本文描述的技術(shù)涉及用于靶向大腸桿菌細(xì)胞的方法和組合物，例如用于治療或預(yù)防人或動(dòng)物受試者的由大腸桿菌細(xì)胞引起的感染的方法和組合物。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述方法包括向受試者施用包含針對(duì)大腸桿菌細(xì)胞的多種不同轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒的顆?；旌衔铩Ｔ谝粋€(gè)實(shí)施方案中，所述方法包括向受試者施用多種轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒，所述轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒編碼用于靶向b2系統(tǒng)發(fā)育群(phylogroup)大腸桿菌細(xì)胞的基因組的核酸酶。

背景技術(shù)：

1、大腸桿菌感染經(jīng)鑒定在各種背景下為有害的或危及生命的，所述背景例如uti感染、移植患者、癌癥患者和免疫低下或使用免疫抑制劑的其它患者。

2、大腸桿菌的核酸酶靶向，例如借助于crispr/cas系統(tǒng)，被提議使用轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒進(jìn)行遞送，所述轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒可以將核酸酶靶向大腸桿菌細(xì)胞用于染色體型或游離型切割，從而殺傷細(xì)胞或者降低它們的生長(zhǎng)或增殖。合適的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒是包含衣殼的噬菌體或工程化顆粒(例如非自我復(fù)制型轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒)，其含有編碼至少crrna或grna(或額外的cas核酸酶)的核酸用于靶向。有利地，可以實(shí)現(xiàn)選擇性靶向，這使用常規(guī)抗生素例如廣譜抗生素是不可能的。此類選擇性靶向可以避免殺傷治療的患者中的有益物種和菌株。事實(shí)上，用廣譜抗生素?cái)_亂微生物組是處于發(fā)熱性中性粒細(xì)胞減少癥的風(fēng)險(xiǎn)中的癌癥患者的預(yù)防性管理中的風(fēng)險(xiǎn)因素。

3、細(xì)菌噬菌體(噬菌體)療法在抗生素的廣泛可用性之前已經(jīng)使用，但由于細(xì)菌抗菌藥物抗性(amr)的升高結(jié)合若干成功個(gè)體病例報(bào)告，現(xiàn)在重新引起了興趣。

4、細(xì)菌噬菌體(噬菌體)是感染細(xì)菌的病毒門，并且與動(dòng)物和植物病毒不同。噬菌體可以具有“裂解”生命周期，可能潛在地變得裂解的“溶原化”生命周期或“非裂解”生命周期。通過裂解周期復(fù)制的噬菌體引起宿主細(xì)菌細(xì)胞的裂解作為它們的生命周期的正常部分。通過溶原化周期復(fù)制的噬菌體被稱為溫和噬菌體，并且可以借助于裂解生命周期復(fù)制并且引起宿主細(xì)菌的裂解，或者它們可以將它們的dna摻入宿主細(xì)菌dna內(nèi)并且變成非感染性原噬菌體。

5、噬菌體感染并且殺傷細(xì)菌的天然能力連同噬菌體-細(xì)菌相互作用的特異性是基于其建立噬菌體療法概念的基本現(xiàn)象。因此，擁有裂解生命周期的噬菌體是用于噬菌體療法的合適候選物。

6、國(guó)際專利申請(qǐng)?zhí)杦o?00/69269公開了使用某種噬菌體菌株用于治療由屎腸球菌(enterococcus?faecium)的萬(wàn)古霉素敏感及抗性菌株引起的感染，并且國(guó)際專利申請(qǐng)?zhí)杦o01/93904公開了單獨(dú)或聯(lián)合其它抗菌手段的細(xì)菌噬菌體用于預(yù)防或治療與梭菌屬(clostridium)物種相關(guān)聯(lián)的胃腸道疾病的用途。

7、美國(guó)專利申請(qǐng)?zhí)?002/0001590公開了噬菌體療法針對(duì)多重耐藥性細(xì)菌的用途，具體而言針對(duì)甲氧西林抗性的金黃色葡萄球菌(staphylococcus?aureus)的用途，并且國(guó)際專利申請(qǐng)?zhí)杦o?02/07742公開了具有多重宿主范圍的細(xì)菌噬菌體的開發(fā)。

8、噬菌體療法用于治療特異性細(xì)菌感染性疾病的用途公開于例如美國(guó)專利申請(qǐng)?zhí)?002/0044922；2002/0058027和國(guó)際專利申請(qǐng)?zhí)杦o?01/93904中。

9、us20160333348描述了使用噬菌體作為載體遞送至宿主細(xì)菌細(xì)胞的crispr/cas系統(tǒng)的用途。

10、在大腸桿菌的若干系統(tǒng)發(fā)育群中，據(jù)觀察抗生素抗性(例如氟喹諾酮(fq)抗性)和多重耐藥性(mdr)菌株在b2系統(tǒng)發(fā)育群中頻繁被發(fā)現(xiàn)。發(fā)現(xiàn)b2菌株st131和st1193與抗生素抗性相關(guān)聯(lián)。st131是與ruti的高比率相關(guān)聯(lián)的在全球占主導(dǎo)的多重耐藥性克隆。st131是醫(yī)院獲得性u(píng)ti和社區(qū)獲得性u(píng)ti以及大腸桿菌血流感染以及伴侶動(dòng)物和家禽中的感染的主要貢獻(xiàn)者。最初于2008年鑒定的st131與ctx-m-15超廣譜β-內(nèi)酰胺酶(esbl)抗性基因的全世界傳播相關(guān)聯(lián)。st131現(xiàn)在與包括針對(duì)氟喹諾酮的抗性的多重耐藥性(mdr)強(qiáng)相關(guān)聯(lián)。最近的報(bào)告還鑒定了對(duì)最后一線碳青霉烯類有抗性的菌株。序列型1193最近作為氟喹諾酮抗性大腸桿菌中的新的、強(qiáng)毒的和抗性的譜系出現(xiàn)。

11、因此，經(jīng)典抗生素例如fq和廣譜抗生素不足以有效對(duì)抗此類感染。因此，存在對(duì)找到解決這些感染的替代手段的需求。

12、發(fā)明概述

13、通過將選擇性殺傷的使用與使用特異性類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒靶向的核酸酶組合，本發(fā)明提供用于治療或預(yù)防人和動(dòng)物的b2系統(tǒng)發(fā)育群大腸桿菌感染的手段。本發(fā)明的顆粒通過粘附至lps、lamb或tsx來靶向，令人驚訝地發(fā)現(xiàn)這高度有利于殺傷并且抑制許多不同菌株(包括潛在致命的st131和st1193菌株)的b2大腸桿菌細(xì)胞的生長(zhǎng)。如本文所例示的，令人驚訝地殺傷了超過10種不同的st131菌株(噬菌斑形成)，并且殺傷了超過10種不同的st1193菌株(噬菌斑形成)。

14、本發(fā)明發(fā)現(xiàn)有例如治療或預(yù)防患者例如免疫抑制、癌癥、移植和uti患者的潛在地危及生命的b2系統(tǒng)發(fā)育群大腸桿菌感染的效用，所述患者易感由b2菌株(以及經(jīng)常由多種不同的b2菌株)引起的感染。如實(shí)施例中證實(shí)的，本發(fā)明可用于預(yù)防受試者的大腸桿菌b2系統(tǒng)發(fā)育群菌血癥(由大腸桿菌引起的血流感染)。

15、為此，本發(fā)明提供了：-

16、在第一配置中

17、在第一方面：-

18、包含多個(gè)轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒的組合物，其用于治療或預(yù)防人或動(dòng)物受試者中由大腸桿菌細(xì)胞引起的感染的方法，其中所述方法包括將顆粒施用于受試者，其中

19、(a)各顆粒包含編碼用于靶向大腸桿菌細(xì)胞的基因組的核酸酶的核酸，其中所述施用的顆粒接觸細(xì)胞并且在其中引入核酸，其中所述核酸酶在細(xì)胞中表達(dá)并且切割細(xì)胞的基因組dna，從而在受試者中殺傷細(xì)胞或者降低細(xì)胞的生長(zhǎng)或增殖；

20、(b)大腸桿菌細(xì)胞是大腸桿菌系統(tǒng)發(fā)育群b2的細(xì)胞；和

21、(c)各顆粒包含用于識(shí)別并且結(jié)合同源部分的粘附部分，所述同源部分選自在系統(tǒng)發(fā)育群b2大腸桿菌細(xì)胞的表面上展示的lps、lamb和tsx。

22、在第二方面：-

23、包含多個(gè)轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒的組合物，其用于治療或預(yù)防人或動(dòng)物受試者的大腸桿菌菌血癥的方法，其中所述方法包括將顆粒施用于受試者，其中

24、(a)各顆粒包含編碼用于靶向所述大腸桿菌的細(xì)胞的基因組的核酸酶的核酸，其中所述施用的顆粒接觸細(xì)胞并且在其中引入核酸，其中所述核酸酶在細(xì)胞中表達(dá)并且切割細(xì)胞的基因組dna，從而在受試者中殺傷細(xì)胞或者降低細(xì)胞的生長(zhǎng)或增殖；

25、(b)大腸桿菌細(xì)胞是大腸桿菌系統(tǒng)發(fā)育群b2的細(xì)胞；和

26、(c)各顆粒包含用于識(shí)別并且結(jié)合同源部分的粘附部分，所述同源部分選自在系統(tǒng)發(fā)育群b2大腸桿菌細(xì)胞的表面上展示的lps、lamb和tsx。

27、在第二配置中

28、在第一方面：-

29、用于治療或預(yù)防人或動(dòng)物受試者的由大腸桿菌細(xì)胞引起的感染的方法，所述方法包括向受試者施用多個(gè)轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒，其中

30、(a)各顆粒包含編碼用于靶向大腸桿菌細(xì)胞的基因組的核酸酶的核酸，其中所述施用的顆粒接觸細(xì)胞并且在其中引入核酸，其中所述核酸酶在細(xì)胞中表達(dá)并且切割細(xì)胞的基因組dna，從而在受試者中殺傷細(xì)胞或者降低細(xì)胞的生長(zhǎng)或增殖；

31、(b)大腸桿菌細(xì)胞是大腸桿菌系統(tǒng)發(fā)育群b2的細(xì)胞；和

32、(c)各顆粒包含用于識(shí)別并且結(jié)合同源部分的粘附部分，所述同源部分選自在系統(tǒng)發(fā)育群b2大腸桿菌細(xì)胞的表面上展示的lps、lamb和tsx。

33、在第二方面：-

34、用于治療或預(yù)防人或動(dòng)物受試者的由大腸桿菌細(xì)胞引起的感染的方法，所述方法包括向受試者施用多個(gè)轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒，其中

35、(a)各顆粒包含編碼crrna或指導(dǎo)rna的核酸，所述crrna或指導(dǎo)rna可與cas核酸酶一起操作用于細(xì)胞中的染色體靶向，其中所述施用的顆粒接觸細(xì)胞并且在其中引入核酸，其中所述crrna或指導(dǎo)rna表達(dá)并且指導(dǎo)cas核酸酶，其中所述核酸酶切割細(xì)胞的染色體，從而在受試者中殺傷細(xì)胞或者降低細(xì)胞的生長(zhǎng)或增殖；

36、(b)大腸桿菌細(xì)胞是大腸桿菌系統(tǒng)發(fā)育群b2的細(xì)胞；和

37、(c)各顆粒包含用于識(shí)別并且結(jié)合同源部分的粘附部分，所述同源部分選自在系統(tǒng)發(fā)育群b2大腸桿菌細(xì)胞的表面上展示的lps、lamb和tsx。

38、在第三方面：-

39、用于治療或預(yù)防人或動(dòng)物受試者的大腸桿菌菌血癥的方法，所述方法包括向受試者施用多個(gè)轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒，其中

40、(a)各顆粒包含編碼用于靶向所述大腸桿菌的細(xì)胞的基因組的核酸酶的核酸，其中所述施用的顆粒接觸細(xì)胞并且在其中引入核酸，其中所述核酸酶在細(xì)胞中表達(dá)并且切割細(xì)胞的基因組dna，從而在受試者中殺傷細(xì)胞或者降低細(xì)胞的生長(zhǎng)或增殖；

41、(b)大腸桿菌細(xì)胞是大腸桿菌系統(tǒng)發(fā)育群b2的細(xì)胞；和

42、(c)各顆粒包含用于識(shí)別并且結(jié)合同源部分的粘附部分，所述同源部分選自在系統(tǒng)發(fā)育群b2大腸桿菌細(xì)胞的表面上展示的lps、lamb和tsx。

43、在第四方面：-

44、用于治療或預(yù)防人或動(dòng)物受試者的大腸桿菌菌血癥的方法，所述方法包括向受試者施用多個(gè)轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒，其中

45、(a)各顆粒包含編碼crrna或指導(dǎo)rna的核酸，所述crrna或指導(dǎo)rna可與cas核酸酶一起操作用于所述大腸桿菌的細(xì)胞中的染色體靶向，其中所述施用的顆粒接觸細(xì)胞并且在其中引入核酸，其中所述crrna或指導(dǎo)rna表達(dá)并且指導(dǎo)cas核酸酶，其中所述核酸酶切割細(xì)胞的染色體，從而在受試者中殺傷細(xì)胞或者降低細(xì)胞的生長(zhǎng)或增殖；

46、(b)大腸桿菌細(xì)胞是大腸桿菌系統(tǒng)發(fā)育群b2的細(xì)胞；和

47、(c)各顆粒包含用于識(shí)別并且結(jié)合同源部分的粘附部分，所述同源部分選自在系統(tǒng)發(fā)育群b2大腸桿菌細(xì)胞的表面上展示的lps、lamb和tsx。

48、在第三配置中

49、在第一方面：-

50、包含多個(gè)轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒的組合物在用于治療或預(yù)防人或動(dòng)物受試者的由系統(tǒng)發(fā)育群b2大腸桿菌細(xì)胞引起的感染的方法中的用途，所述方法包括向受試者施用組合物，其中

