本公開(kāi)總地涉及用于遞送轉(zhuǎn)基因序列的腺相關(guān)病毒(aav)載體,所述轉(zhuǎn)基因序列編碼包括gd2結(jié)合位點(diǎn)和cd3結(jié)合位點(diǎn)的雙特異性融合蛋白。本公開(kāi)還涉及殺傷循環(huán)腫瘤細(xì)胞從而降低癌癥和轉(zhuǎn)移性疾病的風(fēng)險(xiǎn)、延遲癌癥和轉(zhuǎn)移性疾病的發(fā)作以及預(yù)防癌癥和轉(zhuǎn)移性疾病的方法。
背景技術(shù):
1、癌癥仍然是世界范圍內(nèi)重要的健康問(wèn)題,并且是美國(guó)第二大死亡原因。目前癌癥的治療選擇不是對(duì)于所有患者都是有效的,并且通常可能與顯著的不良副作用相關(guān)。
2、癌癥免疫療法是一種有希望的治療方式,因?yàn)樗鼈儽憩F(xiàn)出比常規(guī)化療劑更高的特異性,并且可以通過(guò)引發(fā)患者自身的免疫系統(tǒng)來(lái)促進(jìn)腫瘤細(xì)胞的破壞。雙特異性t細(xì)胞銜接蛋白是現(xiàn)有技術(shù)中已經(jīng)描述的重組融合蛋白,其與腫瘤細(xì)胞和t細(xì)胞兩者結(jié)合,從而刺激腫瘤細(xì)胞的破壞。
3、腺相關(guān)病毒(aav)已被用作基因治療載體以實(shí)現(xiàn)長(zhǎng)期、一致的血流水平的癌癥免疫療法。例如,編碼雙特異性αcd19-αcd3蛋白的aav在cd19+淋巴瘤模型中實(shí)現(xiàn)在血流中超過(guò)一年的持續(xù)存在和抗腫瘤功效(cripe等,science?advances,出版中)。
4、鑒于轉(zhuǎn)移被認(rèn)為是由可被認(rèn)為是實(shí)體瘤的“白血病區(qū)室”的循環(huán)腫瘤細(xì)胞引起的,因此靶向癌癥的長(zhǎng)期、持續(xù)的免疫壓力可有效地用于預(yù)防轉(zhuǎn)移的發(fā)展。由于循環(huán)腫瘤細(xì)胞存在于免疫抑制性實(shí)體瘤微環(huán)境之外,它們可能更容易受到免疫療法的影響。
5、雙唾液酸神經(jīng)節(jié)苷脂(disaloganglioside)gd2(gd2)是一種在正常組織中表達(dá)有限但在廣泛的腫瘤中過(guò)表達(dá)的雙唾液酸神經(jīng)節(jié)苷脂。根據(jù)腫瘤類型,gd2通過(guò)增強(qiáng)的細(xì)胞增殖、運(yùn)動(dòng)、遷移、粘附和侵襲而與腫瘤發(fā)生和惡性表型有關(guān)。gd2由幾乎所有的神經(jīng)母細(xì)胞瘤、大多數(shù)黑色素瘤和視網(wǎng)膜母細(xì)胞瘤以及許多尤文氏肉瘤高度表達(dá)。以更多變的程度,gd2由小細(xì)胞肺癌、神經(jīng)膠質(zhì)瘤、骨肉瘤和軟組織肉瘤表達(dá)。
技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路
1、本公開(kāi)涉及使用腺相關(guān)病毒載體來(lái)表達(dá)雙特異性融合蛋白以降低癌癥和轉(zhuǎn)移的風(fēng)險(xiǎn)、預(yù)防和治療癌癥和轉(zhuǎn)移的組合物和方法。
2、本公開(kāi)涉及使用腺相關(guān)病毒載體來(lái)表達(dá)雙特異性融合蛋白以降低癌癥和轉(zhuǎn)移的風(fēng)險(xiǎn)、預(yù)防和治療癌癥和轉(zhuǎn)移的組合物和方法。
