg1、slc27a2、ptges2和ptges;
223、vegfa、cxcr4、slc27a2、tnf、ptges2、ccl5、cxcl11、cxcr2、foxp3、ptgs2和cxcl8;
224、ptges2、ifng、ccl5、vegfa、ptgs2、clec7a、cxcr4、tnf、foxp3、ccl2、cxcr2、cxcl8、ptges、ifnl1和slc27a2;
225、vegfa、cxcr4、slc27a2、tnf、ptges2、ccl5、cxcr2、foxp3、ptgs2和cxcl8;
226、ifng、tnf、clec7a、cxcl8、foxp3、vegfa、ccl2、ccl5、ccr5、cxcr4、arg1、cxcr2、ptgs2和ptges2;
227、ccl5、ptgs2、cxcr2、cxcr4、slc27a2、cxcl11、ptges2、tnf和vegfa;
228、slc27a2、ptges2、vegfa、tnf、cxcr4、ifng、ccl5、cxcr2、ccl2、cxcl11、clec7a和arg1;
229、ifng、ptges2、ccl5、slc27a2、vegfa、ccl2、tnf、foxp3、cxcr4、ifna1、ifnl1、ptges、ccr5、clec7a、ifnb1、cxcr2和ptgs2;
230、slc27a2、ptges2、vegfa、tnf、cxcr4、ifng、ccl5、cxcr2、ccl2和clec7a;
231、ifng、ccl2和ptges2;
232、arg1、ccl2、slc27a2、ifng、ptges2、tnf、vegfa、cxcr4和ccl5;
233、tnf、ifng、cxcl11、vegfa、ccl2、ccl5、cxcr4、cxcr2、ptgs2、slc27a2和ptges2;以及
234、ifng、vegfa、slc27a2、ptges2、tnf、cxcr4、cxcr2、ccl5、ccl2和cxcl11。
235、更具體地,生物標(biāo)志物可以包括選自以下組的至少一種,其中,可用其診斷的胰腺癌是早期胰腺癌:
236、選自由以下所組成的組中的至少一種:arg1、ccl2、ccl5、ccr5、ptgs2、cxcr2、cxcr4、clec7a、slc27a2、foxp3、cxcl11、ifng、ifna1、ifnb1、ifnl1、cxcl8、ptges、ptges2、tnf和vegfa(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20種))、其編碼基因或其組合;
237、選自由以下所組成的組中的至少一種:slc27a2、ifng、ccl2、tnf、ptges、clec7a、arg1、ptges2、foxp3、cxcr4、vegfa、cxcr2和ptgs2(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12或13種))、其編碼基因或其組合;
238、選自由以下所組成的組中的至少一種:ifng、slc27a2、ccl5、foxp3、ptges2、tnf、ifna1、ifnl1、ccl2、cxcr2、ptges、cxcr4和ifnb1(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12或13種));其編碼基因或其組合;
239、選自由以下所組成的組中的至少一種:slc27a2、ifng、ccl2、tnf、ptges、foxp3、ptges2、cxcr4和cxcr2(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8或9種));其編碼基因或其組合;
240、選自由以下所組成的組中的至少一種:ifnl1、ifng、cxcl11、ccl2、ptges2、slc27a2和ptges(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6或7種));其編碼基因或其組合;
241、選自由以下所組成的組中的至少一種:arg1、ccl2、clec7a、slc27a2、ifng、ptges、ptges2、tnf和foxp3(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8或9種));其編碼基因或其組合;
242、選自由以下所組成的組中的至少一種:ccl5、cxcr4、slc27a2、ptges2、tnf、vegfa、arg1、ccl2、clec7a、ifng、ptges和foxp3(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12種));其編碼基因或其組合;
243、選自由以下所組成的組中的至少一種:ccl5、cxcr4、slc27a2、ptges2、tnf、vegfa、arg1、ccl2、clec7a、ifng、ptges、foxp3、ptgs2、cxcr2和cxcl11(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15種));其編碼基因或其組合;
244、選自由以下所組成的組中的至少一種:ccl2、ccl5、cxcr2、slc27a2、ifnl1、ifng、ptges2和tnf(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7或8種));其編碼基因或其組合;
245、選自由以下所組成的組中的至少一種:tnf、ifng、ifnl1、cxcl11、clec7a、vegfa、ccl2、cxcr4、cxcr2、arg1、slc27a2、ptges2和ptges(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12或13種));其編碼基因或其組合;以及
246、選自由以下所組成的組中的至少一種:tnf、ifng、ccl2、cxcr2、arg1、slc27a2、ptges2和ptges(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7或8種));其編碼基因或其組合。
247、更具體地,例如,生物標(biāo)志物可以是選自以下組的生物標(biāo)志物組;其編碼基因;或其組合,其中,可用其診斷的胰腺癌是早期胰腺癌:
248、arg1、ccl2、ccl5、ccr5、ptgs2、cxcr2、cxcr4、clec7a、slc27a2、foxp3、cxcl11、ifng、ifna1、ifnb1、ifnl1、cxcl8、ptges、ptges2、tnf和vegfa;
249、slc27a2、ifng、ccl2、tnf、ptges、clec7a、arg1、ptges2、foxp3、cxcr4、vegfa、cxcr2和ptgs2;
250、ifng、slc27a2、ccl5、foxp3、ptges2、tnf、ifna1、ifnl1、ccl2、cxcr2、ptges、cxcr4和ifnb1;
251、slc27a2、ifng、ccl2、tnf、ptges、foxp3、ptges2、cxcr4和cxcr2;
252、ifnl1、ifng、cxcl11、ccl2、ptges2、slc27a2和ptges;
253、arg1、ccl2、clec7a、slc27a2、ifng、ptges、ptges2、tnf和foxp3;
254、ccl5、cxcr4、slc27a2、ptges2、tnf、vegfa、arg1、ccl2、clec7a、ifng、ptges和foxp3;
255、ccl5、cxcr4、slc27a2、ptges2、tnf、vegfa、arg1、ccl2、clec7a、ifng、ptges、foxp3、ptgs2、cxcr2和cxcl11;
256、ccl2、ccl5、cxcr2、slc27a2、ifnl1、ifng、ptges2和tnf;
257、tnf、ifng、ifnl1、cxcl11、clec7a、vegfa、ccl2、cxcr4、cxcr2、arg1、slc27a2、ptges2和ptges;以及
258、tnf、ifng、ccl2、cxcr2、arg1、slc27a2、ptges2和ptges。
259、在另一種實施方式中,生物標(biāo)志物可以包括選自以下組的至少一種,可用其診斷的胰腺癌是晚期胰腺癌:
260、選自由以下所組成的組中的至少一種:arg1、ccl2、ccl5、ccr5、ptgs2、cxcr2、cxcr4、clec7a、slc27a2、foxp3、cxcl11、ifng、ifna1、ifnb1、ifnl1、cxcl8、ptges、ptges2、tnf和vegfa(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20種))、其編碼基因或其組合;
261、選自由以下所組成的組中的至少一種:vegfa、cxcr4、slc27a2、tnf、ptges2、ccl5、cxcl11、cxcr2、foxp3、ptgs2和cxcl8(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10或11種));其編碼基因或其組合;
262、選自由以下所組成的組中的至少一種:ptges2、ifng、ccl5、vegfa、ptgs2、clec7a、cxcr4、tnf、foxp3、ccl2、cxcr2、cxcl8、ptges、ifnl1和slc27a2(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15種));其編碼基因或其組合;
263、選自由以下所組成的組中的至少一種:vegfa、cxcr4、slc27a2、tnf、ptges2、ccl5、cxcr2、foxp3、ptgs2和cxcl8(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9或10種));其編碼基因或其組合;
264、選自由以下所組成的組中的至少一種:ifng、tnf、clec7a、cxcl8、foxp3、vegfa、ccl2、ccl5、ccr5、cxcr4、arg1、cxcr2、ptgs2和ptges2(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14種));其編碼基因或其組合;
265、選自由以下所組成的組中的至少一種:ccl5、ptgs2、cxcr2、cxcr4、slc27a2、cxcl11、ptges2、tnf和vegfa(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8或9種));其編碼基因或其組合;