51、(a)各顆粒包含編碼用于靶向大腸桿菌細(xì)胞的基因組的核酸酶的核酸，其中所述施用的顆粒接觸細(xì)胞并且在其中引入核酸，其中所述核酸酶在細(xì)胞中表達(dá)并且切割細(xì)胞的基因組dna，從而在受試者中殺傷細(xì)胞或者降低細(xì)胞的生長(zhǎng)或增殖；和

52、(b)各顆粒包含用于識(shí)別并且結(jié)合同源部分的粘附部分，所述同源部分選自在系統(tǒng)發(fā)育群b2大腸桿菌細(xì)胞的表面上展示的lps、lamb和tsx。

53、在第二方面：-

54、包含多個(gè)轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒的組合物在用于治療或預(yù)防人或動(dòng)物受試者的由系統(tǒng)發(fā)育群b2大腸桿菌細(xì)胞引起的感染的方法中的用途，所述方法包括向受試者施用組合物，其中

55、(a)各顆粒包含編碼crrna或指導(dǎo)rna的核酸，所述crrna或指導(dǎo)rna可與cas核酸酶一起操作用于細(xì)胞中的染色體靶向，其中所述施用的顆粒接觸細(xì)胞并且在其中引入核酸，其中所述crrna或指導(dǎo)rna表達(dá)并且指導(dǎo)cas核酸酶，其中所述核酸酶切割細(xì)胞的染色體，從而在受試者中殺傷細(xì)胞或者降低細(xì)胞的生長(zhǎng)或增殖；

56、(b)大腸桿菌細(xì)胞是大腸桿菌系統(tǒng)發(fā)育群b2的細(xì)胞；和

57、(c)各顆粒包含用于識(shí)別并且結(jié)合同源部分的粘附部分，所述同源部分選自在系統(tǒng)發(fā)育群b2大腸桿菌細(xì)胞的表面上展示的lps、lamb和tsx。

58、在第三方面：-

59、包含多個(gè)轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒的組合物在用于治療或預(yù)防人或動(dòng)物受試者的系統(tǒng)發(fā)育群b2大腸桿菌菌血癥的方法中的用途，所述方法包括向受試者施用組合物，其中

60、(a)各顆粒包含編碼用于靶向所述大腸桿菌的細(xì)胞的基因組的核酸酶的核酸，其中所述施用的顆粒接觸細(xì)胞并且在其中引入核酸，其中所述核酸酶在細(xì)胞中表達(dá)并且切割細(xì)胞的基因組dna，從而在受試者中殺傷細(xì)胞或者降低細(xì)胞的生長(zhǎng)或增殖；和

61、(b)各顆粒包含用于識(shí)別并且結(jié)合同源部分的粘附部分，所述同源部分選自在系統(tǒng)發(fā)育群b2大腸桿菌細(xì)胞的表面上展示的lps、lamb和tsx。

62、在第四方面：-

63、包含多個(gè)轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒的組合物在用于治療或預(yù)防人或動(dòng)物受試者中的系統(tǒng)發(fā)育群b2大腸桿菌菌血癥的方法中的用途，所述方法包括向受試者施用組合物，其中

64、(a)各顆粒包含編碼crrna或指導(dǎo)rna的核酸，所述crrna或指導(dǎo)rna可與cas核酸酶一起操作用于所述大腸桿菌的細(xì)胞中的染色體靶向，其中所述施用的顆粒接觸細(xì)胞并且在其中引入核酸，其中所述crrna或指導(dǎo)rna表達(dá)并且指導(dǎo)cas核酸酶，其中所述核酸酶切割細(xì)胞的染色體，從而在受試者中殺傷細(xì)胞或者降低細(xì)胞的生長(zhǎng)或增殖；

65、(b)大腸桿菌細(xì)胞是大腸桿菌系統(tǒng)發(fā)育群b2的細(xì)胞；和

66、(c)各顆粒包含用于識(shí)別并且結(jié)合同源部分的粘附部分，所述同源部分選自在系統(tǒng)發(fā)育群b2大腸桿菌細(xì)胞的表面上展示的lps、lamb和tsx。

67、在第四配置中

68、在第一方面：-

69、包含多個(gè)轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒的組合物，其用于治療或預(yù)防人或動(dòng)物受試者的由大腸桿菌細(xì)胞(任選地b2系統(tǒng)發(fā)育群大腸桿菌細(xì)胞)引起的感染的方法中，其中所述方法包括將顆粒施用于受試者，其中

70、(a)各顆粒包含編碼用于靶向大腸桿菌細(xì)胞的基因組的核酸酶的核酸，其中所述施用的顆粒接觸細(xì)胞并且在其中引入核酸，其中所述核酸酶在細(xì)胞中表達(dá)并且切割細(xì)胞的基因組dna，從而在受試者中殺傷細(xì)胞或者降低細(xì)胞的生長(zhǎng)或增殖；

71、(b)組合物包含的各顆粒是t-偶數(shù)噬菌體衣殼；任選地是t2噬菌體、t2樣噬菌體、rb69噬菌體或rb69樣噬菌體的衣殼。

72、包含多個(gè)不同類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒的組合物，其中所述顆粒各自包含核酸，并且所述顆粒能夠接觸大腸桿菌細(xì)胞并且在其中引入所述核酸，其中

73、(a)各顆粒的所述核酸包含編碼感興趣的產(chǎn)物(poi)的核苷酸序列，其中所述核酸能夠在大腸桿菌細(xì)胞中表達(dá)poi；

74、(b)各顆粒包含用于識(shí)別并且結(jié)合同源部分的粘附部分，所述同源部分選自在大腸桿菌細(xì)胞的表面上展示的lps、lamb和tsx(任選地選自lps和tsx)；和

75、(c)所述多個(gè)不同類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒包含(i)包含lps粘附部分的第一類型的顆粒；和(ii)包含tsx粘附部分的第二類型的顆粒。

76、在第二方面：-

77、治療或預(yù)防人或動(dòng)物受試者的膿毒病、敗血病或腹瀉的方法，所述方法包括將本發(fā)明的組合物施用于受試者，其中所述大腸桿菌細(xì)胞包含在人或動(dòng)物中引起膿毒病、敗血病或腹瀉的大腸桿菌菌株。

78、在第三方面：-

79、治療或預(yù)防人或動(dòng)物受試者的由大腸桿菌細(xì)胞引起的感染的方法，其中所述方法包括將本發(fā)明的組合物施用于受試者，其中所述感染被治療或預(yù)防。

80、在第四方面：-

81、檢測(cè)樣品中大腸桿菌(任選地b2系統(tǒng)發(fā)育群大腸桿菌細(xì)胞)的存在的方法，所述方法包括

82、(a)使樣品與根據(jù)此配置的組合物接觸；和

83、(b)檢測(cè)大腸桿菌細(xì)胞被殺傷或者使其生長(zhǎng)或增殖降低。

84、在第五方面：-

85、檢測(cè)樣品中大腸桿菌(任選地b2系統(tǒng)發(fā)育群大腸桿菌細(xì)胞)的存在的方法，所述方法包括

86、(a)使樣品與根據(jù)此配置的組合物接觸；其中所述組合物的顆粒包含核酸，所述核酸包含或編碼可檢測(cè)標(biāo)記，其中所述顆粒接觸細(xì)胞并且在其中引入核酸，其中任選地所述標(biāo)記在細(xì)胞中表達(dá)；和

87、(b)檢測(cè)包含標(biāo)記的大腸桿菌細(xì)胞。

88、在第六方面：-

89、用于修飾大腸桿菌細(xì)胞的基因組的方法，所述方法包括使細(xì)胞與此配置的組合物接觸，其中將編碼poi的核酸引入細(xì)胞內(nèi)，從而修飾細(xì)胞的基因組。

技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路

1、本發(fā)明發(fā)現(xiàn)有對(duì)抗在各種背景下有害的或危及生命的b2大腸桿菌感染的應(yīng)用，所述背景例如uti感染、移植患者、癌癥患者和免疫低下的或使用免疫抑制劑的其它患者。

2、癌癥治療不斷進(jìn)步并且患有血液學(xué)惡性腫瘤的人群的生存率逐漸升高。然而，此群體是免疫低下的，并且化療方案引起骨髓抑制和伴隨相關(guān)聯(lián)的腸道通透性增加的胃腸道粘膜炎。包括大腸桿菌的腸道細(xì)菌從胃腸道易位是血流感染(bsi)的頻發(fā)病因。與bsi相關(guān)的死亡率可以為至多50％；因此，在處于發(fā)熱性中性粒細(xì)胞減少癥的風(fēng)險(xiǎn)中的人群中應(yīng)用抗菌預(yù)防。不存在用于預(yù)防患有血液學(xué)癌癥的患者的bsi的批準(zhǔn)療法，但在美國(guó)藥品核準(zhǔn)標(biāo)示外使用氟喹諾酮。此抗生素預(yù)防實(shí)踐與新興范式相悖，即維護(hù)正常的微生物組對(duì)于維持免疫緊張度是重要的，潛在地有益于腫瘤治療的結(jié)局。事實(shí)上，用廣譜抗生素?cái)_亂微生物組是處于發(fā)熱性中性粒細(xì)胞減少癥的風(fēng)險(xiǎn)中的患者的預(yù)防性管理中的風(fēng)險(xiǎn)因素。除了氟喹諾酮的副作用包括安全警告和預(yù)防措施外，細(xì)菌抗性在美國(guó)不斷上升且接近60％。

3、在處于發(fā)展中性粒細(xì)胞減少癥的風(fēng)險(xiǎn)中的患有血液學(xué)惡性腫瘤的免疫低下患者中，大腸桿菌負(fù)責(zé)所有菌血癥病例的25.1-30％，伴隨35.8％的90天死亡率。此外，從經(jīng)歷造血干細(xì)胞移植(hsct)的患有血液學(xué)癌癥的患者的bsi中作為致病病原體分離的大腸桿菌中的至多65％對(duì)氟喹諾酮有抗性。因此，需要新型窄譜治療和預(yù)防選項(xiàng)來預(yù)防這些易患病患者的感染。本發(fā)明解決了此需求。

4、為此，本發(fā)明提供根據(jù)上文的配置的組合物、方法和用途。因此，提供具有編號(hào)的實(shí)施方案的以下描述。

5、1.包含多個(gè)轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒的組合物，其用于治療或預(yù)防人或動(dòng)物受試者的由大腸桿菌細(xì)胞引起的感染的方法，其中所述方法包括將顆粒施用于受試者，其中

6、(a)各顆粒包含編碼用于靶向大腸桿菌細(xì)胞的基因組的核酸酶的核酸，其中所述施用的顆粒接觸細(xì)胞并且在其中引入核酸，其中所述核酸酶在細(xì)胞中表達(dá)并且切割細(xì)胞的基因組dna，從而在受試者中殺傷細(xì)胞或者降低細(xì)胞的生長(zhǎng)或增殖；

7、(b)大腸桿菌細(xì)胞是大腸桿菌系統(tǒng)發(fā)育群b2的細(xì)胞；和

8、(c)各顆粒包含用于識(shí)別并且結(jié)合同源部分的粘附部分，所述同源部分選自在系統(tǒng)發(fā)育群b2大腸桿菌細(xì)胞的表面上展示的lps、lamb和tsx。

9、任選地，

10、(i)各顆粒包含含有核酸的噬菌體衣殼；

11、(ii)組合物的顆粒靶向多個(gè)不同的大腸桿菌基因，其任選地選自必需基因和毒力基因；和

12、(iii)組合物包含

13、a：包含lps粘附部分和lamb粘附部分的顆粒；

14、b：包含lps粘附部分和tsx粘附部分的顆粒；或

15、c：：包含tsx粘附部分但缺乏lamb和lps粘附部分的顆粒。

16、2.用于治療或預(yù)防人或動(dòng)物受試者的由大腸桿菌細(xì)胞引起的感染的方法，所述方法包括向受試者施用多個(gè)轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒，其中所述方法包括將顆粒施用于受試者，其中

17、(a)各顆粒包含編碼用于靶向大腸桿菌細(xì)胞的基因組的核酸酶的核酸，其中所述施用的顆粒接觸細(xì)胞并且在其中引入核酸，其中所述核酸酶在細(xì)胞中表達(dá)并且切割細(xì)胞的基因組dna，從而在受試者中殺傷細(xì)胞或者降低細(xì)胞的生長(zhǎng)或增殖；

18、(b)大腸桿菌細(xì)胞是大腸桿菌系統(tǒng)發(fā)育群b2的細(xì)胞；和

19、(c)各顆粒包含用于識(shí)別并且結(jié)合同源部分的粘附部分，所述同源部分選自在系統(tǒng)發(fā)育群b2大腸桿菌細(xì)胞的表面上展示的lps、lamb和tsx。

20、任選地，

21、(i)各顆粒包含含有核酸的噬菌體衣殼；

22、(ii)組合物的顆粒靶向多個(gè)不同的大腸桿菌基因，其任選地選自必需基因和毒力基因；和

23、(iii)組合物包含

24、a：包含lps粘附部分和lamb粘附部分的顆粒；

25、b：包含lps粘附部分和tsx粘附部分的顆粒；或

26、c：：包含tsx粘附部分但缺乏lamb和lps粘附部分的顆粒。

27、任選地，基因組dna是細(xì)胞的染色體dna。另外地或備選地，基因組dna是細(xì)胞的質(zhì)粒dna。

28、任選地，各顆粒包含編碼用于染色體靶向的核酸酶的核酸，其中所述施用的顆粒接觸細(xì)胞并且在其中引入核酸，其中所述核酸酶在細(xì)胞中表達(dá)并且切割細(xì)胞的染色體，從而在受試者中殺傷細(xì)胞或者降低細(xì)胞的生長(zhǎng)或增殖。

29、人可以是男性或女性。人可以是成人或兒童。人可以是18歲或更年長(zhǎng)，例如40、50、60、70、80歲或更年長(zhǎng)。人可以比18歲更年輕，例如青少年，例如嬰兒，例如至多5歲，例如至多2歲。動(dòng)物可以是家畜或伴侶動(dòng)物例如犬或貓)。動(dòng)物可以是鳥類(例如禽鳥，例如雞、火雞或鴨，優(yōu)選雞)、牛、綿羊、山羊或豬(例如新生豬或6月齡以下的豬)。