3、在一些方面,本公開(kāi)提供了重組腺相關(guān)病毒(raav)載體,其從5’到3’包含:(a)5’aav末端反向重復(fù)序列(itr);(b)啟動(dòng)子;(c)編碼雙特異性融合蛋白的轉(zhuǎn)基因,所述雙特異性融合蛋白包含:(i)包含抗gd2抗體的輕鏈可變區(qū)(vl)和重鏈可變區(qū)(vh)的gd2結(jié)合位點(diǎn),所述輕鏈可變區(qū)(vl)包含分別為seq?id?no:73、seq?id?no:74和seq?id?no:75或分別為seq?id?no:79、seq?id?no:80和seq?id?no:81的互補(bǔ)決定區(qū)1(cdr1)、互補(bǔ)決定區(qū)2(cdr2)和互補(bǔ)決定區(qū)3(cdr3)序列,和所述重鏈可變區(qū)(vh)包含分別為seq?id?no:70、seq?id?no:71和seq?id?no:72,分別為seq?id?no:76、seq?id?no:77和seq?id?no:78的cdr1、cdr2和cdr3序列;(ii)接頭肽,和(iii)包含抗cd3抗體的vh和vl的cd3結(jié)合位點(diǎn);(d)修飾的rna穩(wěn)定性調(diào)控元件(mre)和(e)3’aav?itr。在一些實(shí)施方式中,啟動(dòng)子選自雞β-肌動(dòng)蛋白啟動(dòng)子、延伸因子1α(ef1α)啟動(dòng)子、猿猴病毒40(sv40)啟動(dòng)子或cag啟動(dòng)子。在一些實(shí)施方式中,啟動(dòng)子是cag啟動(dòng)子。在一些實(shí)施方式中,啟動(dòng)子包含與seq?id?no:66至少95%相同的序列。在一些實(shí)施方式中,抗gd2抗體vl和vh包含分別與seq?id?no:2和seq?id?no:1至少95%相同的序列。在一些實(shí)施方式中,gd2結(jié)合位點(diǎn)是單鏈可變片段(scfv)。在一些實(shí)施方式中,抗gd2抗體vl使用包含seq?id?no:25的scfv接頭肽與抗gd2抗體vh融合。在一些實(shí)施方式中,抗gd2抗體vl通過(guò)包含seq?id?no:20的序列的scfv接頭肽與抗gd2抗體vh融合。在一些實(shí)施方式中,抗gd2抗體vl和vh包含分別與seq?id?no:4和seq?id?no:3至少95%相同的序列。在一些實(shí)施方式中,gd2結(jié)合位點(diǎn)是單鏈可變片段(scfv)。在一些實(shí)施方式中,抗gd2抗體vl通過(guò)包含seq?id?no:20的序列的scfv接頭肽與抗gd2抗體vh融合。在一些實(shí)施方式中,gd2結(jié)合位點(diǎn)包含與seq?id?no:7至少95%相同的序列。在一些實(shí)施方式中,抗cd3抗體vh包含分別為seq?id?no:85、seq?id?no:86和seq?id?no:87的cdr1、cdr2和cdr3序列,并且抗cd3抗體vl包含分別為seq?id?no:88、seq?id?no:89和seq?id?no:90的cdr1、cdr2和cdr3序列。在一些實(shí)施方式中,抗cd3抗體vh和vl包含分別與seq?id?no:14和seq?id?no:15至少95%相同的序列。在一些實(shí)施方式中,cd3結(jié)合位點(diǎn)是單鏈可變片段(scfv)。在一些實(shí)施方式中,抗cd3抗體vh通過(guò)包含與seq?id?no:25相同的序列的scfv接頭肽與抗cd3抗體vl融合。在一些實(shí)施方式中,cd3結(jié)合位點(diǎn)包含與seq?id?no:16至少95%相同的序列。在一些實(shí)施方式中,抗cd3抗體vh包含分別為seq?id?no:91、seq?id?no:92和seq?id?no:93的cdr1、cdr2和cdr3序列,并且抗cd3抗體vl包含分別為seq?id?no:94、seq?id?no:95和seq?id?no:96的cdr1、cdr2和cdr3序列。在一些實(shí)施方式中,抗cd3抗體vh和vl包含分別與seq?id?no:18和seq?id?no:19至少95%相同的序列。在一些實(shí)施方式中,cd3結(jié)合位點(diǎn)是單鏈可變片段(scfv)。在一些實(shí)施方式中,抗cd3抗體vh通過(guò)包含與seq?id?no:25相同的序列的scfv接頭肽與抗cd3抗體vl融合。