266、選自由以下所組成的組中的至少一種:ccl5、cxcr4、slc27a2、ptges2、tnf、vegfa、arg1、ccl2、clec7a、ifng、ptges和foxp3(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12種));其編碼基因或其組合;
267、選自由以下所組成的組中的至少一種:ccl5、cxcr4、slc27a2、ptges2、tnf、vegfa、arg1、ccl2、clec7a、ifng、ptges、foxp3、ptgs2、cxcr2和cxcl11(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15種));其編碼基因或其組合;以及
268、選自由以下所組成的組中的至少一種:ccl2、ccl5、cxcr2、slc27a2、ifnl1、ifng、ptges2和tnf(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7或8種));其編碼基因或其組合。
269、例如,生物標(biāo)志物可以是選自以下組的生物標(biāo)志物組;編碼基因;或其組合,可用其診斷的胰腺癌是晚期胰腺癌:
270、arg1、ccl2、ccl5、ccr5、ptgs2、cxcr2、cxcr4、clec7a、slc27a2、foxp3、cxcl11、ifng、ifna1、ifnb1、ifnl1、cxcl8、ptges、ptges2、tnf和vegfa;
271、vegfa、cxcr4、slc27a2、tnf、ptges2、ccl5、cxcl11、cxcr2、foxp3、ptgs2和cxcl8;
272、ptges2、ifng、ccl5、vegfa、ptgs2、clec7a、cxcr4、tnf、foxp3、ccl2、cxcr2、cxcl8、ptges、ifnl1和slc27a2;
273、vegfa、cxcr4、slc27a2、tnf、ptges2、ccl5、cxcr2、foxp3、ptgs2和cxcl8;
274、ifng、tnf、clec7a、cxcl8、foxp3、vegfa、ccl2、ccl5、ccr5、cxcr4、arg1、cxcr2、ptgs2和ptges2;
275、ccl5、ptgs2、cxcr2、cxcr4、slc27a2、cxcl11、ptges2、tnf和vegfa;
276、ccl5、cxcr4、slc27a2、ptges2、tnf、vegfa、arg1、ccl2、clec7a、ifng、ptges和foxp3;
277、ccl5、cxcr4、slc27a2、ptges2、tnf、vegfa、arg1、ccl2、clec7a、ifng、ptges、foxp3、ptgs2、cxcr2和cxcl11;以及
278、ccl2、ccl5、cxcr2、slc27a2、ifnl1、ifng、ptges2和tnf。
279、在另一種實施方式中,生物標(biāo)志物可以包括選自以下的至少一種,可用其診斷的胰腺癌是任何階段的胰腺癌,無論進(jìn)展如何,例如早期胰腺癌、晚期胰腺癌或兩者:
280、選自由以下所組成的組中的至少一種:arg1、ccl2、ccl5、ccr5、ptgs2、cxcr2、cxcr4、clec7a、slc27a2、foxp3、cxcl11、ifng、ifna1、ifnb1、ifnl1、cxcl8、ptges、ptges2、tnf和vegfa(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20種))、其編碼基因或其組合;
281、選自由以下所組成的組中的至少一種:slc27a2、ptges2、vegfa、tnf、cxcr4、ifng、ccl5、cxcr2、ccl2、cxcl11、clec7a和arg1(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12種));其編碼基因或其組合;
282、選自由以下所組成的組中的至少一種:ifng、ptges2、ccl5、slc27a2、vegfa、ccl2、tnf、foxp3、cxcr4、ifna1、ifnl1、ptges、ccr5、clec7a、ifnb1、cxcr2和ptgs2(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16或17種));其編碼基因或其組合;
283、選自由以下所組成的組中的至少一種:slc27a2、ptges2、vegfa、tnf、cxcr4、ifng、ccl5、cxcr2、ccl2和clec7a(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9或10種));其編碼基因或其組合;
284、選自由以下所組成的組中的至少一種:ifng、ccl2和ptges2(例如,選自該組的一種、兩種或三種)、其編碼基因或其組合;
285、選自由以下所組成的組中的至少一種:arg1、ccl2、slc27a2、ifng、ptges2、tnf、vegfa、cxcr4和ccl5(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8或9種))、其編碼基因或其組合;
286、選自由以下所組成的組中的至少一種:ccl5、cxcr4、slc27a2、ptges2、tnf、vegfa、arg1、ccl2、clec7a、ifng、ptges和foxp3(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12種))、其編碼基因或其組合;
287、選自由以下所組成的組中的至少一種:ccl5、cxcr4、slc27a2、ptges2、tnf、vegfa、arg1、ccl2、clec7a、ifng、ptges、foxp3、ptgs2、cxcr2和cxcl11(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15種))、其編碼基因或其組合;
288、選自由以下所組成的組中的至少一種:ccl2、ccl5、cxcr2、slc27a2、ifnl1、ifng、ptges2和tnf(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7或8種));其編碼基因或其組合;
289、選自由以下所組成的組中的至少一種:tnf、ifng、cxcl11、vegfa、ccl2、ccl5、cxcr4、cxcr2、ptgs2、slc27a2和ptges2(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10或11種));其編碼基因或其組合;和
290、選自由以下所組成的組中的至少一種:ifng、vegfa、slc27a2、ptges2、tnf、cxcr4、cxcr2、ccl5、ccl2和cxcl11(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9或10種));其編碼基因或其組合。
291、例如,生物標(biāo)志物可以是選自以下組的生物標(biāo)志物組;編碼基因;或其組合,可用其診斷的胰腺癌是任何階段的胰腺癌,無論進(jìn)展如何,例如早期胰腺癌、晚期胰腺癌或兩者:
292、arg1、ccl2、ccl5、ccr5、ptgs2、cxcr2、cxcr4、clec7a、slc27a2、foxp3、cxcl11、ifng、ifna1、ifnb1、ifnl1、cxcl8、ptges、ptges2、tnf和vegfa;
293、slc27a2、ptges2、vegfa、tnf、cxcr4、ifng、ccl5、cxcr2、ccl2、cxcl11、clec7a和arg1;
294、ifng、ptges2、ccl5、slc27a2、vegfa、ccl2、tnf、foxp3、cxcr4、ifna1、ifnl1、ptges、ccr5、clec7a、ifnb1、cxcr2和ptgs2;
295、slc27a2、ptges2、vegfa、tnf、cxcr4、ifng、ccl5、cxcr2、ccl2和clec7a;
296、ifng、ccl2和ptges2;
297、arg1、ccl2、slc27a2、ifng、ptges2、tnf、vegfa、cxcr4和ccl5;
298、ccl5、cxcr4、slc27a2、ptges2、tnf、vegfa、arg1、ccl2、clec7a、ifng、ptges和foxp3;
299、ccl5、cxcr4、slc27a2、ptges2、tnf、vegfa、arg1、ccl2、clec7a、ifng、ptges、foxp3、ptgs2、cxcr2和cxcl11;
300、ccl2、ccl5、cxcr2、slc27a2、ifnl1、ifng、ptges2和tnf;
301、tnf、ifng、cxcl11、vegfa、ccl2、ccl5、cxcr4、cxcr2、ptgs2、slc27a2和ptges2;以及
302、ifng、vegfa、slc27a2、ptges2、tnf、cxcr4、cxcr2、ccl5、ccl2和cxcl11。
303、在該方法中,檢測生物標(biāo)志物的步驟可以包括確定樣品中生物標(biāo)志物的存在或不存在,測量生物標(biāo)志物的水平(濃度),或進(jìn)行兩者。在該方法中,當(dāng)樣品中的生物標(biāo)志物以與參考樣品(例如,正常樣品或來自患有類似疾病的受試者的樣品)相比更高和/或更低的水平存在時,可以將樣品或樣品來源的受試者診斷(或鑒定或確定)為胰腺癌患者。胰腺癌患者的診斷可以包括確認(rèn)或確定受試者患有胰腺癌和/或?qū)⒁认侔┗颊吲c患有類似疾病的受試者區(qū)分開。胰腺癌可以指早期胰腺癌、晚期胰腺癌或兩者。正常受試者可以指沒有患胰腺癌(包括早期胰腺癌、晚期胰腺癌或兩者)的受試者。類似的疾病可以指良性胰腺疾病(包括胰腺炎(慢性胰腺炎和/或急性胰腺炎)、良性胰腺腫瘤、導(dǎo)管內(nèi)乳頭狀粘液腫瘤(ipmn)、自身免疫胰腺炎(aip)或其他胰腺疾病(不包括胰腺癌(惡性胰腺腫瘤))和/或膽管癌。
304、在一種實施方式中,本公開中提供的用于診斷胰腺癌的方法或提供用于胰腺癌診斷的信息的方法可以包括:
305、(a)檢測從受試者分離的血液樣品中的至少一種上述生物標(biāo)志物;以及
306、(b)當(dāng)血液樣品中的生物標(biāo)志物與參考樣品(例如,正常樣品或來自患有類似疾病的受試者的樣品)相比以更高和/或更低的水平存在時,診斷(或鑒定或確定)樣品或樣品來源的受試者為胰腺癌患者(包括早期胰腺癌、晚期胰腺癌或兩者)。
307、在該方法中,步驟(b)可以包括以下步驟中的一個或多個(例如,1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20個):
