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用于防止cDNA合成過(guò)程中轉(zhuǎn)換寡核苷酸的重復(fù)添加和非特異性引物延伸的組合物及其使用方法

文檔序號(hào):41984981發(fā)布日期:2025-05-23 16:41閱讀:來(lái)源:國(guó)知局

技術(shù)特征:

1.一種模板轉(zhuǎn)換寡核苷酸(tso),其包含:

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的tso,其中所述tso包含3’端修飾。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的tso,其中所述tso包含5’端修飾。

4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的tso,其中所述tso包含3’端修飾和5’端修飾兩者。

5.根據(jù)權(quán)利要求1所述的tso,其中所述3’端修飾是核苷酸糖修飾或核堿基修飾。

6.根據(jù)權(quán)利要求1所述的tso,其中所述3’端修飾選自由去除3’羥基的修飾和阻斷3’羥基的修飾組成的組。

7.根據(jù)權(quán)利要求1所述的tso,其中所述3’端修飾選自由以下組成的組:3’ddt、3’ddu、3’反向dt、3’c3間隔子、3’氨基、被高碘酸鹽氧化的3’ru、3’磷酸化、3’氟代、3’醛、3’羧酸或羧酸酯、3’硫醇基、3’o-甲基、3’疊氮基、3’炔烴、3’烯烴、3’(ch2)n-x(x=h、och3、ch3、sh、nh2、oh等;n≥1)和3’(ch2ch2o)n(n≥1)。

8.根據(jù)權(quán)利要求1所述的tso,其中所述5’端修飾是核苷酸糖修飾或核堿基修飾。

9.根據(jù)權(quán)利要求1所述的tso,其中所述5’端修飾包括三苯甲基、trebbler、樹枝狀高分子、生物素、熒光染料、rox?nhs酯、(ch2)n(n≥1)長(zhǎng)間隔子、棕櫚酸亞磷酰胺、3-氰基乙烯基咔唑亞磷酰胺、膽固醇基或補(bǔ)骨脂素。

10.根據(jù)權(quán)利要求1所述的tso,其中所述3’端修飾選自由去除3’羥基的修飾和阻斷3’羥基的修飾組成的組。

11.根據(jù)權(quán)利要求1所述的tso,其中所述5’端包含至少2、3、4、5、6、7、8、9或10個(gè)連續(xù)的脫堿基位點(diǎn)。

12.根據(jù)權(quán)利要求1所述的tso,其中所述5’端包含至少5個(gè)連續(xù)的脫堿基位點(diǎn)。

13.根據(jù)權(quán)利要求1所述的tso,其中所述5’端包含至少3個(gè)連續(xù)的脫堿基位點(diǎn)。

14.根據(jù)權(quán)利要求1所述的tso,其中所述5’端包含至少一個(gè)非天然核苷酸或核苷酸類似物。

15.根據(jù)權(quán)利要求1所述的tso,其中所述tso在5’端包含至少一個(gè)異脫氧胞嘧啶(iso-dc)、異脫氧鳥苷(iso-dg)或者iso-dc和iso-dg的組合。

16.一種模板轉(zhuǎn)換寡核苷酸(tso),其包含dna核苷酸序列、rna核苷酸序列、修飾的核苷酸序列或雜合dna-rna序列,其中所述tso能夠通過(guò)與在通過(guò)逆轉(zhuǎn)錄酶的非模板化添加過(guò)程中已添加至目標(biāo)核酸分子的5’端的非模板化核苷酸進(jìn)行堿基配對(duì)而退火,并且其中所述tso進(jìn)一步包含3’端修飾和5’端修飾中的至少一者。

17.根據(jù)權(quán)利要求16所述的tso,其中所述3’端修飾選自由去除3’羥基的修飾和阻斷3’羥基的修飾組成的組。

18.根據(jù)權(quán)利要求16所述的tso,其中所述tso包含選自由以下組成的組的3’端修飾:3’ddt、3’ddu、3’反向dt、3’c3間隔子、3’氨基、被高碘酸鹽氧化的3’ru、3’磷酸化、3’氟代、3’醛、3’羧酸或羧酸酯、3’硫醇基、3’o-甲基、3’疊氮基、3’炔烴、3’烯烴、3’(ch2)n-x(x=h、och3、ch3、sh、nh2、oh等;n≥1)和3’(ch2ch2o)n(n≥1)。