在一些實(shí)施方式中,cd3結(jié)合位點(diǎn)包含與seq?id?no:17至少95%相同的序列。在一些實(shí)施方式中,雙特異性融合蛋白包含n端信號(hào)肽,其包含與seq?id?no:26至少95%相同的序列。在一些實(shí)施方式中,雙特異性融合蛋白包含與seq?id?no:9、seq?idno:10、seq?id?no:11、seq?id?no:12或seq?id?no:13至少95%相同的序列。在一些實(shí)施方式中,轉(zhuǎn)基因包含與seq?id?no:41、seq?id?no:42、seq?id?no:43、seq?id?no:44或seq?idno:45至少95%相同的序列。在一些實(shí)施方式中,轉(zhuǎn)基因還包含編碼雙特異性融合蛋白的序列的5’側(cè)或3’側(cè)的調(diào)控元件。在一些實(shí)施方式中,調(diào)控元件在編碼雙特異性融合蛋白的序列的3’側(cè)。在一些實(shí)施方式中,調(diào)控元件源自土拔鼠肝炎病毒轉(zhuǎn)錄后調(diào)控元件(wpre)并且包含與seq?id?no:64至少95%相同的序列。在一些實(shí)施方式中,轉(zhuǎn)基因還包含kozak序列。在一些實(shí)施方式中,載體還包含轉(zhuǎn)基因序列的3’側(cè)和3’aav?itr的5’側(cè)的多腺苷酸化序列。在一些實(shí)施方式中,多腺苷酸化序列是與seq?id?no:65至少95%相同的牛生長(zhǎng)激素(bgh)多腺苷酸化序列。在一些實(shí)施方式中,3’aav?itr包含與seq?id?no:59至少95%相同的序列。在一些實(shí)施方式中,載體還包含抗生素抗性基因序列。在一些實(shí)施方式中,抗生素抗性基因是卡那霉素抗性基因。在一些實(shí)施方式中,載體包含與seq?id?no:53、seq?id?no:54、seq?id?no:55、seq?id?no:56或seq?id?no:57至少95%相同的序列。
4、在一些方面,本公開(kāi)提供了重組腺相關(guān)病毒(raav)載體,其包含與seq?id?no:11至少90%相同的序列。
5、在一些方面,本公開(kāi)提供了一種降低患者的轉(zhuǎn)移性疾病的風(fēng)險(xiǎn)的方法,其包括向患者施用有效量的本文所述的重組腺相關(guān)病毒(raav)載體或其藥物制劑。
6、在一些方面,本公開(kāi)提供了一種延遲患者的轉(zhuǎn)移性疾病的發(fā)作的方法,其包括向患者施用有效量的本文所述的重組腺相關(guān)病毒(raav)載體或其藥物制劑。
7、在一些方面,本公開(kāi)提供了一種預(yù)防患者的轉(zhuǎn)移性疾病的方法,其包括向患者施用有效量的本文所述的重組腺相關(guān)病毒(raav)載體或其藥物制劑。
8、在一些方面,本公開(kāi)提供了一種促進(jìn)患者的t細(xì)胞介導(dǎo)的循環(huán)腫瘤細(xì)胞殺傷的方法,其包括向患者施用有效量的本文所述的重組腺相關(guān)病毒(raav)載體或其藥物制劑。在一些實(shí)施方式中,raav或其藥物制劑與原發(fā)性腫瘤的治療同時(shí)施用。在一些實(shí)施方式中,原發(fā)性腫瘤的治療包括手術(shù)切除、放療、化療或免疫療法。
9、在一些方面,本公開(kāi)提供了一種預(yù)防傾向于發(fā)生gd2+腫瘤的患者的癌癥的方法,其包括向患者施用有效量的本文所述的重組腺相關(guān)病毒(raav)載體或其藥物制劑。
10、在一些方面,本公開(kāi)提供了一種預(yù)防gd2+癌癥緩解期的患者的癌癥復(fù)發(fā)的方法,其包括向患者施用有效量的本文所述的重組腺相關(guān)病毒(raav)載體或其藥物制劑。在一些實(shí)施方式中,aav或其藥物制劑與選自以下的檢查點(diǎn)抑制劑一起施用:ctla-4抑制劑、pd-1抑制劑和pd-l1抑制劑。在一些實(shí)施方式中,檢查點(diǎn)抑制劑選自:派姆單抗、伊匹單抗、納武單抗和阿特珠單抗。