30、感染可以是血流感染。感染可以是醫(yī)院內(nèi)感染。

31、在一個(gè)實(shí)例中，各粘附部分是尾纖維蛋白。在一個(gè)實(shí)例中，各顆粒包含噬菌體尾纖維，其包含所述粘附部分或融合到所述粘附部分。在一個(gè)實(shí)例中，各粘附部分是抗體片段，例如抗體單可變結(jié)構(gòu)域。在一個(gè)實(shí)例中，各粘附部分是納米抗體。在一個(gè)實(shí)例中，各粘附部分包含能夠結(jié)合同源部分的抗體結(jié)合位點(diǎn)。例如各粘附部分包含抗體單可變結(jié)構(gòu)域(即dab)，例如納米抗體。在一個(gè)實(shí)例中，各顆粒包含一個(gè)或多個(gè)噬菌體尾纖維或刺突，各纖維或刺突包含所述粘附部分。

32、例如將至少2、3或4種不同類型的所述轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒施用于受試者，并且各種類型包含一個(gè)或多個(gè)類型的包含粘附部分的尾纖維，其中其它顆粒類型不包含所述一個(gè)或多個(gè)尾纖維類型。在一個(gè)實(shí)例中，所述多個(gè)尾纖維類型的各種類型與其它類型不同在于它包含的粘附部分的類型。

33、任選地，顆粒包含用于結(jié)合lps、lamb和tsx的粘附部分。任選地，顆粒包含用于結(jié)合lamb和tsx的粘附部分。任選地，顆粒包含用于結(jié)合lps和tsx的粘附部分。任選地，顆粒包含用于結(jié)合lps和lamb的粘附部分。

34、在革蘭氏陰性細(xì)菌中，肽聚糖層相對(duì)較薄并且定位于外膜的內(nèi)側(cè)，細(xì)胞壁的主要組分。這兩層通過braun脂蛋白連接。外膜是由裝飾有蛋白質(zhì)、多糖和脂質(zhì)的脂質(zhì)雙層構(gòu)成的復(fù)雜結(jié)構(gòu)；后兩種分子形成lps層。lps是由三個(gè)部分組成的復(fù)合物：脂質(zhì)a、核心多糖和o-多糖。一般而言，脂質(zhì)a由附接至葡萄糖胺磷酸二糖的脂肪酸構(gòu)成。核心多糖通過酮脫氧辛酸酯接頭與脂質(zhì)a連接。核心多糖和o-多糖(o-鏈或o-抗原)含有向外延伸到外膜的若干糖殘基單元。含有l(wèi)ps的所有三種組分的細(xì)胞被命名為光滑(s)型，而缺少o-多糖部分的那些被區(qū)別為粗糙(r)型。

35、任選地，lps是光滑lps或粗糙lps。

36、例如顆粒包含至少一種類型的顆粒，其粘附部分能夠結(jié)合lps的o-抗原。

37、大腸桿菌是非常多用途的物種，對(duì)于其從各個(gè)角度探索多樣性，強(qiáng)調(diào)例如系統(tǒng)發(fā)育劃分類群、致病變型以及廣泛范圍的o血清型。高度可變的o-抗原，大腸桿菌的外膜的脂多糖組分的最外部部分，通過lps的核心區(qū)與最內(nèi)部的脂質(zhì)a連接，迄今為止表征了所述lps的核心區(qū)的5種不同結(jié)構(gòu)，其被命名為k-12、r1、r2、r3和r4。系統(tǒng)發(fā)育群b2和c菌株主要由r1型占主要。系統(tǒng)發(fā)育群b2內(nèi)的菌株可能攜帶k-12核心，例如屬于復(fù)合體stc131，腸外致病性大腸桿菌(expec)菌株的主要克隆之一。

38、優(yōu)選地，lps包含r1核心區(qū)。在一個(gè)實(shí)例中，lps包含r2核心區(qū)。在一個(gè)實(shí)例中，lps包含r3核心區(qū)。在一個(gè)實(shí)例中，lps包含r4核心區(qū)。在一個(gè)實(shí)例中，lps包含k-12核心區(qū)。

39、任選地，lamb包含seq?id?no:1的氨基酸或者與seq?id?no:1有至少70、80、90或95％同一性的氨基酸序列。任選地，tsx包含seq?id?no:2的氨基酸或者與seq?id?no:2有至少70、80、90或95％同一性的氨基酸序列。任選地，lamb由seq?id?no:3的核苷酸序列或與seq?id?no:3有至少70、80、90或95％同一性的氨基酸序列編碼。任選地，tsx由seq?id?no:4的核苷酸序列或與seq?id?no:4有至少70、80、90或95％同一性的氨基酸序列編碼。

40、大腸桿菌tsx基因編碼完整的外膜蛋白(tsx)，其發(fā)揮脫氧核苷和抗生素albicidin的底物特異性通道的功能。在一個(gè)實(shí)例中，大腸桿菌的核苷特異性通道形成蛋白tsx具有uniprot登錄號(hào)p0a927或是其同源物。在一個(gè)實(shí)例中，大腸桿菌的麥芽糖外膜孔蛋白(麥芽糖孔蛋白)lamb具有uniprot登錄號(hào)p02943或是其同源物。

41、同源物：因從共同祖先dna或蛋白質(zhì)序列繼承而與第二基因、核苷酸或蛋白質(zhì)序列有關(guān)的基因、核苷酸或蛋白質(zhì)序列。術(shù)語(yǔ)同源物可以應(yīng)用于因事件而分隔的基因之間的關(guān)系或因基因復(fù)制事件而分隔的基因之間的關(guān)系。

42、在一個(gè)實(shí)施方案中，大腸桿菌細(xì)胞包含upec大腸桿菌。在一個(gè)實(shí)施方案中，大腸桿菌細(xì)胞包含腸致病性大腸桿菌(expec)細(xì)胞。

43、3.實(shí)施方案1或2組合物或方法分別地，其中所述方法用于治療或預(yù)防由選自st131、st1193、st648、st315、st405、st361、st88和st453的大腸桿菌菌株引起的受試者的感染。

44、在優(yōu)選的實(shí)例中，所述菌株為st1193。在另一個(gè)優(yōu)選的實(shí)例中，所述菌株為st131。

45、4.任一前述實(shí)施方案的組合物或方法，其中所述方法用于治療或預(yù)防由大腸桿菌的多個(gè)不同的系統(tǒng)發(fā)育群b2菌株引起的受試者的感染；任選地其中所述多個(gè)包含大腸桿菌st131和st1193細(xì)胞。

46、發(fā)現(xiàn)大腸桿菌st131和/或st1193是有強(qiáng)毒的并且與氟喹諾酮抗性相關(guān)聯(lián)。如本文實(shí)施例節(jié)段中所顯示，本發(fā)明可用于治療或預(yù)防由此類菌株引起的感染。任選地，所述多個(gè)菌株包含大腸桿菌st131和/或st1193菌株。任選地，所述多個(gè)菌株包含氟喹諾酮抗性菌株。例如所述多個(gè)菌株包含大腸桿菌st131和/或st1193氟喹諾酮抗性菌株。在uti背景下發(fā)現(xiàn)了大腸桿菌菌株b2-st73(ch24-30)；b2-st73(ch24-103)；b2-st131(ch40-30)；b2-st141(ch52-5)；b2-st372(ch103-9)；b2-st404(ch14-27)；b2-st404(ch14-807)和b2-st1193(ch14-64)。在一個(gè)實(shí)施方案中(例如其中受試者患有uti或處于uti的風(fēng)險(xiǎn)中)，b2大腸桿菌包含選自以下的的一種或多種菌株：b2-st73(ch24-30)；b2-st73(ch24-103)；b2-st131(ch40-30)；b2-st141(ch52-5)；b2-st372(ch103-9)；b2-st404(ch14-27)；b2-st404(ch14-807)和b2-st1193(ch14-64)。

47、5.任一前述實(shí)施方案的組合物或方法，其中所述受試者是移植或癌癥患者(任選地血液學(xué)癌癥患者)，或者其中所述患者患有尿路感染(uti)或處于尿路感染(uti)的風(fēng)險(xiǎn)中；并且任選地其中所述移植是實(shí)體器官或干細(xì)胞移植(任選地造血細(xì)胞移植)，或者其中所述移植是醫(yī)療裝置的移植。

48、例如受試者是患有中性粒細(xì)胞減少癥的血液學(xué)癌癥患者。例如受試者是造血干細(xì)胞移植患者。

49、合適的醫(yī)療裝置可以是例如心臟裝置(例如心室輔助裝置，例如左心室輔助裝置(lvad))、導(dǎo)管(例如膽道導(dǎo)管)或假體(例如關(guān)節(jié))假體。

50、在一個(gè)實(shí)例中，患者患有隱蔽的b2系統(tǒng)發(fā)育群大腸桿菌感染。在一個(gè)實(shí)例中，大腸桿菌是隱蔽的b2系統(tǒng)發(fā)育群大腸桿菌。

51、例如受試者患有由b2系統(tǒng)發(fā)育群大腸桿菌引起的急性細(xì)菌性鼻竇炎、肺炎、尿路感染、慢性前列腺炎或胃腸炎或者處于其風(fēng)險(xiǎn)中。例如受試者是男性人前列腺手術(shù)患者。

52、6.任一前述實(shí)施方案的組合物或方法，其中所述方法在受試者接受移植之前實(shí)施。

53、例如移植是實(shí)體器官或干細(xì)胞移植(任選地造血細(xì)胞移植)。

54、7.任一前述實(shí)施方案的組合物或方法，其中所述b2大腸桿菌細(xì)胞包含引起人的膿毒病、敗血病或腹瀉的大腸桿菌菌株。

55、腸出血性大腸桿菌(ehec)血清型o157:h7是對(duì)全世界的血性腹瀉和溶血性尿毒癥綜合征(hus)的暴發(fā)負(fù)責(zé)的人病原體。常規(guī)抗菌藥物觸發(fā)ehec中的sos應(yīng)答，其促進(jìn)強(qiáng)效志賀毒素的釋放，所述志賀毒素對(duì)與ehec感染相關(guān)聯(lián)的大多發(fā)病率和死亡率負(fù)責(zé)。牛是ehec的天然儲(chǔ)存宿主，并且約75％的ehec暴發(fā)與受污染的牛衍生產(chǎn)品的消費(fèi)相聯(lián)系。ehec引起人的疾病，但在成年反芻動(dòng)物中是無(wú)癥狀的。大腸桿菌血清型o157:h7(ehec)感染的特征包括腹部痛性痙攣和血性腹瀉，以及危及生命的并發(fā)癥溶血性尿毒癥綜合征(hus)。目前存在對(duì)用于ehec感染的治療的需求(goldwater和bettelheim，2012)。常規(guī)抗生素的使用加劇志賀毒素介導(dǎo)的細(xì)胞毒性。在由美國(guó)疾病控制與預(yù)防中心(centers?for?disease?controland?prevention)進(jìn)行的流行病學(xué)研究中，用抗生素治療ehec腸炎的患者具有發(fā)展hus的更高的風(fēng)險(xiǎn)(slutsker等人，1998)。額外的研究支持抗生素在ehec感染中的禁忌；使用針對(duì)與ehec相關(guān)聯(lián)的出血性結(jié)腸炎的抗生素療法的兒童具有發(fā)展hus的升高的幾率(wong等人，2000；zimmerhackl，2000；safdar等人，2002；tarr等人，2005)。常規(guī)抗生素通過增強(qiáng)stx基因的復(fù)制和表達(dá)來促進(jìn)志賀毒素的產(chǎn)生，所述stx基因在染色體整合的λ形(lambdoid)原噬菌體基因組內(nèi)編碼。本發(fā)明的方法可以依賴靶細(xì)胞基因組dna的核酸酶切割。stx誘導(dǎo)還促進(jìn)噬菌體介導(dǎo)的ehec細(xì)胞包膜裂解，允許志賀毒素釋放和傳播到環(huán)境中(karch等人，1999；matsushiro等人，1999；wagner等人，2002)。因此，有利地，本發(fā)明提供用于治療人和動(dòng)物受試者的b2系統(tǒng)發(fā)育群ehec的替代手段。在一個(gè)實(shí)例中，受試者(例如人)患有溶血性尿毒癥綜合征(hus)或處于溶血性尿毒癥綜合征(hus)的風(fēng)險(xiǎn)中，例如受試者患有大腸桿菌感染，例如ehec大腸桿菌感染。

56、8.任一前述實(shí)施方案的組合物或方法，其用于預(yù)防受試者的溶血性尿毒癥綜合征(hus)、uti感染、膿毒病、敗血病或腹瀉。

57、所述組合物或方法可以用于治療或預(yù)防受試者的由致病性b2系統(tǒng)發(fā)育群大腸桿菌細(xì)胞引起的血流感染。

58、9.任一前述實(shí)施方案的組合物或方法，其中各顆粒包含含有核酸的噬菌體衣殼；任選地其中所述衣殼包含t-偶數(shù)(任選地t4)或λ噬菌體的衣殼蛋白。

59、如技術(shù)人員已知的，轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒是可通過轉(zhuǎn)導(dǎo)操作以感染它們的同源宿主細(xì)胞以在其中引入核酸。

60、10.任一前述實(shí)施方案的組合物或方法，其中各顆粒是噬菌體(任選地裂解性噬菌體)或包裝的噬菌粒。

61、11.任一前述實(shí)施方案的組合物或方法，其中將至少2、3或4種不同類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒施用于受試者。

62、例如各顆粒類型包含一種類型的粘附部分或粘附部分類型的集合，其不同于其它類型的顆粒。

63、在一個(gè)實(shí)例中，將2種不同類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒施用于受試者。在一個(gè)實(shí)例中，將3種不同類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒施用于受試者。在一個(gè)實(shí)例中，將4種不同類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒施用于受試者。在一個(gè)實(shí)例中，將5種不同類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒施用于受試者。在一個(gè)實(shí)例中，將6種不同類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒施用于受試者。