19.根據(jù)權(quán)利要求16所述的tso,其中所述5’端用化學(xué)基團(tuán)修飾以阻斷多聯(lián)化。

20.根據(jù)權(quán)利要求16所述的tso,其中所述5’端用選自由以下組成的組的化學(xué)基團(tuán)修飾:三苯甲基、trebbler、樹枝狀高分子、生物素、熒光染料、rox?nhs酯、(ch2)n(n≥1)長(zhǎng)間隔子、棕櫚酸亞磷酰胺、3-氰基乙烯基咔唑亞磷酰胺、膽固醇基和補(bǔ)骨脂素。

21.根據(jù)權(quán)利要求16所述的tso,其中所述5’端包含至少3個(gè)連續(xù)的脫堿基位點(diǎn)。

22.根據(jù)權(quán)利要求16所述的tso,其中所述5’端包含至少一個(gè)非天然核苷酸或核苷酸類似物。

23.根據(jù)權(quán)利要求16所述的tso,其中所述tso在5’端包含至少一個(gè)異脫氧胞嘧啶(iso-dc)、異脫氧鳥苷(iso-dg)或者iso-dc和iso-dg的組合。

24.根據(jù)權(quán)利要求16所述的tso,其中所述tso包含至少一種3’端修飾和至少一種5’端修飾。

25.一種逆轉(zhuǎn)錄(rt)引物,其包含dna核苷酸序列、rna核苷酸序列、修飾的核苷酸序列或雜合dna-rna序列,其中所述rt引物包含5’端修飾。

26.根據(jù)權(quán)利要求25所述的rt引物,其中所述5’端用化學(xué)基團(tuán)修飾以阻斷多聯(lián)化。

27.根據(jù)權(quán)利要求25所述的rt引物,其中所述5’端用選自由以下組成的組的化學(xué)基團(tuán)修飾:三苯甲基、trebbler、樹枝狀高分子、生物素、熒光染料、rox?nhs酯、(ch2)n(n≥1)長(zhǎng)間隔子、棕櫚酸亞磷酰胺、3-氰基乙烯基咔唑亞磷酰胺、膽固醇基和補(bǔ)骨脂素。

28.根據(jù)權(quán)利要求25所述的rt引物,其中所述5’端包含至少3個(gè)連續(xù)的脫堿基位點(diǎn)。

29.根據(jù)權(quán)利要求25所述的rt引物,其中所述5’端包含至少一個(gè)非天然核苷酸或核苷酸類似物。

30.根據(jù)權(quán)利要求25所述的rt引物,其中所述rt引物在5’端包含至少一個(gè)異脫氧胞嘧啶(iso-dc)、異脫氧鳥苷(iso-dg)或者iso-dc和iso-dg的組合。

31.一種從rna模板生成cdna分子的方法,所述方法包括使rna模板與根據(jù)權(quán)利要求25所述的tso、逆轉(zhuǎn)錄(rt)引物和逆轉(zhuǎn)錄酶接觸。

32.根據(jù)權(quán)利要求31所述的方法,其中所述rt引物包含dna核苷酸序列、rna核苷酸序列、修飾的核苷酸序列或雜合dna-rna序列,其中所述rt引物包含5’端修飾。

33.根據(jù)權(quán)利要求31所述的方法,其中所述逆轉(zhuǎn)錄酶選自由以下組成的組:marathonrt或其變體、莫洛尼鼠白血病病毒逆轉(zhuǎn)錄酶(mmlv?rt)或其變體、鳥類成髓細(xì)胞性白血病病毒逆轉(zhuǎn)錄酶(amv?rt)或其變體、hiv逆轉(zhuǎn)錄酶(hiv?rt)或其變體、家蠶r2?rna元件逆轉(zhuǎn)錄酶(r2?rt)或其變體、以及tgirttm或其變體。