308、-當(dāng)血液樣品中的ifnl1、其編碼基因或其組合與參考樣品(例如,正常樣品)相比以更高(增加)的水平存在時,診斷(或鑒定或確定)樣品或樣品來源的受試者為胰腺癌患者,例如,患有早期胰腺癌、晚期胰腺癌或無論進(jìn)展如何的任何階段的胰腺癌(包括早期胰腺癌和/或晚期胰腺癌)的患者;
309、-當(dāng)血液樣品中的ifng、其編碼基因或其組合與參考樣品(例如,正常樣品)相比以較低(降低)的水平存在時,診斷(或鑒定或確定)樣品或樣品來源的受試者為胰腺癌患者,例如,患有早期胰腺癌、晚期胰腺癌或無論進(jìn)展如何的任何階段的胰腺癌(包括早期胰腺癌和/或晚期胰腺癌)的患者;
310、-當(dāng)血液樣品中的cxcl11、其編碼基因或其組合與參考樣品(例如,正常樣品)相比以更高(增加)的水平存在時,診斷(或鑒定或確定)樣品或樣品來源的受試者為早期胰腺癌患者,和/或當(dāng)血液樣品中的cxcl11、其編碼基因或其組合以較低(降低)的水平存在時,診斷為晚期胰腺癌患者;
311、-當(dāng)血液樣品中的tnf、其編碼基因或其組合與參考樣品(例如,正常樣品)相比以更高(增加)的水平存在時,診斷(或鑒定或確定)樣品或樣品來源的受試者為胰腺癌患者,例如,患有早期胰腺癌、晚期胰腺癌或無論進(jìn)展如何的任何階段的胰腺癌(包括早期胰腺癌和/或晚期胰腺癌)的患者;
312、-當(dāng)血液樣品中的clec7a、其編碼基因或其組合與參考樣品(例如,正常樣品)相比以較低(降低)的水平存在時,診斷(或鑒定或確定)樣品或樣品來源的受試者為早期胰腺癌患者,和/或當(dāng)血液樣品中的clec7a、其編碼基因或其組合以更高(增加)的水平存在時,診斷為晚期胰腺癌患者;
313、-當(dāng)血液樣品中的cxcl8、其編碼基因或其組合與參考樣品(例如,正常樣品)相比以更高(增加)的水平存在時,診斷(或鑒定或確定)樣品或樣品來源的受試者為胰腺癌患者,例如,患有早期胰腺癌、晚期胰腺癌或無論進(jìn)展如何的任何階段的胰腺癌(包括早期胰腺癌和/或晚期胰腺癌)的患者;
314、-當(dāng)血液樣品中的foxp3、其編碼基因或其組合與參考樣品(例如,正常樣品)相比以更高(增加)的水平存在時,診斷(或鑒定或確定)樣品或樣品來源的受試者為早期胰腺癌患者,和/或當(dāng)血液樣品中的foxp3、其編碼基因或其組合以較低(降低)的水平存在時,診斷為晚期胰腺癌患者;
315、-當(dāng)血液樣品中的vegfa、其編碼基因或其組合與參考樣品(例如,正常樣品)相比以更高(增加)的水平存在時,診斷(或鑒定或確定)樣品或樣品來源的受試者為胰腺癌患者,例如,患有早期胰腺癌、晚期胰腺癌或無論進(jìn)展如何的任何階段的胰腺癌(包括早期胰腺癌和/或晚期胰腺癌)的患者;
316、-當(dāng)血液樣品中的ccl2、其編碼基因或其組合與參考樣品(例如,正常樣品)相比以更高(增加)的水平存在時,診斷(或鑒定或確定)樣品或樣品來源的受試者為胰腺癌患者,例如,患有早期胰腺癌、晚期胰腺癌或無論進(jìn)展如何的任何階段的胰腺癌(包括早期胰腺癌和/或晚期胰腺癌)的患者;
317、-當(dāng)血液樣品中的ccl5、其編碼基因或其組合與參考樣品(例如,正常樣品)相比以較低(降低)的水平存在時,診斷(或鑒定或確定)樣品或樣品來源的受試者為胰腺癌患者,例如,患有早期胰腺癌、晚期胰腺癌或無論進(jìn)展如何的任何階段的胰腺癌(包括早期胰腺癌和/或晚期胰腺癌)的患者;
318、-當(dāng)血液樣品中的ccr5、其編碼基因或其組合與參考樣品(例如,正常樣品)相比以更高(增加)的水平存在時,診斷(或鑒定或確定)樣品或樣品來源的受試者為早期胰腺癌患者,和/或當(dāng)血液樣品中的ccr5、其編碼基因或其組合以較低(降低)的水平存在時,診斷為晚期胰腺癌患者;
319、-當(dāng)血液樣品中的cxcr4、其編碼基因或其組合與參考樣品(例如,正常樣品)相比以更高(增加)的水平存在時,診斷(或鑒定或確定)樣品或樣品來源的受試者為胰腺癌患者,例如,患有早期胰腺癌、晚期胰腺癌或無論進(jìn)展如何的任何階段的胰腺癌(包括早期胰腺癌和/或晚期胰腺癌)的患者;
320、-當(dāng)血液樣品中的arg1、其編碼基因或其組合與參考樣品(例如,正常樣品)相比以更高(增加)的水平存在時,診斷(或鑒定或確定)樣品或樣品來源的受試者為胰腺癌患者,例如,患有早期胰腺癌、晚期胰腺癌或無論進(jìn)展如何的任何階段的胰腺癌(包括早期胰腺癌和/或晚期胰腺癌)的患者;
321、-當(dāng)血液樣品中的cxcr2、其編碼基因或其組合與參考樣品(例如,正常樣品)相比以較低(降低)的水平存在時,診斷(或鑒定或確定)樣品或樣品來源的受試者為早期胰腺癌患者,和/或當(dāng)血液樣品中的cxcr2、其編碼基因或其組合以更高(增加)的水平存在時,診斷為晚期胰腺癌患者;
322、-當(dāng)血液樣品中的ptgs2、其編碼基因或其組合與參考樣品(例如,正常樣品)相比以更高(增加)的水平存在時,診斷(或鑒定或確定)樣品或樣品來源的受試者為胰腺癌患者,例如,患有早期胰腺癌、晚期胰腺癌或無論進(jìn)展如何的任何階段的胰腺癌(包括早期胰腺癌和/或晚期胰腺癌)的患者;
323、-當(dāng)血液樣品中的ptges2、其編碼基因或其組合與參考樣品(例如,正常樣品)相比以較低(降低)的水平存在時,診斷(或鑒定或確定)樣品或樣品來源的受試者為胰腺癌患者,例如,患有早期胰腺癌、晚期胰腺癌或無論進(jìn)展如何的任何階段的胰腺癌(包括早期胰腺癌和/或晚期胰腺癌)的患者;
324、-當(dāng)血液樣品中的slc27a2、其編碼基因或其組合與參考樣品(例如,正常樣品)相比以更高(增加)的水平存在時,診斷(或鑒定或確定)樣品或樣品來源的受試者為胰腺癌患者,例如,患有早期胰腺癌、晚期胰腺癌或無論進(jìn)展如何的任何階段的胰腺癌(包括早期胰腺癌和/或晚期胰腺癌)的患者;
325、-當(dāng)血液樣品中的ptges、其編碼基因或其組合與參考樣品(例如,正常樣品)相比以更高(增加)的水平存在時,診斷(或鑒定或確定)樣品或樣品來源的受試者為胰腺癌患者,例如,患有早期胰腺癌、晚期胰腺癌或無論進(jìn)展如何的任何階段的胰腺癌(包括早期胰腺癌和/或晚期胰腺癌)的患者。
326、-當(dāng)血液樣品中的ifnb1、其編碼基因或其組合與參考樣品(例如,類似的疾病樣品)相比以較低(降低)的水平存在時,診斷(或鑒定或確定)樣品或樣品來源的受試者為胰腺癌患者;以及
327、-當(dāng)血液樣品中的ifna1、其編碼基因或其組合與參考樣品(例如,類似的疾病樣品)相比以較低(降低)的水平存在時,診斷(或鑒定或確定)樣品或樣品來源的受試者為胰腺癌患者。
328、更具體地,該方法可以是用于診斷早期胰腺癌的方法、或用于提供早期胰腺癌診斷的信息的方法,包括以下步驟:
329、(a)檢測:從受試者分離的血液樣本中的選自由以下所組成的組中的至少一種:ifnl1、ifng、cxcl11、tnf、ifnb1、ifna1、clec7a、cxcl8、foxp3、vegfa、ccl2、ccl5、ccr5、cxcr4、arg1、cxcr2、ptgs2、ptges2、slc27a2和ptges(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20種));其編碼基因;或其組合。
330、更具體地,用于診斷早期胰腺癌的方法、或用于提供早期胰腺癌診斷的信息的方法可以包括檢測以下標(biāo)志物中的一種或多種的步驟:
331、(1-1)選自由以下所組成的組中的至少一種:slc27a2、ifng、ccl2、tnf、ptges、clec7a、arg1、ptges2、foxp3、cxcr4、vegfa、cxcr2和ptgs2(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12或13種))(例如,選自由arg1、ccl2、clec7a、slc27a2、ifng、ptges、ptges2、tnf和foxp3所組成的組中的至少一種(1、2、3、4、5、6、7、8或9種));其編碼基因;或其組合;
332、(1-2)選自由以下所組成的組中的至少一種:ifng、slc27a2、ccl5、foxp3、ptges2、tnf、ifna1、ifnl1、ccl2、cxcr2、ptges、cxcr4和ifnb1(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12或13種))、其編碼基因或其組合;
333、(1-3)選自由以下所組成的組中的至少一種:slc27a2、ifng、ccl2、tnf、ptges、foxp3、ptges2、cxcr4和cxcr2(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8或9種))、其編碼基因或其組合;
334、(1-4)選自由以下所組成的組中的至少一種:ifnl1、ifng、cxcl11、ccl2、ptges2、slc27a2和ptges(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6或7種))、其編碼基因或其組合;
335、(1-5)選自由以下所組成的組中的至少一種:arg1、ccl2、clec7a、slc27a2、ifng、ptges、ptges2、tnf和foxp3(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8或9種))、其編碼基因或其組合;
336、(1-6)選自由以下所組成的組中的至少一種:arg1、ccl2、ccl5、ccr5、ptgs2、cxcr2、cxcr4、clec7a、slc27a2、foxp3、cxcl11、ifng、ifna1、ifnb1、ifnl1、cxcl8、ptges、ptges2、tnf和vegfa(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20種))、其編碼基因或其組合;
337、(1-7)選自由以下所組成的組中的至少一種:ccl5、cxcr4、slc27a2、ptges2、tnf、vegfa、arg1、ccl2、clec7a、ifng、ptges和foxp3(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12種))、其編碼基因或其組合;
338、(1-8)選自由以下所組成的組中的至少一種:ccl5、cxcr4、slc27a2、ptges2、tnf、vegfa、arg1、ccl2、clec7a、ifng、ptges、foxp3、ptgs2、cxcr2和cxcl11(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7或8種))、其編碼基因或其組合;以及