64、12.任一前述實(shí)施方案的組合物或方法，其中將第一類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒和第二類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒施用于受試者，其中所述第一類型的顆粒包含能夠識(shí)別并且結(jié)合第一同源部分的第一粘附部分，所述第一同源部分選自b2大腸桿菌上展示的組lps、lamb和tsx，并且所述第二類型的顆粒包含能夠識(shí)別并且結(jié)合第二同源部分的第二粘附部分，所述第二同源部分選自所述組，其中所述第一粘附部分和第二粘附部分彼此不同。

65、例如第一和第二粘附部分因它們的尾纖維而彼此不同，任選地其中所述第一粘附部分與lps同源并且所述第二部分與lamb同源；或者任選地其中所述第一粘附部分與lps同源并且所述第二部分與tsx同源；任選地其中所述第一粘附部分與tsx同源并且所述第二部分與lamb同源。

66、例如各顆粒包含含有所述核酸的噬菌體衣殼；其中將至少2、3或4種不同類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒施用于受試者；并且其中將第一類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒和第二類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒施用于受試者，其中所述第一類型的顆粒包含能夠識(shí)別并且結(jié)合選自b2大腸桿菌上展示的組lps、lamb和tsx的第一同源部分的第一粘附部分，并且所述第二類型的顆粒包含能夠識(shí)別并且結(jié)合選自所述組的第二同源部分的第二粘附部分，其中所述第一粘附部分和第二粘附部分彼此不同。

67、例如各顆粒包含含有所述核酸的噬菌體衣殼；其中將至少2、3或4種不同類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒施用于受試者；并且其中將第一類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒和第二類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒施用于受試者，其中所述第一類型的顆粒包含能夠識(shí)別并且結(jié)合b2大腸桿菌上展示的lps的第一粘附部分，并且所述第二類型的顆粒包含能夠識(shí)別并且結(jié)合b2大腸桿菌上展示的lamb的第二粘附部分。

68、例如各顆粒包含含有所述核酸的噬菌體衣殼；其中將至少2、3或4種不同類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒施用于受試者；并且其中將第一類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒和第二類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒施用于受試者，其中所述第一類型的顆粒包含能夠識(shí)別并且結(jié)合b2大腸桿菌上展示的tsx的第一粘附部分，并且所述第二類型的顆粒包含能夠識(shí)別并且結(jié)合b2大腸桿菌上展示的lamb的第二粘附部分。

69、例如各顆粒包含含有所述核酸的噬菌體衣殼；其中將至少2、3或4種不同類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒施用于受試者；并且其中將第一類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒和第二類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒施用于受試者，其中所述第一類型的顆粒包含能夠識(shí)別并且結(jié)合b2大腸桿菌上展示的lps的第一粘附部分，并且所述第二類型的顆粒包含能夠識(shí)別并且結(jié)合b2大腸桿菌上展示的tsx的第二粘附部分。

70、例如各顆粒包含含有所述核酸的噬菌體衣殼；其中將至少3種不同類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒施用于受試者；并且其中將第一類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒、第二類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒和第三類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒施用于受試者，其中所述第一類型的顆粒包含能夠識(shí)別并且結(jié)合b2大腸桿菌上展示的lps的第一粘附部分，所述第二類型的顆粒包含能夠識(shí)別并且結(jié)合b2大腸桿菌上展示的lamb的第二粘附部分，并且所述第三類型的顆粒包含能夠識(shí)別并且結(jié)合b2大腸桿菌上展示的tsx的第二粘附部分。

71、例如各顆粒包含含有所述核酸的噬菌體衣殼；其中將至少4種不同類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒施用于受試者；并且其中將第一類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒、第二類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒、第三類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒和第四類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒施用于受試者，其中所述第一類型的顆粒包含能夠識(shí)別并且結(jié)合b2大腸桿菌上展示的lps的第一粘附部分，所述第二類型的顆粒包含能夠識(shí)別并且結(jié)合b2大腸桿菌上展示的lamb的第二粘附部分，所述第三類型的顆粒包含能夠識(shí)別并且結(jié)合b2大腸桿菌上展示的tsx的第二粘附部分，并且所述第四類型的顆粒包含能夠識(shí)別并且結(jié)合b2大腸桿菌上展示的lps的第二粘附部分，其中所述顆粒的粘附部分彼此不同。

72、例如各顆粒包含含有所述核酸的噬菌體衣殼；其中將至少4種不同類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒施用于受試者；并且其中將第一類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒、第二類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒、第三類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒和第四類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒施用于受試者，其中所述第一類型的顆粒包含能夠識(shí)別并且結(jié)合b2大腸桿菌上展示的lps的第一粘附部分，所述第二類型的顆粒包含能夠識(shí)別并且結(jié)合b2大腸桿菌上展示的lamb的第二粘附部分，所述第三類型的顆粒包含能夠識(shí)別并且結(jié)合b2大腸桿菌上展示的tsx的第二粘附部分，并且所述第四類型的顆粒包含能夠識(shí)別并且結(jié)合b2大腸桿菌上展示的lamb的第二粘附部分，其中所述顆粒的粘附部分彼此不同。

73、例如各顆粒包含含有所述核酸的噬菌體衣殼；其中將至少4種不同類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒施用于受試者；并且其中將第一類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒、第二類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒、第三類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒和第四類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒施用于受試者，其中所述第一類型的顆粒包含能夠識(shí)別并且結(jié)合b2大腸桿菌上展示的lps的第一粘附部分，所述第二類型的顆粒包含能夠識(shí)別并且結(jié)合b2大腸桿菌上展示的lamb的第二粘附部分，所述第三類型的顆粒包含能夠識(shí)別并且結(jié)合b2大腸桿菌上展示的tsx的第二粘附部分，并且所述第四類型的顆粒包含能夠識(shí)別并且結(jié)合b2大腸桿菌上展示的tsx的第二粘附部分，其中所述顆粒的粘附部分彼此不同。

74、13.實(shí)施方案12的組合物或方法，其中所述第一同源部分和第二同源部分彼此不同。

75、在一個(gè)替代方案中，第一和第二同源部分相同。在一個(gè)替代方案中，第一和第二同源部分是lps。在一個(gè)替代方案中，第一和第二同源部分是tsx。在一個(gè)替代方案中，第一和第二同源部分是lamb。

76、14.任一前述實(shí)施方案的組合物或方法，其中各顆粒的核酸包含編碼所述核酸酶的核苷酸序列(n1)，其中各顆粒是合成t-偶數(shù)噬菌體(任選地t4噬菌體)，其包含n1在噬菌體的基因組內(nèi)的插入，其中區(qū)域位于pin(蛋白酶抑制劑)基因和ipii(內(nèi)部蛋白質(zhì))基因之間。

77、任選地，噬菌體是

78、(a)合成的t-偶數(shù)(例如t4)噬菌體，其包含從噬菌體的基因組區(qū)域的dna缺失和/或噬菌體的基因組區(qū)域內(nèi)的異源dna插入，所述噬菌體的基因組區(qū)域?qū)?yīng)于以下坐標(biāo)之間的區(qū)域

79、(i)1887和8983；

80、(ii)2625和8092；

81、(iii)1904和8113；

82、(iv)2668和7178；

83、(v)7844和11117；

84、(vi)8643和10313；

85、(vii)9231和13383；

86、(viii)9480和12224；

87、(ix)8454和17479；或

88、(x)9067和16673；

89、其中坐標(biāo)參考野生型t4噬菌體基因組(seq?id?no:5)；

90、15.任一前述實(shí)施方案的組合物或方法，其中所述核酸酶是指導(dǎo)的核酸酶，任選地是cas、大范圍核酸酶、鋅指核酸酶或talen。

91、16.任一前述實(shí)施方案的組合物或方法，其中所述核酸酶是i、ii、iii、iv、v或vi型核酸酶，任選地是cas9或cas3。

92、17.任一前述實(shí)施方案的組合物或方法，其中將至少1x?107pfu的顆粒施用于受試者。

93、在一個(gè)實(shí)例中，將1x?108至1x?1013pfu的顆粒施用于受試者。在一個(gè)實(shí)例中，將1x108至1x?1012pfu的顆粒施用于受試者。在一個(gè)實(shí)例中，將1x?1010至1x?1012pfu的顆粒施用于受試者。

94、18.任一前述實(shí)施方案的組合物或方法，其中所述顆粒以至少0.01的moi(感染復(fù)數(shù))施用于受試者。

95、任選地，顆粒以不超過1的moi施用于受試者。任選地，顆粒以0.001至1的moi施用于受試者。任選地，顆粒以0.01至1的moi施用于受試者。任選地，顆粒以0.1至1的moi施用于受試者。

96、19.任一前述實(shí)施方案的組合物或方法，其中所述菌株或至少一種菌株是抗生素抗性菌株或mdr菌株；和/或其中所述菌株或至少一種菌株是b2-i菌株。

97、例如菌株或至少一種菌株是選自b2-i(stc131)、b2-ii、b2-ix和b2-vi的菌株。

98、例如至少一種mdr菌株對(duì)氟喹諾酮有抗性，并且菌株是產(chǎn)β-內(nèi)酰胺酶(esbl)的大腸桿菌。

99、20.實(shí)施方案19的組合物或方法，其中所述抗生素是氟喹諾酮(任選地左氧氟沙星)、碳青霉烯或萬(wàn)古霉素；和/或其中所述大腸桿菌是產(chǎn)β-內(nèi)酰胺酶(esbl)的大腸桿菌。

100、任選地，抗生素選自環(huán)丙沙星(例如ciprotm)、吉米沙星(例如factivetm)、左氧氟沙星(例如levaquintm)、莫西沙星(例如aveloxtm)和氧氟沙星。

101、例如大腸桿菌產(chǎn)生ctx-m-15。ctx-m-15是引起人感染的產(chǎn)生esbl的大腸桿菌中最豐富的酶。

102、優(yōu)選地，抗生素是氟喹諾酮(fq)。例如fq是左氧氟沙星。以商品名稱levaquintm出售的以及其他的左氧氟沙星是抗生素藥物。它用于治療多種細(xì)菌感染，包括急性細(xì)菌性鼻竇炎、肺炎、尿路感染、慢性前列腺炎和一些類型的胃腸炎。在患有長(zhǎng)期化療誘導(dǎo)的中性粒細(xì)胞減少癥的患者中，推薦左氧氟沙星預(yù)防以預(yù)防革蘭氏陰性血流感染(bsi)。然而，漸增的氟喹諾酮抗性可能減少此方法的有效性(例如clin?infect?dis.2021年10月5日；73(7):1257-1265.doi:10.1093/cid/ciab404，“colonization?with?fluoroquinolone-resistant?enterobacterales?decreases?the?effectiveness?of?fluoroquinoloneprophylaxis?in?hematopoietic?cell?transplant?recipients，michael?j?satlin等人)。本研究發(fā)現(xiàn)，在測(cè)試的患者中，接近三分之一的具有移植前氟喹諾酮抗性腸桿菌目(enterobacterales)(fqre)定殖的造血細(xì)胞移植(hct)受體，在接受左氧氟沙星預(yù)防的同時(shí)發(fā)展了革蘭氏陰性血流感染(bsi)，并且感染典型地由他們的定殖菌株引起。相反，左氧氟沙星預(yù)防在最初未定殖有fqre的患者中是高度有效的。所述作者發(fā)現(xiàn)，23％的因hct入院的患者定殖有fqre，并且大腸桿菌是占優(yōu)勢(shì)物種。接受強(qiáng)化化療的患有血液學(xué)惡性腫瘤的患者，包括經(jīng)歷造血細(xì)胞移植(hct)的那些，頻繁發(fā)展嚴(yán)重的中性粒細(xì)胞減少癥和胃腸道粘膜炎，將他們置于發(fā)展來自革蘭氏陰性腸道細(xì)菌(腸桿菌目)的血流感染(bsi)的高風(fēng)險(xiǎn)中。中性粒細(xì)胞減少癥患者經(jīng)常遭受來自由腸桿菌目引起的bsi的嚴(yán)重后果，伴隨高達(dá)15％–20％的死亡率。此外，許多氟喹諾酮抗性腸桿菌目(fqre)也攜帶超廣譜β-內(nèi)酰胺酶(esbl)；因此，盡管進(jìn)行氟喹諾酮預(yù)防仍發(fā)生的突破性感染可能對(duì)用于發(fā)熱和中性粒細(xì)胞減少癥的一線抗菌療法有抗性。最后，氟喹諾酮的不良反應(yīng)變得越來越明顯，包括艱難梭菌(clostridioides?difficile)感染、主動(dòng)脈夾層和破裂、血糖代謝障礙、肌腱病變、qt間期延長(zhǎng)和精神狀態(tài)改變。因此，僅當(dāng)氟喹諾酮可能提供臨床益處以證明這些潛在的不良反應(yīng)是合理的時(shí)，才應(yīng)將它們施用于患者。因此，盡管氟喹諾酮可能減少許多患者的革蘭氏陰性bsi的風(fēng)險(xiǎn)，但定殖有fqre的那些患者可能無(wú)法從氟喹諾酮預(yù)防中受益。

103、關(guān)于fqre定殖的高發(fā)生率和危險(xiǎn)因素的缺乏提示fqre在社區(qū)中流行。事實(shí)上，美國(guó)的門診患者之中的尿液分離株的研究證實(shí)，12％的來自年輕女性的大腸桿菌分離株和29％的來自老年女性的大腸桿菌分離株是氟喹諾酮抗性的。來自2017年的1831個(gè)尿液大腸桿菌分離株的監(jiān)測(cè)研究發(fā)現(xiàn)四分之一是fq抗性的。此外，13％-16％的經(jīng)歷經(jīng)直腸前列腺活組織檢查的男性被發(fā)現(xiàn)定殖有氟喹諾酮抗性大腸桿菌。研究中接近一半的氟喹諾酮抗性大腸桿菌分離株為st131，一種在全世界傳播的常見序列型，并且其分離株頻繁地有氟喹諾酮抗性以及是esbl產(chǎn)生者。