34.根據(jù)權(quán)利要求31所述的方法,其中所述方法包括在選自由以下組成的組的測(cè)定中:rt-pcr、qrt-pcr、用于rna結(jié)構(gòu)映射的毛細(xì)管電泳(ce)、轉(zhuǎn)錄組分析、細(xì)胞內(nèi)測(cè)序、下一代rna測(cè)序(rna-seq)、納米孔測(cè)序、pacbio測(cè)序、零模式波導(dǎo)測(cè)序、cdna文庫(kù)合成、cdna合成、或其任意組合。

35.一種用于從rna模板生成cdna分子的逆轉(zhuǎn)錄測(cè)定,方法包括使rna模板與包含dna核苷酸序列、rna核苷酸序列、修飾的核苷酸序列或雜合dna-rna序列的tso接觸,其中所述tso能夠通過(guò)與在通過(guò)逆轉(zhuǎn)錄酶的非模板化添加過(guò)程中已添加至目標(biāo)核酸分子的5’端的非模板化核苷酸進(jìn)行堿基配對(duì)而退火,并且其中所述tso進(jìn)一步包含3’端修飾和5’端修飾中的至少一者、逆轉(zhuǎn)錄(rt)引物和逆轉(zhuǎn)錄酶。

36.根據(jù)權(quán)利要求35所述的方法,其中所述rt引物選自由以下組成的組:dna引物、rna引物、包含至少一個(gè)修飾的寡核苷酸的引物、以及根據(jù)權(quán)利要求10-15中任一項(xiàng)所述的rt引物。

37.根據(jù)權(quán)利要求35所述的測(cè)定,其中所述逆轉(zhuǎn)錄酶選自由以下組成的組:marathonrt或其變體、莫洛尼鼠白血病病毒逆轉(zhuǎn)錄酶(mmlv?rt)或其變體、鳥類成髓細(xì)胞性白血病病毒逆轉(zhuǎn)錄酶(amv?rt)或其變體、hiv逆轉(zhuǎn)錄酶(hiv?rt)或其變體、家蠶r2?rna元件逆轉(zhuǎn)錄酶(r2?rt)或其變體、以及tgirttm或其變體。

38.根據(jù)權(quán)利要求35所述的測(cè)定,其中所述逆轉(zhuǎn)錄在包含peg8000的緩沖液中進(jìn)行。

39.根據(jù)權(quán)利要求35所述的測(cè)定,其中所述逆轉(zhuǎn)錄在包含licl的緩沖液中進(jìn)行。

40.一種用于進(jìn)行從rna模板生成cdna分子的測(cè)定的試劑盒,方法包括使rna模板與包含dna核苷酸序列、rna核苷酸序列、修飾的核苷酸序列或雜合dna-rna序列的tso接觸,其中所述tso能夠通過(guò)與在通過(guò)逆轉(zhuǎn)錄酶的非模板化添加過(guò)程中已添加至目標(biāo)核酸分子的5’端的非模板化核苷酸進(jìn)行堿基配對(duì)而退火,并且其中所述tso進(jìn)一步包含3’端修飾和5’端修飾中的至少一者、逆轉(zhuǎn)錄(rt)引物和逆轉(zhuǎn)錄酶。

41.根據(jù)權(quán)利要求40所述的試劑盒,其中所述rt引物選自由以下組成的組:dna引物、rna引物、包含至少一個(gè)修飾的寡核苷酸的引物、以及根據(jù)權(quán)利要求10-15中任一項(xiàng)所述的rt引物。

42.根據(jù)權(quán)利要求40所述的試劑盒,其中所述逆轉(zhuǎn)錄酶選自由以下組成的組:marathonrt或其變體、莫洛尼鼠白血病病毒逆轉(zhuǎn)錄酶(mmlv?rt)或其變體、鳥類成髓細(xì)胞性白血病病毒逆轉(zhuǎn)錄酶(amv?rt)或其變體、hiv逆轉(zhuǎn)錄酶(hiv?rt)或其變體、家蠶r2?rna元件逆轉(zhuǎn)錄酶(r2?rt)或其變體、以及tgirttm或其變體。