339、(1-9)選自由以下所組成的組中的至少一種:ccl2、ccl5、cxcr2、slc27a2、ifnl1、ifng、ptges2和tnf(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7或8種));其編碼基因或其組合。
340、用于診斷早期胰腺癌的方法或用于提供早期胰腺癌診斷信息的方法還可以包括以下步驟:
341、(b)在血液樣品中,
342、-當(dāng)選自由ifnl1、cxcl11、tnf、cxcl8、foxp3、vegfa、ccl2、ccr5、cxcr4、arg1、ptgs2、slc27a2和ptges所組成的組中的至少一種(例如,選自該組中的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10或11種))、其編碼基因或其組合與參考樣品(例如,正常樣品)相比以更高(增加)的水平存在時,診斷(或確認(rèn)或確定)血液樣品或血液樣品來源的受試者為胰腺癌患者,更具體地,早期胰腺癌患者;和/或
343、-當(dāng)選自由ifng、clec7a、ccl5、cxcr2和ptges2所組成的組中的至少一種(例如,一、兩、三、四或五種)、其編碼基因或其組合與參考樣品(例如,正常樣品)相比以較低(降低)的水平存在時,診斷(或確認(rèn)或確定)血液樣品或血液樣品來源的受試者為胰腺癌患者,更具體地,早期胰腺癌患者。
344、在另一種實施方式中,該方法可以是用于診斷晚期胰腺癌或提供用于診斷晚期胰腺癌的信息的方法,包括以下步驟:
345、(a)檢測在從受試者分離的血液樣品中的選自由ifnl1、ifng、cxcl11、tnf、clec7a、cxcl8、foxp3、vegfa、ccl2、ccl5、ccr5、cxcr4、arg1、cxcr2、ptgs2、ptges2、slc27a2和ptges所組成的組中的至少一種(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18種))、其編碼基因或其組合。
346、更具體地,用于診斷晚期胰腺癌或提供用于診斷晚期胰腺癌的信息的方法可以包括檢測選自以下組的標(biāo)志物的步驟:
347、(2-1)選自由以下所組成的組中的至少一種:vegfa、cxcr4、slc27a2、tnf、ptges2、ccl5、cxcl11、cxcr2、foxp3、ptgs2和cxcl8(例如,選自該組的一種或多種(2、3、4、5、6、7、8、9、10或11種))(例如,選自由ccl5、ptgs2、cxcr2、cxcr4、slc27a2、cxcl11、ptges2、tnf和vegfa所組成的組中的一種或多種(1、2、3、4、5、6、7、8或9種));其編碼基因;或其組合;
348、(2-2)選自由以下所組成的組中的至少一種:ptges2、ifng、ccl5、vegfa、ptgs2、clec7a、cxcr4、tnf、foxp3、ccl2、cxcr2、cxcl8、ptges、ifnl1和slc27a2(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15種))、其編碼基因或其組合;
349、(2-3)選自由以下所組成的組中的至少一種:vegfa、cxcr4、slc27a2、tnf、ptges2、ccl5、cxcr2、foxp3、ptgs2和cxcl8(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9或10種))、其編碼基因或其組合;
350、(2-4)選自由以下所組成的組中的至少一種:ifng、tnf、clec7a、cxcl8、foxp3、vegfa、ccl2、ccl5、ccr5、cxcr4、arg1、cxcr2、ptgs2和ptges2(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14種))、其編碼基因或其組合;
351、(2-5)選自由以下所組成的組中的至少一種:ccl5、ptgs2、cxcr2、cxcr4、slc27a2、cxcl11、ptges2、tnf和vegfa(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8或9種))、其編碼基因或其組合;
352、(2-6)選自由以下所組成的組中的至少一種:arg1、ccl2、ccl5、ccr5、ptgs2、cxcr2、cxcr4、clec7a、slc27a2、foxp3、cxcl11、ifng、ifna1、ifnb1、ifnl1、cxcl8、ptges、ptges2、tnf和vegfa(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20種))、其編碼基因或其組合;
353、(2-7)選自由以下所組成的組中的至少一種:ccl5、cxcr4、slc27a2、ptges2、tnf、vegfa、arg1、ccl2、clec7a、ifng、ptges和foxp3(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12種))、其編碼基因或其組合;
354、(2-8)選自由以下所組成的組中的至少一種:ccl5、cxcr4、slc27a2、ptges2、tnf、vegfa、arg1、ccl2、clec7a、ifng、ptges、foxp3、ptgs2、cxcr2和cxcl11(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15種))、其編碼基因或其組合;或
355、(2-9)選自由以下所組成的組中的至少一種:ccl2、ccl5、cxcr2、slc27a2、ifnl1、ifng、ptges2和tnf(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7或8種))、其編碼基因或其組合。
356、用于診斷晚期胰腺癌的方法或用于提供晚期胰腺癌診斷信息的方法還可以包括以下步驟:
357、(b)在血液樣品中,
358、-當(dāng)選自由ifnl1、tnf、clec7a、cxcl8、vegfa、ccl2、cxcr4、arg1、cxcr2、ptgs2、slc27a2和ptges所組成的組中的至少一種(例如,選自該組中的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12種))、其編碼基因或其組合與參考樣品(例如,正常樣品)相比以更高(增加)的水平存在時,診斷(或鑒定或確定)血液樣品或血液樣品來源的受試者為胰腺癌患者,更具體地,晚期胰腺癌患者;和/或
359、-當(dāng)選自由ifng、cxcl11、foxp3、ccl5、ccr5和ptges2所組成的組中的至少一種(例如,選自該組中的一種或多種(例如,2、3、4、5或6種))、其編碼基因或其組合與參考樣品(例如,正常樣品)相比以較低(降低)的水平存在時,診斷(或鑒定或確定)血液樣品或血液樣品來源的受試者為胰腺癌患者,更具體地,晚期胰腺癌患者。
360、在另一種實施方式中,該方法可以是用于診斷所有胰腺癌(早期胰腺癌和/或晚期胰腺癌)的方法或用于提供所有胰腺癌(早期胰腺癌和/或晚期胰腺癌)的診斷信息的方法,包括以下步驟:
361、(a)檢測:從受試者分離的血液樣本中的選自由以下所組成的組中的至少一種:ifnl1、ifng、cxcl11、tnf、ifnb1、ifna1、clec7a、cxcl8、foxp3、vegfa、ccl2、ccl5、ccr5、cxcr4、arg1、cxcr2、ptgs2、ptges2、slc27a2和ptges(例如,選自該組的一種或多種(2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20種));其編碼基因;或其組合。
362、更具體地,用于診斷所有胰腺癌(早期胰腺癌和/或晚期胰腺癌)的方法或用于提供所有胰腺癌(早期胰腺癌和/或晚期胰腺癌)的診斷信息的方法可以包括檢測來自以下組的標(biāo)志物:
363、(3-1)選自由以下所組成的組中的至少一種:slc27a2、ptges2、vegfa、tnf、cxcr4、ifng、ccl5、cxcr2、ccl2、cxcl11、clec7a和arg1(例如,選自該組的一種或多種(2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12種))、其編碼基因或其組合;
364、(3-2)選自由以下所組成的組中的至少一種:ifng、ptges2、ccl5、slc27a2、vegfa、ccl2、tnf、foxp3、cxcr4、ifna1、ifnl1、ptges、ccr5、clec7a、ifnb1、cxcr2和ptgs2(例如,選自該組的一種或多種(2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16或17種))、其編碼基因或其組合;
365、(3-3)選自由以下所組成的組中的至少一種:slc27a2、ptges2、vegfa、tnf、cxcr4、ifng、ccl5、cxcr2、ccl2和clec7a(例如,選自該組的一種或多種(2、3、4、5、6、7、8、9或10種));
366、(3-4)選自由以下所組成的組中的至少一種:ifng、ccl2和ptges2(例如,選自該組的一種或多種(一種、兩種或三種))、其編碼基因或其組合;
367、(3-5)選自由以下所組成的組中的至少一種:arg1、ccl2、slc27a2、ifng、ptges2、tnf、vegfa、cxcr4和ccl5(例如,選自該組的一種或多種(2、3、4、5、6、7、8或9種))、其編碼基因或其組合;
368、(3-6)選自由以下所組成的組中的至少一種:arg1、ccl2、ccl5、ccr5、ptgs2、cxcr2、cxcr4、clec7a、slc27a2、foxp3、cxcl11、ifng、ifna1、ifnb1、ifnl1、cxcl8、ptges、ptges2、tnf和vegfa(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20種))、其編碼基因或其組合;
369、(3-7)選自由以下所組成的組中的至少一種:ccl5、cxcr4、slc27a2、ptges2、tnf、vegfa、arg1、ccl2、clec7a、ifng、ptges和foxp3(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12種))、其編碼基因或其組合;