104、由產(chǎn)超廣譜β-內(nèi)酰胺酶(esbl)的腸桿菌科(enterobacteriaceae)(esbl-e)例如大腸桿菌引起的菌血癥與中性粒細(xì)胞減少癥患者中的經(jīng)驗(yàn)性療法不足和大量死亡率相關(guān)聯(lián)(參見例如“colonization?with?levofloxacin-resistant?extended-spectrumβ-lactamase-producing?enterobacteriaceae?and?risk?of?bacteremia?inhematopoietic?stem?cell?transplant?recipients”，satlin?mj等人，clin?infectdis.2018年11月13日；67(11):1720-1728.doi:10.1093/cid/ciy363)。所述研究發(fā)現(xiàn)移植前定殖有左氧氟沙星抗性esbl-e并且接受左氧氟沙星預(yù)防的hsct受體在中性粒細(xì)胞減少癥期間具有來自他們的定殖菌株的菌血癥的高發(fā)生率。在312個(gè)hsct受體的這項(xiàng)單中心研究中，據(jù)發(fā)現(xiàn)10％的患者在他們的移植前定殖有esbl-e。與最初未定殖有esbl-e的患者中的<1％相比，接近三分之一的具有移植前esbl-e定殖的患者在他們的移植之后在中性粒細(xì)胞減少癥的同時(shí)發(fā)展了后續(xù)的esbl-e菌血癥。此外，在所有病例中血流和胃腸道esbl-e具有相同的mlst和pfge譜，這提示這些患者從他們的定殖分離株發(fā)展了菌血癥。

105、在一個(gè)實(shí)例中，本發(fā)明的組合物或方法用于預(yù)防b2系統(tǒng)發(fā)育群大腸桿菌從受試者的胃腸道易位到血流，從而預(yù)防或降低患者的菌血癥。

106、在一個(gè)實(shí)例中，本發(fā)明的組合物或方法用于預(yù)防b2系統(tǒng)發(fā)育群大腸桿菌從受試者的尿路易位到血流，從而預(yù)防或降低患者的菌血癥。

107、在一個(gè)實(shí)例中，大腸桿菌由受試者的胃腸道包含。任選地，在這些實(shí)例中，將組合物口服施用于受試者。

108、在另一個(gè)實(shí)例中，大腸桿菌由受試者的尿路包含。例如感染是腎臟、膀胱或尿道感染。任選地，在這些實(shí)例中，將組合物例如通過導(dǎo)管施用至受試者的尿路。

109、21.任一前述實(shí)施方案的組合物或方法，其中

110、(i)核酸酶是cas，

111、(ii)各顆粒包含含有核酸的噬菌體衣殼；和

112、(iii)其中將第一類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒和第二類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒施用于受試者，其中所述第一類型的顆粒包含能夠識(shí)別并且結(jié)合第一同源部分的第一粘附部分，所述第一同源部分選自b2菌株大腸桿菌上展示的組lps、lamb和tsx，并且所述第二類型的顆粒包含能夠識(shí)別并且結(jié)合選自所述組的第二同源部分的第二粘附部分，其中所述第一粘附部分和所述第二粘附部分彼此不同。

113、22.用于治療或預(yù)防人或動(dòng)物受試者的由大腸桿菌細(xì)胞引起的感染的方法，所述方法包括向受試者施用多個(gè)轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒，其中

114、(a)各顆粒包含編碼crrna或指導(dǎo)rna的核酸，所述crrna或指導(dǎo)rna可與cas核酸酶一起操作用于細(xì)胞中的染色體靶向，其中所述施用的顆粒接觸細(xì)胞并且在其中引入核酸，其中所述crrna或指導(dǎo)rna表達(dá)并且指導(dǎo)cas核酸酶，其中所述核酸酶切割細(xì)胞的染色體，從而在受試者中殺傷細(xì)胞或者降低細(xì)胞的生長(zhǎng)或增殖；

115、(b)大腸桿菌細(xì)胞是大腸桿菌系統(tǒng)發(fā)育群b2的細(xì)胞；和

116、(c)各顆粒包含用于識(shí)別并且結(jié)合同源部分的粘附部分，所述同源部分選自在系統(tǒng)發(fā)育群b2大腸桿菌細(xì)胞的表面上展示的lps、lamb和tsx。

117、各種核酸優(yōu)選編碼包含間隔序列的多個(gè)不同的crna，所述間隔序列靶向大腸桿菌染色體基因。例如各種核酸優(yōu)選編碼包含間隔序列的多個(gè)不同的crna，所述間隔序列靶向選自fimh、bola、rpoh、lpta和mura的2、3或4種大腸桿菌染色體基因。

118、任選地，每種crrna或指導(dǎo)rna包含間隔區(qū)，其靶向選自組fimh、bola、rpoh、lpta和mura的大腸桿菌基因。任選地，各種核酸編碼多個(gè)不同的crna或指導(dǎo)rna，其中所述crna或指導(dǎo)rna靶向選自組fimh、bola、rpoh、lpta和mura的大腸桿菌基因中的至少2、3或4種(或靶向全部)。任選地，各種核酸編碼多個(gè)不同的crna或指導(dǎo)rna，其中所述crna或指導(dǎo)rna靶向fimh和bola。任選地，各種核酸編碼多個(gè)不同的crna或指導(dǎo)rna，其中所述crna或指導(dǎo)rna靶向rpoh和lpta。任選地，各種核酸編碼多個(gè)不同的crna或指導(dǎo)rna，其中所述crna或指導(dǎo)rna靶向fimh和mura。任選地，各種crrna或指導(dǎo)rna包含間隔序列，其與選自組fimh、bola、rpoh、lpta和mura的大腸桿菌基因互補(bǔ)。任選地，各種crrna或指導(dǎo)rna包含間隔序列，其與選自組seq?id?no:6-10的核苷酸序列有至少80、90或95％同一性。

119、任選地，各種核酸編碼第一crrna、第二crrna、第三crrna、第四crrna和第五crna，其中所述crna彼此不同，并且各種crrna靶向b2系統(tǒng)發(fā)育群大腸桿菌基因。任選地，各種核酸編碼第一crrna、第二crrna、第三crrna、第四crrna和第五crna，其中所述crna彼此不同，并且各種crrna與b2系統(tǒng)發(fā)育群大腸桿菌基因互補(bǔ)。任選地，各種核酸編碼第一crrna、第二crrna、第三crrna、第四crrna和第五crna，其中所述crna分別包含seq?id?no:6、seq?idno:7、seq?id?no:8、seq?id?no:9和seq?id?no:10。任選地，各種核酸編碼第一crrna、第二crrna、第三crrna、第四crrna和第五crna，其中所述crna分別包含與seq?id?no:6有至少80％同一性的核苷酸序列、與seq?id?no:7有至少80％同一性的核苷酸序列、與seq?id?no:8有至少80％同一性的核苷酸序列、與seq?id?no:9有至少80％同一性的核苷酸序列以及與seq?id?no:10有至少80％同一性的核苷酸序列。任選地，各種核酸編碼第一crrna、第二crrna、第三crrna、第四crrna和第五crna，其中所述crna分別包含與seq?id?no:6有至少90％同一性的核苷酸序列、與seq?id?no:7有至少90％同一性的核苷酸序列、與seq?id?no:8有至少90％同一性的核苷酸序列、與seq?id?no:9有至少90％同一性的核苷酸序列以及與seq?id?no:10有至少90％同一性的核苷酸序列。任選地，各種核酸編碼第一crrna、第二crrna、第三crrna、第四crrna和第五crna，其中所述crna分別包含與seq?id?no:6有至少95、96、97、98或99％同一性的核苷酸序列、與seq?id?no:7有至少95、96、97、98或99％同一性的核苷酸序列、與seq?id?no:8有至少95、96、97、98或99％同一性的核苷酸序列、與seqid?no:9有至少95、96、97、98或99％同一性的核苷酸序列以及與seq?id?no:10有至少95、96、97、98或99％同一性的核苷酸序列。

120、23.實(shí)施方案22的方法，其中所述方法是根據(jù)實(shí)施方案1-20中的任一項(xiàng)，任選地將核酸酶是細(xì)胞的內(nèi)源性核酸酶并且不是由包含于顆粒的核酸編碼除外。

121、24.一種包含多個(gè)轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒的組合物，其用于根據(jù)實(shí)施方案22或23治療或預(yù)防人或動(dòng)物受試者的由大腸桿菌細(xì)胞引起的感染的方法，其中

122、(a)各顆粒包含編碼crrna或指導(dǎo)rna的核酸，所述crrna或指導(dǎo)rna可與cas核酸酶一起操作用于細(xì)胞中的染色體靶向，其中所述施用的顆粒接觸細(xì)胞并且在其中引入核酸，其中所述crrna或指導(dǎo)rna表達(dá)并且指導(dǎo)cas核酸酶，其中所述核酸酶切割細(xì)胞的染色體，從而在受試者中殺傷細(xì)胞或者降低細(xì)胞的生長(zhǎng)或增殖；

123、(b)大腸桿菌細(xì)胞是大腸桿菌系統(tǒng)發(fā)育群b2的細(xì)胞；和

124、(c)各顆粒包含用于識(shí)別并且結(jié)合同源部分的粘附部分，所述同源部分選自在系統(tǒng)發(fā)育群b2大腸桿菌細(xì)胞的表面上展示的lps、lamb和tsx。

125、25.檢測(cè)樣品中b2系統(tǒng)發(fā)育群大腸桿菌的存在的方法，所述方法包括使包含b2系統(tǒng)發(fā)育群大腸桿菌的樣品與包含多個(gè)轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒的組合物接觸，其中

126、(a)各顆粒包含編碼用于靶向所述大腸桿菌細(xì)胞的基因組的核酸酶的核酸，其中所述施用的顆粒接觸細(xì)胞并且在其中引入核酸，其中所述核酸酶在細(xì)胞中表達(dá)并且切割細(xì)胞的基因組dna，從而在受試者中殺傷細(xì)胞或者降低細(xì)胞的生長(zhǎng)或增殖；

127、(b)各顆粒包含用于識(shí)別并且結(jié)合同源部分的粘附部分，所述同源部分選自在系統(tǒng)發(fā)育群b2大腸桿菌細(xì)胞的表面上展示的lps、lamb和tsx；和

128、(c)所述方法包括檢測(cè)b2系統(tǒng)發(fā)育群大腸桿菌細(xì)胞被殺傷或者使其生長(zhǎng)或增殖降低。

129、26.檢測(cè)樣品中b2系統(tǒng)發(fā)育群大腸桿菌的存在的方法，所述方法包括使包含b2系統(tǒng)發(fā)育群大腸桿菌的樣品與包含多個(gè)轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒的組合物接觸，其中

130、(a)各顆粒包括包含或編碼可檢測(cè)標(biāo)記的核酸，其中所述施用的顆粒接觸細(xì)胞并且在其中引入核酸，其中任選地所述標(biāo)記在細(xì)胞中表達(dá)；

131、(b)各顆粒包含用于識(shí)別并且結(jié)合同源部分的粘附部分，所述同源部分選自在系統(tǒng)發(fā)育群b2大腸桿菌細(xì)胞的表面上展示的lps、lamb和tsx；和

132、(c)所述方法包括檢測(cè)包含標(biāo)記的b2系統(tǒng)發(fā)育群大腸桿菌細(xì)胞。

133、27.實(shí)施方案26或27的方法，其中所述組合物包含實(shí)施方案1、2-21、24和25中任一項(xiàng)的組合物的特征。

134、28.實(shí)施方案26-28中任一項(xiàng)的方法，其中所述大腸桿菌包含選自組st131、st1193、st648、st315、st405、st361、st88和st453的一種或多種大腸桿菌菌株。

135、29.實(shí)施方案26-29中任一項(xiàng)的方法，其中所述樣品是患者樣品(例如血液、尿液、糞便或唾液樣品)，其中所述受試者是移植或癌癥患者(任選地是血液學(xué)癌癥患者)，或者其中所述患者患有尿路感染(uti)或處于尿路感染(uti)的風(fēng)險(xiǎn)中；并且任選地其中所述移植是實(shí)體器官或干細(xì)胞移植(任選地造血細(xì)胞移植)。

136、30.實(shí)施方案26-30中任一項(xiàng)的方法，其中所述各顆粒的核酸包含編碼所述核酸酶的核苷酸序列(n1)，或者包含或編碼標(biāo)記，其中所述各顆粒是合成t-偶數(shù)噬菌體(任選地t4噬菌體)，其包含噬菌體的基因組內(nèi)的n1插入，其中區(qū)域位于pin(蛋白酶抑制劑)基因和ipii(內(nèi)部蛋白質(zhì))基因之間。

137、31.實(shí)施方案26-31中任一項(xiàng)的方法，其中使至少1x?107pfu的顆粒與樣品接觸。

138、32.實(shí)施方案26-32中任一項(xiàng)的方法，其中使所述顆粒以至少0.01的moi(感染復(fù)數(shù))與樣品接觸。

139、用于檢測(cè)方法的標(biāo)記對(duì)于技術(shù)人員是常規(guī)的。標(biāo)記可以例如是熒光標(biāo)記，例如gfp。樣品可以是血液、唾沫、痰涎或細(xì)胞樣品。

140、概念

141、本發(fā)明還提供完全得到實(shí)施例2支持的以下概念。所有概念都可以與本文公開的任何其它特征組合。

142、患有血液學(xué)惡性腫瘤的患者頻繁由于大腸桿菌和其它細(xì)菌從腸道易位而發(fā)展血流感染。預(yù)防這些感染的抗生素治療對(duì)微生物組和免疫緊張度具有有害作用，并且通過增加抗生素抗性，特別是針對(duì)氟喹諾酮的抗生素抗性而進(jìn)一步被阻礙。如實(shí)施例2中所描述的，概念的組合物可以靶向生物被膜中的細(xì)菌、降低噬菌體耐受性大腸桿菌的出現(xiàn)并且在共培養(yǎng)實(shí)驗(yàn)中勝過它們的祖先野生型噬菌體。提供具有跨越大腸桿菌系統(tǒng)發(fā)育的寬泛宿主范圍的組合物，所述寬泛宿主范圍包括多重耐藥性菌株(b2系統(tǒng)發(fā)育群)。根據(jù)概念，包含不同顆粒的組合物可能令人驚訝地與個(gè)別組成顆粒相比更好地降低鼠腸道中的大腸桿菌載量。概念的組合物、方法和劑量發(fā)現(xiàn)有選擇性地殺傷可能引起血液學(xué)癌癥、移植或uti患者的致命感染的大腸桿菌的效用。所述組合物、方法和劑量還發(fā)現(xiàn)有治療或預(yù)防大腸桿菌血流感染的效用。