43.根據(jù)權(quán)利要求40所述的試劑盒,其中所述試劑盒包含含有peg8000的緩沖液。

44.根據(jù)權(quán)利要求40所述的試劑盒,其中所述試劑盒包含含有l(wèi)icl的緩沖液。

45.一種減少模板轉(zhuǎn)換寡核苷酸(tso)的多聯(lián)化的方法,所述方法包括提供包含tso、逆轉(zhuǎn)錄(rt)引物和逆轉(zhuǎn)錄酶的反應(yīng)混合物,

46.根據(jù)權(quán)利要求45所述的方法,其中所述多聯(lián)化減少例如根據(jù)參考標(biāo)準(zhǔn)的約1%、2%、3%、4%、5%、10%、15%、20%、25%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、99%。

47.根據(jù)權(quán)利要求45所述的方法,其中所述3’端修飾選自由以下組成的組:3’ddt、3’ddu、3’反向dt、3’c3間隔子、3’氨基、被高碘酸鹽氧化的3’ru、3’磷酸化、3’氟代、3’醛、3’羧酸或羧酸酯、3’硫醇基、3’o-甲基、3’疊氮基、3’炔烴、3’烯烴、3’(ch2)n-x(x=h、och3、ch3、sh、nh2、oh等;n≥1)和3’(ch2ch2o)n(n≥1)。

48.根據(jù)權(quán)利要求45所述的方法,其中所述tso包含選自由以下組成的組的5’端修飾:三苯甲基、trebbler、樹枝狀高分子、生物素、熒光染料、rox?nhs酯、(ch2)n(n≥1)長(zhǎng)間隔子、棕櫚酸亞磷酰胺、3-氰基乙烯基咔唑亞磷酰胺、膽固醇基和補(bǔ)骨脂素。

49.根據(jù)權(quán)利要求45所述的方法,其中所述tso的5’端包含至少3個(gè)連續(xù)的脫堿基位點(diǎn)。

50.根據(jù)權(quán)利要求45所述的方法,其中所述tso在5’端包含至少一個(gè)異脫氧胞嘧啶(iso-dc)、異脫氧鳥苷(iso-dg)或者iso-dc和iso-dg的組合。

51.根據(jù)權(quán)利要求45所述的方法,其中所述tso包含seq?id?no:3。

52.根據(jù)權(quán)利要求45所述的方法,其中所述rt引物包含seq?id?no:2。

53.一種減少來(lái)自模板轉(zhuǎn)換寡核苷酸(tso)的非特異性逆轉(zhuǎn)錄的方法,所述方法包括提供包含tso、逆轉(zhuǎn)錄(rt)引物和逆轉(zhuǎn)錄酶的反應(yīng)混合物,

54.根據(jù)權(quán)利要求49所述的方法,其中所述非特異性逆轉(zhuǎn)錄減少例如根據(jù)參考標(biāo)準(zhǔn)的約1%、2%、3%、4%、5%、10%、15%、20%、25%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、99%。

55.根據(jù)權(quán)利要求53所述的方法,其中tso包含選自由以下組成的組的5’端修飾:三苯甲基、trebbler、樹枝狀高分子、生物素、熒光染料、rox?nhs酯、(ch2)n(n≥1)長(zhǎng)間隔子、棕櫚酸亞磷酰胺、3-氰基乙烯基咔唑亞磷酰胺、膽固醇基和補(bǔ)骨脂素。

56.根據(jù)權(quán)利要求53所述的方法,其中所述tso的5’端包含至少3個(gè)連續(xù)的脫堿基位點(diǎn)。

57.根據(jù)權(quán)利要求53所述的方法,其中所述tso在5’端包含至少一個(gè)異脫氧胞嘧啶(iso-dc)、異脫氧鳥苷(iso-dg)或者iso-dc和iso-dg的組合。