370、(3-8)選自由以下所組成的組中的至少一種:ccl5、cxcr4、slc27a2、ptges2、tnf、vegfa、arg1、ccl2、clec7a、ifng、ptges、foxp3、ptgs2、cxcr2和cxcl11(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15種))、其編碼基因或其組合;或
371、(3-9)選自由以下所組成的組中的至少一種:ccl2、ccl5、cxcr2、slc27a2、ifnl1、ifng、ptges2和tnf(例如,選自該組的一種或多種(例如,2、3、4、5、6、7或8種))、其編碼基因或其組合。
372、用于診斷所有胰腺癌(早期胰腺癌和/或晚期胰腺癌)的方法或用于提供所有胰腺癌(早期胰腺癌和/或晚期胰腺癌)的診斷信息的方法還可以包括以下步驟:
373、(b)當(dāng)選自由fng、ccl5和ptges2所組成的組中的至少一種(例如,一種、兩種或三種)、其編碼基因或其組合與參考樣品(例如,正常樣品)相比以較低(降低)的水平存在于血液樣品中時,或當(dāng)選自由ifnl1、tnf、cxcl8、vegfa、ccl2、cxcr4、arg1、ptgs2、slc27a2和ptges所組成的組中的至少一種(例如,1、2、3、4、5、6、7、8、9或10種)、其編碼基因或其組合與參考樣品(例如,正常樣品)相比以更高(增加)的水平存在時,診斷(或確認(rèn)或確定)血液樣品或血液樣品來源的受試者為胰腺癌患者(患有早期胰腺癌、晚期胰腺癌或兩者的患者)。
374、在另一種實施方式中,該方法可以是用于診斷胰腺癌(早期胰腺癌和/或晚期胰腺癌)的方法或用于提供所有胰腺癌(早期胰腺癌和/或晚期胰腺癌)的診斷信息的方法,包括以下步驟:
375、(a)檢測從受試者分離的血液樣品中的選自由ifnb1和ifna1所組成的組中的至少一種(一種或兩種)、其編碼基因或其組合;以及
376、(b)當(dāng)選自由ifnb1和ifna1所組成的組中的至少一種(1或2種)、其編碼基因或其組合與參考樣品(例如,來自患有類似疾病的受試者的樣品)相比以較低(降低)的水平存在于血液樣品中時,診斷(或確認(rèn)或確定)血液樣品或血液樣品來源的受試者為胰腺癌患者(早期胰腺癌、晚期胰腺癌或兩者)。該方法允許區(qū)分胰腺癌患者(早期胰腺癌、晚期胰腺癌或兩者)與患有類似疾病的患者。
377、使用ifnb1和/或ifna1作為標(biāo)志物的方法可以用于區(qū)分胰腺癌(早期胰腺癌、晚期胰腺癌或兩者)與類似疾病,例如良性胰腺疾病(胰腺炎(慢性胰腺炎和/或急性胰腺炎)、良性胰腺腫瘤、導(dǎo)管內(nèi)乳頭狀粘液腫瘤(ipmn)、自身免疫性胰腺炎(aip)和其他胰腺疾病(不包括胰腺癌(惡性胰腺腫瘤))和膽管癌。
378、此外,該方法還可以包括以下步驟:
379、(a)測量從受試者分離的血液樣品中至少一種上述生物標(biāo)志物的水平;以及
380、(b)(i)將血液樣本中測量的生物標(biāo)志水平與參考樣品(例如,正常樣品或來自患有類似疾病的受試者的樣品)中的生物標(biāo)志水平進(jìn)行比較;
381、(ii)當(dāng)在樣品中測量的生物標(biāo)志物水平高于或低于參考樣品中的生物標(biāo)志物水平時,診斷(或確認(rèn)或確定)樣品或樣品來源的受試者為胰腺癌患者(早期胰腺癌、晚期胰腺癌或兩者);或
382、(iii)步驟(i)和(ii)兩者。任選地,該方法還可以包括,在步驟(b)(步驟(i)和/或(ii))之前,測量參考樣品中的生物標(biāo)志物水平的附加步驟。
383、測量生物標(biāo)志物水平的步驟可以通過測量生物標(biāo)志物(蛋白質(zhì)、基因(全長dna、cdna、mrna等)或兩者)的濃度和/或表達(dá)生物標(biāo)志物的細(xì)胞數(shù)量來進(jìn)行。測量生物標(biāo)志物的濃度和/或表達(dá)生物標(biāo)志物的細(xì)胞的數(shù)量的方法沒有特別限制,并且該方法可以是蛋白質(zhì)、基因和/或細(xì)胞的定量分析的任何常用方法,并且適當(dāng)?shù)剡x自免疫層析法、免疫組織化學(xué)、酶聯(lián)免疫吸附測定(elisa)、放射免疫測定(ria)、酶免疫測定法(eia)、熒光免疫測定法(fia)、發(fā)光免疫測定法(lia)、蛋白質(zhì)印跡、微陣列分析法、流式細(xì)胞術(shù)、聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(pcr,例如qpcr、實時pcr、實時qpcr)和熒光原位雜交(fish)所組成的組,但不限于此。在一種實施方式中,測量生物標(biāo)志物水平的步驟還可以包括應(yīng)用適合于生物標(biāo)志物分析的統(tǒng)計分析方法,例如回歸分析(例如,逐步邏輯回歸分析),但不限于此。關(guān)于“生物標(biāo)志物水平測量”的進(jìn)一步細(xì)節(jié),可以參考先前描述的“生物標(biāo)志物檢測”部分。
384、如本文所用措辭“生物標(biāo)志物水平增加”是指樣品中的生物標(biāo)志物水平(例如,生物標(biāo)志物(蛋白質(zhì)和/或基因)的濃度(水平)(例如,對于基因、通過pcr測量的ct值、δct值和/或δδct值),或表達(dá)生物標(biāo)志物的細(xì)胞數(shù))比參考樣品中的生物標(biāo)志物水平高約1%或更多、2%或更多、3%或更多、4%或更多、5%或更多、7%或更多、8%或更多、9%或更多、10%或更多、12%或更多、15%或更多、18%或更多、20%或更多、22%或更多、25%或更多、28%或更多或30%或更多的情況。
385、如本文所用措辭“生物標(biāo)志物水平降低”是指樣品中的生物標(biāo)志物水平(例如,生物標(biāo)志物(蛋白質(zhì)和/或基因)的濃度(水平)(例如,對于基因、通過pcr測量的ct值、δct值和/或δδct值),或表達(dá)生物標(biāo)志物的細(xì)胞數(shù))比參考樣品中的生物標(biāo)志物水平低大約1%或更多、2%或更多、3%或更多、4%或更多、5%或更多、7%或更多、8%或更多、9%或更多、10%或更多、12%或更多、15%或更多、18%或更多、20%或更多、22%或更多、25%或更多、28%或更多或30%或更多的情況。
386、在另一種實施方式中,該方法可以是診斷早期胰腺癌的方法或用于提供早期胰腺癌診斷信息的方法,包括以下步驟:
387、(a-1)測量從受試者分離的血液樣品中選自以下的至少一種生物標(biāo)志物的水平:tnf、ifng、ifnl1、cxcl11、clec7a、vegfa、ccl2、cxcr4、cxcr2、arg1、slc27a2、ptges2和ptges所組成的組(選自該組的一種或多種(2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12或13種))、其編碼基因或其組合。
388、在一種實施方式中,測量生物標(biāo)志物水平的步驟如上文所述。例如,生物標(biāo)志物水平可以通過定量(例如,在pcr的情況下,測量ct值、δct值和/或δδct值)并可選地進(jìn)行回歸分析(例如,逐步邏輯回歸分析)來測量。還可以根據(jù)需要進(jìn)行附加的統(tǒng)計分析。
389、用于診斷早期胰腺癌的方法或用于提供早期胰腺癌診斷信息的方法可以在步驟(a-1)之后還包括以下步驟:
390、(b-1)使用以下公式進(jìn)行計算:
391、[公式1]logit(p)=b0+b1×tnf+b2×ifng+b3×ifnl1+b4×cxcl11+b5×clec7a+b6×vegfa+b7×ccl2+b8×cxcr4+b9×cxcr2+b10×arg1+b11×slc27a2+b12×ptges2+b13×ptges
392、(其中,
393、b0:30至50、30至47.5、30至45、32.5至50、32.5至47.5、32.5至45、35至50、35至47.5或35至45的范圍內(nèi)的有理數(shù)(至多保留四位小數(shù)),例如,35.8476或44.4033;
394、tnf:tnf生物標(biāo)志物的表達(dá)水平;
395、b1:tnf表達(dá)水平的系數(shù),-3至-2或-2.9至-2.5范圍內(nèi)的有理數(shù)(至多保留四位小數(shù),例如-2.5794或-2.8042),或0;
396、ifng:ifng生物標(biāo)志物的表達(dá)水平;
397、b2:ifng表達(dá)水平的系數(shù),3至4或3.3至3.8范圍內(nèi)的有理數(shù)(至多保留四位小數(shù),例如3.3956或3.7082),或0;
398、ifnl1:ifnl1生物標(biāo)志物的表達(dá)水平;
399、b3:ifnl1表達(dá)水平的系數(shù),0.1至0.5或0.2至0.3范圍內(nèi)的有理數(shù)(至多保留四位小數(shù),例如0.2358),或0;
400、cxcl11:cxcl11生物標(biāo)志物的表達(dá)水平;
401、b4:cxcl11表達(dá)水平的系數(shù),0.1至0.2范圍內(nèi)的有理數(shù)(至多保留四位小數(shù),例如0.1568),或0;
402、clec7a:clec7a生物標(biāo)志物的表達(dá)水平;
403、b5:clec7a表達(dá)水平的系數(shù),0.8至1.3或1至1.1范圍內(nèi)的有理數(shù)(至多保留四位小數(shù),例如1.0951),或0;
404、vegfa:vegfa生物標(biāo)志物的表達(dá)水平;
405、b6:vegfa表達(dá)水平的系數(shù),-1.5至-0.2或-1至-0.7范圍內(nèi)的有理數(shù)(至多保留四位小數(shù),例如-0.8407),或0;
406、ccl2:ccl2生物標(biāo)志物的表達(dá)水平;
407、b7:ccl2表達(dá)水平的系數(shù),-1至-0.1或-0.7至-0.5范圍內(nèi)的有理數(shù)(至多保留四位小數(shù),例如-0.5380或-0.6622),或0;
408、cxcr4:cxcr4生物標(biāo)志物的表達(dá)水平;
409、b8:cxcr4表達(dá)水平的系數(shù),-1.5至-0.5或-1.1至-0.7范圍內(nèi)的有理數(shù)(至多保留四位小數(shù),例如-0.9422),或0;
410、cxcr2:cxcr2生物標(biāo)志物的表達(dá)水平;
411、b9:cxcr2表達(dá)水平的系數(shù),0.7至1.7或0.9至1.5范圍內(nèi)的有理數(shù)(至多保留四位小數(shù),例如1.4027或1.0804),或0;