143、為此，提供：-

144、概念a：

145、包含多個(gè)不同類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒的組合物，其中所述顆粒各自包含核酸，并且所述顆粒能夠接觸大腸桿菌細(xì)胞并且在其中引入核酸，其中

146、(a)各顆粒的所述核酸包含編碼感興趣的產(chǎn)物(poi)的核苷酸序列，其中所述核酸能夠在大腸桿菌細(xì)胞中表達(dá)poi；

147、(b)各顆粒包含用于識(shí)別并且結(jié)合同源部分的粘附部分，所述同源部分選自在大腸桿菌細(xì)胞的表面上展示的lps、lamb和tsx(任選地選自lps和tsx)；和

148、(c)所述多個(gè)不同類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒包含(i)包含lps粘附部分的第一類型的顆粒；和(ii)包含tsx粘附部分的第二類型的顆粒。

149、概念b：

150、包含多個(gè)轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒的組合物，其用于治療或預(yù)防人或動(dòng)物受試者的由大腸桿菌細(xì)胞引起的感染的方法，其中所述方法包括將顆粒施用于受試者，其中

151、(a)各顆粒包含編碼用于靶向大腸桿菌細(xì)胞的基因組的核酸酶的核酸，其中所述施用的顆粒接觸細(xì)胞并且在其中引入核酸，其中所述核酸酶在細(xì)胞中表達(dá)并且切割細(xì)胞的基因組dna，從而在受試者中殺傷細(xì)胞或者降低細(xì)胞的生長(zhǎng)或增殖；

152、(b)大腸桿菌細(xì)胞是大腸桿菌系統(tǒng)發(fā)育群b2的細(xì)胞；和

153、(c)各顆粒包含用于識(shí)別并且結(jié)合同源部分的粘附部分，所述同源部分選自在系統(tǒng)發(fā)育群b2大腸桿菌細(xì)胞的表面上展示的lps、lamb和tsx(任選地選自lps和tsx)。

154、概念c：

155、包含多個(gè)轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒的組合物，其用于治療或預(yù)防人或動(dòng)物受試者的由大腸桿菌細(xì)胞(任選地b2系統(tǒng)發(fā)育群大腸桿菌細(xì)胞)引起的感染的方法中，其中所述方法包括將顆粒施用于受試者，其中(a)各顆粒包含編碼用于靶向大腸桿菌細(xì)胞的基因組的核酸酶的核酸，其中所述施用的顆粒接觸細(xì)胞并且在其中引入核酸，其中所述核酸酶在細(xì)胞中表達(dá)并且切割細(xì)胞的基因組dna，從而在受試者中殺傷細(xì)胞或者降低細(xì)胞的生長(zhǎng)或增殖；和

156、(b)組合物包含的各顆粒是t-偶數(shù)噬菌體衣殼；任選地是t2噬菌體、t2樣噬菌體、rb69噬菌體或rb69樣噬菌體的衣殼。

157、以下特征是可與上文的概念或者本文的任何其它配置、實(shí)例、實(shí)施方案或選項(xiàng)組合的任選特征。

158、任選地，

159、a：第一類型的各顆粒包含lps粘附部分和lamb粘附部分；

160、b：第一類型的各顆粒包含lps粘附部分和tsx粘附部分；或

161、c：第二類型的各顆粒包含tsx粘附部分，但缺乏lamb和lps粘附部分。

162、任選地，組合物包含根據(jù)a、b和c的顆粒。

163、任選地，各顆粒包含含有核酸的噬菌體衣殼。在一個(gè)實(shí)施方案中，衣殼包含t-偶數(shù)(任選地t2)或λ噬菌體的衣殼蛋白。

164、任選地，組合物包含的各顆粒的衣殼是t-偶數(shù)噬菌體衣殼；任選地包含t2噬菌體、t2樣噬菌體、rb69噬菌體或rb69樣噬菌體的衣殼。

165、任選地，各顆粒是噬菌體(任選地裂解性噬菌體)或包裝的噬菌粒。

166、任選地，組合物包含至少3或4種不同類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒。在一個(gè)實(shí)施方案中，組合物具有4種(但不超過4種)不同類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒。

167、任選地，各顆粒的核酸包含編碼所述poi的至少一個(gè)核苷酸序列(n1)，其中各顆粒是合成t-偶數(shù)噬菌體，其包含噬菌體的基因組的修飾允許區(qū)(modification?permissiveregion)(mpr)內(nèi)的n1插入，其中當(dāng)與參考野生型t2噬菌體相比時(shí)，mpr緊接在基因49之后并且朝向基因e。核酸可以包含噬菌體dna在mpr中的dna缺失。插入可以包含至多5000、6000、7000或8000bp的dna和/或缺失包含至多5000、6000、7000或8000bp的dna。mpr可以包含在所述基因49和基因e之間的連續(xù)dna，其中所述連續(xù)dna的長(zhǎng)度為至少1000bp；或者其中所述mpr包含在所述基因49和基因e之間的至少100bp的dna。

168、任選地，本文中的t-偶數(shù)噬菌體是選自t2、t4或t6噬菌體的噬菌體；或者包含與所述選擇噬菌體的基因組有至少95％同一性的基因組。所述百分比可以是至少96、97、98或99％。

169、權(quán)利要求8-11中任一項(xiàng)所述的組合物，其中所述合成噬菌體基因組包含坐標(biāo)9000和21000之間的所述插入，其中當(dāng)與參考野生型t2噬菌體相比時(shí)，所述坐標(biāo)是從緊接在基因49之后的核苷酸(坐標(biāo)編號(hào)1)朝向基因e計(jì)數(shù)的核苷酸位置。任選地，插入在坐標(biāo)10300和19800之間，例如參考t2基因組在10359和19810之間。

170、任選地，插入處于選自以下窗口的窗口中(編號(hào)是參考t2基因組的坐標(biāo))：-9000-21000；10000-21000、10100-21000、10200-21000、10300-21000、10400-21000、10500-21000、11000-21000、15000-21000；

171、9000-20000；10000-20000、10100-20000、10200-20000、10300-20000、10400-20000、10500-20000、11000-20000、15000-20000；

172、9000-19500；10000-19500、10100-19500、10200-19500、10300-19500、10400-19500、10500-19500、11000-19500、15000-19500；

173、9000-19000；10000-19000、10100-19000、10200-19000、10300-19000、10400-19000、10500-19000、11000-19000、15000-19000；

174、9000-18000；10000-18000、10100-18000、10200-18000、10300-18000、10400-18000、10500-18000、11000-18000和15000-18000。

175、任選地，核酸酶是dsdna核酸酶，即能夠切割dsdna。任選地，核酸酶是切口酶，例如cas9切口酶。

176、在一個(gè)實(shí)施方案中，poi是蛋白質(zhì)。在一個(gè)實(shí)施方案中，poi是rna，例如crrna。

177、任選地，poi包含

178、(a)用于靶向大腸桿菌細(xì)胞的dna的核酸酶，其中所述核酸酶能夠在細(xì)胞中表達(dá)，用于切割細(xì)胞的dna，從而修飾或殺傷細(xì)胞；或

179、(b)用于靶向大腸桿菌細(xì)胞的dna的死亡cas(dead?cas)(dcas)，其中所述dcas能夠在細(xì)胞中表達(dá)并且靶向細(xì)胞的dna，從而修飾細(xì)胞。

180、任選地，當(dāng)(a)適用時(shí)，所述核酸酶是指導(dǎo)的核酸酶，任選地是cas、大范圍核酸酶、鋅指核酸酶或talen；或當(dāng)(b)適用時(shí)，dcas是dcas9。

181、核酸酶可以是i、ii、iii、iv、v或vi型cas核酸酶，任選地是cas9或cas3。

182、在一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，核酸包含(任選地以5’至3’次序)cas3基因(ygcb)和同源級(jí)聯(lián)基因復(fù)合物，其包含casa(ygcl，cas8e)、casb(ygck，cas11)、casc(ygcj，cas7)、casd(ygci，cas5)和case(ygch，cas6)，以及任選地編碼靶向大腸桿菌基因組的指導(dǎo)rna的crispr陣列或核苷酸序列。

183、在一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，poi包含至少一種crrna或指導(dǎo)rna，其可與cas一起操作用于大腸桿菌細(xì)胞中的dna靶向。任選地，各種crna或指導(dǎo)rna包含與大腸桿菌原間隔序列互補(bǔ)的間隔序列；任選地包含b2系統(tǒng)發(fā)育群大腸桿菌細(xì)胞或選自組st131、st1193、st648、st315、st405、st361、st88和st453的菌株的大腸桿菌細(xì)胞的原間隔區(qū)。

184、各種核酸優(yōu)選編碼包含間隔序列的多個(gè)不同的crna，所述間隔序列靶向大腸桿菌染色體基因。例如各種核酸優(yōu)選編碼包含間隔序列的多個(gè)不同的crna，所述間隔序列靶向選自fimh、bola、rpoh、lpta和mura的2、3或4種大腸桿菌染色體基因。在一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明的組合物包含靶向大腸桿菌基因bola、rpoh和fimh的一種類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒。另外地或備選地，本發(fā)明的組合物包含靶向大腸桿菌基因lpta和mura的一種類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒。任選地，組合物包含靶向大腸桿菌基因bola、rpoh和fimh的第一類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒；以及靶向大腸桿菌基因lpta和mura的第二類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒。任選地，第一類型的顆粒是根據(jù)本文的任何其它第一類型的顆粒，其包含lps粘附部分(例如包含lps和tsx粘附部分)。任選地，第二類型的顆粒是根據(jù)本文的任何其它第一類型的顆粒，其包含tsx粘附部分。任選地，第二類型的顆粒包含lps粘附部分(例如包含lps和lamb粘附部分)。

185、原間隔序列可以包含于選自大腸桿菌基因fimh、bola、rpoh、lpta和mura的基因。

186、在一個(gè)實(shí)施方案中，組合物的顆粒靶向大腸桿菌基因fimh、bola、rpoh、lpta和mura中的全部。

187、編碼poi的核苷酸序列可以包含應(yīng)激階段激活型(stress-phase?active)(spa)啟動(dòng)子用于在大腸桿菌細(xì)胞中表達(dá)poi。啟動(dòng)子可以是大腸桿菌bola啟動(dòng)子。啟動(dòng)子可以包含seq?id?no:13。

188、在一個(gè)實(shí)施方案中，大腸桿菌細(xì)胞包含在人或動(dòng)物中引起膿毒病、敗血病或腹瀉的大腸桿菌菌株。

189、任選地，大腸桿菌細(xì)胞是胃腸道細(xì)胞。任選地，大腸桿菌細(xì)胞包含于腸道微生物組。任選地，大腸桿菌細(xì)胞包含于受試者的血液。任選地，大腸桿菌細(xì)胞包含于受試者的尿路。任選地，大腸桿菌細(xì)胞包含于選自胃腸道(例如胃)、血液、尿路、口、鼻、眼、耳、皮膚、肛門或毛發(fā)微生物組的微生物組。

190、在一個(gè)實(shí)施方案中，組合物用于治療或預(yù)防人或動(dòng)物受試者的由大腸桿菌細(xì)胞引起的感染的方法，其中所述方法包括將顆粒施用于受試者。

191、任選地，所述方法用于預(yù)防b2系統(tǒng)發(fā)育群大腸桿菌從受試者的胃腸道或尿路易位到受試者的血流，從而預(yù)防或降低受試者的菌血癥。

192、任選地，所述方法用于預(yù)防處于發(fā)熱性中性粒細(xì)胞減少癥的風(fēng)險(xiǎn)中的受試者的大腸桿菌感染。受試者可以是癌癥患者，例如血液學(xué)癌癥患者。感染可以是受試者的血流感染。因此，在一個(gè)實(shí)施方案中，所述方法用于預(yù)防處于發(fā)熱性中性粒細(xì)胞減少癥的風(fēng)險(xiǎn)中的受試者的血流大腸桿菌感染，其中所述受試者是人癌癥患者，例如血液學(xué)癌癥患者。

193、提供：-

194、治療或預(yù)防人或動(dòng)物受試者的膿毒病、敗血病或腹瀉的方法，所述方法包括將本文所描述的組合物(例如概念a、b或c的組合物)施用于受試者，其中所述大腸桿菌細(xì)胞包含在人或動(dòng)物中引起膿毒病、敗血病或腹瀉的大腸桿菌菌株。

195、治療或預(yù)防人或動(dòng)物受試者的由大腸桿菌細(xì)胞引起的感染的方法，其中所述方法包括將本文所描述的組合物(例如概念a、b或c的組合物)施用于受試者，其中所述感染被治療或預(yù)防。

196、感染可以被降低或消除。感染可以降低至少20、30、40、50、60l?70、80或90％。

197、受試者可以是移植或癌癥患者(任選地血液學(xué)癌癥患者)，或者其中所述患者患有尿路感染(uti)或處于尿路感染(uti)的風(fēng)險(xiǎn)中。任選地，移植是實(shí)體器官或干細(xì)胞移植(任選地造血細(xì)胞移植)或其中移植是醫(yī)療裝置的移植。受試者可能患有血液學(xué)癌癥，例如白血病。受試者(例如癌癥患者)可能處于中性粒細(xì)胞減少癥的風(fēng)險(xiǎn)中或可能患有中性粒細(xì)胞減少癥。優(yōu)選地，受試者患有血液學(xué)癌癥，例如白血病，并且處于中性粒細(xì)胞減少癥的風(fēng)險(xiǎn)中或患有中性粒細(xì)胞減少癥。