58.根據(jù)權(quán)利要求53所述的方法,其中所述tso包含seq?id?no:3。

59.根據(jù)權(quán)利要求53所述的方法,其中所述rt引物包含seq?id?no:2。

60.一種增加rna-seq文庫(kù)中目標(biāo)多核苷酸序列的產(chǎn)量的方法,所述方法包括提供包含tso、逆轉(zhuǎn)錄(rt)引物和逆轉(zhuǎn)錄酶的反應(yīng)混合物,

61.根據(jù)權(quán)利要求60所述的方法,其中所述目標(biāo)多核苷酸的產(chǎn)量增加例如根據(jù)參考標(biāo)準(zhǔn)的約1%、2%、3%、4%、5%、10%、15%、20%、25%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、99%。

62.根據(jù)權(quán)利要求60所述的方法,其中所述tso包含選自由以下組成的組的5’端修飾:三苯甲基、trebbler、樹枝狀高分子、生物素、熒光染料、rox?nhs酯、(ch2)n(n≥1)長(zhǎng)間隔子、棕櫚酸亞磷酰胺、3-氰基乙烯基咔唑亞磷酰胺、膽固醇基和補(bǔ)骨脂素。

63.根據(jù)權(quán)利要求60所述的方法,其中所述tso的5’端包含至少3個(gè)連續(xù)的脫堿基位點(diǎn)。

64.根據(jù)權(quán)利要求60所述的方法,其中所述tso在5’端包含至少一個(gè)異脫氧胞嘧啶(iso-dc)、異脫氧鳥苷(iso-dg)或者iso-dc和iso-dg的組合。

65.根據(jù)權(quán)利要求60所述的方法,其中所述tso包含seq?id?no:3。

66.根據(jù)權(quán)利要求60所述的方法,其中所述rt引物包含seq?id?no:2。

67.一種增加rna-seq文庫(kù)的特異性的方法,所述方法包括提供包含tso、逆轉(zhuǎn)錄(rt)引物和逆轉(zhuǎn)錄酶的反應(yīng)混合物,

68.根據(jù)權(quán)利要求67所述的方法,其中所述rna-seq文庫(kù)的特異性增加例如根據(jù)參考標(biāo)準(zhǔn)的約1%、2%、3%、4%、5%、10%、15%、20%、25%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、99%。

69.根據(jù)權(quán)利要求67所述的方法,其中所述tso包含選自由以下組成的組的5’端修飾:三苯甲基、trebbler、樹枝狀高分子、生物素、熒光染料、rox?nhs酯、(ch2)n(n≥1)長(zhǎng)間隔子、棕櫚酸亞磷酰胺、3-氰基乙烯基咔唑亞磷酰胺、膽固醇基和補(bǔ)骨脂素。

70.根據(jù)權(quán)利要求67所述的方法,其中所述tso的5’端包含至少3個(gè)連續(xù)的脫堿基位點(diǎn)。

71.根據(jù)權(quán)利要求67所述的方法,其中所述tso在5’端包含至少一個(gè)異脫氧胞嘧啶(iso-dc)、異脫氧鳥苷(iso-dg)或者iso-dc和iso-dg的組合。

72.根據(jù)權(quán)利要求67所述的方法,其中所述tso包含seq?id?no:3。

73.根據(jù)權(quán)利要求67所述的方法,其中所述rt引物包含seq?id?no:2。


技術(shù)總結(jié)
本發(fā)明提供用于進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄的優(yōu)化的模板轉(zhuǎn)換寡核苷酸、方法和試劑盒。所述優(yōu)化的模板轉(zhuǎn)換寡核苷酸包括5’端和3’端的修飾以防止多聯(lián)體的形成并增強(qiáng)逆轉(zhuǎn)錄的特異性。

技術(shù)研發(fā)人員:A·M·派爾,L-T·郭
受保護(hù)的技術(shù)使用者:耶魯大學(xué)
技術(shù)研發(fā)日:
技術(shù)公布日:2025/5/22
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