412、arg1:arg1生物標(biāo)志物的表達(dá)水平;
413、b10:arg1表達(dá)水平的系數(shù),-1.7至-0.7或-1.4至-1范圍內(nèi)的有理數(shù)(至多保留四位小數(shù),例如-1.143或-1.2971),或0;
414、slc27a2:slc27a2生物標(biāo)志物的表達(dá)水平;
415、b11:slc27a2表達(dá)水平的系數(shù),-5至-4或-4.8至-4.3范圍內(nèi)的有理數(shù)(至多保留四位小數(shù),例如-4.3771或-4.7971),或0;
416、ptges2:ptges2生物標(biāo)志物的表達(dá)水平;
417、b12:ptges2表達(dá)水平的系數(shù),2.7至3.5或3至3.3范圍內(nèi)的有理數(shù)(至多保留四位小數(shù),例如3.1076或3.1934),或0;
418、ptges:ptges生物標(biāo)志物的表達(dá)水平;
419、b13:ptges表達(dá)水平的系數(shù),-1至-0.2或-0.8至-0.6范圍內(nèi)的有理數(shù)(至多保留四位小數(shù),例如-0.6396或-0.7064),或0;
420、條件是b1至b13中至少有一個不為0)。
421、[公式1]中應(yīng)用的每種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平可以是使用實時pcr(例如,實時qpcr;參見實施例2)獲得的δct值測量和定量的值。
422、用于診斷早期胰腺癌的方法或用于提供早期胰腺癌診斷信息的方法可以在步驟(b-1)之后還包括以下步驟:
423、(c-1)將步驟(b-1)中獲得的值與截止值進(jìn)行比較。
424、在這方面,用于診斷早期胰腺癌的截止值可以是-2.5至-1.5或-2至-1.8范圍內(nèi)的有理數(shù)(有效至小數(shù)點后五或六位),例如-1.855994或-1.90875。
425、如果在步驟(b-1)中獲得的數(shù)值超過截止值,則可以預(yù)測(確定或鑒定)受試者為早期胰腺癌患者或處于發(fā)展早期胰腺癌的高風(fēng)險??梢曰诓襟E(c-1)中的比較結(jié)果來確定步驟(b-1)中獲得的值是否超過截止值。在另一種實施是中,如果在步驟(b-1)中獲得的數(shù)值等于或低于截止值,則可以預(yù)測(確定或鑒定)受試者為正常和/或患有胰腺癌(早期胰腺癌)的風(fēng)險低。
426、因此,用于診斷早期胰腺癌的方法或用于提供早期胰腺癌診斷信息的方法還可以在步驟(c-1)之后或與步驟(c-1)同時包括以下步驟:
427、(d-1)當(dāng)在步驟(b-1)中獲得的值超過截止值時,預(yù)測(確定或鑒定)受試者為早期胰腺癌患者或早期胰腺癌的高風(fēng)險個體。
428、在另一種實施方式中,用于診斷早期胰腺癌的方法或用于提供早期胰腺癌診斷信息的方法可以包括以下步驟:
429、(a-2)測量從受試者分離的血液樣品中選自由ccl2、ccl5、cxcr2、slc27a2、ifnl1、ifng、ptges2和tnf所組成的組中的至少一種(例如,選自該組的一種或多種(2、3、4、5、6、7或8種))、其編碼基因或其組合的表達(dá)水平。
430、在一種實施方式中,測量生物標(biāo)志物的水平的步驟如前文所述。例如,可以進(jìn)行生物標(biāo)志物水平的定量(例如,通過pcr測量ct值、δct值和/或δδct值),并且可選地,通過回歸分析(例如,逐步邏輯回歸分析)。可以根據(jù)需要進(jìn)行附加的統(tǒng)計分析。
431、用于診斷早期胰腺癌的方法或用于提供早期胰腺癌診斷信息的方法可以在步驟(a-2)之后還包括以下步驟:
432、(b-2)使用以下公式進(jìn)行計算
433、[公式2]logit(p)=b0+b1×ifng+b2×slc27a2+b3×ccl5+b4×ptges2+b5×tnf+b6×ifnl1+b7×ccl2+b8×cxcr2
434、(其中:
435、b0:-5至-0.1、-5至-0.5、-5至-1、-5至-1.5、-2.5至-0.1、-2.5至-0.5、-2.5至-1或-2.5至-1.5范圍內(nèi)的有理數(shù)(有效至小數(shù)點后六位),例如-1.957576;
436、ifng:ifng生物標(biāo)志物的表達(dá)水平;
437、b1:ifng生物標(biāo)志物表達(dá)的系數(shù),1至3或1.7至2.3范圍內(nèi)的有理數(shù)(有效至小數(shù)點后六位,例如1.942999),或0;
438、slc27a2:slc27a2生物標(biāo)志物的表達(dá)水平;
439、b2:slc27a2生物標(biāo)志物表達(dá)的系數(shù),-3至-1.5或-2.5至-2范圍內(nèi)的有理數(shù)(有效至小數(shù)點后六位,例如-2.370157),或0;
440、ccl5:ccl5生物標(biāo)志物的表達(dá)水平;
441、b3:ccl5生物標(biāo)志物表達(dá)的系數(shù),0.1至0.5或0.2至0.3范圍內(nèi)的有理數(shù)(有效至小數(shù)點后六位,例如0.236554),或0;
442、ptges2:ptges2生物標(biāo)志物的表達(dá)水平;
443、b4:ptges2生物標(biāo)志物表達(dá)的系數(shù),1至2.5或1.5至2范圍內(nèi)的有理數(shù)(有效至小數(shù)點后六位,例如1.781672),或0;
444、tnf:tnf生物標(biāo)志物的表達(dá)水平;
445、b5:tnf生物標(biāo)志物表達(dá)的系數(shù),-2至-0.5或-1.5至-1范圍內(nèi)的有理數(shù)(有效至小數(shù)點后六位,例如-1.328085),或0;
446、ifnl1:ifnl1生物標(biāo)志物的表達(dá)水平;
447、b6:ifnl1生物標(biāo)志物表達(dá)的系數(shù),-0.5至-0.1或-0.3至-0.1范圍內(nèi)的有理數(shù)(有效至小數(shù)點后六位,例如-0.170127),或0;
448、ccl2:ccl2生物標(biāo)志物的表達(dá)水平;
449、b7:ccl2生物標(biāo)志物表達(dá)的系數(shù),-1至-0.1或-0.7至-0.3范圍內(nèi)的有理數(shù)(有效至小數(shù)點后六位,例如-0.495828),或0;
450、cxcr2:cxcr2生物標(biāo)志物的表達(dá)水平;
451、b8:cxcr2生物標(biāo)志物表達(dá)的系數(shù),0.1至1或0.5至0.8范圍內(nèi)的有理數(shù)(有效至小數(shù)點后六位,例如0.611586),或0,
452、條件是b1至b8中至少有一個不為0。)
453、[公式2]中應(yīng)用的每種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平可以是使用實時pcr(例如,實時qpcr;參見實施例2)基于得出的δct測量和定量的值。在一種實施方式中,為了提高預(yù)測準(zhǔn)確度,將δct值在應(yīng)用于[公式2]之前,可以使用預(yù)定的統(tǒng)計分析方法進(jìn)行統(tǒng)計處理。適用的統(tǒng)計分析方法的實例包括robust?scaler等。例如,當(dāng)應(yīng)用robust?scaler時,可以使用[公式5]處理δct值以獲得變換值(x'),然后將其應(yīng)用于[公式2]:
454、x’=[x-中位數(shù)(x)]/iqr[公式5]
455、(x:診斷受試者中每種生物標(biāo)志物的δct值;中位數(shù)(x):包括診斷受試者的給定群體中相應(yīng)生物標(biāo)志物的δct值的中位數(shù);和iqr(四分位距):在第三四分位數(shù)(q3)和第一四分位數(shù)(q1)之間的范圍內(nèi),計算為q3-q1)。
456、用于診斷早期胰腺癌的方法或用于提供早期胰腺癌診斷信息的方法可以在步驟(b-2)之后還包括以下步驟:
457、(c-2)將步驟(b-2)中獲得的值與截止值進(jìn)行比較。
458、在這方面,用于診斷早期胰腺癌的截止值可以是0.1至0.5或0.2至0.3范圍內(nèi)的有理數(shù)(有效至小數(shù)點后三位),例如0.282。
459、當(dāng)步驟(b-2)中獲得的值超過截止值時,則可以預(yù)測(確定、推斷)測試受試者為早期胰腺癌患者或處于患有早期胰腺癌的高風(fēng)險。在這種情況下,可以基于步驟(c-2)中的比較結(jié)果來確定步驟(b-2)中獲得的值是否超過截止值。在另一種實施方式中,當(dāng)在步驟(b-2)中獲得的數(shù)值等于或低于截止值時,則可以預(yù)測(確定、推斷)測試受試者為正常和/或患有胰腺癌(早期胰腺癌)的風(fēng)險低。
460、因此,用于診斷早期胰腺癌的方法或用于提供早期胰腺癌診斷信息的方法還可以在步驟(c-2)之后或與步驟(c-2)同時包括以下步驟:
461、(d-2)當(dāng)在步驟(b-2)中獲得的值超過截止值時,預(yù)測(確定、推斷)測試受試者為早期胰腺癌患者或患有早期胰腺癌的高風(fēng)險患者。
462、在另一種實施方式中,該方法可以是用于診斷所有胰腺癌(早期胰腺癌和/或晚期胰腺癌)的方法或用于提供所有胰腺癌的診斷信息的方法,包括以下步驟:
463、(a-3)測量從受試者分離的血液樣品中選自由tnf、ifng、cxcl11、vegfa、ccl2、ccl5、cxcr4、cxcr2、ptgs2、slc27a2和ptges2所組成的組中的至少一種(例如,選自該組的任何一種或多種(2、3、4、5、6、7、8、9、10或11種))、其編碼基因或其組合的水平。
464、在一種實施方式中,測量生物標(biāo)志物的水平的步驟如前文所述。例如,測量生物標(biāo)志物水平的步驟可以包括生物標(biāo)志物的定量(例如,通過pcr測量ct值、δct值和/或δδct值)和可選地回歸分析(例如,逐步邏輯回歸分析)。另外,還可以根據(jù)需要進(jìn)行適當(dāng)?shù)慕y(tǒng)計分析。
465、在一種實施方式中,用于診斷所有胰腺癌的方法或用于提供所有胰腺癌的診斷信息的方法還可以在步驟(a-3)之后包括以下步驟:
466、(b-3)使用以下公式進(jìn)行計算
467、[公式3]logit(p)=b0+b1×tnf+b2×ifng+b3×cxcl11+b4×vegfa+b5×ccl2+b6×ccl5+b7×cxcr4+b8×cxcr2+b9×ptgs2+b10×slc27a2+b11×ptges2