198、任選地，所述方法在受試者接受移植物或所述移植之前進(jìn)行。移植可以是干細(xì)胞移植，例如當(dāng)受試者是癌癥患者時(shí)。

199、組合物或方法可以用于預(yù)防人受試者中的溶血性尿毒癥綜合征(hus)、uti感染、膿毒病、敗血病或腹瀉。

200、在用于方法或本文所描述的任何方法的組合物中，將至少1x?107pfu的顆粒施用于受試者。還提供本文所描述的組合物的劑量，其中所述劑量為至少1x107pfu的所述顆粒的劑量。例如劑量為至少1x?107、1x?108、1x?109、1x?1010或1x?1011pfu的所述顆粒。例如劑量為1x?107、2x?109或2x?1011pfu的所述顆粒。例如劑量為1x?107至2x?1011pfu的所述顆粒。例如劑量為1x?107至2x1011pfu的所述顆粒/克受試者的體重。在所述方法中，大腸桿菌可以降低至少3或4log10?cfu/g受試者的體重。

201、劑量可以包含于醫(yī)療裝置或容器中，例如用于口服或靜脈內(nèi)施用。裝置可以是靜脈內(nèi)裝置、注射器或包含注射針。裝置或容器可以是無(wú)菌的。

202、任選地，顆粒以至少0.01的moi(感染復(fù)數(shù))施用于受試者。例如moi為至少0.1或1。

203、優(yōu)選地，大腸桿菌細(xì)胞包含至少一種為抗生素抗性或mdr菌株的菌株；和/或至少一種b2-i菌株。任選地，抗生素是氟喹諾酮(任選地是左氧氟沙星)、碳青霉烯或萬(wàn)古霉素；和/或其中大腸桿菌細(xì)胞包含產(chǎn)β-內(nèi)酰胺酶(esbl)的大腸桿菌。

204、在一個(gè)實(shí)施方案中，

205、(i)組合物包含根據(jù)a、b和c的第一和第二類型的顆粒

206、a：第一類型的各顆粒包含lps粘附部分和lamb粘附部分；

207、b：第一類型的各顆粒包含lps粘附部分和tsx粘附部分；或

208、c：第二類型的各顆粒包含tsx粘附部分，但缺乏lamb和lps粘附部分；

209、(ii)poi包含用于靶向大腸桿菌細(xì)胞的dna的指導(dǎo)的核酸酶，其中所述核酸酶能夠在細(xì)胞中表達(dá)，用于切割細(xì)胞的dna，從而修飾或殺傷細(xì)胞；

210、(iii)各顆粒包含含有核酸的噬菌體衣殼；和

211、(iv)組合物的顆粒靶向多個(gè)不同的大腸桿菌基因，任選地所述大腸桿菌基因選自必需基因和毒力基因。

212、提供：-

213、檢測(cè)樣品中大腸桿菌(任選地b2系統(tǒng)發(fā)育群大腸桿菌細(xì)胞)的存在的方法，所述方法包括

214、(a)使樣品與本文所描述的組合物(例如根據(jù)概念a、b或c)接觸；和

215、(b)檢測(cè)大腸桿菌細(xì)胞被殺傷或者使其生長(zhǎng)或增殖降低。

216、檢測(cè)樣品中大腸桿菌(任選地b2系統(tǒng)發(fā)育群大腸桿菌細(xì)胞)的存在的方法，所述方法包括

217、(a)使樣品與本文所描述的組合物(例如根據(jù)概念a、b或c)接觸；其中所述組合物的顆粒包含含有或編碼可檢測(cè)標(biāo)記的核酸，其中所述顆粒接觸細(xì)胞并且在其中引入核酸，其中任選地所述標(biāo)記在細(xì)胞中表達(dá)；和

218、(b)檢測(cè)包含標(biāo)記的大腸桿菌細(xì)胞。

219、用于修飾大腸桿菌細(xì)胞的基因組的方法，所述方法包括使細(xì)胞與本文所描述的組合物(例如根據(jù)概念a、b或c)接觸，其中將編碼poi的核酸引入細(xì)胞內(nèi)，從而修飾細(xì)胞的基因組。

220、當(dāng)poi是核酸酶時(shí)，核酸酶在細(xì)胞中表達(dá)并且切割細(xì)胞的基因組dna，從而在受試者中殺傷細(xì)胞或者降低細(xì)胞的生長(zhǎng)或增殖。

221、用于治療或預(yù)防人或動(dòng)物受試者的由大腸桿菌細(xì)胞引起的感染的方法，所述方法包括將本文所描述的組合物(例如根據(jù)概念a、b或c)施用于受試者。

222、任選地，樣品是患者樣品(例如血液、尿液、糞便或唾液樣品)，其中所述受試者是移植或癌癥患者(任選地是血液學(xué)癌癥患者)，或者其中所述患者患有尿路感染(uti)或處于尿路感染(uti)的風(fēng)險(xiǎn)中；并且任選地其中所述移植是實(shí)體器官或干細(xì)胞移植(任選地造血細(xì)胞移植)。

223、在一個(gè)實(shí)施方案中，本文的方法可以在體外進(jìn)行。在一個(gè)實(shí)施方案中，本文的方法可以離體進(jìn)行。

224、任選地，使至少1x?107pfu的顆粒與樣品接觸。任選地，使上文所描述的pfu的顆粒與樣品接觸。

225、任選地，使顆粒以至少0.01的moi(感染復(fù)數(shù))與樣品接觸。

226、任選地，包含于組合物的各顆粒包含t-偶數(shù)噬菌體衣殼；任選地包含t2噬菌體、t2樣噬菌體、rb69噬菌體或rb69樣噬菌體的衣殼。各顆?？梢园瑃偶數(shù)病毒亞科(tevenvirinae)噬菌體的衣殼。各顆?？梢允切揎椀膖偶數(shù)病毒亞科噬菌體，其包含編碼poi或所述核酸酶的核苷酸序列的基因組插入(并且當(dāng)核酸酶是cas時(shí)任選地包含同源crrna)。

227、各顆?？梢允鞘删w或包裝的噬菌粒。優(yōu)選地，噬菌體是裂解性噬菌體。在另一個(gè)實(shí)施方案中，噬菌體可以是非裂解性噬菌體。在另一個(gè)實(shí)施方案中，噬菌體可以是溫和噬菌體。

228、任選地，噬菌體是修飾的t2噬菌體、t2樣噬菌體、rb69噬菌體或rb69樣噬菌體。優(yōu)選地，噬菌體是t2樣噬菌體或rb69樣噬菌體。優(yōu)選地，各顆粒是修飾的第一噬菌體，其中所述第一噬菌體的基因組與野生型t2或rb69的基因組有至少95、96、97、98或99％同一性(按核苷酸序列同一性)。優(yōu)選地，所述百分比為至少95％。優(yōu)選地，噬菌體基因組之間的百分比同一性通過mash分析使用17和1000的kmer大小進(jìn)行測(cè)定。

229、任選地，組合物包含至少3或4種不同類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒，其中所述類型具有用于識(shí)別并且結(jié)合包含于大腸桿菌細(xì)胞的同源部分的不同的粘附部分。

230、任選地，細(xì)胞包含b2系統(tǒng)發(fā)育群大腸桿菌。細(xì)胞優(yōu)選為致病細(xì)胞。細(xì)胞優(yōu)選對(duì)受試者是致病性的。細(xì)胞可以介導(dǎo)受試者的疾病或狀況。

231、在一個(gè)實(shí)施方案中，

232、(i)核酸酶是用于靶向大腸桿菌細(xì)胞的dna的指導(dǎo)的核酸酶，其中所述核酸酶能夠在細(xì)胞中表達(dá)，用于切割細(xì)胞的dna，從而殺傷細(xì)胞；

233、(ii)各顆粒包含含有核酸的噬菌體衣殼；和

234、(iii)組合物的顆粒靶向多個(gè)不同的大腸桿菌基因，其任選地選自必需基因和毒力基因；和

235、(iv)任選地組合物包含

236、a：包含lps粘附部分和lamb粘附部分(并且缺乏tsx)的顆粒；

237、b：包含lps粘附部分和tsx粘附部分的顆粒；或

238、c：：包含tsx粘附部分但缺乏lamb和lps粘附部分的顆粒。

239、核酸酶可以是cas核酸酶，并且核酸編碼至少一種crrna或指導(dǎo)rna，其可與cas一起操作用于大腸桿菌細(xì)胞中的dna靶向。各種crna或指導(dǎo)rna可以包含間隔序列，所述間隔序列與以下互補(bǔ)：大腸桿菌原間隔序列；任選地b2系統(tǒng)發(fā)育群大腸桿菌細(xì)胞或選自組st131、st1193、st648、st315、st405、st361、st88和st453的菌株的大腸桿菌細(xì)胞的原間隔區(qū)。各原間隔序列可以包含于選自大腸桿菌基因fimh、bola、rpoh、lpta和mura的基因。

240、任選地，組合物的顆粒靶向至少一種毒力基因和至少一種必需基因。任選地，組合物的顆粒靶向選自毒力基因和必需基因的至少三種基因。任選地，組合物的顆粒靶向大腸桿菌基因fimh、bola、rpoh、lpta和mura中的全部。

241、poi或核酸酶或crrna的表達(dá)可以處于應(yīng)激階段激活型(spa)啟動(dòng)子的控制下。任選地，啟動(dòng)子是大腸桿菌bola啟動(dòng)子或包含seq?id?no:13。另外地或備選地，poi或核酸酶或crrna的表達(dá)可以處于大腸桿菌啟動(dòng)子pj23100(seq?id?no:14)的控制下，所述啟動(dòng)子例如具有與seq?id?no:14有至少80、90、95、96、97、98或99％同一性的核苷酸序列的啟動(dòng)子。例如啟動(dòng)子具有seq?id?no:16的核苷酸序列。

242、本文中的間隔區(qū)可以與包含于顆粒的核酸中的直接重復(fù)序列相鄰。例如重復(fù)具有seq?id?no:15的序列(或與seq?id?no:15相比具有至多5、4、3或2個(gè)核苷酸改變的所述序列)。

243、在一個(gè)實(shí)施方案中，poi或核酸酶或crrna的表達(dá)可以處于第一啟動(dòng)子的控制下，并且一個(gè)粘附部分/多個(gè)粘附部分的表達(dá)處于不同于第一啟動(dòng)子的第二啟動(dòng)子的控制下。

244、本文中的粘附部分位于同源顆粒的外表面。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述部分包含于顆粒的尾纖維、刺突或衣殼，優(yōu)選尾纖維。

245、提供以下段落。

246、段落：

247、1.包含多個(gè)轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒的組合物，其用于治療或預(yù)防人或動(dòng)物受試者的由大腸桿菌細(xì)胞引起的感染的方法，其中所述方法包括將顆粒施用于受試者，其中

248、(a)各顆粒包含編碼用于靶向大腸桿菌細(xì)胞的基因組的核酸酶的核酸，其中所述施用的顆粒接觸細(xì)胞并且在其中引入核酸，其中所述核酸酶在細(xì)胞中表達(dá)并且切割細(xì)胞的基因組dna，從而在受試者中殺傷細(xì)胞或者降低細(xì)胞的生長(zhǎng)或增殖；

249、(b)大腸桿菌細(xì)胞是大腸桿菌系統(tǒng)發(fā)育群b2的細(xì)胞；和

250、(c)各顆粒包含用于識(shí)別并且結(jié)合同源部分的粘附部分，所述同源部分選自在系統(tǒng)發(fā)育群b2大腸桿菌細(xì)胞的表面上展示的lps、lamb和tsx。

251、2.用于治療或預(yù)防人或動(dòng)物受試者的由大腸桿菌細(xì)胞引起的感染的方法，所述方法包括向受試者施用多個(gè)轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒，其中所述方法包括將顆粒施用于受試者，其中

252、(a)各顆粒包含編碼用于靶向大腸桿菌細(xì)胞的基因組的核酸酶的核酸，其中所述施用的顆粒接觸細(xì)胞并且在其中引入核酸，其中所述核酸酶在細(xì)胞中表達(dá)并且切割細(xì)胞的基因組dna，從而在受試者中殺傷細(xì)胞或者降低細(xì)胞的生長(zhǎng)或增殖；

253、(b)大腸桿菌細(xì)胞是大腸桿菌系統(tǒng)發(fā)育群b2的細(xì)胞；和

254、(c)各顆粒包含用于識(shí)別并且結(jié)合同源部分的粘附部分，所述同源部分選自在系統(tǒng)發(fā)育群b2大腸桿菌細(xì)胞的表面上展示的lps、lamb和tsx。

255、3.段落1或2的組合物或方法分別地，其中所述方法用于治療或預(yù)防由選自組st131、st1193、st648、st315、st405、st361、st88和st453的大腸桿菌菌株引起的受試者感染。

256、4.任一前述段落的組合物或方法，其中所述方法用于治療或預(yù)防由多個(gè)不同的系統(tǒng)發(fā)育群b2大腸桿菌菌株引起的受試者感染；任選地其中所述多個(gè)包含大腸桿菌st131和st1193細(xì)胞。

257、5.任一前述段落的組合物或方法，其中所述受試者是移植或癌癥患者(任選地血液學(xué)癌癥患者)，或者其中所述患者患有尿路感染(uti)或處于尿路感染(uti)的風(fēng)險(xiǎn)中；并且任選地其中所述移植是實(shí)體器官或干細(xì)胞移植(任選地造血細(xì)胞移植)，或者其中所述移植是醫(yī)療裝置的移植。