11、在一些方面,本公開(kāi)提供了藥物制劑,其包含本文所述的重組腺相關(guān)病毒(raav)載體和藥學(xué)上可接受的載體。
12、在一些方面,本公開(kāi)提供了一種降低患者的轉(zhuǎn)移性疾病的風(fēng)險(xiǎn)的方法,其包括向患者施用有效量的重組腺相關(guān)病毒(raav)載體或其藥物制劑。在一些方面,raav載體從5’至3’包含:5’aav末端反向重復(fù)序列(itr);啟動(dòng)子;包含編碼雙特異性融合蛋白的序列的轉(zhuǎn)基因;和3’aav?itr。在一些方面,雙特異性融合蛋白包含:gd2結(jié)合位點(diǎn),其包含抗gd2抗體的輕鏈可變區(qū)(vl)和重鏈可變區(qū)(vh);接頭肽;和cd3結(jié)合位點(diǎn),其包含抗cd3抗體的vh和vl。
13、在一些方面,本公開(kāi)提供了一種延遲患者的轉(zhuǎn)移性疾病的發(fā)作的方法,其包括向患者施用有效量的腺相關(guān)病毒(raav)載體或其藥物制劑。在一些方面,raav從5’到3’包含:5’aav末端反向重復(fù)序列(itr);啟動(dòng)子;包含編碼雙特異性融合蛋白的序列的轉(zhuǎn)基因;和3’aav?itr。在一些方面中,雙特異性融合蛋白包含:gd2結(jié)合位點(diǎn),其包含抗gd2抗體的輕鏈可變區(qū)(vl)和重鏈可變區(qū)(vh);接頭肽;和cd3結(jié)合位點(diǎn),其包含抗cd3抗體的vh和vl。
14、在一些方面,本公開(kāi)提供了一種預(yù)防患者的轉(zhuǎn)移性疾病的方法,其包括向患者施用有效量的重組腺相關(guān)病毒(raav)載體或其藥物制劑。在一些方面,raav從5’到3’包含:5’aav末端反向重復(fù)序列(itr);啟動(dòng)子;包含編碼雙特異性融合蛋白的序列的轉(zhuǎn)基因;和3’aav?itr。在一些方面,雙特異性融合蛋白包含:gd2結(jié)合位點(diǎn),其包含抗gd2抗體的輕鏈可變區(qū)(vl)和重鏈可變區(qū)(vh);接頭肽;和cd3結(jié)合位點(diǎn),其包含抗cd3抗體的vh和vl。
15、在一些方面,本公開(kāi)提供了一種促進(jìn)患者的t細(xì)胞介導(dǎo)的循環(huán)腫瘤細(xì)胞殺傷的方法,其包括向患者施用有效量的重組腺相關(guān)病毒(raav)載體或其藥物制劑。在一些方面,raav從5’到3’包含:5’aav末端反向重復(fù)序列(itr);啟動(dòng)子;包含編碼雙特異性融合蛋白的序列的轉(zhuǎn)基因;和3’aav?itr。在一些方面,雙特異性融合蛋白包含:gd2結(jié)合位點(diǎn),其包含抗gd2抗體的輕鏈可變區(qū)(vl)和重鏈可變區(qū)(vh);接頭肽;和cd3結(jié)合位點(diǎn),其包含抗cd3抗體的vh和vl。
16、在一些方面,raav或其藥物制劑與原發(fā)性腫瘤的治療同時(shí)施用。在一些方面,原發(fā)性腫瘤的治療包括手術(shù)切除、放療、化療或免疫療法。
17、在一些方面,本發(fā)明提供一種預(yù)防傾向于發(fā)生gd2+腫瘤的患者的癌癥的方法,其包括向患者施用有效量的重組腺相關(guān)病毒(raav)載體或其藥物制劑。在一些方面,raav從5’到3’包含:5’aav末端反向重復(fù)序列(itr);啟動(dòng)子;包含編碼雙特異性融合蛋白的序列的轉(zhuǎn)基因;和3’aav?itr。在一些方面中,雙特異性融合蛋白包含:gd2結(jié)合位點(diǎn),其包含抗gd2抗體的輕鏈可變區(qū)(vl)和重鏈可變區(qū)(vh);接頭肽;和cd3結(jié)合位點(diǎn),其包含抗cd3抗體的vh和vl。