468、(其中,
469、b0:選自范圍30至40、30至38、30至37、32.5至40、32.5至38、32.5至37、36至40、36至38或36至37的有理數(shù)(有效至小數(shù)點后四位),例如36.9898或36.6273;
470、tnf:tnf生物標(biāo)志物的表達(dá)水平;
471、b1:tnf生物標(biāo)志物的系數(shù),選自-2.5至-2或-2.3至-2.2的有理數(shù)(有效至小數(shù)點后四位,例如-2.2200或-2.2286),或0;
472、ifng:ifng生物標(biāo)志物的表達(dá)水平;
473、b2:ifng生物標(biāo)志物的系數(shù),選自0.5至1.5或0.9至1.1的有理數(shù)(有效至小數(shù)點后四位,例如0.9955或1.0041),或0;
474、cxcl11:cxcl11生物標(biāo)志物的表達(dá)水平;
475、b3:cxcl11生物標(biāo)志物的系數(shù),選自0.1至0.5或0.3至0.4的有理數(shù)(有效至小數(shù)點后四位,例如0.3413或0.3704),或0;
476、vegfa:vegfa生物標(biāo)志物的表達(dá)水平;
477、b4:vegfa生物標(biāo)志物的系數(shù),選自-3.2至-2.5或-2.9至-2.7的有理數(shù)(有效至小數(shù)點后四位,例如-2.7990或-2.7473),或0;
478、ccl2:ccl2生物標(biāo)志物的表達(dá)水平;
479、b5:ccl2生物標(biāo)志物的系數(shù),選自-0.3至-0.01或-0.25至-0.15的有理數(shù)(有效至小數(shù)點后四位,例如-0.1913或-0.2240),或0;
480、ccl5:ccl5生物標(biāo)志物的表達(dá)水平;
481、b6:ccl5生物標(biāo)志物的系數(shù),選自1至1.5或1.3至1.4的有理數(shù)(有效至小數(shù)點后四位,例如1.3628或1.3874),或0;
482、cxcr4:cxcr4生物標(biāo)志物的表達(dá)水平;
483、b7:cxcr4生物標(biāo)志物的系數(shù),選自-2.5至-1.5或-2.2至-2的有理數(shù)(有效至小數(shù)點后四位,例如-2.0521或-2.0986),或0;
484、cxcr2:cxcr2生物標(biāo)志物的表達(dá)水平;
485、b8:cxcr2生物標(biāo)志物的系數(shù),選自0.2至1.2或0.6至0.8的有理數(shù)(有效至小數(shù)點后四位,例如0.7037或0.6388),或0;
486、ptgs2:ptgs2生物標(biāo)志物的表達(dá)水平;
487、b9:ptgs2生物標(biāo)志物的系數(shù),選自-0.01至-0.1的有理數(shù)(有效至小數(shù)點后四位,例如-0.0640),或0;
488、slc27a2:slc27a2生物標(biāo)志物的表達(dá)水平;
489、b10:slc27a2生物標(biāo)志物的系數(shù),選自-3.5至-3或-3.3至-3.1的有理數(shù)(有效至小數(shù)點后四位,例如-3.1754或-3.1990),或0;
490、ptges2:ptges2生物標(biāo)志物的表達(dá)水平;
491、b11:ptges2生物標(biāo)志物的系數(shù),選自4至5或4.4至4.6的有理數(shù)(有效至小數(shù)點后四位,例如4.4765)或0;
492、條件是b1至b11中至少有一個不為0。)
493、公式3中應(yīng)用的每種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平可以是基于通過實時pcr(例如,實時qpcr;參見實施例2)獲得的δct值測量和定量的值。
494、無論疾病進(jìn)展階段如何,用于診斷所有胰腺癌或提供任何胰腺癌的診斷信息的方法還可以在步驟(b-3)之后包括以下步驟:
495、(c-3)將步驟(b-3)中獲得的值與截止值進(jìn)行比較。
496、在這方面,用于診斷所有胰腺癌的截止值可以是在-3.5至-2或-3至-2.5范圍內(nèi)的有理數(shù)(有效至小數(shù)點后五位),例如-0.25109或-0.29033。
497、當(dāng)在步驟(b-3)中獲得的值超過截止值時,可以預(yù)測(確定、決定)測試受試者為胰腺癌患者或具有患上胰腺癌的高風(fēng)險。在這種情況下,可以基于步驟(c-3)中的比較結(jié)果來確定步驟(b-3)中獲得的值是否超過截止值。在另一種實施方式中,當(dāng)在步驟(b-3)中獲得的數(shù)值等于或低于截止值時,則可以預(yù)測(確定、決定)測試受試者為正常和/或患胰腺癌的風(fēng)險低。
498、因此,用于診斷所有胰腺癌或提供所有胰腺癌的診斷信息的方法可以在步驟(c-3)之后或與步驟(c-3)同時包括以下步驟:
499、(d-3)當(dāng)在步驟(c-3)中獲得的值超過所述截止值時,預(yù)測(確定、決定)測試受試者為胰腺癌患者或具有患胰腺癌的高風(fēng)險患者。
500、在另一種實施方式中,該方法可以是用于診斷所有胰腺癌(早期胰腺癌和/或晚期胰腺癌)的方法或用于提供所有胰腺癌的診斷信息的方法,包括以下步驟:
501、(a-4)測量從受試者分離的血液樣品中選自由ccl2、ccl5、cxcr2、slc27a2、ifnl1、ifng、ptges2和tnf所組成的組中的至少一種(例如,選自該組的任一種或兩種以上(2、3、4、5、6、7或8種))、其編碼基因或其組合的水平。
502、在一種實施方式中,測量生物標(biāo)志物水平的步驟如上文所述。例如,測量生物標(biāo)志物水平的步驟可以通過定量生物標(biāo)志物(例如,在pcr的情況下,測量ct值、δct值和/或δδct值)和可選地進(jìn)行回歸分析(例如,逐步邏輯回歸分析)來進(jìn)行。另外,可以根據(jù)需要進(jìn)行適當(dāng)?shù)慕y(tǒng)計分析。
503、用于診斷所有胰腺癌或提供所有胰腺癌的診斷信息的方法還可以在步驟(a-4)之后包括以下步驟:
504、(b-4)使用以下公式進(jìn)行計算:
505、[公式4]logit(p)=b0+b1×ifng+b2×slc27a2+b3×ccl5+b4×ptges2+b5×tnf+b6×ifnl1+b7×ccl2+b8×cxcr2
506、(其中,
507、b0:0.1至1、0.1至0.8、0.5至1或0.5至0.8范圍內(nèi)的有理數(shù)(有效至小數(shù)點后六位),例如0.654363;
508、ifng:生物標(biāo)志物ifng的表達(dá)水平;
509、b1:生物標(biāo)志物ifng表達(dá)水平的系數(shù),0.5至2或1.2至1.6范圍內(nèi)的有理數(shù)(有效至小數(shù)點后六位,例如1.397767)或0;
510、slc27a2:生物標(biāo)志物slc27a2的表達(dá)水平;
511、b2:生物標(biāo)志物slc27a2表達(dá)水平的系數(shù),-2.5至-1或-2至-1.6范圍內(nèi)的有理數(shù)(有效至小數(shù)點后六位,例如-1.874652)或0;
512、ccl5:生物標(biāo)志物ccl5的表達(dá)水平;
513、b3:生物標(biāo)志物ccl5表達(dá)水平的系數(shù),0.1至1.2或0.6至1范圍內(nèi)的有理數(shù)(有效至小數(shù)點后六位,例如0.855608)或0;
514、ptges2:生物標(biāo)志物ptges2的表達(dá)水平;
515、b4:生物標(biāo)志物物ptges2的表達(dá)水平的系數(shù),1至2.5或1.5至2范圍內(nèi)的有理數(shù)(有效至小數(shù)點后六位,例如1.782533)或0;
516、tnf:生物標(biāo)志物tnf的表達(dá)水平;
517、b5:生物標(biāo)志物tnf表達(dá)水平的系數(shù),-3至-1.5或-2.5至-2.1范圍內(nèi)的有理數(shù)(有效至小數(shù)點后六位,例如-2.378006)或0;
518、ifnl1:生物標(biāo)志物ifnl1的表達(dá)水平;
519、b6:生物標(biāo)志物ifnl1表達(dá)水平的系數(shù),-0.0002至-0.0001范圍內(nèi)的有理數(shù)(有效至小數(shù)點后六位,例如-0.000140)或0;
520、ccl2:生物標(biāo)志物ccl2的表達(dá)水平;
521、b7:生物標(biāo)志物ccl2表達(dá)水平的系數(shù),-1至-0.1或-0.7至-0.3范圍內(nèi)的有理數(shù)(有效至小數(shù)點后六位,例如-0.535484)或0;
522、cxcr2:生物標(biāo)志物cxcr2的表達(dá)水平;
523、b8:生物標(biāo)志物物cxcr2表達(dá)水平的系數(shù),0.1至0.7或0.2至0.4范圍內(nèi)的有理數(shù)(有效至小數(shù)點后六位,例如0.300359)或0,
524、條件是b1至b8中至少有一個不為0。)
525、[公式4]中應(yīng)用的每種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平可以是通過實時pcr(例如,實時qpcr;參見實施例2)獲得的δct值測量和定量的值。在具體實施方式中,為了提高預(yù)測準(zhǔn)確度,δct值在應(yīng)用于公式4之前可以使用預(yù)定的統(tǒng)計分析方法進(jìn)行統(tǒng)計處理??捎玫慕y(tǒng)計分析方法的實例是robust?scaler。例如,當(dāng)應(yīng)用robust?scaler時,可以使用以下公式[公式5]來處理δct值,并且可以將所得值(x')應(yīng)用于公式4:
526、x’=[x-中位數(shù)(x)]/iqr[公式5]
527、(x:診斷受試者的每個標(biāo)志物的δct值;中位數(shù)(x):包括診斷受試者的任意群體中每個標(biāo)志物的δct值的中位數(shù);iqr(四分位距):第三四分位數(shù)(q3)和第一四分位數(shù)(q1)之間的范圍(q3-q1))。
528、用于診斷所有胰腺癌或提供所有胰腺癌的診斷信息的方法還可以在步驟(b-4)之后包括以下步驟:
529、(c-4)將步驟(b-4)中獲得的值與截止值進(jìn)行比較。
530、在這方面,用于診斷所有胰腺癌的截止值可以是在0.3至1.2或0.5至0.9范圍內(nèi)的有理數(shù)(有效至小數(shù)點后三位),例如0.732。
531、當(dāng)在步驟(b-4)中獲得的值超過截止值時,可以預(yù)測(確定、決定)測試受試者為胰腺癌患者(所有胰腺癌)或具有患上胰腺癌(所有胰腺癌)的高風(fēng)險。在這種情況下,可以基于步驟(c-4)中的比較結(jié)果來確定步驟(b-4)中獲得的值是否超過截止值。在另一種實施方式中,當(dāng)在步驟(b-4)中獲得的數(shù)值等于或低于截止值時,可以預(yù)測(確定、決定)測試受試者為正常和/或患胰腺癌(所有胰腺癌)的風(fēng)險低。
532、因此,用于診斷所有胰腺癌或提供所有胰腺癌的診斷信息的方法可以在步驟(c-4)之后或與步驟(c-4)同時包括以下步驟:
533、(d-4)當(dāng)在步驟(b-4)中獲得的值超過所述截止值時,預(yù)測(確定、決定)受試者為患所有胰腺癌的患者或具有患所有胰腺癌的高風(fēng)險患者。
534、在本公開中提供的診斷胰腺癌或提供胰腺癌的診斷信息的方法在檢測步驟、比較步驟或診斷(預(yù)測、確定或決定)步驟之后,還可以包括對診斷為患有胰腺癌(早期胰腺癌、晚期胰腺癌或兩者)患者的受試者進(jìn)行胰腺癌治療的步驟。
535、胰腺癌治療可以指化療,例如施用胰腺癌治療劑(例如,抗癌劑:5-氟尿嘧啶(5-fu)、吉西他濱、特羅凱(厄羅替尼)、抗體等)、放射療法、外科手術(shù)或其兩種或更多種的組合。
536、根據(jù)胰腺癌的階段和進(jìn)展,可以不同地應(yīng)用胰腺癌治療。早期胰腺癌(例如,可切除的胰腺癌)是可以通過外科手術(shù)治療的胰腺癌階段。早期胰腺癌的治療可以僅涉及外科手術(shù)或在手術(shù)切除后進(jìn)行輔助化療。輔助化療是指外科手術(shù)以外的抗癌療法,并且可以包括化療,例如施用胰腺癌治療劑(例如,選自由5-氟尿嘧啶(5-fu)、吉西他濱、特羅凱(厄洛替尼)、甲酰四氫葉酸、伊立替康、奧沙利鉑、奧沙利鉑三藥聯(lián)合化療(folfirinox)、白蛋白結(jié)合型紫杉醇(abraxane)、伊立替康脂質(zhì)體(onivyde)、ts-1、卡培他濱、抗體等所組成的組中的一種或多種抗癌劑)、化學(xué)放射療法或其組合。
537、晚期胰腺癌(例如,邊緣可切除胰腺癌、局部晚期胰腺癌、轉(zhuǎn)移性胰腺癌)的治療可以根據(jù)每種類型的胰腺癌的進(jìn)展階段而不同地應(yīng)用。
538、例如,對于晚期胰腺癌中的邊緣可切除胰腺癌,可以進(jìn)行新輔助治療(例如,施用選自由5-氟尿嘧啶(5-fu)、甲酰四氫葉酸、伊立替康、奧沙利鉑等所組成的組中一種或多種的抗癌劑(例如,奧沙利鉑三藥聯(lián)合化療(folfirinox),其涉及四種抗癌劑的組合施用))。此后,根據(jù)治療結(jié)果,(i)如果可以進(jìn)行手術(shù)切除,則可以在手術(shù)之后進(jìn)行輔助化療,以及(ii)如果不可能手術(shù)切除,則可以進(jìn)行化療。
539、對于晚期胰腺癌中的局部晚期胰腺癌,可以進(jìn)行新輔助治療(例如,施用選自由5-氟尿嘧啶(5-fu)、甲酰四氫葉酸、伊立替康、奧沙利鉑等所組成的組中的一種或多種抗癌劑(例如,奧沙利鉑三藥聯(lián)合化療,其涉及四種抗癌劑的組合施用))。此后,根據(jù)進(jìn)展結(jié)果,可以持續(xù)進(jìn)行新輔助療法或二次治療(例如,納米顆粒白蛋白結(jié)合型紫杉醇(nab-paclitaxel)和吉西他濱的組合療法)、化學(xué)放射療法或其兩種或更多種的組合。
540、對于晚期胰腺癌中的轉(zhuǎn)移性胰腺癌,可以進(jìn)行新輔助治療(例如,施用選自由5-氟尿嘧啶(5-fu)、甲酰四氫葉酸、伊立替康、奧沙利鉑等所組成的組中的一種或多種抗癌劑(例如,奧沙利鉑三藥聯(lián)合化療,其涉及四種抗癌劑的組合施用))、化療(例如,納米顆粒白蛋白結(jié)合型紫杉醇(nab-paclitaxel)和吉西他濱的組合治療,或單獨施用吉西他濱)或其組合。此后,根據(jù)患者的狀況,可以執(zhí)行二次治療。二次治療可以指化療,包括例如納米顆粒白蛋白結(jié)合型紫杉醇(nab-paclitaxel)和吉西他濱的聯(lián)合療法、5-氟尿嘧啶(5-fu)和脂質(zhì)體伊立替康的聯(lián)合療法、或5-氟尿嘧啶(5-fu)和脂質(zhì)體奧沙利鉑的聯(lián)合療法。
541、血液樣品
542、適用于本公開中提供的用于診斷胰腺癌的組合物、試劑盒和方法的診斷目標(biāo)樣品或血液樣品可以包括從診斷受試者獲得(或分離或衍生)的液體活檢樣品,例如血液、血清、血漿和/或從中分離的細(xì)胞。在一種實施方式中,樣品可以包括從診斷受試者分離的白細(xì)胞層。
543、如本文所用,術(shù)語“白細(xì)胞層(buffy?coat)”是指在血液離心期間在上部血漿層和下部紅細(xì)胞層之間形成的整個白細(xì)胞層。它是血液中除血漿和紅細(xì)胞之外的成分(例如單核細(xì)胞、粒細(xì)胞、淋巴細(xì)胞等)的混合物,并且明顯不同于外周血單核細(xì)胞(pbmc)(參見圖3)。本公開中使用的血液樣品可以是血源性的白細(xì)胞層,并且可以不是僅由外周血單核細(xì)胞組成的樣品。在一種實施方式中,在從以下條件(1)至(3)中選擇的一種或多種(1、2或3種)條件下離心血液之后,可以從順序分離的血漿層(頂部)、白細(xì)胞層(中間)和紅細(xì)胞層(底部)中的中間白細(xì)胞層獲得白細(xì)胞層:
544、(1)溫度:2至30℃、2至28℃、2至25℃、2至23℃、2至20℃、2至18℃、2至15℃、2至13℃、2至10℃、2至8℃、2至6℃、2至5℃、2至4℃、3至30℃、3至28℃、3至25℃、3至23℃、3至20℃、3至18℃、3至15℃、3至13℃、3至10℃、3至8℃、3至6℃、3至5℃、3至4℃、4至30℃、4至28℃、4至25℃、4至23℃、4至20℃、4至18℃、4至15℃、4至13℃、4至10℃、4至8℃、4至6℃、4至5℃、5至30℃、5至28℃、5至25℃、5至23℃、5至20℃、5至18℃、5至15℃、5至13℃、5至10℃、5至8℃、5至6℃、10至30℃、10至28℃、10至25℃、10至23℃、10至20℃、10至18℃、10至15℃、10至13℃、15至30℃、15至28℃、15至25℃、15至23℃、15至20℃、15至18℃、20至30℃、20至28℃、20至25℃、or?20至23℃;
545、(2)速度:300g至2000g、300g至1800g、300g至1500g、300g至1300g、300g至1000g、500g至2000g、500g至1800g、500g至1500g、500g至1300g、500g至1000g、600g至1000g、700g至1000g、800g至1000g、500g至900g、600g至900g、700g至900g、800g至900g、500g至800g、600g至800g或700g至800g;以及
546、(3)時間:持續(xù)時間為5至20分鐘、7至20分鐘、9至20分鐘、5至15分鐘、7至15分鐘、9至15分鐘、5至12分鐘、7至12分鐘或9至12分鐘。
547、在本公開中,診斷受試者(個體)可以選自哺乳動物,包括靈長類動物如人和猴、嚙齒動物如小鼠和大鼠以及需要胰腺癌診斷的其他物種。
548、在本公開中,對照樣品可以是獲自(或分離自或衍生自)正常個體(例如,沒有患胰腺癌(早期胰腺癌、晚期胰腺癌或兩者)的個體)或患有類似疾病(良性胰腺疾病,例如胰腺炎(慢性胰腺炎和/或急性胰腺炎)、良性胰腺腫瘤、導(dǎo)管內(nèi)乳頭狀粘液腫瘤(ipmn)、自身免疫性胰腺炎(aip)和其他胰腺疾病(不包括胰腺癌(惡性胰腺腫瘤))和/或膽管癌)的個體的樣品。例如,正常個體可選自哺乳動物,包括靈長類動物如人和猴,嚙齒動物如小鼠和大鼠,并且可以是與診斷受試者相同物種的個體。比較樣品可以包括從比較受試者獲得(或分離或衍生)的血液、血清、血漿和/或從中分離的細(xì)胞。具體地,比較樣品可以包括白細(xì)胞層。
549、胰腺癌治療劑的篩選
550、另一種實施方式提供了一種通過在用候選化合物治療后測量生物標(biāo)志物的水平來篩選胰腺癌治療劑的候選化合物的方法。
551、更具體地,篩選方法可以包括以下步驟:
552、使生物樣品與候選化合物接觸;
553、測量生物樣品中選自前述生物標(biāo)志物及其編碼基因的至少一種生物標(biāo)志物的水平;以及
554、比較用候選化合物處理的生物樣品中的生物標(biāo)志物水平與未用候選化合物處理的生物樣品中的生物標(biāo)志物或其編碼基因的水平。
555、可以通過測量和比較用候選化合物治療前后同一生物樣品中的生物標(biāo)志物水平來進(jìn)行比較步驟,或者通過僅使生物樣品的一部分與候選化合物接觸,測量處理部分和未接觸部分中的生物標(biāo)志物水平,并比較這些水平來進(jìn)行比較步驟。
556、當(dāng)用候選化合物處理的生物樣品中的生物標(biāo)志物水平低于未處理的生物樣品中的生物標(biāo)志物水平時,即,當(dāng)候選化合物降低生物標(biāo)志物的水平或抑制生物標(biāo)志物的表達(dá)時,可以確定候選化合物是預(yù)防和/或治療胰腺癌的潛在試劑。
557、生物樣品可以包括來源于(分離或來源于)生物體(例如胰腺癌患者)的血液、血清、血漿和/或細(xì)胞。更具體地,生物樣品可以包括白細(xì)胞層。
558、候選化合物可選自各種類型的化合物,包括小分子、蛋白質(zhì)、多肽、寡肽、多核苷酸、寡核苷酸或來源于植物或動物的提取物。
559、生物樣品中生物標(biāo)志物水平的測量可以使用常規(guī)基因或蛋白質(zhì)定量方法和/或通過評估測量結(jié)果來進(jìn)行。具體的測量方法可以如前文所述。
560、本文提供的所有數(shù)值應(yīng)解釋為包括常規(guī)誤差范圍,只要可以實現(xiàn)本技術(shù)的所需功能和/或效果即可。例如,這些值可以解釋為包括-10%(或-9%、-8%、-7%、-6%、-5%、-4%、-3%、-2%或-1%)到+10%(或+9%、+8%、+7%、+6%、+5%、+4%、+3%、+2%或+1%)的范圍,但不限于此。
561、有益效果
562、通過本技術(shù),可以僅使用患者來源的血液以非侵入性和簡單的方式高準(zhǔn)確地地診斷胰腺癌。此外,可以更準(zhǔn)確地診斷胰腺癌的進(jìn)展階段,并且可以實現(xiàn)與其他類似疾病的區(qū)分,從而能夠開發(fā)更有效的胰腺癌治療策略。