258、6.任一前述段落的組合物或方法，其中所述方法在受試者接受移植之前進(jìn)行。

259、7.任一前述段落的組合物或方法，其中所述b2大腸桿菌細(xì)胞包含引起人的膿毒病、敗血病或腹瀉的大腸桿菌菌株。

260、8.任一前述段落的組合物或方法，其用于預(yù)防受試者的溶血性尿毒癥綜合征(hus)、uti感染、膿毒病、敗血病或腹瀉。

261、9.任一前述段落的組合物或方法，其中各顆粒包含含有核酸的噬菌體衣殼；任選地其中所述衣殼包含t-偶數(shù)(任選地t4)或λ噬菌體的衣殼蛋白。

262、10.任一前述段落的組合物或方法，其中各顆粒是噬菌體(任選地裂解性噬菌體)或包裝的噬菌粒。

263、11.任一前述段落的組合物或方法，其中將至少2、3或4種不同類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒施用于受試者。

264、12.任一前述段落的組合物或方法，其中將第一類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒和第二類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒施用于受試者，其中所述第一類型的顆粒包含能夠識(shí)別并且結(jié)合第一同源部分的第一粘附部分，所述第一同源部分選自b2大腸桿菌上展示的組lps、lamb和tsx，并且所述第二類型的顆粒包含能夠識(shí)別并且結(jié)合選自所述組的第二同源部分的第二粘附部分，其中所述第一粘附部分和第二粘附部分彼此不同。

265、13.段落12的組合物或方法，其中第一和第二同源部分彼此不同。

266、14.任一前述段落的組合物或方法，其中各顆粒的核酸包含編碼所述核酸酶的核苷酸序列(n1)，其中各顆粒是合成t-偶數(shù)噬菌體(任選地是t4噬菌體)，其包含噬菌體的基因組內(nèi)的n1插入，其中區(qū)域位于pin(蛋白酶抑制劑)基因和ipii(內(nèi)部蛋白質(zhì))基因之間。

267、15.任一前述段落的組合物或方法，其中所述核酸酶是指導(dǎo)的核酸酶，任選地是cas、大范圍核酸酶、鋅指核酸酶或talen。

268、16.任一前述段落的組合物或方法，其中所述核酸酶是i、ii、iii、iv、v或vi型核酸酶，任選地是cas9或cas3。

269、17.任一前述段落的組合物或方法，其中將至少1x?107pfu的顆粒施用于受試者。

270、18.任一前述段落的組合物或方法，其中所述顆粒以至少0.01的moi(感染復(fù)數(shù))施用于受試者。

271、19.任一前述段落的組合物或方法，其中所述菌株或至少一種菌株是抗生素抗性或mdr菌株；和/或其中所述菌株或至少一種菌株是b2-i菌株。

272、20.段落19的組合物或方法，其中所述抗生素是氟喹諾酮(任選地左氧氟沙星)、碳青霉烯或萬(wàn)古霉素；和/或其中所述大腸桿菌是產(chǎn)β-內(nèi)酰胺酶(esbl)的大腸桿菌。

273、21.任一前述段落的組合物或方法，其中

274、(i)核酸酶是cas，

275、(ii)各顆粒包含含有核酸的噬菌體衣殼；和

276、(iii)其中將第一類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒和第二類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒施用于受試者，其中所述第一類型的顆粒包含能夠識(shí)別并且結(jié)合第一同源部分的第一粘附部分，所述第一同源部分選自b2菌株大腸桿菌上展示的組lps、lamb和tsx，并且所述第二類型的顆粒包含能夠識(shí)別并且結(jié)合選自所述組的第二同源部分的第二粘附部分，其中第一和第二粘附部分彼此不同。

277、22.用于治療或預(yù)防人或動(dòng)物受試者的由大腸桿菌細(xì)胞引起的感染的方法，所述方法包括將多個(gè)轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒施用于受試者，其中

278、(a)各顆粒包含編碼crrna或指導(dǎo)rna的核酸，所述crrna或指導(dǎo)rna可與cas核酸酶一起操作用于細(xì)胞中的染色體靶向，其中所述施用的顆粒接觸細(xì)胞并且在其中引入核酸，其中所述crrna或指導(dǎo)rna表達(dá)并且指導(dǎo)cas核酸酶，其中所述核酸酶切割細(xì)胞的染色體，從而在受試者中殺傷細(xì)胞或者降低細(xì)胞的生長(zhǎng)或增殖；

279、(b)大腸桿菌細(xì)胞是大腸桿菌系統(tǒng)發(fā)育群b2的細(xì)胞；和

280、(c)各顆粒包含用于識(shí)別并且結(jié)合同源部分的粘附部分，所述同源部分選自在系統(tǒng)發(fā)育群b2大腸桿菌細(xì)胞的表面上展示的lps、lamb和tsx。

281、23.段落22的方法，其中所述方法根據(jù)段落1-20中的任一項(xiàng)，任選地所述核酸酶是細(xì)胞的內(nèi)源性核酸酶并且不是由包含于顆粒的核酸編碼除外。

282、24.包含多個(gè)轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒的組合物，其用于根據(jù)段落22或23所述的治療或預(yù)防人或動(dòng)物受試者的由大腸桿菌細(xì)胞引起的感染的方法，其中

283、(a)各顆粒包含編碼crrna或指導(dǎo)rna的核酸，所述crrna或指導(dǎo)rna可與cas核酸酶一起操作用于細(xì)胞中的染色體靶向，其中所述施用的顆粒接觸細(xì)胞并且在其中引入核酸，其中所述crrna或指導(dǎo)rna表達(dá)并且指導(dǎo)cas核酸酶，其中所述核酸酶切割細(xì)胞的染色體，從而在受試者中殺傷細(xì)胞或者降低細(xì)胞的生長(zhǎng)或增殖；

284、(b)大腸桿菌細(xì)胞是大腸桿菌系統(tǒng)發(fā)育群b2的細(xì)胞；和

285、(c)各顆粒包含用于識(shí)別并且結(jié)合同源部分的粘附部分，所述同源部分選自在系統(tǒng)發(fā)育群b2大腸桿菌細(xì)胞的表面上展示的lps、lamb和tsx。

286、25.任一前述段落的組合物或方法，其用于預(yù)防b2系統(tǒng)發(fā)育群大腸桿菌從受試者的胃腸道或尿路易位到受試者的血流，從而預(yù)防或降低患者的菌血癥。

287、26.檢測(cè)樣品中b2系統(tǒng)發(fā)育群大腸桿菌的存在的方法，所述方法包括使包含b2系統(tǒng)發(fā)育群大腸桿菌的樣品與包含多個(gè)轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒的組合物接觸，其中

288、(a)各顆粒包含編碼用于靶向所述大腸桿菌細(xì)胞的基因組的核酸酶的核酸，其中所述施用的顆粒接觸細(xì)胞并且在其中引入核酸，其中所述核酸酶在細(xì)胞中表達(dá)并且切割細(xì)胞的基因組dna，從而在受試者中殺傷細(xì)胞或者降低細(xì)胞的生長(zhǎng)或增殖；

289、(b)各顆粒包含用于識(shí)別并且結(jié)合同源部分的粘附部分，所述同源部分選自在系統(tǒng)發(fā)育群b2大腸桿菌細(xì)胞的表面上展示的lps、lamb和tsx；和

290、(c)所述方法包括檢測(cè)b2系統(tǒng)發(fā)育群大腸桿菌細(xì)胞被殺傷或者使其生長(zhǎng)或增殖降低。

291、27.檢測(cè)樣品中b2系統(tǒng)發(fā)育群大腸桿菌的存在的方法，所述方法包括使包含b2系統(tǒng)發(fā)育群大腸桿菌的樣品與包含多個(gè)轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒的組合物接觸，其中

292、(a)各顆粒包含含有或編碼可檢測(cè)標(biāo)記的核酸，其中所述施用的顆粒接觸細(xì)胞并且在其中引入核酸，其中任選地所述標(biāo)記在細(xì)胞中表達(dá)；

293、(b)各顆粒包含用于識(shí)別并且結(jié)合同源部分的粘附部分，所述同源部分選自在系統(tǒng)發(fā)育群b2大腸桿菌細(xì)胞的表面上展示的lps、lamb和tsx；和

294、(c)所述方法包括檢測(cè)包含標(biāo)記的b2系統(tǒng)發(fā)育群大腸桿菌細(xì)胞。

295、28.段落26或27的方法，其中所述組合物包含段落1、2-21、24和25中任一項(xiàng)的組合物的特征。

296、29.段落26-28中任一項(xiàng)的方法，其中所述大腸桿菌包含選自組st131、st1193、st648、st315、st405、st361、st88和st453的一種或多種大腸桿菌菌株。

297、30.段落26-29中任一項(xiàng)的方法，其中所述樣品是患者樣品(例如血液、尿、糞便或唾液樣品)，其中所述受試者是移植或癌癥患者(任選地血液學(xué)癌癥患者)，或者其中所述患者患有尿路感染(uti)或處于尿路感染(uti)的風(fēng)險(xiǎn)中；并且任選地其中所述移植是實(shí)體器官或干細(xì)胞移植(任選地造血細(xì)胞移植)。

298、31.段落26-30中任一項(xiàng)的方法，其中各顆粒的核酸包含編碼所述核酸酶的核苷酸序列(n1)，或者包含或編碼標(biāo)記，其中各顆粒是合成t-偶數(shù)噬菌體(任選地是t4噬菌體)，其包含噬菌體的基因組內(nèi)的n1插入，其中區(qū)域位于pin(蛋白酶抑制劑)基因和ipii(內(nèi)部蛋白質(zhì))基因之間。

299、32.段落26-31中任一項(xiàng)的方法，其中使至少1x?107pfu的顆粒與樣品接觸。

300、33.段落26-32中任一項(xiàng)的方法，其中使顆粒以至少0.01的moi(感染復(fù)數(shù))與樣品接觸。

301、應(yīng)理解，本文所描述的具體實(shí)施方案通過說明的方式顯示并且不作為本發(fā)明的限制。在不脫離本發(fā)明的范圍的情況下，本發(fā)明的主要特征可以用于各種實(shí)施方案中。本領(lǐng)域技術(shù)人員將認(rèn)識(shí)到或使用不超過常規(guī)研究能夠查明本文所描述的具體程序的眾多等價(jià)方案。此類等價(jià)方案被視為在本發(fā)明的范圍內(nèi)，并且由權(quán)利要求覆蓋。說明書中提到的所有出版物和專利申請(qǐng)都表明本發(fā)明所屬領(lǐng)域的技術(shù)人員的技術(shù)水平。所有出版物和專利申請(qǐng)以及所有美國(guó)等同專利申請(qǐng)和專利都通過引用并入，達(dá)到如同個(gè)別出版物或?qū)＠暾?qǐng)各自明確地且個(gè)別地指明通過引用并入的程度。參考本文提到的出版物以及美國(guó)專利商標(biāo)局(uspatent?and?trademark?office)(uspto)或wipo的等同出版物，其公開內(nèi)容通過引用并入本文，用于提供可以用于本發(fā)明的公開內(nèi)容和/或以提供可以包括在本文的一個(gè)或多個(gè)權(quán)利要求中的一個(gè)或多個(gè)特征(例如載體的特征)。

302、當(dāng)在權(quán)利要求和/或說明書中與術(shù)語(yǔ)“包含”結(jié)合使用時(shí)，詞語(yǔ)“一個(gè)”或“一種”的使用可能意指“一個(gè)/種”，但它也與“一個(gè)/種或多個(gè)/種”、“至少一個(gè)/種”和“一個(gè)/種或多于一個(gè)/種”的含義一致。除非明確指示僅指替代方案或替代方案是相互排斥的，否則權(quán)利要求中的術(shù)語(yǔ)“或”的使用用于意指“和/或”，盡管本公開內(nèi)容支持僅指替代方案和“和/或”的定義。在本技術(shù)通篇，術(shù)語(yǔ)“約”用于指示值包括裝置的固有誤差變異、用于測(cè)定值的方法或研究受試者之中存在的變化。

303、如本說明書和權(quán)利要求中使用的，詞語(yǔ)“包含(comprising)”(以及任何形式的包含，例如“包含(comprise)”和“包含(comprises)”)、“具有(having)”(以及任何形式的具有，例如“具有(have)”和“具有(has)”)、“包括(including)”(以及任何形式的包括，例如“包括(includes)”和“包括(include)”)或“含有(containing)”(以及任何形式的含有，例如“含有(contains)”和“含有(contain)”)是包括性的或開放式的，并且不排除額外的、未列舉的要素或方法步驟。

304、如本文所使用的，術(shù)語(yǔ)“或其組合”或類似物是指在術(shù)語(yǔ)之前列出的項(xiàng)目的所有排列和組合。例如“a、b、c或其組合”旨在包括以下中的至少一種：a、b、c、ab、ac、bc或abc，并且如果次序在具體上下文中是重要的，則還有ba、ca、cb、cba、bca、acb、bac或cab。以此實(shí)例繼續(xù)，明確包括的是含有一個(gè)或多個(gè)項(xiàng)目或術(shù)語(yǔ)的重復(fù)的組合，所述重復(fù)例如bb、aaa、mb、bbc、aaabcccc、cbbaaa、cababb等等。技術(shù)人員將理解，典型地對(duì)任何組合中的項(xiàng)目或術(shù)語(yǔ)的數(shù)目不存在限制，除非另外地根據(jù)上下文顯而易見。

305、本公開內(nèi)容的任何部分都可以與本公開內(nèi)容的任何其它部分組合進(jìn)行閱讀，除非另外地根據(jù)上下文顯而易見。

306、本文公開的和請(qǐng)求保護(hù)的所有組合物和/或方法都可以鑒于本公開內(nèi)容進(jìn)行制備和執(zhí)行而無(wú)需過度實(shí)驗(yàn)。雖然本發(fā)明的組合物和方法根據(jù)優(yōu)選實(shí)施方案進(jìn)行描述，但對(duì)于本領(lǐng)域技術(shù)人員將顯而易見的是，可以在不背離本發(fā)明的概念、精神和范圍的情況下，將變化應(yīng)用于本文所描述的組合物和/或方法以及方法的步驟或步驟順序。對(duì)于本領(lǐng)域技術(shù)人員顯而易見的所有此類相似取代和修改都被視為在如通過所附權(quán)利要求所定義的本發(fā)明的精神、范圍和概念內(nèi)。

307、在以下非限制性實(shí)施例中更詳細(xì)地描述本發(fā)明。