18、在一些方面,本發(fā)明提供一種預(yù)防gd2+癌癥緩解期的患者的癌癥復(fù)發(fā)的方法,其包括向患者施用有效量的重組腺相關(guān)病毒(raav)載體或其藥物制劑。在一些方面,raav從5’到3’包含:5’aav末端反向重復(fù)序列(itr);啟動(dòng)子;包含編碼雙特異性融合蛋白的序列的轉(zhuǎn)基因;和3’aav?itr。在一些方面,雙特異性融合蛋白包含:gd2結(jié)合位點(diǎn),其包含抗gd2抗體的輕鏈可變區(qū)(vl)和重鏈可變區(qū)(vh);接頭肽;和cd3結(jié)合位點(diǎn),其包含抗cd3抗體的vh和vl。
19、在一些方面,本公開(kāi)提供了重組腺相關(guān)病毒(raav)載體,其從5’到3’包含:5’aav末端反向重復(fù)序列(itr);啟動(dòng)子;包含編碼雙特異性融合蛋白的序列的轉(zhuǎn)基因,所述雙特異性融合蛋白包含與seq?id?no:9、seq?id?no:10、seq?id?no:11、seq?id?no:12或seq?idno:13至少95%相同的序列;和3’aav?itr。
20、在一些方面,raav或其藥物制劑與選自以下的檢查點(diǎn)抑制劑一起施用:ctla-4抑制劑、pd-1抑制劑和pd-l1抑制劑。在一些方面,檢查點(diǎn)抑制劑選自:派姆單抗、伊匹單抗、納武單抗和阿特珠單抗。
21、在一些方面,5’aav?itr包含與seq?id?no:58至少95%相同的序列。在一些方面,3’aav?itr包含與seq?id?no:59至少95%相同的序列。
22、在一些方面,啟動(dòng)子選自雞β-肌動(dòng)蛋白啟動(dòng)子、延伸因子iα(ef1α)啟動(dòng)子、猿猴病毒40(sv40)啟動(dòng)子和cag啟動(dòng)子。在一些方面,啟動(dòng)子是cag啟動(dòng)子。在一些方面,啟動(dòng)子包含與seq?id?no:66至少95%相同的序列。
23、在一些方面,gd2結(jié)合位點(diǎn)的抗gd2抗體vl具有分別為seq?id?no:73、seq?id?no:74和seq?id?no:75的互補(bǔ)決定區(qū)1(cdr1)、互補(bǔ)決定區(qū)2(cdr2)和互補(bǔ)決定區(qū)3(cdr3)序列,且gd2結(jié)合位點(diǎn)的抗gd2抗體vh具有分別為seq?id?no:70、seq?id?no:71和seq?id?no:72的cdr1、cdr2和cdr3序列。在一些方面,抗gd2抗體vl和vh具有分別與seq?id?no:2和seq?idno:1至少95%相同的序列。在一些方面,gd2結(jié)合位點(diǎn)是單鏈可變片段(scfv)。在一些方面,gd2結(jié)合位點(diǎn)的抗gd2抗體vl通過(guò)包含seq?id?no:20的序列的scfv接頭肽與gd2結(jié)合位點(diǎn)的抗gd2抗體vh融合。在一些方面,gd2結(jié)合位點(diǎn)包含與seq?id?no:5至少95%相同的序列。
24、在一些方面,gd2結(jié)合位點(diǎn)的抗gd2抗體vl具有分別為seq?id?no:79、seq?id?no:80和seq?id?no:81的cdr1、cdr2和cdr3序列,且gd2結(jié)合位點(diǎn)的抗gd2抗體vh具有分別為seqid?no:76、seq?id?no:77和seq?id?no:78的cdr1、cdr2和cdr3序列。在一些方面,gd2結(jié)合位點(diǎn)的抗gd2抗體vl和vh具有分別與seq?id?no:4和seq?id?no:3至少95%相同的序列。在一些方面,gd2結(jié)合位點(diǎn)是單鏈可變片段(scfv)。在一些方面,gd2結(jié)合位點(diǎn)的抗gd2抗體vl通過(guò)包含seq?id?no:20的scfv接頭肽與gd2結(jié)合位點(diǎn)的抗gd2抗體vh融合。在一些方面,scfv包含與seq?id?no:7至少95%相同的序列。
25、在一些方面,接頭肽包含與seq?id?no:25或seq?id?no:20相同的序列。
26、在一些方面,cd3結(jié)合位點(diǎn)的抗cd3抗體vh具有分別為seq?id?no:85、seq?id?no:86和seq?id?no:87的cdr1、cdr2和cdr3序列,并且抗cd3抗體vl具有分別為seq?id?no:88、seq?id?no:89和seq?id?no:90的cdr1、cdr2和cdr3序列。
27、在一些方面,cd3結(jié)合位點(diǎn)的抗cd3抗體vh和vl包含分別與seq?id?no:14和seq?idno:15至少95%相同的序列。在一些方面,cd3結(jié)合位點(diǎn)是單鏈可變片段(scfv)。在一些方面,cd3結(jié)合位點(diǎn)的抗cd3抗體vl通過(guò)包含與seq?id?no:25相同的序列的scfv接頭肽與cd3結(jié)合位點(diǎn)的抗cd3抗體vh融合。在一些方面,cd3結(jié)合位點(diǎn)包含與seq?id?no:16至少95%相同的序列。
28、在一些方面,cd3結(jié)合位點(diǎn)的抗cd3抗體vh具有分別為seq?id?no:91、seq?id?no:92和seq?id?no:93的cdr1、cdr2和cdr3序列,并且抗cd3抗體vl具有分別為seq?id?no:94、seq?id?no:95和seq?id?no:96的cdr1、cdr2和cdr3序列。
29、在一些方面,cd3結(jié)合位點(diǎn)的抗cd3抗體vh和vl包含分別與seq?id?no:18和seq?idno:19至少95%相同的序列。在一些方面,cd3結(jié)合位點(diǎn)是單鏈可變片段(scfv)。在一些方面,cd3結(jié)合位點(diǎn)的抗cd3抗體vl通過(guò)包含與seq?id?no:25相同的序列的scfv接頭肽與cd3結(jié)合位點(diǎn)的抗cd3抗體vh融合。在一些方面,cd3結(jié)合位點(diǎn)包含與seq?id?no:17至少95%相同的序列。
30、在一些方面,雙特異性融合蛋白包含與seq?id?no:9、seq?id?no:10、seq?id?no:11、seq?id?no:12或seq?id?no:13至少95%相同的序列。
31、在一些方面,雙特異性融合蛋白具有包含與seq?id?no:26至少95%相同的序列的n-端信號(hào)肽。
32、在一些方面,轉(zhuǎn)基因包含與seq?id?no:41、seq?id?no:42、seq?id?no:43、seq?idno:44或seq?id?no:45至少95%相同的序列。
33、在一些方面,轉(zhuǎn)基因還具有編碼雙特異性融合蛋白的序列的5’側(cè)或3’側(cè)的調(diào)控元件。在一些方面,調(diào)控元件在編碼雙特異性融合蛋白的序列的3’側(cè)。在一些方面,調(diào)控元件源自土撥鼠肝炎病毒轉(zhuǎn)錄后調(diào)控元件(wpre),并且包含與seq?id?no:64至少95%相同的序列。
34、在一些方面,轉(zhuǎn)基因還具有kozak序列。
35、在一些方面,載體還具有轉(zhuǎn)基因序列的3’側(cè)和3’aav?itr的5’側(cè)的多腺苷酸化序列。在一些方面,多腺苷酸化序列是與seq?id?no:65至少95%相同的牛生長(zhǎng)激素(bgh)多腺苷酸化序列。
36、在一些方面,載體還具有抗生素抗性基因序列。在一些方面,抗生素抗性基因是卡那霉素抗性基因。
37、在一些方面,載體包含與seq?id?no:53、seq?id?no:54、seq?id?no:55、seq?idno:56或seq?id?no:57至少95%相同的序列。
38、在一些方面,本公開(kāi)提供了根據(jù)上述任一方面的重組aav載體。
39、在一些方面,本公開(kāi)提供了一種藥物制劑,其包含上述任一方面的重組腺相關(guān)病毒(raav)載體和藥學(xué)上可接受的載體。